1. 처분개요가. 청구인은 2020.2.18. 취득한 OOO(대지 250.2m2의 공유지분 1/2, 이하 “쟁점외토지”라 한다) 지상에 2020.11.24. 3층 다가구주택 337.88m2(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점외토지와 합하여 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 신축하여 보유하다가 2024.4.8. 쟁점주택을 OOO원(쟁점외토지 OOO원, 쟁점건물 OOO원)에 양도하였고, 2024.7.1. 쟁점주택에 대한 양도소득세를 최초신고한 후, 2024.8.20., 2024.11.4., 2025.4.24. 3회에 걸쳐 각 수정신고를 하였다(쟁점주택에 대한 양도소득세 신고 내용 및 신고사유는 ＜표1＞과 같다).＜표1＞ 쟁점주택에 대한 양도소득세 신고 내용 및 신고사유ㅇㅇㅇ나.
처분청은 2025.9.8. 쟁점건물의 취득가액을 OOO원(청구인이 2차 수정신고한 실지거래가액 OOO원과 처분청이 추가 확인한 취득가액 OOO원을 합한 금액)으로 경정하고, 2025.12.8. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.20. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) (주위적 청구) 처분청이 결정한 쟁점건물의 취득가액(OOO원)을 실지취득가액으로 볼 수 없고, 청구인이 쟁점건물의 신축공사비 등으로 실제 지출한 금액(OOO원)을 실지취득가액으로 보아야 한다.(가) 청구인은 최초 양도소득세 신고시 쟁점주택의 양도가액과 쟁점외토지의 취득가액은 실지거래가액이 있어 실지거래가격으로 신고한 반면, 쟁점건물의 취득가액은 신축공사에 대한 증빙이 부실하여 실지거래가액을 확인할 수 없어 환산취득가액으로 신고한 것이고,2차 수정신고 시에는 ① 환산취득가액의 5%에 해당하는 가산세적용은 피하고, ② 쟁점주택은 1세대1주택에 해당하여 쟁점건물 취득가액을 증빙이 제대로 갖춰진 금액만 실지거래가액으로 하더라도 납세 부담이 크지 않다고 판단하였는바, 공사비용 중 세금계산서를 받은 금액에 취득세를 합한 금액만을 쟁점건물의 실지취득가액으로 하고, 양도가액 OOO원 초과분의 양도차익을 과세대상 양도차익으로 하여 신고한 것이므로, 처분청에 신고한 쟁점건물 취득가액(OOO원)은 실지취득가액이 아니다.(나) 처분청이 쟁점건물 취득가액으로 본 OOO원은 표준건축비(신축당시인 2020년 기준, 1m2당 OOO원)로 산정한 금액인 OOO원의 절반에 불과하고, 쟁점건물의 과세시가표준액 OOO원보다도 낮은 금액으로 건물을 신축하는 것은 현실적으로 불가능하므로 이를 실지취득가액으로 볼 수 없다.(다) 청구인이 2차 수정신고 시 신고한 실지거래가액은 A(주)로부터 세금계산서를 수취한 금액(골조공사 OOO원, 샌드위치 판넬 및 부자재 OOO원, 도어 외 공사 OOO원)과 취득세 납부액(OOO원)만 포함된 것이다.청구인이 쟁점건물 신축공사에 실제 지출한 금액은 OOO원으로 이는 청구인 모친의 예금계좌 출금내역을 통해 입증되며, 쟁점건물 신축공사 이후 설계비·감리비, 내·외장공사, 담장 및 데크 공사, 엘리베이터 설치 등에 대한 추가 비용 OOO원과 2024년 추가 공사비 OOO원을 추가 지출하여 총 실지취득가액은 OOO원이다.(2) (예비적 청구) 쟁점건물의 공사비 등으로 지출된 금액 전부를 실지취득가액으로 볼 수 없다면, 쟁점건물의 취득가액은 환산취득가액을 적용해야 한다.(가) 쟁점건물을 신축하면서 예금계좌에서 많은 공사비가 지출되었음에도 처분청은 이를 실제 지출 증빙으로 인정하지 않는바, 이는 실지거래가액 확인을 위해 필요한 장부나 증빙서류가 미비한 경우에 해당하고, 처분청이 쟁점건물 취득가액으로 본 OOO원은 표준건축비의 절반에 불과하며 과세시가표준액보다도 낮아 실지취득가액으로 보기 어려우므로 쟁점건물의 취득가액은 환산취득가액을 적용해야 한다.(나) 쟁점건물의 환산취득가액은 OOO원으로, 표준건축비(신축당시인 2020년 기준, 1m2당 OOO원)로 환산한 건축비 OOO원과 쟁점건물 실지취득가액인 OOO원과도 큰 차이가 나지 않는다.(다) 환산취득가액에 따른 가산세는 납세자가 적격 증빙을 불가피하게 수취하지 못하는 사유 등으로 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우 환산취득가액을 인정하면서, 양도건물을 신축하여 5년 이내에 양도하는 경우에 한하여 세부담의 회피를 방지할 목적으로 일정한 금액(환산가액의 5%)을 부담하도록 하는 취지로, 이는 세부담의 회피를 방지할 뿐만 아니라 일부 확인된 증빙만으로 실지거래가액을 산정하는 것이 부동산거래 관행상 비합리적이고, 납세자가 세부담을 회피할 의도가 명백하게 없음에도 환산가액을 부인하고 실질과세원칙을 외면한 채 단순한 자료만을 기초로 무리하게 행하는 과세처분을 방지하는데 그 취지가 있다.처분청이 쟁점건물 취득가액으로 본 금액은 사실과 다르게 터무니없이 낮은 금액이고, 쟁점건물의 실지취득가액을 확인할 수 있는 증빙이 부실한 경우에 해당하며, 청구인은 3차 수정신고 시 환산취득가액에 따른 가산세를 적용하여 조세부담을 회피하지 않았으므로 환산취득가액을 부인할 수 있는 특별한 사정이 없는 한 환산취득가액을 쟁점건물의 취득가액으로 해야 한다.
나. 처분청 의견(1) (주위적 청구) 처분청은 청구인이 주장하는 누락된 공사비용 지출에 대하여 지방자치단체로부터 제출받은 자료와 전자세금계산서 등의 증빙자료들을 통해 확인된 금액을 모두 합산하여 쟁점건물의 취득가액을 결정하였다.(가) 청구인의 쟁점건물에 대한 신축공사를 수주한 A(주)이 발행한 세금계산서 공급대가 금액은 OOO원으로 확인되고, 청구인은 2024.11.4. 양도소득세 수정신고시 이를 실지취득가액으로 반영하여 수정신고서를 제출한 바 있다.(나) 처분청은 청구인이 주장하는 누락된 공사비에 대해서도 지방자치단체로부터 회신받은 자료를 검토한 바, ①승강기(엘리베이터) 공사비(OOO원), ②설계비 및 감리비(OOO원), ③측량비 등(OOO원), ④시스템에어컨 관련 공사비(OOO원), ⑤취득세(OOO원), ⑥자본적지출금액(OOO원), ⑦내부공사비(OOO원)를 계약서 등 증빙자료를 통해 확인된 금액을 모두 합산하여 쟁점건물의 취득가액으로 결정하였다.(2) (예비적 청구) 청구인은 쟁점건물의 취득비용 확인을 위하여 필요한 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비된 경우에 해당하지 않으므로, 쟁점건물의 취득가액이 환산취득가액으로 결정되어야 한다는 청구인의 주장에는 달리 이유 없다.(가) 청구인은 A(주)이 발행한 세금계산서를 토대로 2024.11.4. 양도소득세 수정신고시 스스로 실지취득가액으로 반영하여 수정신고서를 제출한 바 있어, 청구인은 취득 당시 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비된 경우에 해당하지 않는다.(나) 조세심판원(조심 2002전6889, 2022.1.20.)은 “주택 취득에 소요된 추가적인 취득가액이 있다면 나머지 취득가액에 대해서도 다른 증빙자료에 의하여 그 지출사실을 입증하여야 할 것이지 취득가액 전체를 환산가액으로 적용할 것은 아닌 것으로 보인다”는 입장으로, 위 조세심판원의 결정 등에 비추어 쟁점건물의 실지거래가액이 불분명하여 환산취득가액을 적용하여야 한다는 청구인의 청구주장은 받아들이기 어렵다.
3. 심리 및 판단가. 쟁점① (주위적 청구) 쟁점건물의 신축공사비 등으로 실제 지출된 금액(OOO원)을 실지취득가액으로 보아야 한다는 청구주장의 당부② (예비적 청구) 쟁점건물의 실지거래가액 확인을 위해 필요한 장부나 증빙서류가 미비하여 쟁점건물의 취득가액을 환산취득가액으로 보아야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 쟁점주택에 대한 청구인의 양도소득세 신고 내역과 처분청의 결정 내용은 아래와 같다.＜표2＞ 쟁점주택에 대한 양도소득세 신고 및 경정 내용ㅇㅇㅇ(나) 청구인이 쟁점건물의 실지취득가액에 포함한 지출 내역과 처분청이 실지취득가액 결정 시 포함한 지출 내역은 아래의 ＜표3＞과 같이 나타나고, 청구인과 처분청은 ‘골조공사 및 기타공사 비용’과 ‘이중창 비용’ 외의 비용에 대해서는 다툼이 없는 것으로 나타난다.＜표3＞ 쟁점건물의 실지취득가액에 포함한 지출내역 및 결정금액ㅇㅇㅇ청구인은 처분청에 양도소득세 신고 및 과세전적부심사를 청구하면서 위 ＜표3＞의 ‘골조공사 및 기타공사’에 지출한 비용 OOO원에 대한 증빙자료로 A(청구인의 모친)의 예금계좌(OOO)의 2020년도 출금 내역을 제출하였고, 이 사건 심판청구를 하면서 예금계좌 출금 내역의 각 거래 항목별 지급 사유를 임의로 수기 기재하여 제출하였다.처분청은 청구인이 2025.10.10. 청구한 과세전적부심사에 대한 결정에서 ‘이중창 공사’에 대한 매입세금계산서(전자세금계산서)를 확인하였으나 이를 쟁점건물의 실지취득가액에는 포함하지 않은 것으로 나타난다.＜표4＞ 이중창 공사 관련 전자세금계산서ㅇㅇㅇ(다) 국토교통부 고시(제2019-802호, 2019.12.20.) ‘과밀부담금 부과를 위한 2020년도 표준건축비’에 따르면 2020년도 표준건축비는 OOO원/m2으로 나타나고, 경기도 하남시장이 발급한 쟁점건물의 취득세 납부확인서에 따르면 쟁점건물의 취득세 과세표준 및 시가표준액은 OOO원으로 나타난다.＜표5＞ 국토교통부고시 제2019-802호, 2019,12.20.ㅇㅇㅇ＜표6＞ 2020.11.24. 쟁점건물 시가표준액ㅇㅇㅇ(2) 청구인의 심판청구 대리인은 2026.6.2. 조세심판관회의에 참석하여 처분청이 A(청구인의 모친)의 예금계좌 출금 내역에 기재된 거래상대방, 관련 공사비로의 지출 여부 등을 확인하는 데 필요한 객관적인 증빙자료가 청구인에게 있고 이를 처분청에 제출하겠다고 진술하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 주장하는 누락된 공사비용 지출에 대하여 지방자치단체로부터 제출받은 자료와 전자세금계산서 등의 증빙자료들을 통해 확인된 금액을 모두 합산하여 쟁점건물의 취득가액을 결정하였다는 입장이나, 처분청이 인정한 쟁점건물의 실지취득가액은 국토교통부 고시상 2020년 표준건축비에 따른 건물신축비보다 상당히 낮은 수준인 점, 청구인은 이 사건 심판청구를 하면서 쟁점건물에 실제 지출한 비용에 대한 증빙으로 A 명의의 계좌에 대한 금융거래조회내역상 출금한 내역의 각 거래항목별 지급 사유를 기재하여 제출하였고, 조세심판관회의에 참석하여 예금계좌 출금 내역에 기재된 거래상대방, 관련 공사비로의 지출 여부 등을 확인하는 데 필요한 객관적인 증빙자료를 더 제출할 수 있다는 취지로 진술한 점 등에 비추어 쟁점건물의 신축공사에 추가로 소요된 비용이 있으므로 이를 쟁점건물의 실지취득가액으로 인정해달라는 청구인의 주장이 일응 타당한 측면이 있다고 보이므로, 처분청은 청구인이 제시하는 위 예금계좌 거래내역에 기재된 출금액의 지급처 등에 대한 조사 등을 통해 그 중 쟁점건물의 신축비로 지출된 금액이 추가로 확인되는지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.(나) 다음으로, 쟁점②는 쟁점①에서 청구인이 제시하는 예금계좌 출금내역에 기재된 지급처, 지급 금액, 관련 공사비로의 지출 여부, 자본적 지출액 해당 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단하였으므로, 심리의 실익이 없어 심리를 생략한다.
4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 소득세법제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.
가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산취득가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액다.
제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.
가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산취득가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.⑦ 제1항 제1호 가목을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다.
이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다.④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.⑤ 제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 “신고의무자”라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 「부동산등기법」 제68조에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 “등기부 기재가액”이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다.
다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.⑧ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제7항까지의 규정에 따라 거주자의 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하였을 때에는 이를 그 거주자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 서면으로 알려야 한다.⑨ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 제94조 제1항 제3호 및 제4호에 따른 주식등의 양도차익에 대한 신고 내용의 탈루 또는 오류, 그 밖에 거래명세의 적정성을 확인할 필요가 있는 경우에는 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 등 다른 법률의 규정에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자매매업자 또는 투자중개업자 및 그 주식등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인에 이를 조회할 수 있다.제114조의2(감정가액 또는 환산취득가액 적용에 따른 가산세) ① 거주자가 건물을 신축 또는 증축(증축의 경우 바닥면적 합계가 85제곱미터를 초과하는 경우에 한정한다)하고 그 건물의 취득일 또는 증축일부터 5년 이내에 해당 건물을 양도하는 경우로서 제97조 제1항 제1호 나목에 따른 감정가액 또는 환산취득가액을 그 취득가액으로 하는 경우에는 해당 건물의 감정가액(증축의 경우 증축한 부분에 한정한다) 또는 환산취득가액(증축의 경우 증축한 부분에 한정한다)의 100분의 5에 해당하는 금액을 제92조 제3항 제2호에 따른 양도소득 결정세액에 더한다.② 제1항은 제92조 제3항 제1호에 따른 양도소득 산출세액이 없는 경우에도 적용한다.
(2) 소득세법 시행령제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.
1. 제89조 제1항 및 제3항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 「부가가치세법」 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다.
다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.
4. 제1호를 적용할 때 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하거나 합병으로 신설되는 법인(이하 이 호에서 “합병법인”이라 한다)으로부터 교부받은 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 합병 당시 해당 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는 데 든 총금액(「법인세법」 제16조 제1항 제5호의 금액은 더하고 같은 호의 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산한 가액으로 한다.
5. 제1호를 적용할 때 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인으로부터 분할 또는 분할합병으로 인하여 취득하는 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 분할 또는 분할합병 당시의 해당 주주가 보유하던 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인의 주식을 취득하는 데 소요된 총금액(「법인세법」 제16조 제1항 제6호의 금액은 더하고 같은 호의 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 분할로 인하여 취득하는 주식 수로 나누어 계산한 가액으로 한다.② 제1항 제1호에 따라 제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금을 취득원가에 포함하는 경우에 있어서 양도자산의 보유기간 중에 그 현재가치할인차금의 상각액을 각 연도의 사업소득금액 계산 시 필요경비로 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한다.③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액2의2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.
3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)3의2. 「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)3의3. 「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용다. 공증비용, 인지대 및 소개비라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용마. 가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 재정경제부령으로 정하는 비용2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손.
이 경우 재정경제부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 “금융기관”이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.⑥ 법 제97조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 토지 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)2. 건물가. 법 제99조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 건물(그 부수토지를 포함한다) 및 동호 라목의 규정에 의한 주택 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 다목 또는 라목의 가액×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)나.
가목외의 건물취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 나목의 가액×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)3. 법 제94조 제1항 제2호 나목 및 다목의 규정에 의한 자산(법 제104조 제3항에 규정된 미등기 양도자산을 제외한다) 취득당시의 기준시가×7／1004. 제1호 내지 제3호외의 자산 취득당시의 기준시가×1／100⑨ 상속 또는 증여(법 제88조 제1호 각 목 외의 부분 후단에 따른 부담부증여의 채무액에 해당하는 부분도 포함하되, 「상속세 및 증여세법」 제34조부터 제39조까지, 제39조의2, 제39조의3, 제40조, 제41조의2부터 제41조의5까지, 제42조, 제42조의2 및 제42조의3에 따른 증여는 제외한다)받은 자산에 대하여 법 제97조 제1항 제1호 가목을 적용할 때에는 상속개시일 또는 증여일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조부터 제66조까지의 규정에 따라 평가한 가액(같은 법 제76조에 따라 세무서장등이 결정ㆍ경정한 가액이 있는 경우 그 결정ㆍ경정한 가액으로 한다)을 취득당시의 실지거래가액으로 본다.
다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.1. 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 1990년 8월 30일 개별공시지가가 고시되기 전에 상속 또는 증여받은 토지의 경우에는 상속개시일 또는 증여일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액과 제164조 제4항의 규정에 의한 가액중 많은 금액2. 「상속세 및 증여세법」 제61조 제1항 제2호 내지 제4호의 규정에 의한 건물의 기준시가가 고시되기전에 상속 또는 증여받은 건물의 경우에는 상속개시일 또는 증여일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액과 제164조 제5항 내지 제7항의 규정에 의한 가액중 많은 금액⑩ 법 제97조 제1항 제1호 가목은 다음 각 호에 따라 적용한다.1. 「상속세 및 증여세법」 제3조의2 제2항, 제33조부터 제39조까지, 제39조의2, 제39조의3, 제40조, 제41조의2부터 제41조의5까지, 제42조, 제42조의2, 제42조의3, 제45조의3부터 제45조의5까지의 규정에 따라 상속세나 증여세를 과세받은 경우에는 해당 상속재산가액이나 증여재산가액(같은 법 제45조의3부터 제45조의5까지의 규정에 따라 증여세를 과세받은 경우에는 증여의제이익을 말한다) 또는 그 증ㆍ감액을 취득가액에 더하거나 뺀다.
2. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 「법인세법」 제2조 제12호에 따른 특수관계인(외국법인을 포함한다)으로부터 취득한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있으면 그 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액을 취득가액에 더한다.⑪ 법 제97조 제7항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.
2. 거주자가 부동산 취득시 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조 제1항에 따른 부동산의 실제거래가격(이하 이 호에서 “실제거래가격”이라 한다)을 재정경제부령으로 정하는 방법에 의하여 확인하는 방법. 다만, 실제거래가격이 전소유자의 부동산양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고시의 양도가액과 동일한 경우에 한한다.⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.
＜개정 2010. 2. 18., 2020. 2. 11.＞⑬ 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 양도하는 때에는 주식매수선택권을 행사하는 당시의 시가를 법 제97조 제1항 제1호의 규정에 의한 취득가액으로 한다.제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등(이하 이 조에서 “감정평가법인등”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.
1. 법 제94조 제1항 제3호에 따른 주식등이나 같은 항 제4호에 따른 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액<img src="/LSA/flDownLoad.do?flSeq=167448361"></img>2. 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호 가목에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.<img src="/LSA/flDownLoad.do?flSeq=167448363"></img>③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차적으로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 않는다)하여 산정한 가액에 따른다.
다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 않는다1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액.
다만, 기준시가가 10억원 이하인 자산(주식등은 제외한다)의 경우에는 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 하나의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 경우 그 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)으로 한다.
3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액4. 기준시가④ 법률 제4803호 「소득세법개정법률」 부칙 제8조에서 정하는 날(이하 “의제취득일”이라 한다)전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)에 대하여 제3항 제1호부터 제3호까지의 규정을 적용할 때에 의제취득일 현재의 취득가액은 다음 각 호의 가액 중 많은 것으로 한다.
1. 의제취득일 현재 제3항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 가액2. 취득 당시 실지거래가액이나 제3항 제1호 및 제2호에 따른 가액이 확인되는 경우로서 해당 자산의 실지거래가액이나 제3항 제1호 및 제2호에 따른 가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 직전일까지의 보유기간동안의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한가액⑤ 국세청장은 주소지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 양도소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 필요하다고 인정하는 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 따라 부동산의 감정ㆍ평가에 관한 학식과 경험이 풍부한 자에게 자문하여 그 결정 또는 경정에 공정성을 기하게 할 수 있다.
