이 건 심판청구의 적법 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 2022년 10월 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」에 따라 첨단기술기업으로 지정된 법인으로서, 대구광역시 OOO소재한 토지(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대하여 「대구광역시 동구 구세 감면 조례」제9조(연구개발특구 지역에 대한 감면)에 따른 재산세 감면을 적용받았다.

나. 처분청은 2025년 5월 재산세 감면을 위한 현장조사 결과, 이 건 토지 중 약 절반가량이 나대지 상태로 잡초가 무성하게 자라 있어 실제 공장 용도로 사용하지 않는 것으로 확인하고, 해당 미건축 부분은 「대구광역시 동구 구세 감면 조례」제9조의 재산세 감면 요건인 “직접 사용” 요건을 충족하지 못하였다고 판단하여, 2025.9.15. 청구인에게 2025년도 재산세 등 OOO원을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.4.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 처분청은 청구법인이 심판청구기간을 도과하여 심판청구를 하였다는 의견이나, 청구법인이 2025년 당시 인지한 것은 단순한 재산세 부과 사실이었을 뿐이며, 감면 배제의 법적 근거와 판단 논리, 그리고 그 결과로서의 처분의 실질적 의미는 2026.4.23.에 이르러서야 비로소 명확하게 확인할 수 있었다.

(2) 즉 2025년도 재산세 부과 당시 청구법인은 재산세가 부과되었다는 사실 자체는 인지하고 있었으나, 처분청이 어떠한 법적·사실적 근거로 그동안 감면을 적용하던 동일 공장부지에 대하여 감면을 배제하고 과세하게 되었는지에 관한 구체적인 처분 사유는 알지 못하였다.

(3) 청구법인은 과세 직후 처분청에 문의하였고, 처분청의 안내에 따라 경정청구 절차를 준비하고 있었으며, 과거에도 동일한 유형의 감면 누락에 대하여 환급받은 경험이 있었고, 2026.4.23. 처분청으로부터 감면 배제의 구체적 사유를 확인한 직후인 2026.4.27. 곧바로 조세심판청구를 제기하였는바, 청구법인이 권리구제를 방치하거나 불복절차를 지연한 것으로 볼 수 없으므로, 본 건은 형식적인 납세고지일만을 이유로 각하할 것이 아니라, 실질적인 권리구제의 관점에서 본안 판단으로 나아가는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견(1) 청구법인은 2025.9.15. 2025년도 재산세 고지서를 수령하였으므로, 심판청구 기간의 기산일은 2025.9.15.이고, 90일이 경과하는 날은 2025.12.14.이다.

(2) 청구법인은 이의신청을 거치지 아니하고 2026.4.27. 조세심판원에 심판청구를 제기하였는바, 이는 처분의 통지를 받은 날로부터 90일이 경과한 이후에 제기된 것으로서 청구기간을 도과한 부적법한 청구에 해당한다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점이 건 심판청구의 적법 여부나. 관련 법률 등(1) 지방세기본법제89조(청구대상) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다.제91조(심판청구) ③ 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심판청구를 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다.제96조(결정 등) ⑦ 심판청구에 관하여는 이 법 또는 지방세관계법에서 규정한 것을 제외하고는 「국세기본법」 제7장제3절을 준용한다.

(2) 국세기본법제61조(청구기간) ① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우제68조(청구기간) ① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.제80조의2(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다.

(3) 대구광역시 동구 구세 감면 조례제9조(연구개발특구 지역에 대한 감면) 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제4조에 따른 연구개발특구에서 같은 법 제2조에 따른 첨단기술기업, 연구소기업, 외국인투자기업 및 외국연구기관이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 소유하는 부동산에는 납세의무가 최초로 성립한 날부터 7년간 재산세를 면제하고, 그 후 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에는 면제된 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우2. 그 사용일부터 2년 이상 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우(같은 법 제9조의2, 제9조의4 또는 제40조에 따라 지정·등록 취소 또는 입주계약이 해지된 경우를 포함한다)다. 사실관계 및 판단(1) 우체국의 배송조회내역에 따르면, 2025년도 재산세 납세고지서는 2025.9.15. 청구법인의 회사동료(신O훈)가 수령한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.「지방세기본법」제89조 제1항에서 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제91조 제3항에서 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심판청구를 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다고 규정하고 있으며, 제96조 제7항에서 심판청구에 관하여는 이 법 또는 지방세관계법에서 규정한 것을 제외하고는 「국세기본법」 제7장 제3절을 준용한다고 규정하고 있다.한편, 「국세기본법」 제80조의2에서 심판청구에 관하여는 같은 법 제65조를 준용한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제65조 제1항 제1호에서는 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우 그 청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제61조 제1항에서 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 규정하고 있고, 제68조 제1항에서 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 각 규정하고 있다.따라서 청구법인은 처분을 안 날(2025.9.15.)로부터 90일이 경과된 2026.4.27. 심판청구를 제기하였으므로, 이 건 심판청구는 청구기간을 경과하여 제기된 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.