쟁점가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 2025.11.12. 신주(OOO주)를 발행한 후 증자된 자본금액을 변경하는 등기를 위하여 위 증가된 주식 수에 발행가 OOO원을 적용한 OOO원을 과세표준으로 하여 등록면허세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 등록면허세①”이라 한다)을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2025.11.24. 유상증자를 원인으로 하는 법인 변경 등기(이하 “이 건 변경등기”라 한다)를 신청하여 이 건 변경등기를 경료하였다.

다. 청구법인은 2025.11.27. 이 건 등록면허세①의 신고납부가 잘못되었다는 등기소 담당자의 안내를 받고, 위 증가된 주식 수에 액면가 OOO원을 적용한 OOO원을 과세표준으로 하여 별건으로 등록면허세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 등록면허세②”라 한다)을 다시 신고·납부하였고, 같은 날 이 건 등록면허세①에 대한 환급을 청구하였으며, 2025.12.1. 처분청으로부터 이 건 등록면허세①을 환급받았다.

라. 처분청은 이 건 변경등기에 대한 등록면허세가 기한후 신고 및 지연 납부되었다고 보아, 2026.1.6. 무신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점가산세”라 한다)을 청구법인에게 부과·고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장청구법인은 이 건 변경등기의 등록면허세를 기한내 신고하였으나, 이후 과세표준에 대한 잘못된 신고로 다시 정정신고를 한 것이므로 쟁점가산세는 부당하다.또한, 청구법인은 이 건 등록면허세①에 대한 납부를 지연한 사실이 없고, 과오납 납부에 대한 정정신고를 하였을 뿐임에도 쟁점가산세를 부과하는 것은 실질과세의 원칙에 어긋난다.

나. 처분청 의견(1) 「지방세기본법」 제52조 제1항에서 “지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세 관계법에 따른 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 법 제53조 제1항에서 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 지방세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우 무신고가산세를 부과하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제55조 제1항에서 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에는 납부불성실가산세를 부과하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제57조 제2항에서 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출하지 아니한 자가 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 기한후 신고를 한 경우 가산세를 감면할 수 있다고 규정하고 있다.또한, 「지방세법」 제30조에서 “등록을 하려는 자는 지방세법제 27조의 과세표준에 제28조의 세율을 적용하여 산출한 세액을 등록을 하기전까지 신고납부하여야 한다”고 규정하고 있고, 같은 법 제32조에서 등록면허세의 납세의무자가 규정된 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 산출한 세액 또는 부족세액에 「지방세기본법」의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 보통징수의 방법으로 징수한다고 규정하고 있다.한편, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서, 신고기한이나 납부기한까지 과세표준 등의 신고의무나 지방세의 납부의무를 이행하지 않은 경우에 가산세를 부과하도록 규정하고 있고, 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 개별 세법에 따른 신고ㆍ납부기한을 기준으로 판단하여야 할 것이다.

(2) 청구법인은 이 건 변경등기의 등록면허세를 납부하면서 과세표준을 발행주식의 액면가로 하여야 함에도, 발행가를 기준으로 잘못하여 신고를 하였고, 소관 등기소의 보정요청으로 2025.11.27. 관련 신고를 다시 하였으며, 같은 날 처분청에 과다 신고납부액에 대한 환급을 청구하였고, 처분청은 2025.12.1. 이를 환급해 주었다.청구법인은 2025.11.24. 이 건 변경등기를 경료하였음에도, 2025.11.27. 이 건 등록면허세②를 최종 신고·납부한 것이므로, 이 건 변경등기를 한 날 현재 무신고 및 납부지연에 해당하는 쟁점가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 등기사항일부증명서에 의하면, 청구법인은 2024.8.9. 서울특별시 강남구 OOO를 본점으로 하고, 교육 교재 및 어플리케이션 제작업, 교육 컨설팅업 등을 사업목적으로 하여 설립된 법인이다.(나) 청구법인은 2025.11.12. 신주(OOO주)를 발행한 후 증자된 자본금액을 변경하는 등기를 위하여 위 증가된 주식 수에 발행가 OOO원을 적용한 OOO원을 과세표준으로 하여 이 건 등록면허세①을 신고·납부하고, 2025.11.24. 유상증자를 원인으로 하는 이 건 변경등기를 경료하였다.＜청구법인 등기사항＞

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○(다) 청구법인은 2025.11.27. 이 건 등록면허세①의 신고납부가 잘못되었다는 등기소 담당자의 안내를 받고, 위 증가된 주식 수에 액면가 OOO원을 적용한 OOO원을 과세표준으로 하여 별건으로 이 건 등록면허세②를 다시 신고·납부하였고, 같은 날 이 건 등록면허세①에 대한 환급을 청구하였으며, 2025.12.1. 처분청으로부터 이 건 등록면허세①을 환급받았다.(라) 처분청은 이 건 변경등기에 대한 등록면허세가 법정신고기한인 2025.11.24.부터 3일이 지난 2025.11.27.에 신고·납부되었고, 이는 기한후 신고 및 지연 납부된 것이므로 무신고가산세 및 납부지연가산세 부과 대상이라고 보아, 2026.1.6. 청구법인에게 쟁점가산세를 부과·고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 「지방세기본법」 제53조 제1항은 납세의무자가 법정신고기한까지 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부할 세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다고 규정하고 있고, 제55조 제1항은 납세의무자가 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)한 경우에는 납부해야할 세액에 납세고지일까지의 일수와 일정 이자율을 정한 금액을 가산세로 부과하되, 그 가산세는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 75에 해당하는 금액을 한도로 한다고 규정하고 있다.또한, 「지방세기본법」 제57조 제1항에서 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.한편, 등록면허세는 등기 또는 등록이라는 사실의 존재를 과세물건으로 하여 「지방세법」상 취득에 해당하지 아니한 경우 그 등기 또는 등록을 받은 자에게 부과하는 조세로서, 납세의무의 성립시기, 과세대상, 신고·납부기한, 과세표준, 세율 등이 상이하여 각각의 세목이 규정하는 세법에 따라 확정된 세액을 신고·납부하여야 한다고 규정하고 있고, 등록면허세의 “등록”이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말하는 것으로, 등기ㆍ등록을 요하는 등록면허세 신고·납부는 해당 등기ㆍ등록을 하기 전에 해야 한다고 규정하고 있다.(나) 처분청은 청구법인이 2025.11.24. 이 건 변경등기를 경료하였음에도, 2025.11.27. 이 건 등록면허세②를 최종 신고·납부한 것이므로, 이 건 변경등기일 현재 무신고 및 납부지연에 해당하는 쟁점가산세를 부과한 처분은 정당하다는 의견이다.그러나, 「지방세기본법」 제53조의 ‘무신고’ 가산세는 ‘법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우’에 부과되는 것이고, 같은 법 제55조의 ‘납부지연’ 가산세는 법정신고기한까지 미납되거나 지연된 경우 부과하는 것인바, 청구법인은 법정신고기한 전에 이 건 등록면허세①을 신고·납부한 사실이 확인되는 점,가산세는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있다(대법원 2005.4.15. 선고 2003두4089 판결, 같은 뜻임) 할 것이고, 납세자에게 의무 불이행을 탓할 수 없는 '정당한 사유'가 있는지를 판단할 때는 특별한 사정이 없는 한 사후적 정황이 아닌 개별 세법에 따른 ‘신고·납부기한 당시’를 기준으로 판단해야 하는 점(대법원 2022.1.14. 선고 2017두41108 판결, 같은 뜻임),신고납부방식의 조세인 등록면허세가 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고하여야 하는 것이라 하여도, 세무공무원이 납세의무자가 잘못된 신고·납부 또는 환급청구를 할 경우 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 아닌 이상 납세자의 입장에서 유리한 방법으로 처리하여야 함에도 청구법인에게 무신고가산세까지 부과한 것은 잘못이 있다고 판단되는 점,청구법인은 신고기한 내에 인식 가능한 범위 내에서 이 건 등록면허세①을 기한내 성실하게 신고의무를 이행하였고, 이후 과세표준에 대한 잘못된 신고로 이 건 등록면허세②를 별건으로 다시 신고하였다고 하여도, 결과적으로 사후에 처분청의 환급을 이유로 과거 신고 당시 청구인에게 귀책사유가 있다고 평가할 수 없으므로, 최초 신고기한 당시를 기준으로 볼 때 청구법인에게 가산세를 부과할 수 없다고 봄이 타당한 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 쟁점가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법률(1) 지방세기본법제18조(신의ㆍ성실) 납세자와 세무공무원은 신의에 따라 성실하게 그 의무를 이행하거나 직무를 수행하여야 한다.제26조(천재지변 등으로 인한 기한의 연장) ① 지방자치단체의 장은 천재지변, 사변(事變), 화재(火災), 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 납세자가 이 법 또는 지방세관계법에서 규정하는 신고ㆍ신청ㆍ청구 또는 그 밖의 서류 제출ㆍ통지나 납부를 정해진 기한까지 할 수 없다고 인정되는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 직권 또는 납세자의 신청으로 그 기한을 연장할 수 있다.제52조(가산세의 부과) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따른 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.제53조(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자상당액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “무신고납부세액”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.제55조(납부지연가산세) ① 납세의무자가 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부하는 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 산출한 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다1. 과세표준과 세액을 지방자치단체에 신고납부하는 지방세의 법정납부기한까지 납부하지 아니한 세액 × 법정납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 일수 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출하지 아니한 자가 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 제51조에 따라 기한 후 신고를 한 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액가. 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 기한 후 신고를 한 경우: 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액(2) 지방세법제30조(신고 및 납부) ① 등록을 하려는 자는 제27조에 따른 과세표준에 제28조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다.제32조(부족세액의 추징 및 가산세) 등록면허세 납세의무자가 제30조제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제27조 및 제28조에 따라 산출한 세액 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.