이 건 파견교원들을 대학병원의 임직원으로 보아 그 급여 등인 쟁점금액에 대해 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부

1. 처분개요가. 처분청은 청구법인이 2018년 11월부터 2023년 9월까지 AAA대학교 의과대학 협력병원(이하 “BBB병원”이라 한다)에서 근무하는 의과대학 소속 교원들(의과대학 학생을 지도하면서 진료를 겸임, 이하 “이 건 파견교원들”이라 한다)에게 지급한 OOO원(본봉, 상여금, 연구비 등, 이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대해 주민세 종업원분(이하 “주민세”라 한다)을 신고·납부하지 않았다고 보아 2023.12.8., 2024.2.7. 청구법인에게 쟁점금액을 과세표준으로 하여 산출한 주민세 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 주민세”라 한다)을 부과·고지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2024.3.6. 이의신청을 거쳐 2024.8.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점금액은 학교법인의 고유목적사업을 위한 준비금으로 청구법인은 이를 이용하여 이 건 파견교원들에게 의과대학 학생들의 교육 및 연구 활동 등에 따른 대가(급여)로 지급하였고, 이 건 파견교원들의 주된 직무는 교육 및 연구활동이므로 쟁점금액은「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이다.

(2) 처분청은 BBB병원이 이 건 파견교원들에게 수익사업(의료업)에 종사(진료 등)하도록 한 후 청구법인으로 하여금 그 대가인 쟁점금액을 지급하게 한 것이므로 쟁점금액은 의과대학 협력병원이 그 임직원(전공의, 간호사, 행정직원 등)에게 지급한 급여 등과 다를 것이 없다고 보아 쟁점금액에 대해 이 건 주민세를 부과하였으나 이 건 파견교원들의 주된 업무는 의과대학 학생들을 지도하면서 의료 연구 활동을 하는 것으로 그에 대한 대가인 쟁점금액은 학교 등이 목적사업을 영위하기 위해 지급한 것으로 보아 주민세를 면제하여야 함에도 처분청이 청구법인에게 이 건 주민세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견(1) 이 건 파견교원들이 근무시간 내에 의과대학 학생들을 지도하거나 의학 관련 연구 활동을 한다고 하더라도 객관적인 증거들에 의하면 이는 일부에 지나지 아니하므로 그 주된 직무는 의과대학 협력병원에서 환자를 진료하거나 수련의를 지휘 감독하면서 병원의 주요 의사결정에 참여하는 것이다.

(2) 청구법인은 이 건 파견교원들의 임상경험이 의과대학 학생들의 교육에 필수적이므로 진료행위도 의과대학생의 교육을 위한 임상경험 축적 및 연구 행위에 해당한다고 주장하나 의과대학의 협력병원에서 이루어지는 의료업무는 사실상 수익사업일 뿐 의료 교육과는 직접적인 관련이 없다고 할 것이고, 청구법인의 주장대로 의과대학 협력병원의 모든 의료행위를 의과대학생의 교육 내지 연구활동으로 보는 경우 학교의 고유업무가 지나치게 확대되어 조세법률주의의 취지에 반하는바, 처분청이 청구법인에게 이 건 주민세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점이 건 파견교원들을 대학병원의 임직원으로 보아 그 급여 등인 쟁점금액에 대해 주민세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 학교법인으로, AAA대학교 의과대학 협력병원으로 BBB병원을 지정하여, 의과대학 학생들의 수련을 위탁하고 있다.(나) BBB병원이 이 건 파견교원들에게 지급한 진료수당 등에 대하여는 그 전부를 주민세 과세표준으로 하여 주민세를 납부하였으나 청구법인이 지급한 쟁점금액에 대하여는 주민세를 납부하지 않았다.(다) 서울특별시장은 2023.10.23.부터 2023.11.1.까지 청구법인에 대한 세무조사를 하여, 이 건 파견교원들이 BBB병원에 주로 근무하고 BBB병원의 수익으로 이 건 파견교원들에게 쟁점금액을 지급하고 있으므로 이는 학교법인의 수익사업에 해당함에도, 쟁점금액에 대한 주민세를 납부하지 않았다고 보아, 2023.12.8., 2024.2.7. 청구법인에게 이 건 주민세 OOO원을 부과하였다.(라) 처분청은 AAA대학교 의과대학 교수 중 해부학, 생리학, 병리학 등 환자의 진료나 수술과 관련이 없는 교수들에게 지급한 급여에 대하여는 다른 단과대학의 교수들과 동일하게 주민세를 면제하였다고 한다.(2)「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 같다) 제41조 제3항에서 학교 등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교 등에 대한 주민세 사업소분 및 종업원분을 각각 2024.12.31.까지 면제하되, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제4항에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 종업원분”이란 수익사업에 제공되고 있는 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 종업원분으로, 면제대상 사업과 수익사업에 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 직무에 따른다고 규정하고 있으며,「지방세특례제한법」제2조 제1항 제2호에서 “수익사업”이란「법인세법」제4조 제3항 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에서「고등교육법」등에 따른 학교가 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업에 따른 수입을 제외한 나머지 사업으로 수입이 발생하는 경우 그 사업을 말한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 처분청은 쟁점금액이 이 건 전임교원들의 수익사업인 의료업에 종사한 대가로 받은 보수로서 주민세 과세대상이라는 의견이나,BBB병원이 이 건 파견교원들에게 직접 지급한 진료수당 등은 환자 등에게 제공한 의료서비스의 대가로서, 이에 대하여는 주민세를 신고·납부하고 있는 점,청구법인은 이 건 파견교원들의 임상 경험 등을 고려하여 AAA대학교 의과대학의 정교수, 부교수 등으로 임용하였는바, 청구법인이 이들에게 지급한 쟁점금액은 청구법인이 AAA대학교 소속 다른 단과대학 교원들에게 지급하는 급여와 본질적으로 다르지 않다고 보이는 점,의과대학 소속 교수들이 협력병원 등에서 환자를 진료하고 수술을 하면서 의과대학 학생들에게 이를 참관하도록 하거나, 각종 수련을 하도록 하는 것은 의과대학 교육과정의 하나로 볼 수 있는 점,법원은 주민세를 부과함에 있어서, 종업원들에 대한 급여의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것인지에 따라 주민세 부과 여부를 결정하는 것은 타당하지 않다고 판결한 점(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 대법원 2010.4.15.자 2010두573 판결, 같은 뜻임),아울러 이 건 파견교원들은 AAA대학교 의과대학의 교수로서 연구활동을 하면서 BBB병원에서 진료 및 수술 등을 하고 있는바, 쟁점금액이 주민세 과세대상에 해당하는지 여부는 그 주된 직무에 따라야 하는데, 청구법인이 이 건 파견교원들의 임용 및 급여 지급의 주체이고, 이 건 파견교원들의 직무상 특수성(임상경험과 연구활동의 불가분성) 등을 고려할 때 이 건 파견교원들의 주된 직무가 수익사업에 해당한다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어,쟁점금액은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것이다.

(4) 다만, 쟁점금액이 모두 이 건 파견교원들에게 지급한 보수 등에 해당하는지 아니면 그 금액에 병원의 전공의나 간호사 또는 행정직원 등의 급여도 포함되어 있는지 여부가 불분명하므로 이에 대하여는 처분청이 청구법인의 주민세 납부 현황 등을 재조사하여 쟁점금액 중 이 건 파견교원들에게 교육의 대가로 지급한 보수 등에 대해서는 주민세를 면제하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.2. “수익사업”이란「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.제41조[학교 및 외국교육기관에 대한 면제] ③ 학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교등에 대한 주민세 사업소분(「지방세법」제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다.

이하 이 항에서 같다) 및 종업원분을 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령(2021.12.31. 대통령령 제32292호로 개정된 것)제18조[학교등 면제대상 사업의 범위 등] ④ 법 제41조 제3항 단서에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분”이란 수익사업에 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 사업소분(「지방세법」제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다)과 종업원분을 말한다. 이 경우 면제대상 사업과 수익사업에 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 용도 또는 직무에 따른다.

(3) 법인세법제4조[과세소득의 범위] ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것(이하 생략)(4) 법인세법 시행령제3조[수익사업의 범위] ① 법 제4조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업나.「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교

서울특별시장이 2023.12.8., 2024.2.7. 청구법인에게 한 주민세 OOO원의 부과처분은 그 과세표준을 재조사하여, 청구법인이 AAA대학교 의과대학 소속 파견교원들에게 지급한 보수(본봉, 상여금, 연구비 등)를 과세표준에서 제외한 후 산출한 세액으로 경정한다.