쟁점부동산을 그 취득일부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다고 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구인은 2022.11.2. 경기도 양주시 OOO(토지 36.2157㎡, 건물 87.75㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 분양받아 취득하고, 같은 날 취득가액을 OOO원으로 하여 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목에 따른 세율(1천분의 40) 및 「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 같다) 제58조의2 제2항에 따라 취득세 감면(100분의 50 경감)을 신청하여 취득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 처분청은 2025.11.18. 현지 출장에서 쟁점부동산을 공유창고로 사용하고 있는 사실 및 청구인이 운영하는 개인사업장 업종에 ‘창고업’이 추가된 사실을 확인하고, 취득일부터 5년 이내에 쟁점부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다고 보아 기 경감받은 취득세 등을 추징하기 위하여 과세예고 통지를 하였다.

다. 청구인은 2026.3.3. 경기도지사에게 과세전적부심사를 청구하였으나 2026.3.27. 경기도지사가 불채택 하자, 처분청은 2026.5.10. 기 경감받은 취득세 OOO원(가산세 포함), 지방교육세 OOO원(가산세 포함), 농어촌특별세(가산세 포함) OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과ㆍ고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2026.5.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인은 쟁점부동산을 본래 취지에 부합하게 사용하고 있다.(가) 청구인은 지식산업센터를 분양받은 입주자로서 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 쟁점부동산을 취득하여 「지방세특례제한법」 제58조의2에 따른 감면 규정을 적법하게 적용받았다.(나) 청구인이 운영하는 개인사업장(이하 “쟁점사업장”이라 한다)의 업종에 ‘창고업’이 추가된 것은 금융기관으로부터 대출 연장을 위하여 해당 업종 추가가 필요하다는 요구를 받았기 때문으로, 실질적인 업종 변경이나 지식산업센터의 취지에 반하는 용도 변경 의도 없이 금융기관의 대출 요건 충족을 위하여 형식적ㆍ보완적으로 한 것에 불과하고, 해당 업종 등록 이후에도 해당 공간을 일반 물류창고, 임대창고, 보관업 등으로 사용한 사실이 없다.(다) 쟁점사업장은 실증을 위한 규제특례 적용 대상으로 인정받았고, 청구인은 벤처기업 인증을 획득하여 국가가 인정한 기술 기반 혁신 산업 활동을 영위하고 있다.

(2) 한편, 처분청 담당 공무원은 청구인 소유의 쟁점부동산(OOO호)이 아닌 옆 호실(OOO호)을 실사하고 이 건 취득세 등을 부과하였으므로, 해당 처분은 사실오인에 기반한 부당한 처분이다.

나. 처분청 의견(1) 「지방세특례제한법」 제58조의2 제2항 제1호에서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자가 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감하되, 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.(2) “아파트형공장을 설립하기 위하여 부동산을 취득하는 자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 5년 이내에 당해 사업 또는 벤처기업용 이외의 용도로 분양ㆍ임대한 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다”는 규정은 아파트형공장을 설립하여 이용하고자 하는 자에게 세제혜택을 주어 산업의 집적을 활성화하고 공장의 원활한 설립을 할 수 있도록 지원하려는 것으로서 아파트형공장을 설립할 목적으로 부동산을 취득하였으나 이를 다른 용도로 사용하는 사람에게도 그 혜택을 주려는 취지가 아님이 분명하다(대법원 2010.8.26. 선고 2009두21963 판결, 같은 뜻임).(3) 청구인은 쟁점부동산을 공유창고로 사용하고 있는 점, 쟁점사업장의 업종에 창고업이 추가된 점, A 홈페이지 등에 따르면 쟁점부동산이 A OOO점으로 확인되는 점, 처분청은 현지 출장 당시 쟁점부동산과 옆 호실(OOO호, 청구인 외의 자가 A OOO점A를 운영하고 있는 것으로 확인함)이 연결되어 공유창고로 사용되고 있는 것을 확인한 점, 쟁점부동산을 감면받은 용도로 직접 사용하고 있다는 사실이 객관적으로 확인되지 않는 점 등을 고려하면, 처분청의 이 건 취득세 등 부과처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점부동산을 그 취득일부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다고 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조다. 사실관계 및 판단(1) 청구인 및 처분청이 제출한 자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구인이 쟁점부동산에 대한 감면 신청 시 제출한 쟁점부동산 건물 사용 계획서에 따르면, 청구인은 쟁점부동산을 본인의 제품인 베개 완제품의 포장 및 택배 발주처로 사용하고자 한 사실이 나타난다.(나) 청구인이 쟁점부동산에 대한 감면 신청 시 제출한 사업자등록증에 따르면 청구인은 쟁점사업장의 상호를 B로, 개업연월일을 2022.9.19.로, 사업장소재지를 쟁점부동산으로, 사업의 종류를 제품 디자인업, 경영 컨설팅업, 인테리어 디자인업으로 하여 사업자등록을 한 사실이 나타난다.(다) 2026.1.20. 쟁점사업장 사업자정보에 따르면, 상호가 C로 변경되었고, 일반 창고업이 추가되었다.(라) 처분청이 2025.11.18. 현지 출장한 후 작성한 결과 보고서는 다음과 같다(일부 발췌).

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○(마) 쟁점부동산은 A OOO점으로 확인된다.

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○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 「지방세특례제한법」 제58조의2 제2항 제1호에서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자가 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감하되, 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.(나) 청구인은 쟁점부동산을 본래 취지(완제품 포장 및 택배 발주처)에 부합하게 사용하고 있고, 처분청이 쟁점부동산(OOO호)이 아닌 옆 호실(OOO호)을 실사하고 이 건 취득세 등을 추징하여 해당 처분이 부당하다고 주장하나,청구인은 쟁점부동산을 전문 디자인업(완제품 포장 및 택배 발주처)을 영위하였다고 볼 만한 객관적인 자료를 제출하지 아니한 점,쟁점사업장의 업종에 일반 창고업이 추가되었고, 청구인은 쟁점부동산 취득일부터 5년 이내에 쟁점부동산을 다른 용도(창고)로 사용하고 있는 것으로 보이는 점,처분청의 출장 결과보고서에 따르면 쟁점부동산(OOO호)과 옆 호실(OOO호)을 모두 확인한 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 처분청의 이 건 취득세 등 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2022년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.1. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다.

이하 이 조에서 같다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 그 사업시설용으로 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.② 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.1. 2022년 12월 31일까지 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 2022년 12월 31일까지 경감한다.

(2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5(지식산업센터에의 입주) ① 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설은 다음 각 호의 시설로 한다.

1. 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업을 운영하기 위한 시설2. 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업을 운영하기 위한 시설3. 그 밖에 입주업체의 생산 활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설② 제1항 제1호에 따라 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설의 범위 및 규모는 대통령령으로 정한다.

(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령제6조(산업단지의 입주자격) ② 법 제2조 제18호에서 “지식산업”이란 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 산업으로서 다음 각 호의 산업을 말한다.

8. 전문 디자인업제36조의4(지식산업센터에의 입주) ① 법 제28조의5 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사업”이란 다음 각 호의 사업을 말한다.

1. 제6조 제2항 및 같은 조 제3항에 따른 지식산업 및 정보통신산업2. 그 밖에 특정 산업의 집단화와 지역경제의 발전을 위하여 다음 각 목의 구분에 따라 지식산업센터에의 입주가 필요하다고 인정하는 사업가. 산업단지 안의 지식산업센터의 경우: 법 제2조 제18호에 따른 산업에 해당하는 사업으로서 관리기관이 인정하는 사업나. 산업단지 밖의 지식산업센터의 경우: 시장ㆍ군수 또는 구청장이 인정하는 사업(4) 지방세법제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득가. 농지: 1천분의 30나. 농지 외의 것: 1천분의 40