이 건 지목변경을 「지방세특례제한법」 제78조 제1항에서 규정하고 있는 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 주식회사 A(이하 “이 건 사업시행자”라 한다)은 2024.7.17. 경기도 김포시 양촌읍 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 일반산업단지로 조성하는 공사를 완료하였다.

나. 이 건 사업시행자로부터 이 건 토지를 수탁받은 청구법인은 산업단지의 조성공사가 완료됨에 따라 이 건 토지의 지목변경(이하 “이 건 지목변경”이라 한다)에 대한 취득세 등을 신고하면서 이 건 지목변경을「지방세특례제한법」(2023.12.29. 법률 제19862호로 개정된 것, 이하 같다) 제78조 제1항에서 규정하고 있는 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세 감면 신청을 하였고, 처분청은 이를 받아들여 취득세의 100분의 35를 감면하였다.

다. 처분청은 청구법인의 경우「지방세특례제한법」제78조 제1항에서 규정하고 있는 산업단지개발사업의 시행자가 아님에도 취득세를 감면받았다고 보아, 2025.7.15. 청구법인에게 이 건 지목변경의 조성비용 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제15조 제2항의 특례세율(1천분의 20)을 적용하여 산출한 세액에서 청구법인 납부한 세액을 차감한 취득세 OOO원(가산세 포함, 농어촌특별세는 당초 납부세액을 갈음, 이하 “이 건 취득세”라 한다)을 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.29. 이의신청을 거쳐 2026.3.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건 사업시행자는 OOO사업(이하 “이 건 개발사업”이라 한다)을 시행하기 위해 이 건 토지를 취득한 후, 2025년 8월 경 청구법인에게 이 건 토지를 신탁(부동산담보신탁, 신탁등기를 포함, 이하 “이 건 신탁”이라 한다)하였고, 그 후 이 건 개발사업의 조성 공사를 착수하여 2024.7.17. 경기도지사로부터 준공인가를 받았다.

(2) 청구법인은 신탁회사로서 이 건 토지의 형식적인 소유권을 이전받은 수탁자에 불과하고, 그 사실상의 소유권은 이 건 개발사업의 시행자인 이 건 사업시행자이므로 이 건 지목변경에 따른 취득세 납세의무자도 이 건 사업시행자로 보는 것이 타당하다.(3)「지방세법」제9조 제3항 제1호에서 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우 취득세를 비과세한다고 규정하고 있는데 이는 신탁재산의 취득은 실질적인 취득이 아닌 예외적이고 형식적인 취득이라는 사실을 인정한 것인바, 신탁에 따른 소유권 이전이 발생하더라도 신탁재산에 대한 실질적인 소유권은 여전히 위탁자가 보유하는 것으로 보아야 한다.(4) 2021.12.28. 개정된「지방세특례제한법」제2조 제8호에서「신탁법」제2조에 따른 수탁자가 과세물건을 그 목적에 맞게 사용하는 경우에는 “직접 사용”에 해당하는 것으로 규정하고 있고, 같은 조 제8의2호 및 같은 법 시행령 제1조의2에서 취득세가 부과되지 않는 신탁재산의 소유권이전은 ‘매각·증여’에서 제외하도록 규정하고 있다.

(5) 또한,「지방세특례제한법」제78조 제1항의 입법취지가 산업단지개발사업의 원활한 시행을 돕기 위하여 그 사업시행자가 산업단지의 조성에 수반하여 취득하는 부동산에 대해서 취득세 감면의 혜택을 주는 데 있다고 할 것이다.

(6) 따라서, 이 건 지목변경의 취득세 납세의무자는 청구법인이 아니라 이 건 사업시행자로 보는 것이 타당하고,「지방세특례제한법」제78조 제1항에서 산업단지 조성사업시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 30을 감면한다고 규정하고 있음에도 처분청이 이 건 토지의 형식적인 소유자가 청구법인이라는 사실만으로 이 건 지목변경에 대한 취득세 감면을 취소하고 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견(1)「지방세특례제한법」제78조 제1항에 따른 취득세를 감면받기 위해서는 산업단지개발사업의 시행자라는 인적 요건과 ‘산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산’이라는 물적 요건을 모두 갖추어야 한다고 보는 것이 타당하다(대법원 2019.10.31. 선고 2016두42487 판결).(2) 청구법인의 주장과 같이 쟁점 규정의 입법취지가 산업단지개발사업의 원활한 시행을 돕기 위하여 그 사업시행자가 산업단지의 조성에 수반하여 취득하는 부동산에 대해서 취득세 감면의 혜택을 주는 데 있다고 하더라도 사업시행자가 아닌 부동산의 소유자까지「지방세특례제한법」제78조 제1항의 감면 규정을 적용하는 것은 조세법규의 엄격해석원칙에 부합하지 않는다.

(3) 따라서, 처분청이 이 건 토지의 소유자 겸 이 건 지목변경의 취득세 납세의무자인 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점이 건 지목변경을「지방세특례제한법」제78조 제1항에서 규정하고 있는 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 부동산신탁 등을 목적사업으로 하는 신탁회사이고, 이 건 사업시행자는 2016.5.11. 본점소재지를 경기도 김포시 OOO로 하고, 이 건 개발사업(OOO사업)의 시행 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인이다.(나) 경기도지사는 2019.11.25. 이 건 개발사업 계획을 아래와 같이 승인하고, 이를 고시(경기도 고시 제2019-OOO호)하였다.

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○(다) 청구법인과 이 건 사업시행자는 2020년 8월 아래와 같이 이 건 신탁계약을 체결하고, 청구법인은 2020.8.20. 이 건 토지에 대해 신탁을 원인으로 소유권등기를 하였다.

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○(라) 청구법인은 2024.7.17. 이 건 개발사업이 준공됨에 따라, 이 건 지목변경을「지방세특례제한법」제78조 제1항에서 규정하고 있는 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등의 감면을 신청하였고, 처분청은 이를 받아들여 산출 세액의 100분의 35를 감면하였다.(마) 처분청은 청구법인이 이 건 개발사업의 사업시행자가 아님에도 이 건 지목변경에 대한 취득세 등을 감면하였다고 보아, 2025.7.15. 청구법인에게 이 건 취득세 등 OOO원을 부과·고지하였다.(2)「지방세법」제78조 제1항에서「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 2025.12.31.까지 경감한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대,「지방세특례제한법」제78조 제1항은 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서 취득세를 감면하도록 규정하고 있으므로, 문리해석상 산업단지개발사업의 시행자가 그 부동산 또는 지목변경의 취득자가 되어야 취득세를 감면할 수 있는 점,부동산의 신탁에 있어서 수탁자 앞으로 소유권이전등기를 마치게 되면 대내외적으로 소유권이 수탁자에게 완전히 이전되고 위탁자와의 내부 관계에 있어서 소유권이 위탁자에게 유보되는 것도 아닌 점,청구법인이 이 건 사업시행자로부터 이 건 토지를 신탁 받아 그 소유권등기까지 마친 이상 이 건 토지의 소유권은 대내외적으로 수탁자인 청구법인에게 완전히 이전되었다고 할 것인 점,이 건 토지의 소유자인 청구법인이 이 건 사업시행자에게 이 건 토지를 산업단지로 조성하도록 하여, 그 취득 행위(지목변경)가 발생한 것인바, 이 건 토지의 소유자인 청구법인이 이 건 지목변경에 따른 취득세 납세의무자라고 보는 것이 타당한 점 등에 비추어,처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법(2023.12.29. 법률 제19862호로 개정된 것)제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다.8의2. “매각ㆍ증여”란 이 법에 따라 지방세를 감면받은 자가 해당 부동산, 차량, 선박 등을 매매, 교환, 증여 등 유상이나 무상으로 소유권을 이전하는 것을 말한다.

다만, 대통령령으로 정하는 소유권 이전은 제외한다.제78조[산업단지 등에 대한 감면] ①「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는「산업기술단지 지원에 관한 특례법」제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다.

(이하 생략)(2) 지방세특례제한법 시행령(2023.12.29. 대통령령 제34079호로 개정된 것)제1조의2[매각ㆍ증여의 예외] 법 제2조 제1항 제8호의2 단서에서 “대통령령으로 정하는 소유권 이전”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소유권 이전을 말한다.3.「지방세법」제9조 제3항에 따라 취득세가 부과되지 않는 신탁재산의 소유권 이전(3) 신탁법제2조[신탁의 정의] 이 법에서 “신탁”이란 신탁을 설정하는 자(이하 “위탁자”라 한다)와 신탁을 인수하는 자(이하 “수탁자”라 한다) 간의 신임관계에 기하여 위탁자가 수탁자에게 특정의 재산(영업이나 저작재산권의 일부를 포함한다)을 이전하거나 담보권의 설정 또는 그 밖의 처분을 하고 수탁자로 하여금 일정한 자(이하 “수익자”라 한다)의 이익 또는 특정의 목적을 위하여 그 재산의 관리, 처분, 운용, 개발, 그 밖에 신탁 목적의 달성을 위하여 필요한 행위를 하게 하는 법률관계를 말한다.

(4) 산업입지 및 개발에 관한 법률제16조[산업단지개발사업의 시행자] ① 산업단지개발사업은 다음 각 호의 자 중에서 산업단지지정권자의 지정에 의하여 산업단지개발계획에서 정하는 자가 이를 시행한다.

3. 해당 산업단지개발계획에 적합한 시설을 설치하여 입주하려는 자 또는 해당 산업단지개발계획에서 적합하게 산업단지를 개발할 능력이 있다고 인정되는 자로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 자