이 건 전임교원들을 대학병원의 임직원으로 보아 그 급여등인 쟁점금액에 대해 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부

1. 처분개요가. 처분청은 청구법인이 2018년 9월부터 2023년 7월까지 A교 의무부 의과대학 부속병원(이하 “A병원”이라 한다) 소속 전임교원들(의과대학 학생을 지도하면서 진료를 겸임하는 교수, 이하 “이 건 전임교원들”이라 한다)에게 본봉, 연구보조비, 식대, 교육비, 기타수당 등으로 지급한 급여 중 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인이 이 건 전임교원들에게 지급한OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대해 주민세 종업원분(이하 “주민세”라 한다)을 신고·납부하지 아니하였다고 보아 2023.10.5., 2023.11.2. 청구법인에게 쟁점금액을 과세표준으로 하여 산출한 2018년 9월∼2023년 7월 주민세 합계 OOO원을 부과·고지하였다.＜표1＞ 이 건 전임교원들의 연인원 및 쟁점금액 지급 현황(단위 : 백만원, 명)

○

○

○나. 청구법인은 이에 불복하여 2023.12.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건 전임교원들은 의과대학의 설치 및 유지에 필수적인 자들로서 임상교육을 전문적으로 수행할 목적으로 청구법인이 직접 채용하였다.(가) 이 건 전임교원들은 국내에서 의과대학을 설치하고 유지하기 위해서는 필수적으로 충족시켜야 하는 의대평가인증 기준에 맞춰 임용된 자들로서 의과대학 교육사업을 영위하기 위한 근간에 해당한다.1) 의학교육평가인증 기준(ASK2019) 2.5 상 임상교육 실시 필수기준가) 「의료법」제5조 제1항은 국내 의사면허 취득의 전제조건으로 「고등교육법」제11조의2에 따른 독립된 인정기관(평가인증기구)의 인증(평가인증기구 인증)을 받은 의과대학을 졸업하고 관련 의학사 학위를 받을 것을 요구하고 있다.나) 상기 법정 요구조건에 따라 국내에서 활동할 의사를 배출하고자 하는 모든 대학은 「고등교육법」제11조의2 제2항 단서규정에 의거하여 「고등기관의 평가·인증에 관한 규정」에 따른 평가인증기구인 「한국의학교육평가원」(KIMEE:　Korean Institute of Medical Education and Evaluation)에 관련 평가·인증을 신청하여 동 기관의 평가·인증을 받아야 한다.다) 또한, 한국의학교육평가원의 인증을 받는 경우 그 인증기간은 6년, 4년, 2년으로 구분되고, 해당 대학은 당해 인증을 유지하기 위해 2년마다 개선결과를 포함한 중간평가연구보고서를 작성 및 제출하여야 하며, 인증기간 만료 1년 전에 차기 평가인증을 신청하여야 한다.

만약, 대학이 이러한 인증기준을 충족하지 못하여 ‘불인증’ 판정을 받는 경우에는 신입생 모집을 제한받고, 학과 폐지의 불이익을 입을 수 있다.라) 이와 같이 국내 의과대학은 필수적으로 한국의학교육평가원이 제시한 인증기준에 맞춰 의과대학의 시설 및 교과과정을 운영하여야 하고, 그 인증을 유지하여야 한다.마) 그런데 의과대학 인증기준인 의학교육 평가인증 기준(ASK2019) 2.5(이하 “평가인증기준”이라 한다)는 무엇보다도 의과대학 학생들이 졸업 후에 환자를 대상으로 1차 진료를 할 수 있도록 하기 위해 반드시 임상의학 교육과정과 임상실습 교육과정(이하 임상의학 교육과정과 임상실습 교육과정을 합해 “임상교육”이라 한다)을 운영할 것을 요구하고 있다.바) 그리고 평가인증기준상 임상교육 대상이 되는 이른바 임상술기(1차 진료를 독자적으로 수행할 수 있는 임상실무역량)에는 병력청취, 신체검사, 의사소통기술, 수행, 관찰, 응급진료, 처방, 치료행위가 포함된다.

○

○

○사) 결과적으로 청구법인이 국내에서 전문의료인을 양성하는 의과대학을 설치하고 유지하기 위해서는 반드시 평가인증기준에 따른 임상교육 과정을 필수적으로 운영하여야만 하고, 그 임상교육 과정을 운영하기 위해서는 임상교육을 전문으로 실시하는 임상교원 확보가 필수적이다.2) 평가인증기준상 의과대학 내 임상의학 전임교수 요구 인원수 필수기준가) 평가인증기준에 따르면, 의과대학은 임상의학 전공 분야별로 적절한 수의 임상교수를 확보하여야 하는데, 이러한 임상교수 즉, 임상의학 전임교수는 각 전공 분야별로 1인 이상, 총 85명 이상이어야 한다.

○

○

○나) 청구법인은 평가인증기준이 요구하는 임상의학 전임교수 인원수 필수기준을 충족하기 위하여 이 건 전임교원들을 임용하고 그 고용을 유지하고 있는바, 이 건 전임교원들은 청구법인이 의과대학을 유지하고 운영하는 데 없어서는 안될 필수적인 인적 설비이다.다) 요컨대, 이 건 전임교원들은 처음부터 임상교육이라는 교육사업에 공할 목적으로 임용된 뒤 임상교육의 목적 틀 내에서 진료행위 등을 행하고 있는바, 그 임용목적을 기준으로 볼 때 이 건 전임교원들을 수익사업에 제공된 자로 볼 여지는 없다.(나) 이 건 전임교원들은 청구법인 산하의 A교에서 주관하는 임용절차를 거쳐 임용되었고, 임용된 후에도 계속하여 A교에 소속되는바, 학교법인의 교육사업에 종사하는 자들이다.1) 청구법인의 ＜교원임용 규정＞ 및 ＜전임교원 신규임용에 관한 지침＞가) 청구법인은 「고등교육법상」대학으로, 같은 법 제14조의2는 고등교육기관의 교원임용 절차를 엄격히 규율하고 있는데, 청구법인은 소속 교원의 임용, 재임용에 관한 사항을 규정하기 위해서 법인 정관 외에도 하위규정으로 ＜교원임용 규정＞과 ＜전임교원 신규임용에 관한 지침＞을 두고 이에 따라 교원 신규임용 절차를 엄격히 이행하고 있다.나) 이와 관련하여 청구법인의 ＜교원임용 규정＞제5조 제1항 및 제2항에 따르면, 청구법인이 의과대학 교원을 임용하기 위해서는 먼저 의과대학장이 해당 교실 주임교수와 협의하여 의과대학인사위원회의 심의를 거친 후 대상 후보자를 총장에게 상신하고, 대학총장은 대학교원인사위원회의 심의를 경유하여 학교법인에 이를 제청하여야 한다.다) 한편, 이 건 전임교원들의 경우에는 이러한 절차에 더하여 의료원장의 동의를 받는 추가 절차도 거쳐야 하는데, 이는 이 건 전임교원들이 주로 근무하는 장소(임상실습 장소)가 A병원이라는 점에서 의료원장의 의견을 참조하기 위함에 불과하다.라) 그리고 ＜전임교원 신규임용에 관한 지침＞에 따르면, 이 건 전임교원들을 포함한 모든 교원 채용계획은 대학총장이 정하고(제4조), 그 채용심사 절차는 기초심사에서 시작하여 전공 및 연구심사, 심화심사, 대학교원인사위원회 심사, 최종면접을 거쳐야 하며(제7조), 이 경우 기초심사에서부터 전공 및 연구심사, 심화심사는 모두 의과대학 학장 내지 전공주임교수로 구성된 심사위원이 담당하고(제8조 내지 제10조), 이후 대학교원인사위원회를 거친 대상자는 학교재단 이사장과 상임이사, 총장 및 위촉 면접위원으로 구성된 최종 면접 절차를 통과하여야 한다(제22조).마) 상기 규정을 종합하여 보면, 이 건 전임교원들의 임용절차는 청구법인의 학교 정관과 그로부터 위임된 일련의 내부 규정과 절차에 따라서 학교사무를 총괄하는 대학 총장과 의과대학장의 책임과 주관하에 일반적인 교육 교원 채용절차로 진행된다는 점에 논란의 여지가 없다.2) 이 건 전임교원들의 실제 임용절차가) 이 건 전임교원들의 임용절차는 상기 ＜교원임용 규정＞ 및 ＜전임교원 신규임용에 관한 지침＞을 정확히 준수하여 청구법인 주관으로 진행되었다.나) 구체적으로, 청구법인 산하의 A교는 이 건 전임교원들을 임용하기 위하여 제일 먼저 의과대학장이 위원장으로 있는 의과대학 인사위원회의 의결절차를 거쳐 의과대학 내 임상교원 증원 수를 결정하였고, 상기 인사위원회 결정 내용에 터잡아 총장은 자신의 명의로 인터넷에 여타 단과대학 교수의 초빙공고와 함께 의과대학 임상교원의 채용공고를 게재하였다.

의과대학 임상교원의 채용공고에서 확인할 수 있듯이, 이 건 전임교원들은 정년트랙 교원 등으로 구분되어 임용되고, 채용 관련 절차는 A교 교무팀에서 주관하며, 최종 채용심사 시 대학교원인사위원회의 심의를 받아 최종면접을 진행하고, 채용공고에 명시되지 않는 사항은 「사립학교법」과 중앙대 인사 관련 규정에 따름이 분명히 기재되어 있다. 이후 교학부총장, 교무처장 등 위원으로 구성된 대학교원인사위원회의 심의를 거쳐 최종면접 대상자가 추천되었고, 해당 대상자들이 최종면접을 거쳐 이 건 전임교원들 임용 대상자로 선발되었다.다) 이와 같이 이 건 전임교원들의 임용절차는 어디까지나 학교법인 본부와 의과대학이 교원수급 계획에 따라 전권을 행사하는 사항이고, 의료원장과 A병원장은 채용절차에 일부만 부분적으로 관여할 뿐이므로, 이 건 전임교원들은 청구법인의 지휘·감독 하에 채용된 자로 봄에 논란의 여지가 없다.3) 이 건 전임교원들의 임용계약가) 청구법인은 신규 임용된 이 건 전임교원들과 청구법인 이사장을 ‘갑’으로, 신규 임용된 이 건 전임교원들을 ‘을’로 하여 교원임용계약을 체결하였다.나) 임용계약서에 따르면, 이 건 전임교원들은 ‘A교 의과대학 의학부’에 소속되어 계약기간 중 A교 전임교원 신분의 권리를 가지고, A교 교원으로서 학내 제규정이 정한 바에 따라 성실히 복무하여야 하며, 급여는 연구업적 등을 평가하여 1년 단위로 재결정하고, 지급방법은 A교의 연봉제 급여규정에 따르며, 계약서에 명시되지 않은 사항은 청구법인의 정관 및 A교 제규정에 따른다고 기재되어 있다.다) 한편, 이 건 전임교원들의 임용계약서는 A병원이 직접 채용하여 A교 의료원에 소속시키는 진료교수의 근로계약서와 크게 상이한 부분을 발견할 수 있는데, 이를테면 아래 ＜표2＞와 같이 ①계약서 체결주체(이 건 전임교원들의 경우 ‘학교법인 A교 이사장’ 명의, 진료교수의 경우 ‘A교 의료원장’ 명의), ②급여지급 기준(이 사건 임상교원의 경우 ‘중앙대 연봉제 급여규정’ 적용, 진료교수의 경우 ‘의료원 규정’ 적용, ③소속 조직(이 사건 임상교원의 경우 ‘A교 의과대학 의학부’ 소속, 진료교수의 경우 ‘A교 의료원’ 소속, ④기타 준수 규정(임상교원의 경우 ‘청구법인 정관’ 및 ‘A교 제규정’ 준수, 진료교수의 경우 ‘A교 의료원 제규정’ 준수) 등에서 그러하다.＜표2＞ 이 건 전임교원들 임용계약서와 진료교수 근로계약서 차이

○

○

○라) 이와 같은 사정을 종합하여 볼 때, 이 건 전임교원들은 채용절차 및 근로감독권 행사 주체에서부터 A병원 소속의 진료교수와 명백히 구분되는 자들로서 처음부터 청구법인의 교육사업에 공할 목적으로 임용되어 청구법인에 소속되어 교육사업에 종사하는 자임이 분명하다.(다) 이 건 전임교원들은 학교법인의 전임교원 수에 포함되어 교육부에 통보되고, 교육부의 감독·조사 대상에 해당한다는 점에서도 청구법인의 교육사업에 직접 관련된 자들이다.1) 「사립학교법」에 따르면 사립대학교를 설치·경영하는 학교법인은 교육부장관의 지도·감독을 받아야 하고(제4조), 관할청은 사립학교의 교육에 관하여 조사를 하거나 통계 또는 그 밖에 필요한 사항에 관한 보고를 하게 할 수 있는바, 소속 공무원으로 하여금 장부나 그 밖의 서류 등을 검사하게 하거나 교육의 실시상황을 조사하게 할 수 있다(제70조).2) 교육부의 지도·감독·보고·조사의 대상에는 당연히 학교 소속 교원에 관한 사항이 포함되는데, 이 건 전임교원들은 물리적으로 A병원 사업장내에서 주로 근무하지만, 청구법인의 전임교원 수에 포함되어 교육부에 통보되고, 그 채용 및 인사관리 전반이 교육부 관할 대상에 해당하며, 매번 교육부의 지도·감독·보고·조사를 받고 있다.3) 이러한 사정은 전술한 진료교수의 경우와는 사정이 크게 다른데, 진료교수는 그 채용주체가 학교법인이 아닌 병원이므로 「의료법」에 따라 보건복지부장관의 보고·검사 대상에 해당한다.4) 이와 같이 이 건 전임교원들의 지도·감독·보고·조사의 소관 부처를 살펴보더라도, 이 건 전임교원들은 청구법인의 교육사업에 제공되는 교육교원으로 봄이 타당하다.

(2) 이 건 전임교원들은 임상교육 및 연구업무를 주된 업무로 수행하는 자들로 주민세 면제대상에 해당한다.(가) 이 건 전임교원들이 수행하는 진료행위는 기본적으로 A교 의과대학 학생들에 대한 임상교육을 목적으로 수행되는 것이므로, 이 건 전임교원들의 진료행위를 단순 시간기준으로 나누어 수익사업을 목적으로 한 행위로 볼 수 없다.1) A병원은 일반적인 종합병원과 달리 의과대학 부속병원으로서 소속 의료진의 진료행위 시 A교 의과대학 학생들이 배석하여 임상교육을 받을 수 있다.2) 구체적으로 A교 의과대학 학생들은 이 건 전임교원들이 행하는 진료행위 전반을 밀착하여 관찰·보조함으로써 이른바 임상술기에 해당하는 병력의 청취, 환자 신체검사, 환자와의 의사소통 기술, 수행, 관찰, 응급진료, 처방, 치료행위를 자연스럽게 배우게 된다.3) 따라서 이 건 전임교원들이 행하는 모든 진료행위는 환자를 진료하는 단순 의료행위에 그치는 것이 아니라 임상교육 자체에 목적을 두고 있으므로, 이 건 전임교원들의 진료행위와 교육행위는 물리적으로 구분하는 것이 불가능하다.4) 주지하다시피, 의과대학 교육의 본령은 이론교육보다는 임상실무에 조금 더 주안점을 두므로, 최소한 의학사 자격을 가진 자라면 1차 진료기관에서 임상실무를 수행할 수 있는 능력을 갖출 것을 의과대학 교육의 기본목표로 삼고 있다.

따라서, 임상교원의 진료행위는 임상교육과 불가분의 관계에 있을 수밖에 없다.5) 실제로, 대법원도 의과대학 학생들에 대한 교육·연구가 교육사업에 해당함을 전제하고, 심지어 이 사건과 달리 의과대학 부속병원이 아닌 협력병원으로 파견된 임상교원들의 진료행위조차도 학생교육을 위한 임상경험 축적 및 연구행위의 일환으로 볼 여지가 충분한 점 등을 들어, 파견교원들의 주된 직무를 비과세 대상 사업인 의과대학 학생의 교육·연구로 판단한 바 있다(대법원 2010.4.15.자 2010두573 판결).6) 요컨대, 의학부 학생들은 임상교원의 모든 진료행위를 일상적으로 관찰·모방하고 학습함으로써 실무 의료진으로 성장 가능한 것이므로, 대법원 판례는 임상교원들의 진료행위를 수익사업을 위한 행위로 단순 구분하거나 또 이를 물리적으로 계량하는 것은 본질적으로 불가능할 뿐만 아니라, 임상교육의 목적 및 실질, 진행 방법에 비춰볼 때 타당하지도 않다고 본 것이다.7) 이처럼 이 건 전임교원들의 진료활동이 A교 의과대학 학생들에 대한 임상교육 활동과 불가분의 관계에 있다는 점을 전제하여 볼 때, 이 건 전임교원들의 진료시간과 강의시간을 단순히 집계하여 수익사업과 교육사업의 주된 사업성을 판단하려는 처분청의 의견은 의과대학 내에서 이 건 전임교원들이 행하는 임상교육 행위의 본질적 성격을 외면한 주장에 다름 아니다.(나) 이 건 전임교원들이 A교 의과대학 학생들에게 실시하는 임상교육은 의료인 교육과정의 가장 핵심적인 내용이므로, 이 건 전임교원들 없이 청구법인이 의학교육사업을 영위할 수 있는 방법은 전혀 존재하지 아니한다.1) 이 건 전임교원들은 A교 의과대학 학생들이 향후 직접 진료행위를 수행할 수 있도록 직접적 임상경험을 학생들에게 제공하고, 그 과정에서 학생들을 지도·관리하는 역할을 수행하고 있다.

실제로 이 건 전임교원들 중 상당수는 평가인증기준상 과별 임상실습 책임교수로 임명되어 있다.2) 앞서 강조한 바와 같이, A교 의과대학 의학부 5, 6학년 교육과정의 대부분이 임상실습 강의로 구성된 이유는 평가인증기준에서 임상교육 과정이 필수적으로 요구되는 이유도 있지만, 의과대학 학생들이 학부를 졸업 후 실제 의료행위를 행할 때 이론교육보다는 임상교육이 가지는 중요성이 훨씬 크기 때문이다.3) 환자 입장에서도 기초의학 이론강의만을 수강하고 의학서적을 통해 간접 임상경험을 한 의사보다는 구체적이고 실무적인 임상교육을 직접 받은 의사를 선택하는 것이 당연하므로, 국내 모든 의과대학은 학생들을 최대한 많이 실제 환자에게 노출시키고, 진료와 수술 등 의료행위에 참관 및 학습할 수 있도록 하기 위하여 의과대학 부속병원이나 협력병원 시스템을 갖추고 다수의 임상교원을 확보하고 있다.4) 청구법인 역시 이러한 독립된 임상교육장과 임상교원 확보의 중요성을 알고 학생들이 보다 용이하게 임상교육을 받을 수 있도록 하기 위해 종전에 필동, 용산에 구분되어 소재하고 있던 부속병원을 없애고 현재 청구법인 의과대학이 소재한 흑석동에 A병원을 신설한 바 있으며, 적시에 임상교육이 실시되도록 이 건 전임교원들에게 높은 수준의 임상교육 과업을 부여하여 왔다.5) 요컨대, 이 건 전임교원들은 의과대학 교육의 가장 핵심인 임상교육을 전문적으로 실시하기 위하여 엄격히 심사되어 고용된 정식 교육교원으로, 청구법인이 영위하는 의과대학 교육사업의 핵심 근간을 이루고 있다.

따라서 이들 없이는 청구법인이 의과대학 교육사업을 정상적으로 영위할 수 있는 수단이나 가능성이 전혀 없다.(다) 이 건 전임교원들은 실제 임상교육을 주된 직무로 수행하였다.1) 이 건 전임교원들은 각 분과별 임상교육 과정 커리큘럼을 기재한 임상실습지침서를 매학기별로 작성하고, 이에 따라 성실하게 임상교육을 실시하였다.2) 임상실습지침서 및 그에 별첨된 “실습 주간 일정표”를 보면, 이 건 전임교원들이 매주간별로 수행하는 실습과정이 미리 공지되고 학생들은 이에 따라 임상실습 과정에 참여하게 됨을 알 수 있다.3) 나아가, 이 건 전임교원들이 임상교육을 실시한 후에는 학생들의 실습 수행내용을 충실하게 평가하고, 관련 후속 지도를 실시하여야 하는데, 각 이 건 전임교원들은 이에 맞춰 임상실습 수행평가 확인서를 작성 및 제출하여야 한다.4) 이를 종합하여 보면, 이 건 전임교원들은 A교 의과대학 학생들에게 가장 중요한 교과과정인 임상교육 및 학생지도를 실제 성실히 수행하고 있고, 이들 임상교육이나 개별지도가 적절히 이뤄질 수 있도록 사전, 사후에 임상교육 과정이 적절히 계획되고 문서화되고 있음을 알 수 있다.(라) 이 건 전임교원들은 교육사업에 속한 연구업무도 주된 직무로 성실하게 수행하였다.1) 이 건 전임교원들은 최초 임용시 국제전문학술지(A＆HCI, SSCI, SCIE)에 주저자로서 1편 이상의 논문 게재 실적을 가지고 있는지 여부가 심사기준으로 적용되었다.2) 또한, 임용된 이후에도 이 건 전임교원들은 꾸준하게 연구업무를 수행하여야 하는데, 대외적으로 다양한 세미나에 참석하고 학술지에 논문을 게재하는 방식으로 연구업무를 수행하는 것 이외에도, 대내적으로 다양한 환자들을 대상으로 진료행위를 하면서 제반 임상사례를 축적하는 방식으로도 연구업무를 수행하여야 한다.

즉, 매번 증상이 다른 환자들을 접하고 그에 맞는 최적의 치료 방법에 관한 데이터를 축적하는 것 자체가 임상교원의 연구업무를 구성하는 것이다.3) 동일한 취지에서 법원도 의과대학 교수의 경우 임상에서의 실무경험이 학생교육에 필수적이므로 진료행위조차도 학생교육을 위한 임상경험 축적이자 연구행위의 일환으로 볼 여지가 충분하다고 판시(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결)한바 있다.

(3) 이 건 전임교원들은 청구법인의 교직원 연봉 기준에 따라 급여를 지급받고 있고 성과평가 시에도 연구 및 교육평가 비중이 월등히 높게 책정되어 있는바, 교육사업을 주된 직무로 수행하는 자에 해당한다.(가) 청구법인은 대학교 교직원의 연봉제 급여에 관한 기준과 절차를 정하기 위하여 정관의 위임을 받아 ＜연봉제 급여 규정＞을 두었고, 교원업적평가를 공정하고 합리적으로 관리 운영하기 위하여 ＜교원임용규정＞제3장 및 ＜연봉제 급여 규정＞제5조(기본급 결정)에 따른 ＜교원업적평가 규정＞을 두고 있다.(나) 그리고 이 건 전임교원들은 당연히 학교 교원의 일원이므로, 전술한 ＜연봉제 급여 규정＞에 따라 연봉으로 급여를 지급받고 있는데, 연봉은 본봉과 연구보조비로 구성된 기본급과 전임교원을 대상으로 한 정근수당 등으로 구성되고, 종합평가 등급에 따라 차등하여 계산되는 방식이다.

또한, 연봉 외 급여로 업적평가 결과에 따라 개인에게 차등 지급되는 변동 성과급 등을 지급받고 있다.(다) 한편, 기본급 결정의 기준이 되는 ＜교원업적평가 규정＞에 따르면, 교원업적의 평가분야는 교육, 연구, 봉사, 진료, 실무활동 실적을 말하고, 이 중 교육업적이란 강의분야(진료활동 포함) 및 학생지도 등과 관련된 실적물을, 연구업적이란 전공분야와 관련된 논문 등 학문적 연구활동의 결과물을, 진료업적이란 의학부 임상교원의 평가에 적용되는 기준을 말한다.(라) 그리고 연도별 업적 반영 비율은 총장이 따로 정하는데, 교육업적의 평가항목 및 배점은 총장이 정하되, 의과대학의 평가항목은 대학의 특성을 고려하여 실습 및 진료실적을 포함할 수 있고, 연구업적의 평가항목은 논문, 전문학술저서, 대체연구업적 등으로 하고 세부항목 및 배점은 총장이 따로 정하도록 한다.

이 경우, 이 건 전임교원들에 대해서는 연구실적 50%, 진료실적 30%, 교육실적 15%, 봉사실적 5%의 비중으로 개인별 성과가 평가되었다.(마) 이를 종합하여 보면, 이 건 전임교원들이 A병원에서 정한 기준이 아니라 청구법인의 교직원 연봉 기준에 따라 급여를 지급받고 있고, 개인별 성과평가 시에도 연구 및 교육에 대한 평가비중이 월등히 높음을 쉽게 알 수 있는 이상, 이 건 전임교원들은 청구법인의 교육사업을 주된 직무로 수행하는 자로 판단함이 타당하다.

(4) 이 건 전임교원들이 수익사업에서 적립된 고유목적사업준비금을 재원으로 일부 급여를 지급받고 있는 사실을 들어, 이 건 전임교원들의 주된 직무를 판단할 수는 없다.(가) 청구법인은 이 건 전임교원들에게 급여를 지급하면서, 수익사업(A병원 의료사업)에서 발생한 재원의 일부를 보전받아 지급하고 있는바, 처분청은 이러한 사정을 들어 이 건 전임교원들의 주된 직무가 교육사업이 아닌 수익사업(병원의료사업)에 있다는 의견이다.(나) 그러나 이는 학교법인 사업구조에 대한 이해를 결여한 의견에 다름 아니다.

일반적으로 학교법인을 포함한 비영리법인의 경우, 비영리사업 자체에서는 재정의 독립성과 지속가능성을 담보할 수 없으므로, 수익사업에서 발생하는 이익과 자금을 재원 삼아 본래의 비영리사업 부문으로 전용하는 것을 폭넓게 인정하고 있고, 실제 세법에서도 고유목적사업준비금 전입이라는 명칭 하에 고유목적사업준비금에 전입된 비용을 수익사업의 과세소득에서 공제해주는 제도를 운용하고 있다. 특히, 비영리법인의 수익사업에서 발생한 이익 중 얼마만큼을 고유목적사업(비수익사업)으로 지원, 전용할 것인지의 문제는 각 수익사업부문이 발생시키는 이익 상황과 비영리법인의 재정 여건에 맞춰 각 법인별로 자체적으로 정하는 사안에 불과하다.(다) 이 사건의 경우에도 병원 의료사업이라는 수익사업에서 발생한 재원으로 학교 교육사업에 전용될 부분에 대해 「법인세법」상 고유목적사업준비금을 적법하게 적립한 후 이를 학교계정으로 전입한 것인데, 이를 두고 A병원이 이 건 전임교원들에게 직접 급여를 지급한 것으로 보아야 한다는 처분청 의견은 전혀 타당하지 아니하다.(라) 나아가 이 사건에서 A병원이 A교로 전출한 금원은 이 건 전임교원들의 급여 지급액에 비례하여 일정한 반대급부 관계에서 금액이 결정된 것이 아니라, A병원과 A교의 일반적인 자금 사정을 고려하여 그때 그때 수시로 결정된 것이다.(마) 이와 같이 각 대학마다 부속병원에서 본교로 전입된 자금에 대한 회계처리 방식이 모두 상이하고, 부속병원 내 임상교원에 대한 재정지원 사정과 관련한 회계, 세무처리 또한 모두 상이하므로 모든 대학교에 일괄적인 기준을 적용하여 동일하게 판단하는 것은 타당하지 아니하다.(바) 특히, 청구법인은 부속병원에 소속된 진료교수에 대해서는 A병원이 직접 채용을 하고 급여를 지급하고 있는 사정상 이 건 전임교원들 사례와는 다르다고 보아 관련 주민세를 성실히 신고·납부하여 왔고, 단지 교육사업에 주되게 종사하는 이 건 전임교원들에 대해서만 주민세 면제 지위를 적용하여 왔는바, 다른 대학교 사례와 같이 병원이 직접 채용한 진료교수에 대한 급여마저 모두 주민세 면제대상으로 보거나 또는 외부의 협력병원에 임상교원을 파견하고 그 반대급부 성격의 대가를 수취한 부분에 대해서조차 주민세를 신고·납부하지 않은 사례와는 그 성격을 완전히 달리한다.

(5) 이 건 전임교원들은 첫째, 국내에서 전문의료인 양성을 목적으로 의과대학을 설치·유지·운영하려는 학교사업자에게는 반드시 필수적으로 요구되는 자들로서, 임상교육을 전문적으로 수행하기 위해 청구법인이 직접 임용하고 청구법인 교원조직에 직접 소속되어 교육부의 감독·조사를 받는 교육교원들인 점, 둘째, 그들의 역할 자체가 진료행위를 행하면서 A교 의과대학 학생들에게 필수적인 임상교육 교과과정을 일상적으로 제공하는 것인바, 역할 기준상으로도 임상교육과 연구업무를 주된 업무와 역할로 수행하는 자들임이 분명한 점, 셋째, 이 건 전임교원들은 학교법인의 교직원 연봉 기준에 따라 급여를 지급받고, 성과평가 시에도 연구 및 교육 평가비중이 월등히 높게 책정되어 있는 점, 넷째, 이 건 전임교원들에 대한 급여의 일부는 수익사업에서 발생한 자금을 재원으로 삼지만, 이러한 인건비 지원액은 모두 교육사업을 위하여 세무목적상 적법하게 적립된 고유목적사업준비금 전입액에 근거하고 있는 점을 종합하여 볼 때, 이 건 전임교원들이 청구법인의 교육사업을 주된 직무로 하여 그 업을 수행하는 자들에 해당함이 분명한바, 주민세 면제대상으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견쟁점금액은 이 건 전임교원들이 A병원에 근로를 제공하고 받은 보수인바, 「지방세법」제74조 제8호에서 규정하고 있는 종업원의 급여로서 주민세 과세대상에 해당한다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점이 건 전임교원들을 대학병원의 임직원으로 보아 그 급여 등인 쟁점금액에 대해 주민세 종업원분을 부과한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 산하 A교를 설치·운영하고 있고, A교 단과대학 중 하나인 의과대학에는 부속병원인 A병원을 두고 있으며, 청구법인, A병원은 함께 서울특별시 동작구 흑석동에 소재하고 있다.(나) 청구법인은 A병원이 이 건 전임교원들에게 지급한 진료수당 등에 대하여는 그 전부를 주민세 과세표준으로 하여 주민세를 납부하였으나, 쟁점금액에 대하여는 주민세를 납부하지 아니하였다.(다) 서울특별시장은 이 건 전임교원들이 A병원에 주로 근무하고 A병원의 수익으로 이 건 전임교원들에게 쟁점금액을 지급하고 있으므로 이는 학교법인의 수익사업에 해당함에도, 쟁점금액에 대한 주민세를 납부하지 아니하였다고 보아 2023.10.5., 2023.11.2. 청구법인에게 이 건 주민세를 부과하였다.(라) 의과대학 부속병원에 대한 주민세 관련 개정 연혁을 보면, 구「지방세특례제한법」제2조 제1항 제2호에서 수익사업을「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다고 규정하면서 그 단서에서「고등교육법」제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다고 규정하여 의과대학 부속병원에 대해 주민세를 면제하다가 2014.12.31. 법률 제12955호로「지방세특례제한법」제2조 제1항 제2호를 개정하여 그 단서를 삭제함에 따라, 2015.1.1.부터 의과대학의 부속병원이 경영하는 의료업은 주민세 과세 대상에 해당하게 되었다.(마) 청구법인은 이 건 전임교원들의 경우 진료와 강의에 소요되는 시간을 제외한 나머지 시간에는 강의 준비, 임상실험 등을 하거나 논문 저술 또는 학회에 참석하는 등의 활동을 한다고 하면서 이는 강의와 같은 연구 활동에 해당하므로, 단순히 강의 시간의 많고 적음으로 이 건 전임교원들의 주된 직무를 판단하는 것은 타당하지 않다고 주장한다.(2)「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제2호에서 “수익사업”이란「법인세법」제4조 제3항 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에서「고등교육법」등에 따른 학교가 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업에 따른 수입을 제외한 나머지 사업으로 수입이 발생하는 경우 그 사업을 말한다고 규정하고 있다.

또한,「지방세특례제한법」제41조 제3항에서 학교 등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교 등에 대한 주민세 사업소분 및 종업원분을 각각 2024.12.31.까지 면제하되, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제4항에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 종업원분”이란 수익사업에 제공되고 있는 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 종업원분으로, 면제대상 사업과 수익사업에 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 직무에 따른다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점금액이 이 건 전임교원들의 수익사업인 의료업에 종사한 대가로 받은 보수로서 주민세 과세대상이라는 의견이나, A병원이 이 건 전임교원들에게 직접 지급한 진료수당 등은 이들이 환자 등에게 제공한 의료서비스의 대가로서 A병원이 진료수당 등을 과세표준으로 하여 주민세를 신고·납부하고 있는 점,청구법인은 이 건 전임교원들의 임상 경험 등을 고려하여 A교 의과대학의 정교수, 부교수 등으로 임용하였는바, 청구법인이 이들에게 지급한 쟁점금액은 청구법인이 A교 소속 다른 단과대학 교원들에게 지급하는 급여와 본질적으로 다르지 않다고 보이는 점,의과대학 소속 교수들이 부속병원 등에서 환자를 진료하고 수술을 하면서 의과대학 학생들에게 이를 참관하도록 하거나, 각종 수련을 하도록 하는 것은 의과대학 교육과정의 하나로 볼 수 있는 점,법원은 주민세를 부과함에 있어, 종업원들에 대한 급여의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것인지에 따라 주민세 부과 여부를 결정하는 것은 타당하지 않다고 판결한 점(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 대법원 2010.4.15. 선고 2010두573 판결, 같은 뜻임),아울러 이 건 전임교원들은 A교 의과대학의 교수로서 연구활동을 하면서 A병원에서 진료 및 수술 등을 하고 있는바, 쟁점금액이 주민세 과세대상에 해당하는지 여부는 그 주된 직무에 따라야 하는데, 청구법인이 이 건 전임교원들의 임용 및 급여 지급의 주체이고, 이 건 전임교원들의 직무상 특수성(임상경험과 연구활동의 불가분성) 등을 고려할 때 이 건 전임교원들의 주된 직무가 수익사업에 해당한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어,쟁점금액은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것인바, 처분청이 이와 다른 취지에서 이 건 주민세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2024지292, 2026.6.5. 조세심판관합동회의 결정, 같은 뜻임).4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.2. “수익사업”이란「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ③ 학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교등에 대한 주민세 사업소분(「지방세법」제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다.

이하 이 항에서 같다) 및 종업원분을 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령(2021.12.31. 대통령령 제32292호로 개정된 것)제18조(학교등 면제대상 사업의 범위 등) ④ 법 제41조 제3항 단서에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분”이란 수익사업에 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 사업소분(「지방세법」제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다)과 종업원분을 말한다. 이 경우 면제대상 사업과 수익사업에 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 용도 또는 직무에 따른다.

(3) 법인세법제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것(이하 생략)(4) 법인세법 시행령제3조(수익사업의 범위) ① 법 제4조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업나. 「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교(5) 지방세법제74조(정의) 주민세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.3. “종업원분”이란 지방자치단체에 소재한 사업소 종업원의 급여총액을 과세표준으로 하여 부과하는 주민세를 말한다.8. “종업원”이란 사업소에 근무하거나 사업소로부터 급여를 지급받는 임직원, 그 밖의 종사자로서 대통령령으로 정하는 사람을 말한다.

서울특별시장이 2023.10.5., 2023.11.2. 청구법인에게 한 주민세 합계OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.