1 이 건 전임교원들을 대학병원의 임직원으로 보아 그 급여 등인 쟁점금액에 대해 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부2 청구법인이 쟁점사업소에 파견한 파견직원을 청구법인 사업소 소속 종업원으로 보아 그 급여 등에 대해 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부

1. 처분개요가. 처분청은 청구법인이 2018년 10월부터 2023년 10월까지 A 의과대학 부속병원(B병원과 C병원, 이하 “A대학병원”이라 한다) 소속 전임교원들(의과대학 학생을 지도하면서 진료를 겸임하는 교수, 이하 “이 건 전임교원들”이라 한다)에게 본봉, 보직수당, 직무수당, 연구비 등으로 지급한 급여 중 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인이 이 건 전임교원들에게 지급한 OOO원(이하 “쟁점금액①”이라 한다)에 대하여 주민세 종업원분(이하 “주민세”라 한다) 신고·납부대상에 해당하는 것으로 보는 한편, 청구법인이 청구법인의 주된 사업소 부지 내에 설치되어 있는 A 산학협력단(이하 “쟁점사업소”라 한다)에 청구법인 소속 직원들(각 월말 기준 3∼7명)을 파견(이하 해당 직원들을 “파견직원들”이라 한다)하여 쟁점사업소의 업무에 종사하게 하였는바, 파견직원들은 청구법인 소속 종업원에 해당하고, 쟁점사업소가 같은 기간 동안 파견직원들에게 지급한 아래 ＜표2＞의 급여 합계액 OOO원(이하 “쟁점금액②”라 한다)에 대하여 주민세 신고·납부대상에 해당하는 것으로 보아 2023.12.6. 청구법인에게 쟁점금액①·②를 과세표준으로 하여 산출한 주민세 OOO원 및 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.＜표1＞ 이 건 전임교원들에 대한 연도별 쟁점금액① 지급 현황(단위 : 백만원)

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○＜표2＞쟁점사업소의 연도별 쟁점금액② 지급 현황(단위 : 백만원)

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○나. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점금액①이 병원수익금에 그 원천을 두고 있다는 이유로 주민세 과세대상으로 보는 것은 위법·부당하고, 이 건 전임교원들의 주된 직무는 교육 및 학술연구이므로 주민세 부과처분은 취소되어야 한다.(가) 쟁점금액①의 지급 원천에 따른 주민세 부과처분은 위법·부당하다.「지방세특례제한법」제41조 제3항 및 같은 법 시행령 제18조 제4항(이하 “감면규정”이라 한다)에서는 학교 등에 대한 주민세를 면제하면서 ①수익사업에 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 주민세에 대해서는 면제하지 아니하고, ②면제 대상 사업과 수익사업에 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 용도 또는 직무에 따르도록 하고 있다.이 건 전임교원들은 주민세 면제 대상 사업인 의과대학 학생들의 교육 및 연구활동에 종사함과 동시에 수익사업에 해당하는 의과대학 부속병원에서의 의료활동을 하는바, 이 건 전임교원들의 총 급여에는 교육·연구에 대한 대가와 진료·의료에 대한 대가가 혼재되어 있다.청구법인은 급여의 성격에 따라 학교의 전임교원으로서 지급받는 호봉에 대하여는 교비회계에서 지급하면서 비수익사업(평균적으로 총 급여의 60% 수준)으로, 진료수당과 같이 의료업을 수행함에 따라 받는 수당에 대해서는 부속병원회계에서 지급하면서 수익사업으로 구분(평균적으로 총 급여의 40% 수준)하여 전자에 대해서는 면제로, 후자에 대해서는 과세로 신고·납부하였다.청구법인의 사업자등록은 청구법인은 서울특별시 성북구 OOO, B병원은 서울특별시 성북구OOO, C병원은 서울특별시 OOO로 각각 별개로 등록되어 있고, 청구법인은 이미 부속병원 두 개의 사업소에서 부속병원회계에서 지급되는 진료 대가에 대해 수익사업의 급여에 해당하는 것으로 판단하여 주민세를 신고·납부하였다.청구법인의 교비회계에서 지급하는 급여까지도 진료행위 즉, 수익사업 관련 급여로 판단할 경우 엄연히 교육·연구활동(비수익사업)이 큰 비중으로 존재함에도 비수익사업에 대한 급여는 없다는 결론에 도달하게 되는바, 청구법인의 교비회계에서 이 건 전임교원들에게 지급되는 쟁점금액①은 최소한 수익·비수익 겸직에 대한 대가로 판단할 수밖에 없고, 이에 따라 쟁점금액①의 주민세 면제 여부는 ‘면제대상 사업(교육·연구)과 수익사업에 종업원이 겸직하는 경우’로 보아 주된 직무에 따라 판단하여야 할 것이다.그럼에도 처분청은 주된 직무에 대한 판단은 없이 이 건 전임교원들이 청구법인 교비회계에서 지급받은 급여에 대하여 「지방세기본법」상 실질과세원칙을 들어 그 급여의 재원 및 출처가 A대학병원이므로 A대학병원으로부터 지급받은 급여로 보아 주민세 과세 대상으로 판단하고 있다.감면규정에서는 주민세를 부과함에 있어 종업원들에 대한 급여지급의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것이냐를 문제 삼는 것이 아니라, 종업원들의 주된 직무가 무엇인지를 묻고 있을 뿐인바(대법원 2010.4.15. 선고 2010두573 판결), 이 사건 처분은 감면규정상의 판단기준에서 벗어난 위법이 있음은 당연·명백할 것이다.아래에서는 청구법인 교비회계에서 지급한 급여를 명의자에 불과하고 사실상 귀속되는 자를 A대학병원으로 판단(실질과세원칙)한 과세처분의 위법·부당성에 대해 살펴보겠다.1) 수익사업에서 벌어들인 소득을 재원으로 비영리사업을 수행하는 것은 기본적인 비영리법인의 경영구조 및 준칙이다.「사립학교법」제6조에서 학교법인은 그 수익을 사립학교의 경영에 충당하기 위하여 수익을 목적으로 하는 사업(수익사업)을 할 수 있다고 규정함으로써 영리사업에서 발생하는 수익을 학교경영에 충당하도록 하고 있다.또한, 「법인세법」에서는 비영리법인이 수행하는 수익사업 소득에 대하여 고유목적(비수익사업)에 그 소득을 사용할 것을 조건으로 고유목적사업준비금을 설정, 손금에 산입할 수 있도록 하여 법인세를 납부하지 않고 비영리목적에 재투자하도록 하고 있다.이러한 학교경영의 기본구조와 준칙, 세법에서 비영리법인에 부여하는 각종 조세정책의 취지에도 불구하고 급여지급 출처를 기준으로 주민세 과세여부를 판단하여야 한다는 처분청의 의견은 청구법인이 스스로 창출해 낸 등록금, 기부금 등과 같은 재원이 아닌 경우 감면 대상이 아닌 것으로 보아야 한다는 주장에 해당하여 비영리법인의 설립취지, 조세혜택의 취지에 어긋난다.대법원도 종업원들에 대한 급여지급의 재원이 되는 수익의 원천에 따라 주민세를 과세할 경우, 대부분의 경우 수익사업에서 재원이 마련되고 비과세 대상 사업에서는 일반적으로 수익이 거의 발생하지 않을 것이어서 수익사업과 비과세 대상 사업을 겸직할 경우 주민세의 과세를 피할 수가 없는 결과가 발생하므로, 급여지급의 재원이 되는 수익의 출처를 기준으로 과세기준이 정해지는 것이 아니라고 판단(대법원 2010.4.15. 선고 2010두573 판결)한 바 있다.2) 청구법인은 이 건 전임교원들의 급여를 사학기관 회계처리 준칙에 따라 교육·연구에 대한 대가와 진료에 대한 대가로 구분한 것인데, 이와 별개의 판단 근거인 ‘재원의 출처’를 가지고 이 건 전임교원들의 급여가 전부 진료에 대한 대가라고 판단한 처분에는 모순이 존재한다.처분청이 주장하는 ‘실질과세의 원칙’은 이 건 전임교원들에 대한 급여의 재원 출처를 기준으로 급여의 실질상 귀속을 판단하여야 한다는 것인데, 이러한 기준은 쟁점금액①이 면제사업을 위한 것인지, 수익사업을 위한 것인지 그 성격을 판단하는 기준과는 별개의 것에 해당하여 이 사건의 납세의 실질을 판단하는 근거가 될 수 없다.청구법인은 「사립학교법」상 학교에 속하는 회계를 교비회계와 부속병원회계로 구분경리하도록 한 원칙에 의거, “의료기관 회계기준 규칙에 따라 대학병원에서 임상교원에게 의료활동의 대가로 지급하는 급여는 부속병원회계에서 인건비 항목”으로 구분 경리하여야 한다는 교육부의 회계감사 지침에 따른 것이다.이에 따라 이 건 전임교원들의 인건비를 구분하고, 의료활동의 대가로 지급한 급여에 대하여는 수익사업인 부속병원회계에서 지급하여 주민세를 신고·납부하는 한편, 전임교원으로서 학교의 급여테이블에 따라 타 학과 교수들과 동일한 기준에 따라 지급받는 급여는 교비회계에서 지급하고 동 부분에 대하여는 주민세 신고를 하지 아니하였다.청구법인은 교육부의 사학기관 회계감사를 거쳐(이 건 전임교원들의 인건비 구분경리에 대한 지적사항 없었음) 적정한 회계처리를 한 것으로 볼 수 있는바, 회계기준상 구분경리의 관점에서 볼 때에도 청구법인이 과세대상으로 신고·납부한 이 건 전임교원들의 급여(부속병원회계의 인건비)는 그 성격상 수익사업인 것으로, 나머지 급여(교비회계의 인건비, 쟁점금액①)는 면제 대상 교육사업에 해당하거나 그렇지 않다 하더라도 최소한 면제사업(교육·연구)과 과세사업(수익사업) 겸직에 대한 대가로 보아야 한다.3) 만약 이 사건 처분을 인정하여 청구법인이 지급한 급여가 명의에 불과하고 실질상 전액 수익사업 관련 비용이라고 한다면 이는 「사립학교법」위반에 해당한다.처분청 의견처럼 학교에서 집행된 교원의 급여가 실질과세원칙상 전액 수익사업과 관련된 것이라면 이는 「사립학교법」및 사학기관 재무회계 규칙에서 교비회계 세출과목으로 열거되어 있지 않은 항목을 교비회계에서 집행하는 경우에 해당하여 「사립학교법」상 위법행위를 전제하여야 한다.쟁점금액①을 지급한 것은 「사립학교법」상 적법하게 교비회계에서 세출항목으로 집행된 것인데, 이를 사실상 A대학병원에서 지급한 급여로 간주하는 것은 타당하지 않다.(나) 이 건 전임교원들의 주된 직무는 교육 및 학술연구 활동인 바, 「지방세특례제한법」에 따라 학교 등에 대한 주민세가 면제되는 것이 타당하다.1) 이 건 전임교원들의 주된 직무를 판단하기 위해서는 먼저 임상활동이 필수적으로 수반될 수밖에 없는 의학교육과 의학연구의 특수성을 이해하여야 한다.의사는 사람의 생명과 건강에 직접적인 영향을 미치는 의료행위를 할 수 있는 면허를 부여받은 자로서 이러한 자격을 얻기 위해서는 전문지식뿐 아니라 의료행위를 할 수 있는 실무적 능력을 갖추어야 한다는 전제에서, 일정 병상 이상의 대학부속병원 또는 협력병원에서 충분한 임상실습을 마친 자에게 국가시험에 응시하여 면허를 취득할 자격을 부여하고 있다.즉, 의학교육과 의학연구의 특성상 고도의 전문성과 임상교육이 함께 요구되는바, 의과대학의 교육과정에서 임상실습 교육은 매우 중요한 비중을 차지하며, 임상실습을 하기 위해서는 부속병원의 물적 설비를 갖추어야 할 뿐만 아니라, 다수의 전문의료진과 임상경험이 필요하다.① 의과대학 임상실습 과정의과대학은 의예과 2년, 의학과 본과 4년을 거치며, 의학과 본과 전공 의무이수학점 172학점을 충족하여야 졸업할 수 있다.

총 6년에 걸친 교육기간 중 의학과 본과 3∼4학년 교육과정은 임상실습수업 위주로 이루어져 있다. 2024년을 기준으로 졸업을 위하여 이수하여야 하는 임상실습 과목의 이수시간은 총 최소 113시간, 최대 121시간(전공필수 105시간, 전공선택 최소 8시간 최대 16시간)으로, 전공필수 165학점의 강의시간(227.5시간)과 전공선택 8학점(최소 8시간, 최대 16시간)의 강의시간을 합한 값을 분모로 하고, 전공필수 중 임상실습 58학점(105시간)의 강의시간과 전공선택 8학점의 강의시간(최소 8시간, 최대 16시간)의 합한 값을 분자로 하여 계산하면 최소 48%, 최대 50%의 수업시간을 임상실습시간으로 이수하여야 할 정도로 임상실습은 의과대학 교육과정에 중요한 비중을 차지한다.② 부속병원 설치의 법적 의무「고등교육법」등 관계법령에 따르면, 의학 관련 학과·학부 또는 의학전문대학원을 두는 의학계열이 있는 대학은 전공의의 인턴 수련병원의 지정기준을 충족하는 부속병원을 직접 갖추는 등의 방법으로 교육에 지장이 없이 실습할 수 있도록 해야 한다고 규정하고 있다.③ 의학교육 평가인증「의료법」에서는 한국의학교육평가원의 의학교육 평가인증을 받은 의과대학을 졸업하여 학사학위를 받은 자가 의사의 면허를 받을 수 있다고 규정하고 있어, 만약 의과대학이 의학교육 평가에 따른 ‘인증’을 받지 못한다면 그 의과대학을 졸업한다고 하더라도 의사 면허를 받을 수 없다.

따라서 「대학설립ㆍ운영 규정」에서 정하는 바에 따라 의학교육평가인증에서 ‘인증’ 판정을 받는 것은 의과대학 학사과정의 유지를 위해 필수적인 절차이자 강제사항이다.의학교육 평가인증 기준에서는 동 인증을 받기 위한 ‘기본’ 기준으로서, 임상의학 전공분야별로 적절한 수의 교수를 확보하고 있는지(평가인증기준 K.5.1), 학생이 적절한 임상경험을 할 수 있도록 다양한 질환의 환자와 충분한 수의 환자를 확보하고 있는지(평가인증기준 K.6.2), 교육병원의 규모가 임상실습에 적절한지(진료시설과 모든 주요 임상과의 순환을 원활하게 할 수 있는 임상실습이 가능한 500병상 이상의 병원 등, K.6.2.2), 학생이 적절한 임상경험을 할 수 있도록 병원 내 학생진료행위에 대한 관리체계가 있는지(학생교육을 담당하는 전공의 또는 전임의가 있어야 하고, 과별로 임상실습 책임교수가 임명되어 있어야 함) 등을 기준으로 하고 있다.2) 이러한 의학 학문의 특성상, 이 건 전임교원들의 진료활동은 그 자체로 교육·연구를 위한 것이다.의과대학의 임상실습은 외래진료 참관(환자 과거력, 문진 청취 참여), 수술실, 병동에서의 참관(수술 환자의 처치 및 회복과정, 회진 관찰), 임상교원과의 1:1 멘토링, 그룹별 팀티칭, 토의 및 컨퍼런스 참석 등 부속병원에서 발생하는 전방위적인 의료활동에서 동시다발적으로 이루어지는 것으로서, 스승이 제자에게 일방적으로 정규 교육과정을 교습하는 방식이 아닌 제자가 스승의 실무를 보조하거나 견습하는 도제(徒弟)식 교육에 해당한다.또한, 임상교원이 진료·의료 활동을 통하여 부속병원에서 축적된 임상경험은 임상교원의 중요한 교육자료로서 학생 교육과 연구의 대상이 된다.따라서, 임상교원의 주된 직무를 판단함에 있어 진료 등 의료활동과 임상교육활동을 따로 떼내어 생각할 수 없으며, 부속병원에서의 임상교원 진료활동은 그 자체로 학생의 견습대상이 되는 동시에 그 근간에는 임상경험 축적을 통한 학생교육 및 연구의 질 향상이라는 목적이 존재한다.이러한 의학교육의 특성을 반영하여 대법원(대법원 2010.4.15. 선고 2010두573 판결)은 의과대학의 교과과정에 임상실습은 필수적인 점을 들어, 교원들의 진료과정에 의대학생들이 참여하여 임상실습교육이 동시에 병행하여 이루어진바, 임상교원의 주된 직무가 학교의 사업인 교육에 해당한다고 판단하였으며, 의대교수의 경우 임상에서의 실무경험이 학생교육에 필수적이므로 진료행위조차도 학생교육을 위한 임상경험 축적 및 연구행위의 일환으로 볼 여지가 충분하다고 판단하고 있다.3) 직무시간을 계량적으로 따지더라도, 이 건 전임교원들의 주된 직무는 교육·연구활동이라고 봄이 상당하다.앞서 살펴본 바와 같이 이 건 전임교원들의 진료활동은 그 자체로 임상실습교육 및 연구활동의 일환으로 판단할 수 있으나, 이를 차치하고 진료시간 및 강의·실습 시간, 연구활동 결과물을 통해 주된 활동을 판단할 때에도 아래와 같이 주된 활동은 교육·연구활동으로 판단함이 타당하다.A대학병원 외래진료 시간표는 주 5일을 기준으로 오전·오후로 나누어 배정된다.

즉, 하루 2타임을 기준으로 진료시간표가 배정되므로 주당 10타임 중 진료시간표에서 배정된 진료시간에만 진료가 이루어진다(1타임당 3시간). 그런데, 일반적으로 임상교원의 외래진료 시간은 1주당 4타임을 넘지 않으며, 1주당 2타임∼4타임(6시간∼12시간)정도의 진료시간이 배정된다.따라서, 단순히 외래진료 시간만 가지고 보았을 때에도 20∼40% 정도의 비중으로 진료활동을 수행하는 것이며, 이 외의 시간은 일부 계량적으로 확인할 수 없는 회진이나 수술시간을 감안한다 하더라도 직접적으로 환자를 보는 시간이 총 직무시간의 50%를 상회한다고 보기 어렵다.이 건 전임교원들은 환자를 직접 진료하고 치료하는 상기의 시간 외에는 강의·임상실습교육·연구활동을 통한 후학양성 및 학문적 성취, 임상기술 축척에 많은 시간과 노력을 기울인다.이 건 전임교원들을 포함하여 A대학병원에 소속된 교원이 2018년부터 2022년까지 정규 교육과정으로 개설된 강의시간은 1인당 1주당 평균 약 7.69시간에 해당한다.또한, 연구활동에 투입한 시간을 계량화하기는 어려우나, 이 건 전임교원들은 2018년부터 2022년까지 총 9,683편(연간 최소 788편, 최대 1,175편)의 SCIE급 논문을 발표하였는바, 이는 이 건 전임교원들이 1년 평균 1인당 5편∼8편에 달하는 편수로서 학문적 연구를 수행하고 학술지에 논문을 등재하는데 상당 시간을 들인 것으로 확인할 수 있다.4) 이 건 전임교원들 인사에 관한 채용, 승진, 보수, 평가 등의 권한과 규정은 A대학병원이 아닌 청구법인에 따르며, 재임용·승진은 오직 교육·연구·봉사실적으로만 결정되고 진료실적은 A되지 아니한다.이 건 전임교원들 전부 전임교원으로서 청구법인이 정한 교원인사규정에 따라 교육과 연구능력을 인정받아 본교의 공개 교원초빙 규정에 따라 발탁되어 총장과의 임용계약에 의해 채용되며, 청구법인이 정한 교원의 호봉에 따른다.

즉, 쟁점금액①(교비회계에서 지급한 급여)는 교원인사규정 및 본교의 신임교원의 직위·호봉 산정에 관한 지침에 따른 것이고, A 타 대학 교수들과 호봉이 동일하다면 동일하게 책정된다.또한, 이 건 전임교원들은「사립학교법」상 교원의 직무규정을 따르며, 승진·평가에 관한 사항들도 본교의 규정을 따른다. 특히, 승진 및 재임용을 위한 교수업적 평가시, 인사평가기관은 학교 소속의 대학교원업적평가위원회이며, 업적평가의 지표는 논문실적·교육실적·봉사실적으로 이루어져 있어 진료에 관한 실적은 반영되지 아니한다.참고로, 이 건 전임교원들은 전임교원으로서 비전임임상교원과 차이점이 있어 청구법인은 비전임임상교원의 급여에 대해서는 주된 직무를 수익사업으로 판단하여 급여 전액을 부속병원회계에서 처리하고 주민세를 신고·납부하였다.상기와 같은 인사체계 및 직제를 바탕으로 따져보아도, 이 건 전임교원들의 주된 직무가 의료업, 즉 진료행위라고 보기는 어려울 것으로 판단된다.

(2) 쟁점사업소는 청구법인과는 다른 별도 사업주의 별도 사업소에 해당하는바, 쟁점사업소에 파견된 인원을 기준으로 별도로 「지방세법」제84조의4 제1항 및 같은 법 시행령 제85조의2 제1항 및 제2항에 따른 면세점 기준 해당 여부를 판단해야 하는바, 쟁점사업소는 면세점 이하에 해당하므로 파견직원에 대한 주민세 부과처분은 부당하다.국제어학원, 미래교육원, 영재교육원의 경우 청구법인에 소속된 기관으로 청구법인 본교 교지 내의 특정 건물에 학교의 한 부서 형태로 존재하는바(강의는 여러 장소에서 수행될 수 있음), 본교의 종업원과 합산하여 면세점 기준을 판단함이 합리적일 수 있다.그러나 별도 법인으로서 별도의 사업자등록을 하고 별도의 사업장을 유지하고 있는 쟁점사업소의 업무에 종사하는 파견직원의 경우 명시적 계약을 불문하고 법인격이 다른 타 법인에 인력을 파견한 상황으로 보아야 하고, 처분청 역시 쟁점사업소 업무에 종사하는 직원들에 대해 수익사업에 종사하고 있음을 근거로 과세대상으로 파악한바, 수익사업에 종사한다는 사실관계가 성립하기 위해서는 별도 법인인 쟁점사업소에 파견되어 쟁점사업소 업무를 수행하고 있음과 쟁점사업소의 업무가 수익사업임을 전제로 할 수밖에 없을 것이다.「지방세법」제75조 제3항에서는 주민세 종업원분의 납세의무자를 ‘종업원에게 급여를 지급하는 사업주’로 규정하고 있는바, 사업주 즉, 고용계약을 체결하고 급여를 지급하는 법인이 다른 경우 다른 법인의 종업원을 면세점 기준 판단 시 합산할 수 없음은 자명하다.또한, 청구법인의 본점 소재지 사업소의 종업원과 합산하여 면세점 기준을 판단해야 하는지 여부와 관련하여, 하나의 사업주가 여러 사업소를 운영하는 경우 각각의 사업소를 기준으로 판단하여야 하고, 이때 사업소는 물적·인적 설비 설치 유무와 업무의 독립성을 기준으로 판단하여야 하는바, 하나의 사업주에 속한 여러 개의 사업소라 하더라도 장소적으로 인접하고 업무가 상호 밀접하게 연관되어 있는 경우 하나의 사업소로 판단할 여지가 있다(조심 2019지544, 2019.9.18.).그러나 쟁점사업소는 산학 협력이라는 목적 달성의 편의상 청구법인 교지 내의 특정 건물(산학협력관)에 소재하고 있을 뿐, 명확히 청구법인의 사업장에 해당하지 아니하고 별도 법인인 쟁점사업소의 사업소에 해당하는바, 청구법인과 합산 대상을 논할 수 없다.

즉, 특정 사업소(청구법인)에서 근무하는 인원의 급여에 대한 면세점 기준을 산정함에 있어 다른 사업주(별도 법인인 쟁점사업소)의 사업소에 파견되어 근무하는 인원을 합산할 수는 없는 것이다(조심 2020지804, 2021.3.25. 참조).＜조심 2020지804, 2021.3.25. 결정 내용＞

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○처분청이 쟁점사업소 업무에 종사하는 인원에 대해 수익사업에 종사함을 근거로 과세대상으로 본 것은 해당 인원이 쟁점사업소 공간 내에서 근무하고, 청구법인의 업무와 분리된 쟁점사업소의 업무에 전적으로 종사하고 있기 때문인바, 면세점 기준 판단 시 파견직원들은 타법인인 쟁점사업소에 파견되어 쟁점사업소의 사업장에서 쟁점사업소의 집기시설을 이용하여 쟁점사업소의 업무에 종사하고 있으므로 청구법인과 합산하여 판단할 수 없고, 청구법인 사업장과 별도의 사업장으로 보아 면세점 기준을 판단하여야 한다.「지방세법」제84조의4 및 같은 법 시행령 제85조의2 제2항에 따를 때, 납세의무성립일이 속하는 달부터 최근 1년간 해당 사업소 종업원의 급여총액의 월평균 금액이 150백만원(면세점) 이하인 경우 주민세 종업원분을 부과하지 아니하는바, 쟁점사업소의 경우 급여총액의 월평균 금액이 50백만원 수준으로 면세점 기준 이하에 해당하므로 파견직원들에 대한 주민세 부과는 취소됨이 합당하다.

나. 처분청 의견(1) 이 건 전임교원들의 주된 직무는 수익사업과 관계되므로 쟁점금액①은 주민세 면제대상이 아니다. 청구법인의 주장대로 「지방세특례제한법」제41조 제3항을 적용한다고 하더라도 이 건 전임교원들의 주된 직무는 의료행위로서 수익사업에 관계되어 감면대상에 해당하지 않으므로, 다음과 같이 청구법인 주장을 반박한다.(가) 수익사업과 비수익사업의 구분 - 진료 및 전공의 교육은 수익사업이고, 의대생에 대한 교육은 비수익사업이다.대법원은 비영리법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 A할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 한다(대법원 1996.6.14. 선고 95누14435 판결)고 판시하였다.서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누122242 판결에서는 학교법인과 대학병원 사이에 용역계약에 따라 학교법인 소속 교수인 전문의가 대학병원에 파견형식으로 나가서 병원 환자들에 대한 진료 및 병원 소속 전문의들에 대한 교육을 하는 사안에서 학교법인이 병원으로 받는 용역비가 전임 교원들에 대한 급여 전액과 원고의 기타 의대운영비용의 일부를 충당할 수 있었을 정도로 적지 않은 금액으로서 단순히 실비변상적 성격의 금원이라고 하기 어려운 점, 전임 교원들에 대한 급여는 어차피 학교법인이 부담하여야 하는 비용이므로 원고가 전문의 파견과 관련하여 특별히 추가적인 비용을 부담하지 않은 점 등을 종합하면, 진료·전공의 교육은 그 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것으로서 수익사업에 해당한다고 판시하였다.아래에서 상세히 살펴보겠지만 A대학병원은 수익사업의 범위에 포함되며, 이 건 전임교원들은 A대학병원에서 근무하면서 환자에 대한 진료 및 전공의 교육을 주로 하면서 부수적으로 의과대학생 교육 및 연구지도를 겸직하고 있는바, 이 건 전임교원들의 주된 직무는 수익사업이라고 보아야 한다.(나) 쟁점금액①은 A대학병원에서 모두 부담하고 있고, 의료법인 회계기준에 의하더라도 부속병원의 인건비로 계상하도록 되어 있으므로 이 건 전임교원들의 주된 직무는 수익사업에 속한다.1) 사립학교법령 규정 및 교육부 회계기준「사립학교법」제29조 제1항에 의하면 학교법인의 회계는 그가 설치·경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분하고, 제2항에서 학교에 속하는 회계는 다시 교비회계와 부속병원회계로 구분할 수 있으며, 각 회계의 세입·세출에 관한 사항은 대통령령으로 정하되 학교가 받은 기부금 및 수업료와 그 밖의 납부금은 교비회계의 수입으로 별도 계좌로 관리하도록 되어 있다.같은 법 시행령 제13조 제3항에 의하면 교비회계의 수입은 입학금, 수업료, 다른 회계로부터 전입되는 전입금 등으로 구성되며, 교비회계의 세출은 학교운영에 필요한 인건비 및 물건비, 학교교육에 직접 필요한 시설, 설비를 위한 경비 등으로 되어 있다.

한편 제2항에 의하면 부속병원회계 세입은 진료수입, 일반업무회계로부터 전입되는 전입금 등이고, 부속병원회계의 세출은 부속병원 운영에 필요한 인건비, 교비회계 또는 일반업무회계로의 전출 등이다.교육부는 2018년 사립대학의 회계연도 예산 제출을 안내하면서, 의료기관 회계기준 규칙 및 재무제표 세부 작성방법에 따라 대학병원에서 전임 교원에게 의료활동의 대가로 지급하는 본봉, 진료수당, 선택진료성과급 등의 급여는 부속병원회계에서 ‘인건비_급여’ 항목이므로 부속병원회계로부터 의료활동의 대가로 받은 전임 교원 인건비 부담액은 교비회계에서 예수금으로 처리하고 급여 지급시 예수금의 감소로 처리하도록 하였다.

또한 교비회계에서는 전임 교원 인건비 수령액을 부속병원 전입금 수입으로 계상하지 않도록 하였다. 즉 이 건 전임교원들에 대한 인건비 중 A대학병원이 부담하는 부분은 부속병원회계의 인건비라는 점을 명확히 한 것이다.2) 청구법인의 회계(부속병원회계, 교비회계)처리 방식이와 같은 교육부 지침에도 불구하고 청구법인은 임의로 2018년부터는 A대학병원에서 급여의 지급재원을 모두 부담하되 A대학병원이 청구법인으로 ‘의과대학전출금’으로 보내 지급하는 변경안을 수립하였다.A대학병원은 이 건 전임교원들에게 급여 중 40%인 학술연구비, 토요일 진료수당, 특별진료수당 등을 지급하면서 급여 계정과목의 비용으로 회계처리하고 이 부분에 대해서는 청구법인은 주민세를 신고·납부하고 있고, 나머지 급여인 쟁점금액①은 의과대학 운영비 재원과 함께 청구법인으로 전출하면서 “고유목적사업준비금” 계정과목의 비용으로 회계처리하고 있다.청구법인은 이 건 전임교원들에게 지급할 급여를 A대학병원에 자금배정 청구하여, A대학병원으로부터 자금이체를 받으면 그 중 쟁점금액① 상당액만 비등록금회계에 속하는 ‘부속병원전입금 계정과목’의 수익으로 인식하고 부속병원회계처리예정분은 ‘가수금’의 임시계정에 두었다가, 이 건 전임교원들에게 급여 총액을 지급하면서 쟁점금액①은 ‘교원급여’로 교비회계의 비용으로 인식하고 부속병원회계처리분은 ‘가수금’ 임시계정의 감소로 회계처리하는 한편, A대학병원은 청구법인에 자금 이체 시 ‘전출금-의대’의 비용으로 회계처리하였다가 청구법인으로부터 전임교원 급여지급에 따른 교원인건비 배분결과를 통보받으면 그 배분내용에 따라 당초 회계처리한 ‘전출금-의대’ 비용을 A대학병원의 인건비 회계처리분은 ‘급여’로, 교비회계처리분은 ‘고유목적사업준비금’으로 대체하는 방식으로 회계처리한다.

그러나 이 부분(‘고유목적사업준비금’ 회계처리분)에 대하여 청구법인은 주민세를 신고하지 않아 이 사건 처분에 이른 것이다.대학병원에서 지급하는 의료활동의 대가는 부속병원회계에서 인건비 항목으로 지급하라는 취지의 교육부 공문에 따른 지침과는 달리, 청구법인은 임의로 40%, 60%로 임의로 나누어 이 건 전임교원들 급여로 지급하면서, 40%에 해당하는 학술연구비, 토요일 진료수당, 특별진료수당만 A대학병원의 인건비인 것처럼 회계처리를 하고 나머지 60% 부분인 쟁점금액①에 대해서는 2018년 내부적으로 회계처리 변경 전까지 부속병원의 급여로 인식하고 있었으며, A대학병원이 부담하고 있음에도 교비회계에서 지출하여 수익사업과 무관한 것처럼 주민세를 납부하지 않고 있는 것이다.만일 청구법인 주장대로 이 건 전임교원들의 주된 업무가 비수익사업인 의대생에 대한 교육 및 연구지도라면 이 건 전임교원들의 보수를 부담함에 있어 A대학병원에서 전부를 부담할 것이 아니라 청구법인 교비회계에서 전액 지급하거나 더 많은 부분을 지급하여야 할 것임에도 청구법인은 A대학병원으로부터 급여 명목으로 받은 금원을 그대로 이 건 전임교원들의 급여로 지급하고 있는바, 이 건 전임교원들의 주된 직무는 A대학병원에서의 진료 및 전공의 교육이고, 그에 부수적으로 의대생 교육을 하고 있음을 알 수 있다.3) 이 건 전임교원들의 60%는 한 학기당 강의시간이 10시간 이내이며, 임상강의 내용을 살펴보더라도 교육 업무보다 의료 업무에 가깝다.청구법인은 의과대학의 임상실습이 외래진료 참관, 수술실 및 병동에서의 참관 등 부속병원에서 발생하는 의료활동에서 동시다발적으로 이루어지는 것으로서, 임상교원의 주된 직무를 판단함에 있어 진료 등 의료활동과 교육활동을 따로 떼내어 생각할 수 없으며 대학 부속병원에서의 임상교원 진료활동은 그 자체로 학생의 견습대상이 되는 동시에 그 근간에는 임상경험 축적을 통한 학생 교육 및 연구의 질 향상이라는 목적이 존재하며, 직무시간을 계량적으로 따지더라도 전임 교원의 주된 직무는 교육·연구활동이라고 주장한다.그러면서 이 건 전임교원들의 외래진료 시간은 20∼40%이고, 회진이나 수술시간을 감안하더라도 직접적으로 환자를 보는 시간이 총 직무시간의 50%를 상회하지 아니하며, 그 외 시간에 강의·임상실습교육·연구활동 등에 시간과 노력을 기울이고 이 건 전임교원들을 포함하여 A대학병원에 소속된 교원들의 정규 교육과정으로 개설된 강의시간은 1인당 1주당 평균 7.69시간에 해당한다는 점을 근거로 들고 있다.

청구법인의 주장에 따르면 강의시간 산정 시 임상실습 시간은 개설전공과 소속 교원별 학점별 시간을 부여하였으며 하루 6시간으로 집계하였다.이 건 전임교원들 강의시간을 집계한 자료에 따르면, 이 건 전임교원들의 인원은 약 230명인데 2018년 1학기의 경우 강의시간이 10시간 이하인 교원이 117명이며, 2018년 2학기에는 해당 교원의 수가 134명에 달한다. 12학기를 평균하면 평균 전임 교원 인원은 265명이며, 이 중 160명이 한 학기당 강의시간이 10시간 이하이다.

즉 이 건 전임교원들의 60%의 한 학기 강의시간이 10시간도 되지 않고 나머지 시간은 모두 의료 업무를 수행하였다고 보아야 하므로, 이러한 사정을 A하더라도 이 건 전임교원들의 주된 직무가 교육 업무라고 할 수는 없다.청구법인은 이 건 전임교원들을 포함한 교원의 강의시간이 1인당 1주당 평균 약 7.69시간에 해당한다고 주장하나, 청구법인은 평균 강의시간을 산정함에 있어 ‘이 건 전임교원들을 포함하여 A대학병원에 소속된 교원의 2018년부터 2022년까지의 정규 교육과정으로 개설된 강의시간’을 산정하였다고 밝히고 있는바, 이는 순전히 이 건 전임교원들의 강의시간을 산정한 것이 아니라 다른 교원의 강의시간까지 함께 산정된 점에 있어 부정확한 자료에 근거한 주장이며, 설령 청구법인의 주장대로 소속 교원의 강의시간이 1주당 평균 약 7.69시간이라 하더라도 1주당 업무 시간은 총 40시간이며 나머지 시간은 의료 업무에 투입하는 시간으로 보아야 한다.

또한 위 시간은 임상실습 시간이 포함되어 있으므로 진료시간이 더 많다고 보아야 한다.이와 같이 이 건 전임교원들의 강의시간을 살펴보더라도 이 건 전임교원들의 주된 업무가 교육 업무라고 할 수 없고, 임상강의의 내용을 살펴보더라도 강의보다는 의료 업무의 연장선상으로 보아야 하는바, 위에서 산정된 강의시간에 실질적인 강의가 이루어졌다고도 볼 수 없다. 의과대학 4학년 임상실습 지침서상 일정표를 살펴보면 일부 오리엔테이션, 평가시간 등 외에는 이 건 전임교원들의 외래 참관, 회진 참관, 수술 참관이 임상실습시간의 대부분을 차지한다.이와 같이 의과대학생이 임상실습을 하는 시간은 이 건 전임교원들이 회진, 외래진료, 수술 등의 의료 업무를 하는 과정을 동행하여 참관하는 형태로 진행된다.

물론 그 과정에서 이 건 전임교원들이 의과대학생들에게 지도 및 지시를 하는 등으로 실질적인 교육을 하는 시간도 존재하겠지만 단순히 회진, 외래진료, 수술 등 통상적인 의료 업무를 하는 과정에서 의과대학생들이 이를 참관한다고 하여 이 시간을 이 건 전임교원들의 강의 시간에 해당한다고 볼 수 없으며, 이러한 업무는 의료 업무를 주로하면서 부차적으로 교육업무를 병행한다고 보는 것이 타당하다.4) 이 건 전임교원들의 의학 및 의술 연구 업무가 교육 업무에만 관련되었다고 볼 수 없다.청구법인은 이 건 전임교원들이 2018년부터 2022년까지 총 9,683편의 논문을 발표하였고 이는 1인당 5∼8편에 달하는 편수인바, 이 건 전임교원들이 학문적 연구를 수행하였으므로 주된 직무는 교육·연구활동이라고 주장한다.

그러나 임상 연구 자체가 반드시 교육 업무에만 관련이 있는 것이 아니라, 의료의 질 향상을 목표로 하는 것이므로 결국 A대학병원에서 제공하는 의료서비스의 질적 향상, 즉 의료 업무와도 밀접한 관련이 있다.보건복지부에서도 국내 임상연구의 활성화 방안 모색을 주제로 포럼을 개최하면서, 임상연구는 의료 질적 수준 향상, 의료비 절감과 신약·의료기기 등 산업적 가치 창출을 위한 경제 성장의 달성에 핵심 역할을 하게 된다는 점, 국내에서도 국내 실정에 맞는 근거중심의학의 확립을 통한 의료의 질 향상 및 국민건강 수준의 향상을 도모하고 선진국 임상시험 인프라 구축을 통한 신약 및 의료기기 개발에 박차를 가하고 있는 점에 대하여 보도한 바 있다.즉, 이 건 전임교원들이 수행하는 연구 업무는 A대학병원에서 이루어진 임상을 바탕으로 하는 것인데, 이는 궁극적으로 A대학병원에서 이루어지는 의료의 질적 수준 향상을 목표로 하고 있다.

따라서 이 건 전임교원들의 연구 업무를 오로지 의과대학생에 대한 교육 업무의 일환으로만 파악할 수 없으며, 오히려 의료 업무와 그 관련성이 더욱 깊다고 볼 수 있다.5) 이 건 전임교원들의 연구실은 A대학병원과 같은 구내에 위치한다.B병원에 근무하는 전임 교원들의 연구실은 B병원과 같은 구내에 위치하고 있으며, C병원에 근무하는 전임 교원들의 연구실도 역시 C병원 내에 위치하고 있다. 이와 같이 이 건 전임교원들은 의료 업무를 수행하는 각 A대학병원 구내에 위치한 연구실에서 대부분의 근무시간을 보내고 있다.

이와 같이 의료 업무를 수행하는 공간을 연구실로 사용한다는 사실 자체가 주요 업무가 교육 업무가 아니라 진료업무에 해당한다는 점을 뒷받침한다고 볼 수 있다.

(2) 청구법인은 쟁점사업소가 청구법인과는 다른 별도 사업주의 별도 사업소에 해당하고, 쟁점사업소 기준으로 할 때 쟁점사업소는 면세점 기준에 해당하므로 파견직원에 대한 주민세 부과처분은 취소되어야 한다고 주장한다.(가) 사업소 및 종업원 관련 규정「지방세법」제74조 제4호에서 ‘사업소’는 “인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사업 또는 사무가 이루어지는 장소를 말한다”라고 정의되어 있는데, 여기에서 ‘인적 설비’란 그 계약 형태나 형식에도 불구하고 당해 장소에서 그 사업에 종사 또는 근로를 제공하는 자이고, ‘물적 설비’란 허가와 관계없이 현실적으로 사업이 이루어지고 있는 건축물, 기계장치 등이 있고 이러한 설비들이 지상에 고착되어 현실적으로 사무·사업에 이용되는 것을 말한다.동일 건물 내 또는 인접한 장소에 동일 사업주에 속하기는 하나 그 기능과 조직을 달리하는 2개 이상의 사업장이 있는 경우 그 각각의 사업장을 별개의 사업소로 볼 것인지의 여부는 그 각 사업장의 인적ㆍ물적 설비에 독립성이 인정되어 각기 별개의 사업소로 볼 수 있을 정도로 사업 또는 사무 부문이 독립되어 있는지 여부에 의해 가려져야 하고, 이는 건물의 간판이나 사무소의 표지 등과 같은 단순히 형식적으로 나타나는 사업장의 외관보다는 장소적 인접성과 각 설비의 사용관계, 사업 상호간의 관련성과 사업수행 방법, 사업조직의 횡적ㆍ종적 구조와 종업원에 대한 감독 구조 등 실질 내용에 관한 제반 사정을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2008.10.9. 선고 2008두10188 판결 등 참조).대법원은 위 판결에서 “원고 산하의 종전 D이 원고 회사의 조직개편에 따라 (주)E 부산지역본부에 편입되면서 창원지사, 경남영업국 창원영업부, 경남망운용국 창원팀의 3개 조직으로 구분되었으나 ① 위 3조직의 직원들이 모두 종래의 D 건물에서 함께 근무하고 있고, 위 건물 내의 식당, 체력단련실, 회의실 등도 창원지사장의 총괄적인 관리 하에 모든 직원들이 별도의 비용부담 없이 공동으로 이용되고 있는 점, ② 창원지사, 경남영업국 창원영업부, 경남망운용국 창원팀의 각 업무는 상호 독립된 별개의 업무가 아니라, 정보통신사업, 정보통신공사업 및 전기공사업 등과 같은 원고의 설립목적을 실현하기 위해 상호 유기적인 관련성을 가지고 있는 업무이고, 그 결과 원고 역시 위와 같이 2003.5.1. 개편한 원고의 조직을 2005.9월경 다시 개편하면서 지사와 영업국을 통합한 점, ③ 창원지사의 직원 수(약 125명)에 비하여 경남영업국 창원영업부의 직원 수(약 45명)나 경남망운용국 창원팀의 직원 수(약 19명)가 훨씬 적어 경남영업국 창원영업부와 경남망영업국 창원팀만을 각각 별개의 영업소로 보기 어렵고, 창원지사에 대하여는 지점등기와 사업자등록이 되어 있는 반면, 경남영업국 창원영업부와 경남망운용국 창원팀에 대해서는 별도의 지점등기나 사업자등록이 없이 그 각 상위조직인 경남영업국과 경남망운용국에 대해서만 지점등기와 사업자등록이 되어 있는 점, ④ 원고는 모든 신규종업원을 직접 채용하여 일정한 교육과정을 거치게 한 다음 해당 사업부문에 배치하고 있고, 배치된 종업원들에 대한 인사는 해당 사업부문 내에서는 해당 감독자가 담당하지만 지역본부장의 인사명령에 따라서는 해당 사업부문에서 다른 사업부문으로의 이동도 가능한 점 및 사업소세의 제도적 취지나 법령의 내용 등에 비추어, 위 건물에 있는 창원지사, 경남영업국 창원영업부, 경남망운용국 창원팀은 각각 독립된 별개의 사업소가 아니라 모두 하나의 사업소에 해당한다고 봄이 상당하고, 원고의 주장과 같이 창원지사, 경남영업국 창원영업부, 경남망운용국 창원팀이 시산표작성, 성과급지급, 체육행사 등을 각각 별도로 하고 있다는 사정이 있다 하여 달리 볼 것은 아니다”라는 취지로 판단한 원심이 정당하다고 판단하였다.위와 같은 대법원 판단에 비추어 보면, 별개의 사업소인지 여부는 조직의 신설 경위, 근무지의 위치나 총괄적인 관리자의 존부, 업무의 성격 및 관련성, 조직의 개편 가능성, 직원 수의 비교, 지점등기와 사업자등록의 여부, 종업원의 채용 및 인사이동 가부 등을 종합적으로 A하여야 하는 것이다.(나) 면세점 요건「지방세법」제84조의4 제1항은 “「지방세기본법」제34조에 따른 납세의무 성립일이 속하는 달부터 최근 1년간 해당 사업소 종업원 급여 총액의 월평균 금액이 대통령령으로 정하는 금액에 50을 곱한 금액 이하인 경우에는 종업원분을 부과하지 아니한다”고 규정하고 있고, 「지방세법 시행령」제85조의2 제1항은 “법 제84조의4 제1항에 따른 종업원급여 총액의 월평균 금액은 「지방세기본법」제34조에 따른 납세의무 성립일이 속하는 달을 포함하여 최근 12개월간(사업기간이 12개월 미만인 경우에는 납세의무성립일이 속하는 달부터 개업일이 속하는 달까지의 기간을 말한다) 해당 사업소의 종업원에게 지급한 급여총액을 해당 개월 수로 나눈 금액을 기준으로 한다.

이 경우 개업 또는 휴ㆍ폐업 등으로 영업한 날이 15일 미만인 달의 급여총액과 그 개월 수는 종업원 급여총액의 월평균금액 산정에서 제외한다”라고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항은 “법 제84조의4 제1항에서 대통령령으로 정하는 금액이란 300만원(2024.12.31. 개정으로 360만원으로 증액되기 전의 것임)을 말한다”고 규정하고 있다. 따라서 최근 1년간 해당 사업소 종업원 급여 총액의 월평균 금액이 300만원에 50을 곱한 금액인 1억 5,000만원 이하인 경우에는 면세점이 되는 것이다.(다) 쟁점사업소는 청구법인 내 건물에 위치하고, 청구법인 교직원이 직원으로 근무하며, 청구법인의 연구성과를 사업화는 산하 조직에 불과하므로 청구법인과 동일한 사업소에 해당한다.「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 의하면 산학협력단의 단장은 대학의 장이 임면하고, 이 경우 임면에 필요한 사항은 학교규칙으로 정하도록 되어 있으며, 대학의 장은 산학협력단의 단장이 요청하는 경우 소속 교직원에게 산학협력단의 사무를 수행하게 할 수 있도록 되어 있다.

청구법인의 쟁점사업소 정관에도 비슷한 규정을 두고 있는바, 쟁점사업소의 단장은 총장이 임면하며, 총장은 쟁점사업소의 장이 요청하는 경우 소속 교직원에게 쟁점사업소의 사무를 수행하게 할 수 있으며, 이 경우 해당 교직원은 본교 직원의 신분을 유지하게 된다. 즉 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따르면 총장이 단장을 임면하고 교직원을 산학협력단에 파견하여 업무를 주로 수행할 수 있게 되어 있으며, 직원의 임명에 있어 학교 규칙을 따르도록 되어 있다.

이 사건에서 추징대상이 된 파견직원도 청구법인 소속으로 청구법인 산하기관인 쟁점사업소에서 근무하고 있는 직원이다.쟁점사업소는 청구법인 구내에 사무실을 두고 있다. 쟁점사업소의 설립 목적 자체가 청구법인의 산학연협력 관련 교육, 연구·개발 및 성과물 사업화를 위한 것이므로 쟁점사업소는 청구법인과 상호 독립된 별개의 업무를 하는 것이 아니라 청구법인의 설립목적을 실현하기 위한 부차적인 조직에 불과하다. 따라서 쟁점사업소는 청구법인과는 다른 별도의 사업소가 아닌 청구법인 사업소의 일부에 속하므로 파견직원에 대한 쟁점금액②는 주민세 면제대상에 해당하지 아니한다.이와 같이 쟁점사업소는 청구법인 사업장과 별도의 사업소가 아니며, 쟁점사업소에 근무하는 파견직원은 청구법인 소속 직원이므로 파견직원의 급여에 대한 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점① 이 건 전임교원들을 대학병원의 임직원으로 보아 그 급여 등인 쟁점금액①에 대해 주민세 종업원분을 부과한 처분의 당부② 청구법인이 쟁점사업소에 파견한 파견직원을 청구법인 사업소 소속 종업원으로 보아 그 급여 등인 쟁점금액②에 대해 주민세 종업원분을 부과한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 1964.4.25. 설립된 학교법인으로 서울특별시 OOO에 주사무소를 두고 있고, 고등교육기관으로 A 및 A사이버대학교를, 중등교육기관으로

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○고등학교,

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○중학교, A 사범대학 부속고등학교, A 사범대학 부속중학교를 각각 설치·경영하고 있으며, AB빌딩, B장례식장 등 19개 수익사업체를 통해 부동산업, 농림 및 축산업, 의료업, 교육서비스업 등을 영위하고 있다.(나) 청구법인은 A대학병원이 이 건 전임교원들에게 지급한 인건비에 대하여는 그 전부를 주민세 과세표준으로 하여 주민세를 납부하였으나, 쟁점금액①에 대하여는 주민세를 납부하지 아니하였다.(다) 서울특별시장은 이 건 전임교원들이 A대학병원에 주로 근무하고 A대학병원의 수익으로 이 건 전임교원들에게 쟁점금액①을 지급하고 있으므로 이는 학교법인의 수익사업에 해당함에도, 쟁점금액①에 대한 주민세를 신고·납부하지 아니하였다고 보아 2023.12.6. 청구법인에게 이 건 주민세를 부과하였다.(라) 청구법인은 이 건 전임교원들에 대한 인건비를 40%는 부속병원회계(수익사업)에서, 나머지 60%는 교비회계(비수익사업, 쟁점금액①)에서 각각 지급하고 있다.(마) 의과대학 부속병원에 대한 주민세 관련 개정 연혁을 보면, 구「지방세특례제한법」제2조 제1항 제2호에서 수익사업을「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다고 규정하면서 그 단서에서「고등교육법」제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다고 규정하여 의과대학 부속병원에 대해 주민세를 면제하다가 2014.12.31. 법률 제12955호로「지방세특례제한법」제2조 제1항 제2호를 개정하여 그 단서를 삭제함에 따라, 2015.1.1.부터 의과대학의 부속병원이 경영하는 의료업은 주민세 과세 대상에 해당하게 되었다.(2)「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제2호에서 “수익사업”이란「법인세법」제4조 제3항 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에서「고등교육법」등에 따른 학교가 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업에 따른 수입을 제외한 나머지 사업으로 수입이 발생하는 경우 그 사업을 말한다고 규정하고 있다.

또한,「지방세특례제한법」제41조 제3항에서 학교 등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교 등에 대한 주민세 사업소분 및 종업원분을 각각 2024.12.31.까지 면제하되, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제4항에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 종업원분”이란 수익사업에 제공되고 있는 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 종업원분으로, 면제대상 사업과 수익사업에 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 직무에 따른다고 규정하고 있다.

(3) 쟁점사업소 정관에 의하면 다음과 같은 내용이 확인된다.(가) (목적) 제1조에서 “이 법인은 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」의 규정에 따라 청구법인의 산학연협력 관련 교육, 연구·개발 및 성과물 사업화를 진흥하고 촉진, 발전시킴을 목적으로 한다.”라고 규정하고 있다.(나) (업무) 제4조에서 “쟁점사업소는 다음 각호의 업무를 수행한다.”라고 규정하면서 각 호에서 “산학연협력계약의 체결 및 이행, 산학연협력사업과 관련한 예산 및 회계의 관리, 지식재산권의 취득 및 관리에 관한 업무, 산학연협력수요 및 활동 등에 대한 정보의 수집·제공 및 홍보” 등을 열거하고 있다.(다) (소재지) 제3조에서 “쟁점사업소의 사무소는 서울특별시 OOOA 내에 둔다.”라고 규정하여 청구법인과 동일한 주소지에 위치한 것으로 나타난다.(라) (재산의 종류) 제6조에서 “쟁점사업소의 기본재산은 다음 각 호로 한다.”라고 규정하면서 각 호에서 “설립시 출연재산, 국가·지방자치단체·국내외 개인 또는 단체로부터의 증여재산, 국가·지방자치단체·국내외 개인 또는 단체로부터의 출연금, 기부금 또는 보조금, 기타 쟁점사업소의 재산”을 규정하고 있다.(마) (운영경비) 제7조에서 “쟁점사업소의 사업 및 운영에 필요한 경비는 다음을 재원으로 한다.”라고 규정하면서 각 호에서 “기본재산의 운용수익, 제8조에 의한 수입, 차입금”을 규정하고 있다.(바) (지출) 제9조에서 “쟁점사업소는 다음 각 호의 지출을 할 수 있다.”라고 규정하면서 각 호에서 “쟁점사업소의 관리·운영비, 산학연협력계약의 이행에 필요한 경비” 등을 규정하고 있다.(사) (회계원칙) 제11조에서 “쟁점사업소의 회계는 사업의 경영성과와 재무상태 및 수익상태를 정확하게 파악할 수 있도록 관리되어야 하며, ‘쟁점사업소 회계처리 규칙’(교육부 고시)에 따라 처리하여야 한다.”라고 규정하면서 제13조 및 제14조에서 현금예산서 및 결산서 등을 작성하여 총장에게 제출하도록 규정하고 있다.(아) (단장) 제16조 제1항에서 “쟁점사업소에는 단장을 두며, 단장은 총장이 임면한다.”라고 규정하고 있다.(자) (연구원 및 직원의 임면) 제19조 제1항은 “쟁점사업소에서는 임용기간, 보수, 근무조건 등을 정하여 업무에 필요한 연구원 및 직원을 임용할 수 있다.”라고 규정하고 있고, 제2항에서는 “총장은 쟁점사업소장이 요청하는 경우 소속 교직원에게 쟁점사업소의 사무를 수행하게 할 수 있으며, 이 경우 해당 교직원은 청구법인 직원의 신분을 유지한다.”라고 규정하고 있으며, 제3항에서 “총장은 쟁점사업소장과 협의하여 제1항의 규정에 의한 연구원 및 직원으로 하여금 대학의 교육·연구 또는 그 밖의 사무를 담당하게 할 수 있다.”라고 규정하고 있다.

(4) 쟁점사업소의 사업자등록증에 의하면, 사업자등록증 구분은 법인사업자 본점, 등록번호는 209-OOO, 대표자는 OOO으로 기재되어 있고, 사업의 종류(종목)는 연구용역, 비주거용건물임대업, 학술연구용역, 산학협력업무로 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(5) 청구법인은 파견직원들에 대한 급여를 청구법인이 지급하고 있으나, 현재 해당 급여를 쟁점사업소가 정산하여 청구법인에게 지급하고 있고, 만약 이 건 주민세 부과 당시 쟁점사업소가 정산·지급하지 않았다면 청구법인이 파견직원들의 인건비를 소속 직원들의 인건비와 합산하여 주민세를 신고·납부하였을 것이나, 그렇게 하지 않은 것에 비추어 당시에도 정산·지급했을 것이라고 주장한다.

(6) 처분청의 세무조사 결과통지서에 의하면, “①「법인세법」제4조 제3항에 의거 비영리 내국법인의 수익사업에서 제외되는 교육서비스업은 같은 법 시행령 제3조 제3항 제3호에 따른 사업을 말하는 것으로서 「영재교육진흥법」에 의한 대학부설 음악영재아카데미에서 제공하는 교육인적용역, 대학부설 국제어학원에서 제공하는 교육인적용역과 「평생교육법」에 의한 대학부설 평생교육원, 사회교육원에서 제공하는 교육인적용역 등은 수익사업에서 제외되지 아니함(국세청 질의회신 법규과-1366호, 2011.10.18.) ②청구법인은 부속교육기관으로 ‘국제어학원’을, 「평생교육법」에 따른 평생교육시설인 ‘A 부설 미래교육원’을, 「영재교육진흥법」에 따른 ‘영재교육원’을, 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」제25조에 따른 독립 법인으로서 산학협력과 관련된 성과물 사업화를 진흥·촉진·발전시키기 위한 사업을 수행하는 ‘쟁점사업소’를 각각 설치하고, 소속 교직원을 두어 교육서비스업 외의 수익사업을 영위하고 있는바, 청구법인은 수익사업을 영위하고 있는 위 4개 기관에서 근무하는 교직원에게 급여를 지급하면서 그 급여에 대한 주민세 종업원분은 신고하지 않았음 ③따라서 청구법인이 수익사업을 영위하는 위 기관(국제어학원, 미래교육원, 영재교육원, 쟁점사업소)에서 근무하는 교직원에게 2018년 11월부터 2023년 10월까지 지급한 급여OOO원에 대하여 비과세소득을 제외한 총 OOO원을 과세표준으로 하여 주민세 총OOO원(가산세 포함)을 과세하고자 함”이라는 과세 관련 내용이 확인된다.한편, 청구법인은 쟁점사업소를 제외한 국제어학원, 미래교육원, 영재교육원에 대한 주민세 부과처분에 대하여 “해당 사업소는 청구법인의 한 부서 형태로 존재하는바, 청구법인의 종업원과 합산하여 면세점 기준을 판단함이 합리적일 수 있다.”고 인정하여 심판청구를 제기하지 아니하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점금액①이 이 건 전임교원들의 수익사업인 의료업에 종사한 대가로 받은 보수로서 주민세 과세대상이라는 의견이나,A대학병원이 이 건 전임교원들에게 직접 지급한 진료수당 등은 이들이 환자 등에게 제공한 의료서비스의 대가로서 A대학병원이 진료수당 등을 과세표준으로 하여 주민세를 신고·납부하고 있는 점,청구법인은 이 건 전임교원들의 임상 경험 등을 A하여 A 의과대학의 정교수, 부교수 등으로 임용하였는바, 청구법인이 이들에게 지급한 쟁점금액①은 청구법인이 A 소속 다른 단과대학 교원들에게 지급하는 급여와 본질적으로 다르지 않다고 보이는 점,의과대학 소속 교수들이 부속병원 등에서 환자를 진료하고 수술을 하면서 의과대학 학생들에게 이를 참관하도록 하거나, 각종 수련을 하도록 하는 것은 의과대학 교육과정의 하나로 볼 수 있는 점,법원은 주민세를 부과함에 있어, 종업원들에 대한 급여의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것인지에 따라 주민세 부과 여부를 결정하는 것은 타당하지 않다고 판결한 점(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 대법원 2010.4.15. 선고 2010두573 판결, 같은 뜻임),아울러 이 건 전임교원들은 A 의과대학의 교수로서 연구활동을 하면서 A대학병원에서 진료 및 수술 등을 하고 있는바, 쟁점금액이 주민세 과세대상에 해당하는지 여부는 그 주된 직무에 따라야 하는데, 청구법인이 이 건 전임교원들의 임용 및 급여 지급의 주체이고, 이 건 전임교원들의 직무상 특수성(임상경험과 연구활동의 불가분성) 등을 A할 때 이 건 전임교원들의 주된 직무가 수익사업에 해당한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어,쟁점금액①은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것인바, 처분청이 이와 다른 취지에서 이 건 주민세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2024지292, 2026.6.5. 조세심판관합동회의, 같은 뜻임).다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점사업소에 청구법인 소속 직원들을 파견하여 쟁점사업소의 업무에 종사하게 하였는바, 파견직원들은 청구법인 소속 종업원에 해당하고, 청구법인이 파견직원들에게 지급한 쟁점금액②는 주민세 신고·납부대상에 해당한다는 의견이나,쟁점사업소의 사업자등록증상 쟁점사업소는 법인사업자 본점으로서 학술연구용역, 산학협력업무 등의 사업을 영위함으로써 청구법인과는 별도의 독자적인 사업을 영위하고 있는 것으로 나타나는 점,청구법인이 쟁점사업소에 파견한 파견직원들은 청구법인의 신분을 유지하고 있고, 청구법인이 급여를 지급하고 있어 청구법인의 종업원에 해당된다고 볼 수도 있지만, 파견직원들은 청구법인의 본점에 근무하지 아니하고 별도 법인인 쟁점사업소에 근무하고 있으며, 청구법인이 파견직원들에게 급여를 지급한 후 해당 급여를 쟁점사업소가 정산하여 청구법인에게 다시 지급하는 것으로 보이는바, 파견직원들을 청구법인 본점의 인적 설비로 보기 어려워 보이는 점,쟁점사업소의 정관 제6조는 쟁점사업소의 기본재산으로 “쟁점사업소 설립시 출연재산, 국가·지방자치단체·국내외 개인 또는 단체로부터의 증여재산, 국가·지방자치단체·국내외 개인 또는 단체로부터의 출연금, 기부금 또는 보조금, 기타 쟁점사업소의 재산”을 규정하고 있고, 제7조에서 쟁점사업소의 사업 및 운영에 필요한 경비 충당 재원으로 “기본재산의 운용수익, 제8조에 의한 수입, 차입금”을 규정하고 있으며, 제9조에서 쟁점사업소의 지출 범위로 “쟁점사업소의 관리·운영비, 산학연협력계약의 이행에 필요한 경비” 등을 규정하고 있는바, 쟁점사업소의 기본재산, 경비 충당 재원, 지출 행위, 쟁점사업소의 관리·운영 등이 청구법인과 독립적으로 운영되고 있는 것으로 보여 쟁점사업소의 사업장을 청구법인의 물적 설비로 보기 어려워 보이는 점,쟁점사업소의 정관 제13조 및 제14조는 쟁점사업소의 현금예산서 및 결산서 등을 작성하여 총장에게 제출하도록 규정하고 있는바, 쟁점사업소는 청구법인과 독립적으로 예산 및 결산 업무를 수행하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어,처분청에서 청구법인이 쟁점사업소에 파견한 직원들을 청구법인 사업소 소속 종업원으로 보아 청구법인에게 주민세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.2. “수익사업”이란「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ③ 학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교등에 대한 주민세 사업소분(「지방세법」제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다.

이하 이 항에서 같다) 및 종업원분을 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령(2021.12.31. 대통령령 제32292호로 개정된 것)제18조(학교등 면제대상 사업의 범위 등) ④ 법 제41조 제3항 단서에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분”이란 수익사업에 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 사업소분(「지방세법」제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다)과 종업원분을 말한다. 이 경우 면제대상 사업과 수익사업에 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 용도 또는 직무에 따른다.

(3) 법인세법제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것(이하 생략)(4) 법인세법 시행령제3조(수익사업의 범위) ① 법 제4조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업나. 「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교(5) 지방세법(2023.12.29. 법률 제19860호로 개정되기 전의 것)제74조(정의) 주민세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.3. “종업원분”이란 지방자치단체에 소재한 사업소 종업원의 급여총액을 과세표준으로 하여 부과하는 주민세를 말한다.4. “사업소”란 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사업 또는 사무가 이루어지는 장소를 말한다.5. “사업주”란 지방자치단체에 사업소를 둔 자를 말한다.6. “사업소 연면적”이란 대통령령으로 정하는 사업소용 건축물의 연면적을 말한다.7. “종업원의 급여총액”이란 사업소의 종업원에게 지급하는 봉급, 임금, 상여금 및 이에 준하는 성질을 가지는 급여로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.8. “종업원”이란 사업소에 근무하거나 사업소로부터 급여를 지급받는 임직원, 그 밖의 종사자로서 대통령령으로 정하는 사람을 말한다.제75조(납세의무자) ③ 종업원분의 납세의무자는 종업원에게 급여를 지급하는 사업주로 한다.제76조(납세지) ③ 종업원분의 납세지는 급여를 지급한 날(월 2회 이상 급여를 지급하는 경우에는 마지막으로 급여를 지급한 날을 말한다) 현재의 사업소 소재지(사업소를 폐업하는 경우에는 폐업하는 날 현재의 사업소 소재지를 말한다)로 한다.제84조의2(과세표준) 종업원분의 과세표준은 종업원에게 지급한 그 달의 급여 총액으로 한다.제84조의3(세율) ① 종업원분의 표준세율은 종업원 급여총액의 1천분의 5로 한다.② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 종업원분의 세율을 제1항에 따른 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.제84조의4(면세점) ① 「지방세기본법」제34조에 따른 납세의무 성립일이 속하는 달부터 최근 1년간 해당 사업소 종업원 급여총액의 월평균금액이 대통령령으로 정하는 금액에 50을 곱한 금액 이하인 경우에는 종업원분을 부과하지 아니한다.② 제1항에 따른 종업원 급여총액의 월평균금액 산정방법 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(6) 지방세법 시행령(2023.12.29. 대통령령 제34080호로 개정되기 전의 것)제85조의2(종업원 급여총액의 월평균금액 산정기준 등) ① 법 제84조의4 제1항에 따른 종업원 급여총액의 월평균금액은 「지방세기본법」제34조에 따른 납세의무 성립일이 속하는 달을 포함하여 최근 12개월간(사업기간이 12개월 미만인 경우에는 납세의무성립일이 속하는 달부터 개업일이 속하는 달까지의 기간을 말한다) 해당 사업소의 종업원에게 지급한 급여총액을 해당 개월 수로 나눈 금액을 기준으로 한다.

이 경우 개업 또는 휴ㆍ폐업 등으로 영업한 날이 15일 미만인 달의 급여총액과 그 개월 수는 종업원 급여총액의 월평균금액 산정에서 제외한다.② 법 제84조의4 제1항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 300만원을 말한다.

서울특별시장이 2023.12.6. 청구법인에게 한 주민세 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

「지방세특례제한법」 제41조,「지방세법」 제74조, 제84조의4