이 건 토지는 국가 등에 귀속 등을 조건으로 취득하는 토지이므로 「지방세법」 제9조 제2항에 따라 취득세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 「산업단지 인·허가 절차 간소화를 위한 특례법」(이하 「산단절차간소화법」이라 한다) 제15조에 따라 경기도고시 제2018-OOO호로 승인·고시된 OOO개발(이하 “이 건 개발사업”이라 한다)의 시행자로서, 2020.6.18.∼2024.8.8. 경기도 광명시 OOO외 184필지(289,872㎡, 이하 “이 건 유상취득 토지”라 한다)를 취득한 후, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 가목 및 나목의 세율(1천분의 30, 1천분의 40)을 적용하여 산출한 세액에 「지방세특례제한법」 제78조 제1항에서 규정하는 산업단지 조성에 대한 감면(100분의 35 감면율)을 적용한, 2020∼2024년 귀속 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2025.6.18. 이 건 유상취득 토지 중 국가 등에 무상으로 귀속하는 토지(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대해서는 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상에 해당한다는 취지로 경정청구하였으나, 처분청은 2025.8.18. 이 건 개발사업에서 국가 등에 무상으로 귀속하는 토지(이하 “무상귀속 토지”라 한다)는 그 대가로 무상으로 양여 받은 토지(이하 “무상양여 토지”라 한다)가 있다는 사실을 확인하고, 이 건 토지를 비과세가 아닌 「지방세특례제한법」(2018.12.24., 법률 제16041호로 일부 개정되기 전의 것) 제73조의2 제1항 및 제177조의2에 따른 최소납부세제(100분의 85 감면율)에 해당한다고 보아 경정청구를 일부 인용(이하 “이 건 거부처분”이라 한다)을 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장「지방세법」 제9조 제2항은 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 “국가 등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(이하 “귀속 등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산은 취득세 비과세 대상으로 규정하고 있고, 같은 항 단서 및 제2호에 따르면 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 등을 무상으로 양여받는 경우에는 비과세 대상에서 제외하고 있다.무상귀속 토지와 무상양여 토지 간에 반대급부가 존재하는 경우에 한정하여 취득세 비과세가 적용되지 아니하여야 하나, 이 건 개발사업 내 토지는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」(이하 「산업입지법」이라 한다) 제26조 제1항에 따라 무상양여 토지 104,789㎡은 청구법인에게, 무상귀속 토지 432,235㎡은 국가 등에 각 귀속되었고, 해당 조항은 강행규정으로 청구법인이 국가 등에게 무상으로 귀속하는 토지가 없다 할지라도 국가 등으로부터 무상으로 양여받아야 하는 토지가 있다면 이를 양여받게 되고, 반대로 청구법인이 국가 등으로부터 무상으로 양여받는 토지가 없다 할지라도 국가 등에게 무상으로 귀속하여야 하는 토지가 있다면 이를 귀속하여야 하는 바, 해당 조항을 고려하면 무상귀속 토지와 무상양여 토지는 국가 등과 사업시행자에게 독립적으로 이행하는 편무적인 행위로서 급부관계가 성립한다고 볼 수 없다.「산업입지법」 제26조 제1항은 새로 공공시설을 설치한 경우 새로 설치된 공공시설과 기존 공공시설은 각각 ‘무상’으로 국가 등과 사업시행자인 청구법인에게 귀속되는 것으로 규정하고 있는바, ‘무상’의 사전적 의미는 ‘어떤 행위에 대하여 아무런 대가나 보상이 없는 것’인 반면, ‘반대급부’는 ‘일에 대응하여 얻게되는 이익’을 말하는 것임을 고려할 때, 관련 법령상 무상귀속 토지는 아무런 대가나 보상 없이 국가 등에 귀속하는 것으로 반대급부가 있다고 볼 수 없다.따라서, 이 건 토지는 반대급부 없이 취득한 토지에 해당하여 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상에 적용되므로, 이 건 거부처분은 부당하다.

나. 처분청 의견청구법인은 「산업입지법」 제26조 제1항의 강행규정에 따라 무상귀속 토지와 무상양여 토지 간에는 급부 관계가 성립하지 아니한다고 주장하나, 해당 조항에 따르면 사업시행자가 산업단지개발사업의 시행으로 새로 공공시설을 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 공공시설을 설치한 경우에는 「국유재산법」 및 「공유재산 및 물품 관리법」에도 불구하고 기존의 공공시설은 사업시행자에게 무상으로 귀속되고 새로 설치된 공공시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속된다고 규정하고 있어 무상귀속 토지와 무상양여 토지는 불가분의 관계로 보인다.「지방세법」 제9조 제2항 제2호의 입법취지(2015.12.29. 법률 제13636호로 일부개정된 것)는 조건 없이 무상으로 소유권을 국가 등에 이전하는 경우 세부담을 완화하여 주고자 하는 것에 있는바, 국가 재산과의 교환 등 반대급부를 조건으로 무상귀속 토지를 국가 등에 귀속하는 경우에는 비과세를 적용하는 것은 적절하지 아니하고, 행정안전부 해석례(부동산세제과-563호, 2025.2.26.)에서도 사업시행자가 국가 등으로부터 무상으로 양여받는 경우에는 반대급부가 있는 것으로 보아 「지방세법」 제9조에 의한 비과세가 아닌 감면대상으로 보는 것이 타당하다고 해석하고 있다.청구법인은 이 건 개발사업과 관련하여 무상양여 토지를 양여받음과 동시에 무상귀속 토지를 국가 등에 귀속하였으므로, 이 건 무상귀속 토지는 「지방세법」 제9조에 의한 비과세가 아닌 「지방세특례제한법」 제73조의2 제1항 및 제177조의2에 따른 감면대상으로 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점이 건 토지는 국가 등에 귀속 등을 조건으로 취득하는 토지이므로 「지방세법」 제9조 제2항에 따라 취득세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 이 건 개발사업은 2018.12.28. 「산단절차 간소화법」 제15조에 따라 경기도고시 제2018-OOO호로 승인·고시 되었고, 그 연혁은 다음과 같다.＜ 이 건 개발사업 관련 경기도 고시 현황 ＞

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○(나) 「산단절차간소화법」 제15조에 따른 광명시흥일반산업단지계획 승인 및 지형도면고시(경기도 고시 제2018-OOO)에 따라 청구법인은 이 건 개발사업의 시행자로 지정되었고, OOO산업단지계획 변경승인 고시(경기도 고시 제2025-OOO)에 따른 토지이용계획 용도별 면적과 비율은 다음과 같다.＜ 이 건 개발사업 변경승인 고시(4차변경, 2025.9.9.) ＞

○

○

○(다) 청구법인은 이 건 개발사업을 위한 부지를 취득하고 그에 대한 취득세를 신고하면서, 사업부지 내 토지의 유형이 과세·경감·면제대상이 혼재되어 있고 감면사항 등을 개별적으로 반영하는 것이 사실상 불가함에 따라, 사업지구 내 취득 토지 등에 대한 취득세 등의 과세비율을 처분청과 사전협의·결정하고, 사업지구 준공시 확정된 토지이용계획을 기준으로 취득세 등의 과세비율을 확정하며, 준공일로부터 60일 이내에 정산하기로 하였는바, 2024.5. 당시 협의안에 따르면 과세비율 산정을 위한 적용면적은 다음과 같다.＜ 과세비율 산정을 위한 적용면적(이 건 개발사업(광명시·시흥시) 전체 기준) ＞

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○＜ 이 건 개발사업 취득세 등 과세비율 협의(안) 자료(2024.5.) ＞

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○(라) 청구법인은 2025.6.18. 이 건 유상취득 토지 중 무상귀속 토지에 해당하는 토지(이 건 토지)는 국가에 무상으로 귀속되는 토지로서 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상이라는 취지로 아래와 같이 과세비율을 재산정하고, 처분청에 경정청구하였다.＜ 청구법인 경정청구시 재산정한 과세비율(2025.6.18.) ＞

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○(마) 처분청은 2025.8.18. 이 건 토지가 국가 등에 귀속하는 대가로 무상양여 받은 토지가 있다는 취지로, 아래와 같이 과세비율을 적용하여 이 건 거부처분하였다.＜ 처분청 경정청구 일부 인용시 적용한 과세비율(2025.8.18.) ＞

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○(바) 청구법인의 심판청구서에 따르면, 청구법인은 이 건 거부처분과 관련하여 처분청이 과세비율 재산정 시 ‘분모와 분자 산정에 있어 사업지구 전체 면적이 아닌 유상취득 토지’를 적용한 것에는 이의가 없으나, ‘무상귀속 토지에 대해 비과세가 아닌 최소납부세제 85%의 감면을 적용’한 것에 대해서는 이에 불복하여 심판청구를 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.(가) 「지방세법」 제9조 제2항은 국가 등에 귀속 등을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 항 단서 및 제2호에 따르면 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 등을 무상으로 양여받는 경우에는 비과세 대상에서 제외하고 있으며, 「지방세특례제한법」(2018.12.24., 법률 제16041호로 일부 개정된 것) 제73조의2 제1항 각 호는 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 부동산 중 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 등을 무상으로 양여받는 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 2020.12.31.까지는 취득세를 면제, 2021년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 같은 법 부칙 제11조는 이 법 시행 전(2019.1.1.) 무상으로 양여받는 것을 조건으로 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하 「국토계획법」이라 한다) 제56조에 따른 개발행위허가 등을 받은 경우로서 이 법 시행 이후 해당 부동산 등을 취득하는 경우의 취득세의 감면은 같은 법 제73조의2 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따라 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.(나) 한편, 「지방세법」 제9조 제2항의 입법취지는 국가 등에 귀속 등을 조건으로 부동산을 취득하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세를 비과세하겠다는 데에 있다고 할 것(대법원 2011.7.28. 선고 2010두6977 판결, 같은 뜻임)이고, 「지방세특례제한법」 제73조의2 제1항에서는 위 비과세 대상 부동산 중 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 등을 무상양여받은 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 일정기간을 정하여 취득세를 비과세하지 아니하고 면제하도록 하고 있다.(다) 청구법인은 무상귀속 토지는 국가 등에 귀속 등을 조건으로 취득하는 토지이므로 반대급부가 존재하지 아니하므로, 「지방세법」 제9조 제2항에 따라 취득세를 비과세하여야 한다고 주장하나, 이 건 개발사업 변경승인 고시 및 청구법인의 과세비율 협의(안) 등에 따르면 청구법인은 432,235㎡ 무상귀속 토지를 국가 등에 귀속하고, 국가 등으로부터 토지 104,789㎡를 무상으로 양여받은 것으로 나타나는바, 청구법인은 무상귀속 토지를 국가 등에 귀속하는 반대급부로 국가 등으로부터 무상양여 토지를 취득하였다고 보는 것이 상당하여, 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상에는 해당하지 아니하는 것으로 판단된다.(라) 「산업입지법」 제21조 및 「산단절차간소화법」 제15조는 산업단지계획 승인 고시를 받으면 「국토계획법」 제56조에 따른 개발행위허가를 받은 것으로 의제하고 있는바, 이 건 개발사업 계획은 2018.12.28. 경기도고시 제2018-OOO로 승인 고시 되었고, 이에 따라 「국토계획법」 제56조에 따른 개발행위허가를 받은 것으로 의제되었으며, 「지방세특례제한법」 부칙(2019.1.1., 법률 제16041호로 일부 개정된 것) 제11조는 같은 법 시행 전에 개발행위허가 등을 받은 경우에는 종전의 규정에 따라 취득세를 면제한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 법 시행일(2019.1.1.) 이전인 2018.12.28. 개발행위허가를 받은 것으로 의제되어 종전 제73조의2의 규정에 따른 취득세 면제 대상에 해당한다고 할 것이고, 다만, 「지방세특례제한법」 제177조의2 제1항에서는 이 법에 따라 취득세가 면제되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 면제 규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율을 적용한다고 규정하고 있는바, 같은 법 제177조의2의 감면율 100분의 85를 적용한 이 건 거부처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속 등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득가. 농지: 1천분의 30나. 농지 외의 것: 1천분의 40(2) 지방세특례제한법(2018.12.24., 법률 제16041호로 일부 개정된 것)제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면) ① 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(이하 이 조에서 “귀속등”이라 한다)의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 감면한다.1. 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.2. 2021년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을 경감한다.제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다.

다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다.

다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.부 칙제11조(기부채납용 부동산 등에 대한 취득세 경감에 관한 경과조치) 이 법 시행 전 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 것을 조건으로 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제56조에 따른 개발행위허가, 같은 법 제88조에 따른 실시계획의 인가 또는 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제15조에 따른 실시계획의 승인을 받은 경우로서 이 법 시행 이후 해당 부동산 또는 사회기반시설을 취득하는 경우의 취득세의 감면은 제73조의2 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따라 취득세를 면제한다.

(3) 산업입지 및 개발에 관한 법률(2018.6.12., 법률 제15679호로 개정된 것)제16조(산업단지개발사업의 시행자) ① 산업단지개발사업은 다음 각 호의 자 중에서 산업단지지정권자의 지정에 의하여 산업단지개발계획에서 정하는 자가 이를 시행한다.

1. 산업단지를 개발하여 분양 또는 임대하고자 하는 경우로서 다음 각 목에 해당하는 자가. 국가 및 지방자치단체나. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조제1항제1호부터 제4호까지에 따른 공공기관다. 「지방공기업법」에 따른 지방공사라. 산업단지 개발을 목적으로 설립한 법인으로서 가목부터 다목까지에 해당하는 자가 100분의 50 이상의 지분을 가지고 있거나 100분의 30 이상의 지분을 가지고 임원 임명권한을 행사하는 등 대통령령으로 정하는 기준에 따라 사실상 지배력을 확보하고 있는 법인제21조(다른 법령에 따른 인ㆍ허가등의 의제 등) ① 산업단지지정권자 또는 해양수산부장관(이하 “실시계획승인권자”라 한다)이 제17조, 제17조의2, 제18조, 제18조의2 및 제19조에 따른 실시계획의 승인 또는 변경승인을 할 때 다음 각 호의 허가ㆍ결정ㆍ인가ㆍ면허ㆍ협의ㆍ동의ㆍ승인ㆍ해제 또는 처분 등(이하 “인ㆍ허가등”이라 한다)에 관하여 제2항에 따라 미리 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 받은 사항에 대하여는 해당 인ㆍ허가등을 받은 것으로 보며, 제19조의2에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 인ㆍ허가등의 고시 또는 공고가 된 것으로 본다.1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조에 따른 도시ㆍ군관리계획의 결정, 같은 법 제56조에 따른 개발행위의 허가, 같은 법 제86조에 따른 도시ㆍ군계획시설사업 시행자의 지정, 같은 법 제88조에 따른 실시계획의 인가 및 「도시개발법」 제11조에 따른 사업시행자의 지정, 같은 법 제17조에 따른 실시계획의 인가제26조(공공시설 및 토지등의 귀속) ① 제16조 제1항 제1호에 따른 사업시행자가 산업단지개발사업의 시행으로 새로 공공시설을 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 공공시설을 설치한 경우에는 「국유재산법」 및 「공유재산 및 물품 관리법」에도 불구하고 기존의 공공시설은 사업시행자에게 무상으로 귀속되고, 새로 설치된 공공시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속된다.

(4) 산업단지 인·허가 절차 간소화를 위한 특례법(2018.6.12., 법률 제15678호로 개정된 것)제8조(산업단지계획) ① 지정권자는 다음 각 호의 사항이 포함된 산업단지계획을 수립하여야 하며, 산업단지계획이 수립된 경우에는「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 개발계획 및 실시계획이 모두 수립된 것으로 본다.

1. 산업단지 명칭2. 산업단지의 지정목적 및 필요성3. 지정 대상지역의 위치 및 면적4. 산업단지의 개발기간 및 개발방법5. 주요 유치업종 또는 제한업종6. 사업시행자의 주소 및 성명7. 사업시행지역의 토지이용현황8. 토지이용계획 및 기반시설계획9. 재원조달계획10. 수용ㆍ사용할 토지ㆍ건축물, 그 밖의 물건이나 권리가 있는 경우에는 그 세목11. 에너지사용계획12. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항제15조(산업단지계획의 승인 고시 등) ① 지정권자는 심의위원회의 심의를 거쳐 산업단지계획을 수립 또는 승인하고, 그 결과를 관보 또는 공보에 고시하여야 한다.

이 경우 필요한 조건을 붙일 수 있다.② 제1항에 따른 산업단지계획 승인 고시는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제7조의4 및 제8조에 따른 산업단지의 지정 고시 및 같은 법 제19조의2에 따른 실시계획 승인의 고시로 본다.