쟁점건물의 취득 관련 매입세액을 토지에 관련된 매입세액으로 보아 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 2019.9.5. 설립되어 경기도 남양주시에 본점을 두고 부동산 개발 및 공급업을 영위하는 법인으로, 2019.9.20. a으로부터 서울특별시 중랑구 OOO소재 토지 4,245.9㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매대금 OOO원에 취득하는 계약을 체결하고, 2019.9.26. 쟁점토지 지상 근린생활시설 건축물 4건 연면적 총 2,256.49㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)의 소유자인 ㈜A로부터 매매대금 OOO원에 취득하는 매매계약을 체결한 후, 2021.3.23. 쟁점건물 매매대금을 OOO원으로 하는 변경 계약을 다시 체결하고 2021.6.10. 쟁점부동산에 대한 각 잔금을 지급하여 그 취득을 완료하였다.

나. 청구법인은 쟁점건물의 취득과 관련하여 아래 ＜표1＞과 같이 매입세금계산서를 수취하고, 2021.7.25. 처분청에 2021년 제1기 부가가치세 신고 시 쟁점건물 취득 관련 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 그 과세표준과 세액을 신고·납부하였다.＜표1＞ 쟁점건물 취득 관련 매입세금계산서 수취 내역OOO다. 한편, 청구법인은 OOO(이하 “G”라 한다)가 출자하는 OOO에 쟁점부동산을 매각하는 방안을 추진하여, 2022년 6월부터 쟁점건물에 대한 철거공사를 진행하고 2022.8.10. 서울특별시로부터 건축물 해체공사 완료(멸실) 신고확인증을 수령하였으며, 2023.3.28. ㈜OOO위탁관리부동산투자회사(이하 “GOOO”라 한다)에 쟁점토지를 OOO원에 매각하는 계약을 체결하고 2023.3.31. 잔금을 수령하여 쟁점토지를 양도하였다.

라. 서울지방국세청장은 2025.4.8.부터 2025.4.25.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점건물을 취득 당시부터 철거하고 토지만 사용할 목적으로 취득한 것으로 보아 쟁점매입세액을 「부가가치세법 시행령」 제80조 제2호에 따른 토지 관련 매입세액으로 불공제하여 청구법인의 2021년 제1기 부가가치세를 경정하도록 처분지시하였고, 처분청은 이에 따라 2026.1.12. 청구법인에 2021년 제1기 부가가치세 OOO원(가산세 포함)을 경정·고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2026.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점매입세액의 불공제 여부는 취득 시점의 목적과 취득 이후의 사용 현황을 모두 고려하여 과세기간 종료 시점을 기준으로 판단하여야 하며, 사후적으로 철거가 확정된 사실관계만으로 토지 관련 매입세액으로 단정할 수 없다.「부가가치세법 시행령」 제80조 제2호의 불공제 대상은 사업자가 당초부터 건축물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적에서 토지와 그 지상 건축물을 매수한 후 그 지상 건축물을 사업상 용도로 사용하지 않은 채 곧 철거하는 경우로 한정하고, 토지만을 이용하려는 목적이 명백히 입증될 것을 요구한다(서울행정법원 2017.3.24. 선고 OOO판결). 또한 부가가치세 매입세액의 범위는 과세기간이 종료할 때를 기준으로 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등을 고려하여 정해지는 것이고 과세기간 종료 이후 사정변경이 있더라도 원칙적으로 소급하여 영향을 미치지 아니하므로(서울행정법원 2021.1.19. 선고 OOO판결), 취득 시점 임대차계약 등 확정된 사실관계에 기반하여 매입세액을 공제한 당초 신고는 적법하며, 향후 철거의 사실관계가 발생하였다는 사유만으로 당초 취득 목적과 임대사업에 사용된 사실관계가 부인될 수 없다.토지 관련 매입세액 불공제 규정은 매입세액 공제에 대한 일반 규정의 예외로서 열거주의로 규정된 것이므로 조세법률주의에 따라 엄격해석하여야 하고, 이는 「소득세법」상 필요경비 규정에서 건물 취득가액이 토지의 필요경비로 인정되기 위하여 당초부터 토지만을 이용하려는 목적이 명백할 것을 요구하는 해석(서울고등법원 2021.5.21. 선고 OOO판결, 조심 2024부4542, 2024.11.13. 등)과 궤를 같이한다.

처분청도 일괄매각 추진 사실 자체는 부인하지 못하고 있는바, 일괄매각이 선택 가능한 방안의 하나로 추진되었다는 사실 그 자체로 토지만을 이용하려는 목적이 명백하지 않음이 입증된 것이다.

(2) 역세권 청년주택 사업 인허가 추진은 일괄매각 시 사업권 프리미엄을 반영한 매각차익 증대를 위한 수단에 불과하고, 청구법인이 직접 건물 철거 및 신축을 전제로 개발사업을 수행한 것이 아니다.청구법인은 자본금 OOO원의 가족법인으로서 부동산 개발사업을 영위한 이력과 인적 자원이 없는바, 실제로 쟁점부동산을 활용하여 개발사업을 직접 시행하려던 것이 아니라 ‘OOO일원 역세권 청년주택 개발사업의 사업권’(이하 “쟁점사업권”이라 한다)을 포함하여 쟁점부동산을 포괄적으로 양도하는 것을 사업목적으로 한 것이다.

이를 위해 쟁점부동산 취득 전인 2020년 9월부터 ㈜C과 부동산 일괄매각을 위한 매각자문용역계약을 체결하여 매수의향자를 물색하였고, 그 결과 ㈜D에 2021.7.7. 쟁점부동산 및 쟁점사업권 일체를 OOO원(토지 OOO원, 건물 OOO원)에 매각하는 최종 계약서 파일을 변호사를 통해 상호 교부하고 이사회 의결 및 계약 체결 예정이었으나 COVID-19로 인한 사업 불확실성 등으로 계약이 체결되지 아니하였으며, 그 이후에도 2021년 11월 OOO, 2022년 2월까지 다수의 자산운용사와 중개업자를 통해 일괄매각을 지속 추진하였다.역세권 청년주택 사업은 「주택법」 제16조 제6항에 따라 사업계획 승인 이후에도 사업주체 변경이 가능하고, 매수의향자와 작성한 계약서 초안에도 쟁점사업권을 함께 양도하는 것으로 명시되어 있는바, 해당 계약과 같이 쟁점부동산과 쟁점사업권이 일괄양도되면 매수자가 사업주체 변경 절차를 거쳐 개발사업을 시행하게 되므로 쟁점건물의 철거 주체는 청구법인이 아닌 매수자가 되었을 것이다.쟁점건물의 철거는 취득일이 속한 과세기간 종료 이후 일괄매각이 실패할 경우를 대비하여 차선책으로 추진된 GOOO 매각안에 따라 쟁점건물 취득 시점으로부터 약 1년이 경과하여 확정된 것으로 취득 당시 합리적 예측이 불가능하였다.

또한 쟁점건물의 매매가액 OOO원은 건물 자체의 경제적 가치를 반영하여 산정된 것이고, 일괄매각 시도 시에도 건물 매도가액을 매수가액과 동일한 OOO원으로 설정하고자 하였는바, 경제적 가치가 없는 철거 예정 건물로 취득한 것이 아니다.

(3) 인허가 과정에서 발생한 지출은 청구법인이 개발사업을 직접 수행하기 위한 것이 아니라 일괄매각 시 쟁점부동산과 함께 양도할 쟁점사업권을 획득하기 위하여 관련 법령상 요구되는 제출서류를 준비하는 과정에서 불가피하게 발생한 비용이고, 사업수행능력과 자금조달구조를 고려하면 청구법인이 개발사업을 직접 추진하지 않았음이 명확하다.앞서 본 바와 같이 역세권 청년주택 사업 인허가 추진이 쟁점사업권을 획득하여 쟁점부동산과 함께 일괄양도하기 위한 것인 이상, 그 과정에서 발생한 지출 역시 개발사업의 직접 수행이 아니라 쟁점사업권 획득을 위한 비용에 해당한다.

역세권 청년주택 사업에 대한 주택건설사업계획 승인일(2021.10.21.)이 속하는 과세기간까지 발생한 지출 OOO원은 법령 등(「주택법」 제15조, 같은 법 시행령 제27조, 같은 법 시행규칙 제12조 및 별표3)에 따라 해당 사업계획승인 신청 시 요구하는 사업계획서, 배치도, 공사설계도서, 단면도, 소방·피난설비도 등 제반 서류를 준비하기 위한 설계용역 등의 비용으로서, 설계의 구체적 진행 없이는 사업계획승인 신청 자체가 불가능하다.또한 개발사업을 직접 영위하려면 사업계획 승인 즉시 저금리 사업비 대출로 대환하여 금융비용을 최소화하는 것이 합리적이고, 역세권 청년주택 사업에는 한국주택금융공사 보증으로 약 2.80～3.03% 수준의 서울특별시 정책 대출이 가능하였음에도, 청구법인은 최초 5%, 대출 연장 후 8%, 후순위 추가대출 연장 10%의 고금리 브릿지론을 매각대금 수령으로 상환할 때까지 유지하였는바 이는 개발사업 추진 의사가 없었다는 명백한 방증이다.처분청은 토지매매계약서, 토지사용승낙서, 이사회 의사록 등에 청구법인이 개발사업의 주체로 기재되어 있다는 점을 근거로 청구법인이 개발사업을 직접 추진하였다는 의견인데, 사업계획승인 신청 및 브릿지론 실행 과정에서 청구법인이 사업주체로 기재된 문서들이 생성된 것은 「주택법 시행규칙」 제12조 제4항 제2호(토지사용승낙서)와 금융거래 절차상 불가피하게 요구된 것일 뿐이며, 매각 이후 적법한 절차에 따라 사업주체가 GOOO[㈜OOO위탁관리부동산투자회사]로 변경된 것이 서울특별시 고시로 확인되는바 형식적 기재만으로 청구법인을 개발사업의 실질적 주체로 단정할 수 없다.

(4) 사업계획승인 이후 발생한 지출은 GOOO 매각안의 추진 과정에서 부수적으로 발생한 비용이거나 쟁점부동산과 무관한 지출로서 청구법인이 개발사업을 직접 추진한 근거가 될 수 없고, 특히 시공사에 대한 손실보전금 지급은 매각계약의 성사를 위한 불가피한 비용 지출로서 사실상 토지 매각가액의 할인 효과에 불과하다.사업계획승인 이후의 지출 OOO원은 GOOO 매각안에 수반된 시세조사·공사비 검증 수수료 및 종전 승인서류 미비점 보완 비용(OOO원), 매각 요건인 철거에 따른 해체감리·철거공사비(OOO원), 시공사에 지급한 손실보전금(OOO원) 및 폐기물처리비(OOO원), 쟁점부동산과 무관한 파주시 소재 토지의 옹벽공사비(OOO원)로 구분되며, 어느 것도 직접 개발의 근거가 될 수 없다.GOOO 매각에는 공사비 검증 절차가 필수적으로 수반되고 이를 위해 시공사 선정이 요구되어 청구법인은 시공사와 협약을 체결하였는데, 해당 협약서 제3조는 GOOO와 시공사 간 공사도급계약 체결 시까지만 효력이 존속하는 것으로 규정하고 있어 청구법인이 개발사업의 주체가 아님을 오히려 입증한다.

공사비 검증 완료 후 자재비 상승으로 시공사가 증액을 요구하자 G의 이의제기가 발생하였고, 매각계약 체결 전 단계에서 계약이 성사되지 아니할 위험이 있었으므로 청구법인은 매각을 조속히 마무리하기 위하여 2023.2.14. 추가합의를 체결하고 OOO원의 손실보전금을 지급한 것이며, 이후 추가합의 사항에 따라 매립 폐기물 처리비 약 OOO원을 추가 지급한 것이다. 이는 매도인으로서의 책임 부담에 따른 지출로서 사실상 토지 매각가액의 할인 효과에 불과할 뿐 청구법인이 공사 진행에 깊숙하게 관여하였거나 공사비 리스크를 부담한 것과는 본질적으로 다르다.

(5) 청구법인은 쟁점건물을 통해 약 7개월간 부가가치세 과세사업인 부동산임대업을 영위하였으므로 토지만을 사용한 경우에 해당하지 아니한다.청구법인은 잔금 지급일인 2021.6.10. 전 건물주 ㈜A를 임차인으로 하는 임대차계약을 체결하고 월 OOO원, 합계 OOO원의 임대료에 대하여 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고·납부하였다. 월 OOO원의 임대료는 건물 매수금액 OOO원의 연 약 5.3% 수준으로, 별도의 영업활동이 없는 청구법인이 고금리 이자비용 등 부대비용을 충당하기 위하여 사업상 반드시 필요한 수익이었다.처분청이 일시적 임대의 근거로 드는 퇴거 확약서는 ㈜D와의 매매계약에 부수하여 매수의향자인 ㈜D의 요청에 따라 소유권 이전 이후의 권리관계를 명확히 하고자 작성된 문서로서 매매계약 불발로 효력이 발생하지 아니하였을뿐만 아니라, 오히려 청구법인의 일괄매각 추진 사실을 뒷받침하는 증빙이다.임대차 종료 후 쟁점건물을 공실로 둔 것은 명도가 완료된 부동산이 권리관계상 매각에 유리한 점을 고려한 일시적 조치였고, 쟁점건물은 업종 제한 없이 즉시 입주가 가능한 상태로 보존되어 있었으므로 GOOO 매각안의 성사 가능성이 낮았다면 새로운 임차인을 물색하여 임대사업을 영위하였을 것인바, 이는 고액의 임대수익이 발생하는 건물을 장기간 공실로 두는 것은 합리적인 경제인의 관점에서 정상적이지 않다고 본 선결정례(조심 2018서1596, 2018.12.24.)에 비추어 합리적이다.또한, 다수의 판례·심판례·유권해석(서울행정법원 2017.3.24. 선고 OOO판결, 조심 2018서1596, 2018.12.24., 기획재정부 부가가치세제과-OOO, 2018.10.1., 기획재정부 부가가치세제과-OOO, 2017.7.24.)은 궁극적으로 철거가 예정된 경우라도 상당한 기간 과세사업에 사용할 목적과 실제 사용이 있었다면 두 목적이 양립할 수 있다고 보아 7～11개월의 단기 임대 후 철거한 경우에도 매입세액 공제를 인정하고 있고, 1년 미만의 임대기간을 이유로 과세사업 사용을 부인하는 것은 세법상 근거가 없는 것으로 판단한바, 상기 사례들은 부동산 개발업자가 직접 개발(신축)하려는 목적에 따라 취득 당시 철거가능성이 일정부분 존재함에도 불구하고 사업의 불확실성 등으로 철거가 명확하게 확정되지 아니하였으며, 임대사업에 사용되었다는 사실관계로 과세사업에 이용하였음을 인정받았다.

반면, 청구법인의 경우 개발사업을 영위할 목적이 없이 당초 일괄 매각을 목적으로 하여 과세사업(건물 매매업)에 사용하고자 하는 목적이 사례들에 비해 오히려 더 명확하고, 취득 시점에 철거 여부가 계획되지 않은 상황에서 과세사업(임대업)에 건물을 사용한 것이므로 상기의 사례들보다 과세사업에 사용하였다는 사실관계가 보다 명확한 바, 매입세액 공제를 인정하는 것이 타당하다.

(6) 처분청은 사후적으로 발생한 철거 사실만을 이유로 당초 적법하게 환급된 매입세액을 부인하였는바, 이는 법리상 허용될 수 없고 가산세를 포함한 추가 고지는 부당하다.청구법인은 쟁점매입세액 환급 당시 처분청 담당자의 소명 요청에 따라 매매계약서(토지사용승낙서 포함), 이사회 의사록, 역세권 청년주택 사업계획 승인 관련 문서 등을 제출하여 일괄매각 추진 중으로 건물 철거가 확정되지 않았음을 소명하였고, 처분청은 이를 검토·수용하여 환급하였다.

당시와 달라진 사정은 쟁점건물이 결과적으로 철거되었다는 점뿐이고 이는 환급 당시 예측 불가능하였던 사후적 사실관계이므로, 동일한 자료로 과세관청의 확인을 받아 환급된 사안을 사후 사정만을 이유로 번복하는 것은 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성과 예측가능성을 훼손한다.또한 처분청은 토지 매각차익 OOO원이 사업권 프리미엄으로서 건물 멸실과 신축 허가에 기인한다고 주장하나, 쟁점토지의 가치 상승은 코로나 이후 인근 부동산 시세의 급격한 상승에 따른 것이고, GOOO에 대한 매각가액은 공공지원민간임대주택 등에 관한 업무처리지침(국토교통부 고시) 제58조 제2항 및 별표3에 따라 감정평가액으로 산정되어 쟁점건물과 쟁점사업권의 적정 가치를 회수하지 못한 것이므로, 쟁점사업권 프리미엄이 곧 토지 가치 상승분이라는 처분청 의견은 사실에 부합하지 않는다.

처분청은 「부가가치세법 시행령」 제80조 제2호를 주장할 때는 청구법인을 건물 신축 목적의 개발사업자로, 제3호를 주장할 때는 토지 가치 상승을 위해 노력한 토지 매매업자로 상정하는 모순된 주장을 하고 있으며, 쟁점건물 철거 관련 매입세액은 청구법인이 이미 불공제로 신고하여 이 사건 쟁점인 건물 취득 관련 매입세액과는 별개의 사안이다. 따라서 쟁점매입세액은 불공제 대상에 해당하지 아니하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견(1) 청구법인은 당초부터 과세사업에 사용할 목적 없이 청년주택 신축을 위해 쟁점건물을 철거하고 토지만을 이용하려는 목적에서 쟁점부동산을 매수한 것이 명백하므로 쟁점매입세액은 토지 관련 매입세액에 해당한다.취득 전부터 시작된 철거 계획은 객관적 사실로 확인된다. 청구법인이 2019.9.20. 체결한 토지매매계약서에는 계약의 목적이 부동산개발을 하고 분양을 하여 수익을 얻기 위한 것임이 명시되어 있고, 청구법인은 부동산 취득 전인 2019년부터 매도인으로부터 건축 인허가 및 개발행위 인허가 용도의 토지사용승낙서를 받아 서울특별시에 역세권 청년주택 건설사업을 신청하였으며, 건축경관 통합심의(2020.8.), 통합심의 위원회 사전자문(2020.9.), 사업승인 접수(2020.10.27.) 등의 과정을 거쳐 매매계약 완료(2021.6.10.) 후인 2021.10.21. 주택건설사업계획 승인이 고시되었고, 2022.8.10. 쟁점건물이 멸실되었다.이는 취득 당시부터 건물을 사업에 사용할 의사 없이 토지만을 개발에 활용할 목적이었음을 증명하며, 취득 시점에 철거가 예정되어 있지 않았다는 주장은 수긍하기 어렵다.

이러한 과세처분은 사후적으로 새로운 사실을 근거로 판단을 변경한 것이 아니라 취득 당시부터 존재하였던 토지 이용 목적을 일련의 객관적 사실을 통해 확인하는 것에 불과하므로 사후적 소급과세에 해당하지 아니한다.

(2) 청구법인의 인허가 추진 관련 지출은 단순한 사업권 확보 수준을 넘어 실제 신축을 전제로 한 실행 단계에 해당하고, 청구법인이 주장하는 사업권 프리미엄은 그 자체로 토지의 가치 상승분을 의미한다.청구법인은 2019.9.20. 부동산 매매계약 체결 후 곧바로 지하안전영향평가, 설계용역, 풍동실험, 청년주택 건립 지구단위계획 수립 및 구역지정 용역 등의 계약을 체결하고 매입세금계산서 및 계산서를 수취하였으며, 사업계획승인일이 속하는 과세기간까지 총 OOO원을 지출하였다.사업계획승인 이후에도 에너지효율등급 인증, 결로방지 성능평가 등 공동주택 신축을 위한 일련의 과정이 진행되었고, 철거 이후 GOOO에 대한 토지 양도 계약 체결 시점에도 건설사와의 도급계약, 지반조사, 보강토 옹벽공사, 가림막 휀스 임대 등 신축을 위한 개발사업을 직접 추진하고 있었음이 매입세금계산서 등의 수취를 통해 확인되는바, 착공 절차 등을 일절 진행한 적이 없다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.또한 청구법인은 쟁점토지를 OOO원에 취득하여 인허가 및 철거 절차를 거친 후 OOO원(쟁점사업권 포함)에 양도하였는데, 이 OOO원에 달하는 가치 상승의 핵심은 기존 건물의 멸실과 신축 허가에 있고, 일괄매각 시도 자체가 쟁점사업권을 넘기는 행위로서 그 전제조건이 기존 건물의 철거 및 신축이므로, 사업권 프리미엄을 위해 지출된 철거 건축물의 취득비용은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 토지의 자본적 지출에 해당한다고 볼 수 있다.

(3) 청구법인이 시공사에 OOO원의 손실보전금을 지급한 것은 실질적인 사업시행 주체로서 공사 진행에 깊이 관여하였거나 공사비 리스크를 부담하였음을 의미한다.시공사와의 협약서에 GOOO와 시공사 간 공사도급계약 체결 이전까지는 설계변경이나 인허가 사유로 건축연면적이 증감될 경우 청구법인이 시공사와 협의하도록 한 조항은 청구법인이 실질적인 사업시행의 주체였음을 보여주는 대목이다. 특히 단순한 매도인이라면 시공사에게 공사비 증액분을 보전해 줄 이유가 없다.

(4) 쟁점건물의 임대는 매도인의 사옥 이전 기간을 보장하기 위한 명도조건부 일시 임대에 불과하여 독립된 과세사업으로 볼 수 없다.청구법인이 공급한 임대용역은 2021.6.10. 쟁점건물 취득 후 2021년 12월 매도자 ㈜A가 임차인으로 변경되면서 ㈜A의 사업장 퇴거 시까지 일시적으로 이루어진 것으로, 매도자가 작성한 확약서에는 사옥을 건설하여 소재지 이전을 진행하고 있고 임대차계약 만료일까지 명도를 완료할 것을 확약한다는 내용이 기재되어 있다.

임차인이 기존 소유자에 한정된 점, 명도 확약이 존재하는 점, 신규 임차인 유치 등 지속적 임대사업 행위가 확인되지 않는 점에 비추어 해당 임대는 일시적 사용에 불과하고, 과세사업 사용으로 인정되기 위해 요구되는 독립적인 사업목적과 계속성을 충족하지 못한다. 심판례도 토지만을 사용할 목적으로 취득한 건물을 철거 전까지 일시적으로 임대한 경우 이는 토지조성을 위한 준비과정에 불과하므로 관련 매입세액은 불공제함이 타당하다고 일관되게 판시하고 있다(조심2017서1086 등 다수). 만일 청구주장을 받아들일 경우 철거대상 건물을 극히 단기간 임대사업에 공하는 방법으로 「부가가치세법 시행령」 제80조 제2호를 형해화할 우려가 있다.

(5) 일괄매각은 부동산개발업을 영위하는 청구법인이 개발사업을 진행하면서 상황에 맞게 선택할 수 있는 사업방식의 하나일 뿐이고, 일괄매각이 유일한 목표였다는 주장은 과세처분을 회피하기 위한 사후적 입장 변화에 불과하다.법인의 공식 의사결정기구인 이사회 의사록(2021.3.8.)에는 쟁점부동산 매수가 서울특별시가 추진하는 도시형생활주택(국민주택규모 공동주택)을 건설하여 장기 임대 후 분양하고자 하는 사업이라고 명시되어 있고, 사후적으로 일괄매각으로 방향을 틀었다고 하여 취득 당시의 건물 신축 후 임대 목적이 사라지는 것이 아니다.

청구법인이 제시한 매수희망자와의 계약서(안)는 말 그대로 안일 뿐이며 법인의 공식적인 의사결정 문서인 이사회 의사록보다 우선할 수 없다.또한, 일괄매각 추진 시 계약내용은 쟁점부동산과 쟁점사업권 일체를 매각하겠다는 것으로 OOO원에 취득한 토지를 OOO원에 매도하고자 한 것인바, 이는 부동산 가치를 상승시키기 위해 개발사업을 통한 쟁점건물의 철거가 필수적으로 이행되어야 하는 사항이고 그마저도 실제 계약으로 이루어지지 아니하였다.

(6) 환급 당시의 판단은 제한된 자료에 기초한 잠정적 판단에 불과하여 이후 확인된 객관적 사실관계에 따라 경정이 가능하고, 철거 행위는 토지를 매도 가능한 상태로 만들기 위한 토지 조성의 전형적인 사례이다.GOOO 거래 요건인 나대지 상태는 토지 매도인의 의무사항인바, 매수자가 나대지 상태를 요구하여 부득이하게 철거하였다는 청구법인의 항변은 철거의 원인이 토지의 매각 용이성 및 가치 증대에 있음을 스스로 시인한 것이다. 주택건설사업 승인과 건물 멸실 이후 2023.3.30. GOOO에 쟁점토지를 OOO원에 양도하였는바, 쟁점건물 취득 후 철거행위가 토지의 가치를 현실적으로 증가시켰다고 볼 수밖에 없고 이는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당한다.

본건은 취득 전부터 철거 및 토지개발 계획이 수립되었고 이사회 의사록 등 법인 내부 문서로도 그 목적이 확인되며 실제 건물의 철거를 통해 막대한 토지 가치 상승을 거둔 사례로서, 설령 청구법인이 토지·건물의 일괄매각을 추진하였다고 하더라도 그러한 사정만으로 쟁점매입세액을 공제하는 매입세액으로 볼 이유는 없으므로 이 건 처분은 정당하다.

(7) 청구법인이 일괄매각 추진의 증거로 제출한 자료들은 신뢰성이 부족하여 청구주장을 객관적으로 뒷받침하는 증빙으로 보기 어렵다.청구법인이 일괄매각 추진의 근거로 제출한 사업권 양해각서, 이사회 의사록 등은 원본이 아닌 파일 형태로 제출되었고 서명 또는 날인이 없거나 확인되지 아니하며 문서의 일부 내용만 발췌되어 제출된 것으로 보이는바, 그 작성 경위·작성 시점 및 당사자 간 합의사실을 확인하기 어렵고 실제 계약으로 이어지지도 아니하였다.

특히 청구법인과 ㈜D가 제출한 이사회 의사록은 형식·구성·문안이 상당 부분 동일하여 독립된 법인이 각자의 의사결정을 거쳐 작성한 문서로 보기 어렵고, ㈜E과의 양해각서(안) 역시 원본대조가 불가능한 그림파일 형태로 당사자의 서명·날인 없이 일부만 발췌되어 실제 거래 당시 작성된 문서인지 확인하기 어렵다. 청구법인이 제출한 자료 중 날인이 확인되는 온전한 형태의 계약서는 ㈜C과의 매각자문용역계약이 유일하나, ㈜C은 매각 관련 용역의 전문성과 수행능력이 확인되지 아니하여 그 계약의 실질에 의문이 있다.

한편 청구법인은 직접 사업계획을 수립하여 서울특별시에 사업승인을 신청하고 최종적으로 사업승인을 취득하였는바, 사업승인은 사업시행 의사를 전제로 부여되는 행정처분인 점을 고려하면 당초부터 개발의사 없이 일괄매각만을 목적으로 하였다는 주장은 객관적으로 확인되는 사업추진 경위와 부합하지 아니한다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점건물 취득 관련 매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 국세청 전산시스템에서 확인되는 청구법인의 사업자등록 내역은 아래와 같다.＜표2＞ 청구법인의 사업자등록 내역OOO(2) 청구법인은 주주 및 임직원 모두 쟁점부동산 취득 이전에 부동산 개발사업을 영위한 이력이 없다고 주장하며 아래 ＜표3＞과 같이 주주 현황을 제출하였다.＜표3＞ 청구법인의 주주 현황OOO(3) 청구법인은 2019.9.20. a과 쟁점토지에 대한 매매계약(매매대금 OOO원, 계약금 OOO원, 중도금 OOO원, 잔금 OOO원)을 체결하였고, 동 계약서상 잔금 지급시기는 2022.3.20.로 기재되어 있고, 토지매매계약서 제2조(계약의 목적)에는 아래와 같이 기재되어 있다.OOO(4) 쟁점토지 매도인 a은 쟁점토지 매매계약일에 사용목적을 “건축 인·허가 및 개발행위 인·허가 용도”로, 사용기간을 쟁점토지의 잔금 지급시기인 2022.3.20.까지로 하는 토지사용승낙서를 청구법인에 교부하였음이 확인된다.

(5) 청구법인은 2019.9.26. 쟁점건물 소유자 ㈜A와 매매대금 OOO원의 건물매매계약을 체결하였다가, 2021.3.23. 매매대금을 OOO원으로 하는 변경 계약을 다시 체결하였는데, 이에 대해 청구법인은 ㈜E·㈜D 등 매수의향자들이 쟁점건물의 적정가치를 OOO원 수준으로 제시함에 따라 ㈜A로부터 쟁점건물을 OOO원에 매입하는 것이 현실적으로 곤란하였고, ㈜A가 쟁점건물을 담보로 차입한 금액 및 주변 건물 시세 등이 OOO원에는 미치지 못하며, 매도인인 ㈜A 역시 차입금 부담으로 가격을 낮추어서라도 매각을 성사시킬 필요가 있었던 점 등의 사정에 따라 청구법인 및 ㈜A 상호 합의하에 매매대금을 조정한 것이라고 설명하였다.

해당 계약서 특약사항에는 본 계약은 부가가치세 별도로 한다는 내용, 매도인 ㈜A가 운영 중인 회사를 이전하기 위한 새로운 부지에 관한 계약을 체결할 경우 그 계약 체결일로부터 1개월 이내에 잔금 일부 중 OOO원을 지급한다는 내용, ㈜A는 잔금일 이내 회사이전이 될 수 있도록 적극 협조한다는 내용 등이 기재되어 있다.

(6) 청구법인의 2021.3.8.자 이사회 의사록에는 ‘청구법인의 대표이사가 쟁점토지상에 서울특별시가 추진하는 도시형 생활주택을 건설하여 장기 임대 후 분양하고자 하는 사업의 취지 및 내용을 설명하고 이에 따라 OOO지점을 설치할 것을 건의한 바 참석이사 전원이 이에 찬동하여 OOO지점 설치를 결정한다’고 기재되어 있다.

(7) 청구법인은 2020년 10월경 한국투자증권의 토지담보대출 제안으로 자금조달이 가시화되고 2021년 7월경 역세권 청년주택 인허가가 완료될 것으로 예상됨에 따라, 인허가 이전에 조속히 매각하고자 당초 계약상 잔금일보다 앞당긴 2021.6.10. 쟁점부동산에 대한 각 잔금을 지급하여 취득을 완료하였다. 해당 잔금은 저축은행들로 구성된 대주단으로부터의 브릿지론(Bridge Loan)으로 조달하였으며 그 금리는 최초 5%, 2022.9.28. 연장 시 8%, 같은 날짜로 추가 조달 시 10%로 확인되는바, 이에 대해 청구법인은 청구법인이 직접 개발사업을 영위하는 경우 서울특별시의 지원 정책에 따라 더 낮은 수준의 금리(2.80%～3.03%)로 대환할 수 있었을 것인데 쟁점부동산 매각시점까지 대환하지 아니한 것은 쟁점토지를 직접 개발할 목적보다는 쟁점부동산을 일괄 매각할 목적으로 이를 취득한 것이라고 주장하며, 이와 관련한 ‘서울특별시 역세권 청년주택 지원정책 안내자료(2020.1.1.)’를 제출하였다.

(8) 청구법인은 쟁점건물을 2021사업연도 재무상태표상 유형자산으로 계상하였다가 2022사업연도 철거에 따라 손익계산서상 유형자산처분손실을 계상한 것으로 확인된다.

(9) 서울특별시 공문(건축기획과-OOO, 2021.4.29., 주택공급과-OOO, 2021.10.22.)에 따르면, 청구법인은 역세권 청년주택 개발사업을 2020.10.27. 서울특별시에 제안하였고, 2021.10.21. 서울특별시는 청구법인을 시행자로 지정하고 쟁점부동산 소재지를 공공지원민간임대주택 공급촉진지구로 지정·지구계획 승인 및 주택건설사업계획승인 처리한 것으로 확인된다.

(10) 청구법인이 부동산 매매계약 이후 사업계획승인일이 속하는 과세기간(2021년 제2기)까지 역세권 청년주택 개발사업과 관련하여 수취한 매입세금계산서 등 내역은 아래 ＜표4＞와 같고, 최초 지출은 토지매매계약 체결(2019.9.20.) 직후인 2019.10.31. 발생하였다.＜표4＞ 사업계획승인일(2021.10.21.)이 속한 과세기간까지의 관련 지출 내역OOO(11) 청구법인은 2020년 9월 ㈜C과 “사업부지 매각관련 용역계약”을 체결(용역수수료 OOO원)한바, 그 주요 내용은 아래 ＜표5＞와 같다.＜표5＞ ㈜C과의 쟁점부동산 매각 관련 용역계약 주요내용OOO(12) 청구법인이 제출한 매수의향자별 협의 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인은 2021.6.1. ㈜E에 쟁점부동산과 쟁점사업권 일체를 OOO원(토지 OOO원, 건물 OOO원)에 포괄양도하는 것으로 논의(양해각서 작성)하였으나 그와 같은 계약은 체결되지 아니하였다.(나) 청구법인은 ㈜D와 2021년 6월 중 쟁점부동산 및 쟁점사업권 일체를 OOO원(토지 OOO원, 건물 OOO원)에 매매하는 것으로 논의하여 2021.7.7. 계약조건 합의가 완료된 최종 계약서 파일을 변호사를 통해 상호 교부하였고 2021.7.8. 이사회 의결 후 계약 체결 예정이었으나 최종적으로 매매계약이 체결되지 아니하였다.

청구법인은 아래 ＜표6＞과 같이 ㈜D와의 계약서(안)을 제출하였다.＜표6＞ ㈜D와의 계약서(안) 주요 내용OOO(13) 청구법인은 ㈜D와의 계약 결렬 이후에도 2021년 11월 한국투자증권, 2022년 2월까지 다수의 자산운용사(OOO, OOO, OOO등) 및 부동산중개업자를 통하여 일괄매각을 시도하였다고 주장하며, 그 근거로 일괄매각 추진과 관련한 내용이 기재된 문자메시지를 제출하였다.

(14) 한편, 청구법인의 쟁점건물 취득일인 2021.6.10. ㈜A가 작성한 확약서에는 “사옥을 건설하여 소재지 이전을 진행하고 있으며 임대차계약만료일인 2021.12.9.까지 명도를 완료할 것을 확약한다"는 내용이 기재되어 있다.

(15) 청구법인은 쟁점건물 잔금 지급일인 2021.6.10. 매도자인 ㈜A를 임차인으로 하는 임대차계약(계약기간 2021.6.10.～2021.12.9., 월 임대료 OOO원)을 체결하였고, 임차인은 당초 계약기간보다 연장되어 2021.12.25. 퇴거하였으며, 청구법인은 해당 임대용역에 대하여 세금계산서를 발급하고 부가가치세 신고 시 과세표준에 포함하여 신고·납부하였다. 이후 청구법인은 임차인 퇴거 이후 철거 시까지 신규 임차인을 유치하지 아니하고 쟁점건물을 공실 상태로 유지하였다.＜표7＞ 쟁점건물 임대용역 공급 내역(임차인: ㈜A)OOO(16) GOOO 매각안의 추진 경과는 아래 ＜표8＞과 같다.＜표8＞ GOOO 매각안 추진 경과OOO(17) 사업계획승인 이후 청구법인이 수취한 매입세금계산서 및 계산서 내역은 아래 ＜표9＞와 같다.＜표9＞ 사업계획승인 이후 지출 내역OOO(18) 위 ＜표9＞ 시공사 합의금 등과 관련하여, 청구법인이 제출한 청구법인과 ㈜F간 2차 추가합의서(2023.2.14.) 및 3차 추가합의서(2024.12.10.)상 ㈜F은 인허가 일정 지연에 따른 물가상승으로 공사비 증액을 요청하였고, 당사자간 합의에 따라 계약금액을 OOO원에서 OOO원으로 OOO원 증액 조정하되, GOOO와 시공사 간 체결할 공사도급계약상 공사비는 조정하지 아니하기로 하고 청구법인이 토지매매대금 수령 후 3영업일 이내에 시공사에게 공사도급계약과 별개의 손실보전금 OOO원을 지급한다는 내용 및 본 추가합의서 체결 이후부터 GOOO와 도급계약 체결 이전까지는 시공사의 귀책이 아닌 설계변경이나 인허가 사유로 건축연면적이 증감될 경우 협의하도록 한다는 내용이 기재되어 있음이 확인되며, 청구법인이 오염토 및 매립 폐기물 비용을 지급하기로 한 사실이 기재되어 있다.

(19) 역세권 청년주택 신축공사 관련 사업주체는 GOOO 매각 이후인 2023.5.25. 청구법인에서 GOOO로 변경되었고, 이는 서울특별시 고시(제2023-OOO호)로 확인된다.

(20) 청구법인은 심판관회의 의견진술 시 ㈜C과의 매각자문 계약서, ㈜E과의 양해각서 등이 실제 거래 당시 작성된 문서라는 증거로 해당 계약 등과 관련한 이메일 송수신 내역을 제출하였다.

(21) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인은 당초부터 과세사업에 사용할 목적 없이 청년주택 신축을 위해 쟁점건물을 철거하고 토지만을 이용하려는 목적에서 쟁점부동산을 매수한 것이 명백하다는 의견이나, 청구법인은 쟁점건물 취득 약 9개월 전부터 ㈜C과 매각자문용역계약을 통해 쟁점토지와 쟁점건물의 일괄매각을 추진한 것으로 보이고, 2021년 6～7월경 ㈜E·㈜D와 실제 계약 체결에는 이르지 못하였으나 그 양해각서 등에서 쟁점건물을 쟁점토지와 함께 양도 대상으로 명시한 점, 쟁점건물 철거의 직접적 계기가 된 GOOO 매각안은 쟁점건물 취득일(2021.6.10.) 이후인 2021년 10월경에야 개시된 것으로 나타나는바(철거는 1년이 경과한 2022년 6월 진행되었다), 철거라는 결과만으로 취득 당시의 목적을 단정하기 어려운 측면이 있고, 쟁점건물 취득일이 포함된 과세기간 종료 시점에 청구법인이 토지만을 이용할 목적이었다고 단정하기 어려운 점, 청구법인은 2021.10.21. 서울특별시로부터 역세권 청년주택 개발사업에 대한 사업계획승인을 받은 사실이 있으나, 그 이후에도 저금리 사업비 대출로 대환하지 아니하고 5% 이상의 고금리 브릿지론을 쟁점부동산 매각대금 수령 시까지 유지하였는바, 개발사업을 직접 시행하려는 사업자라면 금융비용 최소화를 위해 저금리(2.80%～3.03%)인 사업비 대출로 전환하는 것이 합리적일 것으로 이러한 자금조달구조는 청구법인이 개발사업을 직접 영위할 의도가 없었다는 정황으로 볼 수가 있는 점, 청구법인이 쟁점건물을 약 7개월간 임대하여 합계 OOO원의 임대수익이 발생하였고, 이에 대하여 부가가치세를 신고·납부하였으며, 쟁점건물을 유형자산으로 계상한바, 궁극적으로 철거가 예정된 경우라도 상당한 기간 과세사업에 사용할 목적과 실제 사용이 있었다면 두 목적이 양립할 수 있다할 것인 점(조심 2018서1596, 2018.12.24. 조세심판관합동회의 등) 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 부가가치세를 과세한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령 등(1) 부가가치세법제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액(2) 부가가치세법 시행령제80조【토지에 관련된 매입세액】법 제39조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액(3) 주택법제15조【사업계획의 승인】② 제1항에 따라 사업계획승인을 받으려는 자는 사업계획승인신청서에 주택과 그 부대시설 및 복리시설의 배치도, 대지조성공사 설계도서 등 대통령령으로 정하는 서류를 첨부하여 사업계획승인권자에게 제출하여야 한다.제16조【사업계획의 이행 및 취소 등】⑥ 제4항에도 불구하고 사업계획승인권자는 해당 사업의 시공자 등이 제21조 제1항에 따른 해당 주택건설대지의 소유권 등을 확보하고 사업주체 변경을 위하여 제15조 제4항에 따른 사업계획의 변경승인을 요청하는 경우에 이를 승인할 수 있다.

(4) 주택법 시행령제27조【사업계획의 승인】⑥ 법 제15조 제2항에서 "주택과 그 부대시설 및 복리시설의 배치도, 대지조성공사 설계도서 등 대통령령으로 정하는 서류"란 다음 각 호의 구분에 따른 서류를 말한다.

1. 주택건설사업계획 승인신청의 경우 : 다음 각 목의 서류. 다만, 제29조에 따른 표본설계도서에 따라 사업계획승인을 신청하는 경우에는 라목의 서류는 제외한다.

가. 신청서나. 사업계획서다. 주택과 그 부대시설 및 복리시설의 배치도라. 공사설계도서. 다만, 대지조성공사를 우선 시행하는 경우만 해당하며, 사업주체가 국가, 지방자치단체, 한국토지주택공사 또는 지방공사인 경우에는 국토교통부령으로 정하는 도서로 한다.(이하 생략)(5) 주택법 시행규칙제12조【사업계획의 승인신청 등】④ 영 제27조 제6항 제1호 카목에서 "국토교통부령으로 정하는 서류"란 다음 각 호의 서류를 말한다.

2. 사업주체가 토지의 소유권을 확보하지 못한 경우에는 별지 제9호의2서식의 토지사용 동의서나 그 밖의 토지사용 승낙서(「택지개발촉진법」 등 관계 법령에 따라 택지로 개발ㆍ분양하기로 예정된 토지에 대하여 해당 토지를 사용할 수 있는 권원을 확보한 경우에는 그 권원을 증명할 수 있는 서류를 말한다). 다만, 사업주체가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제외한다.

3. 영 제43조 제1항에 따라 작성하는 설계도서 중 국토교통부장관이 정하여 고시하는 도서

구리세무서장이 2026.1.12. 청구법인에 한 2021년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.