이유
1. 처분개요가. 청구법인은 2014.6.11.부터 경기도 성남시 OOO 소재에서 배관 및 냉·난방 공사 등 건설업을 영위하고 있는 법인으로, 개인사업자인 BBB이 운영하던 CCC(이하 “쟁점①매입처”라 한다)로부터 2015년 제2기 OOO원, 2016년 제1기 OOO원, 2016년 제2기 OOO원 등 합계 OOO원의 매입세금계산서(공급가액 기준, 이하 “쟁점①매입세금계산서”라 한다)와 ㈜DDD(이하 “쟁점②매입처”라 하며, 쟁점①매입처와 함께 “쟁점매입처들”이라 한다)로부터 2016년 제2기 공급가액 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점②매입세금계산서”라 하며, 쟁점①매입세금계산서와 함께 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하고 매입세액으로 공제 및 손금산입하여 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다.
나. 의정부세무서장의 쟁점①매입처에 대한 세무조사(2020년 4월) 및 평택세무서장의 쟁점②매입처에 대한 세무조사(2021년 8월) 결과, 쟁점매입처들이 청구법인에게 재화나 용역의 공급 없이 쟁점매입세금계산서를 발행한 것으로 보아 처분청에 과세자료로 각각 통보하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점매입세금계산서에 대한 매입세액을 불공제하고 관련 매입금액을 손금불산입하여 2025.7.14. 청구법인에게 2016년 제2기 부가가치세 OOO원, 2015사업연도 법인세 OOO원, 2016사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였고, 청구법인의 대표자 AAA에게 2015년 귀속 OOO원과 2016년 귀속 OOO원을 상여처분하여 소득금액변동통지를 하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.29. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견(1) 쟁점매입처로부터 수취한 세금계산서는 정상거래를 통해 수취한 세금계산서이다.(가) 세무조사 및 해명자료 제출시 제출하였던 자료 및 청구법인의 주장과 같이 「부가가치세법」 제9조 및 제11조에 따라 거래당사자인 청구법인과 하도급업체간 계약상 재화와 용역이 공급되었고, 공급에 따른 대가 역시 수반되었다. 아래 ＜표1＞은 청구법인이 쟁점매입처들과 거래한 내역이다.＜표1＞ 쟁점매입처로부터 매입내역(단위 : 천원)
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○(나) 일련의 거래과정 가운데 특정거래가 「부가가치세법」상 재화(용역)의 거래에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래 목적과 경위, 태양, 이익의 귀속 주체, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단(대법원 2011.2.10. 선고 2010두2685 판결 참조)해야 하며, 청구법인이 수주하여 쟁점①매입처에 하도급을 주어 수행한 공사(＜그림1＞ 참조)는 아래와 같이 차질 없이 진행되어 준공되었고 청구법인은 원도급업체로부터 대금을 지급받고 매출세금계산서를 발행하였다.＜그림1＞ 청구법인이 수주하여 시공한 현장 사진 샘플
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○(다) 건설업계의 관행적인 하도급 거래구조로 미루어 보았을 때, 청구법인 역시 원청업체 또는 하도급업체로부터 하도급으로 또는 재하도급계약으로 공사를 수주하여 낮은 이익률을 취할 수밖에 없는 상황에서 가공세금계산서를 수취하여 자신의 이익을 스스로 포기할 유인은 존재하지 않는다.특히 관급공사 등을 수주하고 금융기관에 대출을 받기 위해서는 이익률, 부채비율, 유동비율 등의 재무건전성이 중요한바, 쟁점매입세금계산서로 인해 원가비율이 높아지고 이익률이 감소하게 되며 대금지급상황에 따라 부채비율이 증가하게 되는 상황에서 청구법인의 재무건전성을 악화시키면서까지 가공매입세금계산서를 수취할 이유는 전혀 없다.(라) 판례(대법원2007.3.16. 선고 2006두19020 판결) 및 조세심판례(조심 2023서3160, 2023.9.25., 조심 2023서862, 2023.6.26.등 다수)에서 거래상대방이 자료상으로 판명되었다 하더라도 실지거래사실을 인정받거나 적어도 선의의 거래당사자에 해당하는 경우 거래사실을 인정받은 사례와 같이 거래상대방이 관계기관의 조사에 의해 자료상으로 확정되었다 하더라도 청구법인은 쟁점①매입처에 대하여 사업자등록증 확인, 대표자의 신분증 및 사업용 계좌를 확인하여 거래대금을 상대방의 사업용 계좌로 지급하였고, 청구법인은 현장에서 공사가 진행되고 있는 점을 확인하였으며, 도급처 및 발주처로부터 준공 확인을 받고 매출대금을 수령하였다.또한, 처분청은 쟁점①매입처의 대표자와 청구법인의 대표자간 거래내역(＜표2＞ 참조)이 있는 과세기간동안 개인적인 금전거래에 대하여 자전거래 혐의가 있다고 보아 이를 과세근거로 제시하고 있으나, 이는 청구법인의 2017년 중부지방국세청의 세무조사 기간 중 개인간 금전대차거래로 이자상환내역 사실 등이 확인되어 금전대차거래로 인정받은 거래이므로 이 또한 과세근거가 되기는 어렵다고 판단된다.＜표2＞ 청구법인의 세무조사 중 제출했던 소명자료 일부발췌
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○단지 쟁점①매입처 대표자의 세무조사 및 범칙조사과정에서 기존의 진술을 뒤엎고 재화·용역을 공급하지 아니하였음에도 세금계산서를 발행하였다고 진술한 내용에만 근거하여 달리 쟁점매입처가 아닌 다른 하도급업체가 있었는지, 이체한 거래대금이 바로 출금되거나 다른 곳으로 갔다는 자전거래 등의 명확한 근거가 발견되었는지 등 청구법인이 영위하고 있는 정보통신공사업종에 관련 관행이나 업무흐름등의 제반사정을 확인하지 않고 한 이 건 부과처분은 청구법인에게는 가혹한 처사이다.쟁점①매입처의 대표자 BBB은 현재도 청구법인과 계속하여 거래중으로 청구법인의 조사청 조사시에는 정상거래라고 진술하였으면서 의정부세무서장의 자료상 조사시에는 가공거래라고 진술번복한 점에 대하여 문의한 결과 조세범칙범죄사실을 시인하면 형을 경감받는다는 국선변호인의 권고에 따라 청구법인과의 정상거래를 가공거래로 진술번복(＜별지1＞)하였으며 의정부세무서장 자료상조사시 객관적이고 합리적인 자료에 의하여 청구법인과의 거래사실이 가공거래임을 시인했던 것이 아니라, 조사당시 경제적 어려움이 있어 삶을 포기할 정도로 의욕이 없는 상태로 자포자기하는 심정으로 가공거래 인정진술만 하였다고 확인하였는바, 쟁점①매입처의 조사시 재화 또는 용역을 제공하지 아니한 사실을 입증할 명확한 근거자료 없이 BBB의 진술만으로 가공거래로 확정됨에 따른 이 건 부과처분은 「국세기본법」 제16조 제1항에 따른 근거과세의 원칙을 훼손할 여지가 상당하다고 판단된다.정보통신공사의 특성상 하도급업체가 존재할 수 밖에 없는 사실에 더하여 쟁점①매입처와의 거래가 자료상거래라고 한다면, 통상적으로 자료상과의 거래는 장기간 거래가 존재할 수 없고 1회 또는 단기간 거래가 발생한 후 그 거래가 단절되는 것이 수순인데, 쟁점①매입처의 대표 BBB과는 쟁점거래 이전에도 그 이후에도 계속 거래 중으로 그 용역의 제공사실을 현재 진행중인 현장(＜표3＞ 참조)에서도 확인가능한 바, 그 용역의 실질이 존재하지 않았다는 처분청의 결정은 받아들이기 어렵다.＜표3＞ 쟁점①매입처(대표 BBB)와 쟁점공사 이후 거래내역 발췌(단위 : 천원)
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○설령 거래상대방이 자료상으로 판명되었다 하더라도 실지거래사실을 인정받거나 적어도 선의의 거래당사자에 해당하는 경우 거래사실을 인정받은 사례가 다수 존재하며, 이러한 판단은 납세자에게 극도로 불리한 결과를 초래할 수 있는 사항에 관련된 것이므로, 그 거래의 발생 경위와 거래의 실존여부 등을 종합하여 신중하고 엄격하게 판단되어야 한다.(마) 또한, 쟁점②매입처는 경영확장의 일환으로 통신기자재 제조업을 시도했다가 사업을 하지 못하게 되자, 청구법인이 수행하는 정보통신공사에 사용이 가능하여 남는 자재 등을 시세보다 저렴하게 매입할 수 있는 기회가 생겨 이를 매입한 것으로, 거래발생일로부터 9년이 지난 시점에서야 청구법인에게 해명안내문이 나와 기존 법인통합조사시에 준비·제출했던 자료가 소실되거나 폐기되어 청구법인이 정상거래임을 입증하는데 어려움이 있는 상황으로 청구법인이 제출할 수 있는 자료에 한계가 있으나,쟁점②매입처로부터 매입한 통신기자재는 실제 청구법인의 원청업체인 LH공사의 사업현장에 정상적으로 투입된 사실 및 세금계산서와 대급지급내역(＜그림2＞ 참조)이 확인되는바, 청구법인의 세무조사 당시 정상거래임을 소명하여 인정받은 상태에서, 쟁점②매입처의 세무조사당시의 자료상 자백 진술 이외에 별다른 명확한 과세근거가 확인되지 아니하고 최종거래처에 재화가 실제 공급된 사실이 확인됨에도, 청구법인과 쟁점②매입처와의 거래가 위장 가공거래라고 보고 경정·고지한 부과처분은 근거과세, 실질과세의 원칙에 위배되므로 받아들이기 어렵다.＜그림2＞ 쟁점②매입처로부터 매입자재와 준공사진첩 비교
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○(2) 청구법인이 지출한 금액은 손금으로 인정되어야 한다.(가) 청구법인이 수주하여 재하도급한 공사현장에 대하여 재하도급업체와 자재를 납품한 쟁점매입처에 대하여 매입대금을 모두 지급하였고 공사를 준공하여 원도급업체로부터 준공확인과 매출대금을 지급받은 사실은 모두 확인되는 사실이다.설령 자료상 업체로부터 받은 세금계산서라 하더라도 금융자료가 있다면 그 증거가치를 쉽게 부인할 수 없어 거래내역이 인정되어야 하며, 위장거래처로 지목한 업체와의 거래내역도 금융자료가 있다면 손금인정되어야 한다고 판시한 사례(대법원 2007.3.16. 선고 2006두19020 판결 참조)와 같이, 매입대금을 지급하였고 일부 돈이 쟁점매입처로부터 청구법인의 대표자의 계좌로 입금된 내역이 있으나, 이는 쟁점매입처와 진행하는 현장 외에도 여러곳의 공사현장에서 작업하는 청구법인의 현장 운영경비 및 결제대금으로 사용하기 위해 수시로 쟁점매입처의 대표자인 BBB으로부터 돈을 빌리고 다시 상환한 것이며 매입대금을 다시 되돌려 받은 것이 아니다.청구법인은 쟁점매입처와 진행하고 있는 현장 외에도 동시에 다수의 현장에서 공사를 진행하고 있었고, 원도급업체로부터 대금을 지급받는 시점은 기성청구에 따라 지급되거나 원도급자가 발주처로부터 대금수령이 완료된 후 하도급업체에 정산해 주는 것이 통상적이다.(나) 반면, 청구법인이 공사를 수행하는 다수의 현장에서는 선투입해야하는 경비들이 발생하였고, 다수의 현장에서 발생하는 선투입 경비들이 매월 OOO원에 달하여 당시 설립 초기의 청구법인은 자금이 부족한 상황이 빈번히 발생하였고, 이 경우 대표이사가 개인적으로 자금을 조달하여 청구법인에 대여하는 방식으로 경비를 조달하였다.
청구법인의 세무조사 기간 중 개인간 금전대차거래로 이자상환내역 사실 등이 확인되어 금전대차거래로 인정받은바 있었고, 조사기간 이후에도 AAA는 쟁점①매입처의 대표자인 BBB에게 금전대차거래로 인한 채무 잔액을 계속적으로 상환(＜표4＞ 참조)하였는바 이는 자전거래가 아님을 입증하는 내용이다.＜표4＞ 청구법인 대표 AAA의 금융거래내역 발췌(단위 : 원)
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○(3) 청구법인 대표자에게 귀속되지 않은 금원은 상여처분에서 제외되어야 한다.(가) 설령 청구법인과 쟁점①매입처와의 거래로 인하여 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서로 확정된다 하더라도, 아래와 같이 쟁점①매입처의 대표자 BBB에게 다시 송금한 금액(＜표5＞ 참조)은 귀속이 불분명한 금액에 해당하지 아니하기 때문에 대표자 상여처분 금액에서 제외해야 한다.＜표5＞ 청구법인 대표 금융계좌에서 BBB에게 이체된 내역(단위 : 원)
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○(나) 통상적으로 자료상과의 거래는 장기간 이뤄지지 않고 단기간의 거래가 발생 후 단절되는 것이 수순이며 단기간에 고액의 매출이 발생하고 폐업하거나 세금을 체납하는 것이 일반적인 형태이지만, 쟁점①매입처의 경우 당시 세금의 체납 없이 모두 납부하였으며 이후에도 청구법인과 쟁점①매입처는 지속적으로 거래관계를 이어오고 있다. 설령 쟁점①매입처로부터 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서로 확정된다 하더라도 청구법인으로부터 사외유출된 금액이 최종적으로 청구법인의 대표자가 아닌 쟁점①매입처에 귀속되었다면 청구법인 대표자의 인정상여처분 금액에서 제외해야 한다.
(4) 처분청의 과세자료 해명자료 제출 안내문은 중복조사에 해당되어 재조사금지원칙에 반한다.(가) 청구법인은 제1차 조사 당시 쟁점①매입처와의 자전거래혐의에 대하여 자전거래가 아닌 금전소비대차거래임을 소명하였고 쟁점①매입처의 직접 인건비 등에 투입하여 실제 공사를 수행한 사실을 입증하여 정상거래임을 소명하여 무혐의 처분을 받았으나, 쟁점거래처가 자료상으로 확정되었다는 이유로 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 세금계산서를 위장가공거래로 수취한 세금계산서로 보아서는 안된다.(나) 또한 국세청 유권해석에서는 재조사가 허용되는 예외적인 요건으로 “조세탈루혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”라고 규정하고 있고 “명백한 자료”란 조세탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성, 객관성, 합리성 등이 요구된다고 규정하고 있고(기준-2016-법령해석기본-0031, 2016.4.12.), 대법원 역시 같은 사안에 대하여 제2차조사가 제1차조사와 비교해 볼 때 제2차조사가 객관성있고 합리성있는 자료에 의한 상당한 정도의 새로운 과세사실이 갖춰질 경우에만 제2차 조사를 실시할 수 있다고 판시하였으며 종전조사와 같은 사안을 반복 조사함은 재조사 금지원칙을 위배한다고 판시(대법원 2011.1.27. 선고 2010두6083 판결)하였다.(다) 청구법인은 쟁점①매입처가 관할세무서 및 법원으로부터 자료상으로 판정받은 바 있으나, 청구법인이 제1차 조사 당시와 동일한 사실관계 외에 새로운 과세사실은 없었고 달리 객관적이고 합리적인 새로운 과세사실을 구성하는 “새로운 명백한 자료”로 볼 수 없다.
(5) 처분청의 의견에 대한 청구법인의 항변내용은 아래와 같다.(가) 청구법인은 쟁점거래처와 진행하고 있는 공사현장 외에도 다수의 현장에서 공사를 수행하고 있는바, 청구법인은 대부분 원도급 업체나 최종 하도급업체가 아닌 중간 도급업체로서, 하도급업체에게 공사대금등을 선 지급 후 준공시 원도급 업체나 상위 도급업체로부터 대금을 지급받는 등의 형태로 사업을 진행하였다.따라서 대금의 수취와 지급 시점의 차이로 인해 자재매입대금 및 현장 운영경비 등이 항상 부족한 실정이었으며, 청구법인의 대표 AAA는 운영경비 등을 확보하기 위해 노력하였고 쟁점①매입처의 대표인 BBB 외에도 여러 곳으로부터 수시로 자금을 차입하고 상환하는 것을 반복하고 있었으며, 당시 청구법인이 영위하고 있는 업종의 관행상 현장에서 일하는 인부의 인건비 및 경비 등을 현금으로 지급해야 하는 경우도 있었기에, 청구법인에서 지급할 수 없어 대표 AAA가 자금을 마련하여 지급하는 등의 형태로 사업을 진행하였다.통상적으로 자료상과의 자전거래의 경우 주된 형태로는 매입대금 등을 자료상에게 입금한 후 부가가치세를 제외하거나 또는 부가가치세 및 일부 수수료 형태의 금액을 제외하고 다시 송금하는 거래수법을 보이는 것이 일반적이지만, 청구법인과 쟁점①매입처의 경우 청구법인이 매입대금을 지급한 후 쟁점①매입처의 대표 BBB이 비록 당일 혹은 수일내 청구법인의 대표 AAA의 계좌로 대금을 송금하였으나 세금계산서에 기재된 금액에서 부가가치세 혹은 그에 더해 일정률의 수수료 형태의 금액을 제외하고 송금하는 자료상과의 전형적인 거래형태와 다르게 세금계산서에 기재된 금액보다 더 많은 금액을 AAA의 계좌로 송금하는 경우가 대부분이었다.비록 쟁점①매입처가 판결 등에 의해 일부 자료상으로 확정되긴 하였으나 이러한 자금 거래형태를 미루어 보았을 때, BBB이 AAA와 자전거래를 하였다면 자신이 수취한 금액보다 더 큰 금액을 다시 반환하는 금전적 손해를 보는 형태의 거래를 하지 않았을 것이므로, 청구법인과 쟁점①매입처와의 거래로 수취한 세금계산서가 가공거래로 인하여 매입세액이 불공제되더라도 최소한 청구법인이 쟁점①매입처에게 지급한 금액은 「법인세법」상의 손금으로 인정되어야 한다.(나) 쟁점①매입처 BBB으로부터 청구법인의 대표 AAA에게 입금된 금액은 사업에 필요한 금액을 차용한 것이지만 설령 쟁점①매입처로부터 수취한 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다 하더라도 AAA에게 입금된 금액은 청구법인 또는 AAA에게 귀속된 것으로 볼 수 없다.BBB으로부터 입금된 금액 중 일부는 다시 BBB에게 송금하여 차입금을 상환하였으며, BBB과의 금전거래내역은 금전소비대차 거래에 해당하지만 청구법인과 쟁점①매입처와의 일부 거래가 가공거래에 해당한다 하더라도, BBB으로부터 AAA에게 입금된 금액은 다시 BBB에게 일부 반환되었고, 대부분 당일 혹은 수일내에 다른곳으로 출금되어 청구법인 혹은 AAA에게 귀속되지 않았으므로 AAA에게 한 상여처분은 취소되어야 한다.
나. 처분청 의견(1) 쟁점매입세금계산서는 청구법인이 쟁점매입처들과 관련한 대금을 청구법인의 대표자 개인계좌로 되돌려 받은 사실과 다른 세금계산서임이 명백하다.(가) 쟁점①매입처로부터 수취한 공급가액 합계 OOO원의 쟁점①세금계산서와 관련하여 2020년 6월 의정부세무서장이 실시한 쟁점①매입처의 2015년 제1기∼2017년 제1기 과세기간에 대한 세무조사 결과, 아래 ＜표6＞과 같이 두 대표자 간 금융거래는 금전대차거래가 아닌 가공거래에 따른 쟁점①매입처에 지급한 거래대금의 회수였던 것으로 확인되었고, 이는 단순한 금융거래내역의 확인뿐만 아니라, 조사 당시 쟁점①매입처의 대표자도 가공거래임을 인정(＜별지2＞ 기재)한 반면, 청구법인은 쟁점①매입처로부터 구체적으로 어떤 용역이나 재화를 공급받았는지를 확인할 수 있는 증거자료를 제출하지 못하고 있다.＜표6＞ 쟁점①매입처 조사종결보고서 일부 발췌
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○특히, 청구법인이 심판청구 시 증거자료로 제출한 신용카드 사용내역 등과 관련하여 해당 신용카드 지출과 청구법인이 쟁점①매입처로부터 실제 용역이나 재화를 공급받았다는 주장은 아무런 상관관계가 없는 것으로 청구주장에 대한 적합한 증거자료에 해당하지 않는다.또한, 청구법인이 최초 세무조사 당시 소명했던 것처럼 청구법인의 대표자 AAA 명의 금융계좌에 쟁점①매입처 대표자인 BBB이 금원을 입금한 것이 대표자 간 사적 금전대차거래에 해당한다면, 이후 청구법인의 대표자 AAA가 차입했던 금전에 대하여 BBB에게 차입금 전액과 이자상당액을 상환한 증빙이 있어야 함에도 청구법인은 심판청구일 현재까지 이와 관련된 구체적인 증거자료는 전혀 제시하지 못하고 있으며, 쟁점①매입처에 대한 세무조사 과정에서 대표 BBB이 청구법인의 대표 AAA에게 송금한 금액이 약 OOO여원에 달하는 것으로 확인되었고,청구법인과 특수관계(최대주주가 동일)에 있는 주식회사 EEE의 경우 동일한 과세기간에 대한 부가가치세 세목별조사를 실시한 결과, 쟁점①매입처 등으로부터 실제 재화 또는 용역의 공급 없이 세금계산서를 수취한 것이 확인되어 관련 제세를 경정·고지받은 사실이 확인되는 등 청구법인 대표 AAA가 일부 대금을 쟁점①매입처 대표자에게 재송금하였다 하더라도 이는 쟁점①매입세금계산서 관련 거래대금을 손금에 산입해야 한다는 청구주장의 근거에는 해당하지 않는다.더욱이 쟁점①매입처 대표자 BBB은 쟁점①매입처에 대한 세무조사 후 고발조치 되었으며, 수사기관 역시 동일한 혐의로 기소하였고, 재판(＜표7＞ 참조) 결과도 쟁점세금계산서를 포함해 실제 재화 또는 용역의 공급 없이 거짓 세금계산서를 발급한 혐의가 인정되어 징역 10월(집행유예 2년) 및 벌금 OOO원을 선고받았다.＜표7＞ 의정부지방법원 OOO 판결 일부 발췌
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○청구법인은 추가적인 증거자료 없이 2025.1.24. 작성된 쟁점①매입처 대표 BBB의 확인서만을 근거로 하여 쟁점①매입처에 대한 세무조사와 수사, 재판의 결과가 모두 허위진술에 따른 것이며, 쟁점①매입처로부터 건설용역을 정상적으로 제공받은 것임을 주장하고 있으나, 쟁점①매입처는 상기 ＜표7＞ 판결문과 같이 쟁점①세금계산서를 포함해 공급가액 합계가 OOO원에 달하는 허위 세금계산서를 수수한 자로 이미 모든 처분이 종결된 이후 당초 진술이 허위였다는 주장만으로는 청구법인이 실제 재화 또는 용역을 공급받았다는 주장을 인정할 수 없다.(나) 쟁점②매입처로부터 수취한 공급가액 OOO원의 쟁점②세금계산서와 관련하여 청구법인은 세금계산서 수수와 거래대금의 지급내역이 확인되는 점 등을 정상거래의 근거로 주장하나,2021년 10월 평택세무서장이 쟁점②매입처의 2015년 제2기∼2017년 제1기 과세기간에 대한 조세범칙조사(＜표8＞ 참조)를 실시한 결과, 쟁점②세금계산서를 포함해 쟁점②매입처가 수수한 세금계산서의 99% 내외가 가공인 것으로 확인 및 쟁점②매입처의 대표자를 거짓 세금계산서 수수행위의 실행위자로 고발조치하였다.＜표8＞ 쟁점②매입처 조사종결보고서 일부 발췌
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○쟁점②매입처는 청구법인으로부터 지급받은 거래대금 OOO원(VAT 포함, ＜표9＞ 참조) 중 부가가치세 상당액을 제외한 OOO원이 각각 청구법인 대표자 AAA와 직원 HHH 명의 금융계좌 등으로 이체된 내역이 확인되는 등 금융거래내역도 청구법인의 주장과는 일치하지 않으므로 쟁점②매입처 대표자의 진술에만 의존해 쟁점②매입처로부터 수취한 쟁점세금계산서를 가공으로 판단하였다는 청구법인의 주장을 인정하기 어렵다.＜표9＞ 쟁점②매입처의 거래대금 출금내역(단위: 백만원)
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○(2) 쟁점①매입처 대표자 BBB이 청구법인의 대표자 AAA에게 출금한 금액은 총 OOO원에 달하며, 이 중에는 쟁점①매입처로부터 세금계산서를 수취한 이력이 있는 ㈜EEE과 FFF의 거래대금도 아래 ＜표10＞와 같이 청구법인의 대표 AAA에게 반환되는 등 청구법인 대표자 AAA가 상기 OOO여원 중 일부 대금을 쟁점①매입처 대표 BBB에게 재송금하였다 하더라도 해당 금액이 금전대차거래에 따른 차입금의 상환 내지는 정상적인 거래대금의 지급에 해당하는 것으로 보기 어려운바, 손금불산입되는 쟁점매입세금계산서 관련 부가가치세를 포함한 전액을 대표자 AAA에게 상여처분하는 것이 타당하다.＜표10＞ 쟁점①매입처 조사종결보고서 일부 발췌
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○(3) 청구법인에 대한 처분청의 쟁점과세자료에 대한 해명안내가 중복조사에 해당한다는 청구주장과 관련해 처분관서는 ‘세무조사’에 준하는 질문조사권을 행사한 사실이 없는바, 아래와 같은 사유로 세무조사로 볼 수 없으므로 중복조사에 해당하지 않는다.(가) 조사사무처리규정 제3조에서 ‘세무조사’란 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 근거하여 조사공무원이 납세자의 국세에 관한 정확한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 조사계획에 의해 세무조사 사전통지 또는 세무조사 통지를 실시한 후 납세자 또는 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고, 장부·서류·물건 등을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 행위로 규정하고 있다.청구법인에 사실과 다른 세금계산서 수취 관련 쟁점과세자료의 소명을 요청하는 안내문을 발송한 것은 쟁점매입처들에 대한 세무조사 후 가공거래확인에 따라 통보된 과세자료 처리를 위한 행위이므로 대법원 판례(대법원 2017.03.16. 선고 2014두8360 판결 참조)에 비추어 보았을 때, 이미 쟁점매입처에 대한 세무조사결과에 따라 쟁점매입세금계산서가 가공으로 확정되어 생성·통보된 쟁점과세자료의 처리를 위하여 청구법인에 단순히 소명을 안내한 행위는 ‘세무조사’로 볼 수 없다.(나) 또한, 청구법인에 대한 종결보고서 등 최초 세무조사 관련 자료와 청구법인이 제출한 자료 등을 종합하여 볼 때, 아래와 같이 쟁점과세자료의 처리를 위한 소명안내는 중복조사에 해당하지 않는다.우선 청구법인은 최초 세무조사 당시 쟁점①매입처 대표로부터 입금받은 금원에 대하여 금전대차거래인 것으로 소명하였으나 쟁점①매입처에 대한 세무조사 결과, 금전대차거래가 아닌 거래대금의 반환에 해당하여 당초의 소명이 거짓으로 확인되었다.이는 쟁점매입처들이 자료상으로 확정되었다고 해서 쟁점매입세금계산서 역시 가공거래로 판단한 것이 아닌, 앞서 여러 차례에 걸쳐 밝힌 바와 같이 청구법인과의 거래 역시 다른 거래처들과 동일하게 거래 경위 및 자금의 거래내역, 쟁점매입처 대표자들의 진술 등을 종합하여 판단한 것으로 청구법인의 주장은 사실과 다른 것은 물론, 단순 과세자료의 처리를 위한 소명안내는 세무조사에 해당하는 행위가 아니며, 설령 쟁점과세자료의 처리를 위해 세무조사를 실시하는 경우에도 관련 법령[「국세기본법」 제81조의4 제2항 제6호(2016.1.1. 시행), 「국세기본법 시행령」 제62조의2 제1항 제2호(2016.2.5. 시행)]에 따라 ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우’에는 예외적으로 세무조사를 할 수 있으며, 다수의 관련 심판례에서도 이를 인정하고 있다.(다) 특히, 쟁점①매입처의 경우 수사기관 및 법원을 통해서도 쟁점①매입세금계산서가 가공세금계산서에 해당함이 충분히 입증되었으므로 청구법인의 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 해당하는바, 중복조사의 예외적인 사항에 해당하므로 청구법인에 대한 과세자료 해명안내가 중복조사에 해당한다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.
(4) 청구법인의 항변에 대한 처분청의 의견은 아래와 같다.(가) 청구법인은 대표자 AAA가 ‘쟁점①매입처’로부터 입금받은 대금은 금전소비대차에 해당하는 것으로 주장하며, 청구법인은 청구법인에서 쟁점①매입처에 지급한 거래대금 대비 청구법인의 대표자에게 재입금된 금액이 훨씬 더 크므로 통상적인 자료상과의 거래행태와 다른 것으로 근거를 제시하였으나, 청구법인 쟁점①세금계산서 관련 쟁점①매입처에 거래대금을 지급한 내역과 쟁점①매입처가 AAA에게 재입금한 내역과 처분청의 입금내역별 자금원천검토 및 쟁점①매입처 조사종결보고서 내용은 아래 ＜표11＞, ＜표12＞, ＜표13＞과 같다.아래 ＜표11＞의 재입금액을 포함하여 쟁점①매입처가 청구법인의 대표자 AAA에게 입금한 금액은 약 OOO여원에 달하고, 청구법인에서 쟁점①매입처에 지급한 거래대금 OOO원 외에도 아래와 같이 쟁점①매입처의 가공매출처 ‘FFF(105-81-*****) OOO원’ 및 ‘㈜EEE(131-86-*****) OOO원’, ‘GGG(137-81-*****) OOO원’ 등의 거래대금(VAT 포함)은 물론, 자금원천이 쟁점매입세금계산서①과 무관한 거래대금도 상당금액이 포함된 것으로 파악된다.＜표11＞ 청구법인이 쟁점①매입처에 지급한 금액과 쟁점①매입처가 청구법인의 대표 AAA에게 재입금한 내역(단위 : 원)
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○＜표12＞ 청구법인이 항변시 제출한 입금내역별 처분청의 자금원천 검토(단위 : 원)
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○＜표13＞ 쟁점①매입처 조사종결보고서 일부 발췌
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○또한, 만약 금전소비대차에 해당한다면 청구법인의 대표 AAA는 입금받은 금액에 대응하는 출금액이 있어야 함에도 현재까지 구체적인 상환내역을 밝히지 못하고 있으며, 반환하였다는 금액도 전체 입금액 OOO여원 중 일부에 불과하고 쟁점①매입세금계산서와의 관련성은 확인되지 않으며, 쟁점①매입처의 대표자 역시 상기 거래처 및 거래대금에 대해 가공거래에 따른 거래대금의 반환에 해당하는 것을 시인한 사실도 있는바, 청구법인의 주장을 인정하기 어렵다.(나) 청구법인은 쟁점①매입처 대표자가 AAA에게 입금한 금액이 청구법인의 거래처 등에 출금되었으므로 AAA에 대한 상여처분은 부당하다는 주장에 대하여청구법인이 제출한 항변서의 청구법인 대표 AAA 금융거래내역과 관련하여 쟁점①매입처에서 AAA에게 입금한 금액 중 일부가 개인과 법인 명의 금융계좌로 출금된 것은 확인되나, 청구법인이 주장하는 거래처 등에 지급되었다는 출금내역에 대응하는 입금내역과 관련해 아래와 같이 청구법인에서 쟁점①세금계산서 관련 입금한 거래대금과는 무관(＜표14＞ 참조)하며,＜표14＞ 청구법인이 항변시 제출한 출금내역별 처분청의 자금원천 검토(단위 : 원)
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○출금처들도 청구법인의 업무와 어떠한 관련성이 있는지 여부가 불분명하여 청구법인에서는 AAA 명의 금융계좌에서 출금된 내역별로 출금목적 등을 분명히 밝혀 청구법인과의 업무관련성을 입증하여야 하나, 단순히 쟁점매입세금계산서①와 무관하게 입금된 금액에 대응하는 출금내역만을 증거자료로 제시함에 따라 청구법인의 주장을 인정하기 어렵다.
3. 심리 및 판단가. 쟁점① 실제 용역의 공급없이 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보아 과세한 처분의 당부② 청구법인 대표에게 인정상여 처분은 부당하다는 청구주장의 당부③ 쟁점매입세금계산서에 대한 과세자료 처리는 중복조사에 해당한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령(1) 부가가치세법제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 역무를 제공하는 것2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다).(2) 법인세법제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.
(3) 법인세법 시행령제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.
1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용제106조(소득처분) ①법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.
라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득(4) 국세기본법 시행령제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우(5) 국세기본법 시행령제63조의2(세무조사를 다시 할 수 있는 경우) 법 제81조의4 제2항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우4. 「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 해당 자료에 대하여 「조세범 처벌절차법」 제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.
(6) 조세범 처벌절차법제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. “조세범칙행위”란 「조세범 처벌법」 제3조부터 제16조까지의 죄에 해당하는 위반행위를 말한다.
다. 사실관계 및 판단(1) 처분청 및 청구법인이 제시한 자료 등에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다.(가) 중부지방국세청장은 2017년 9월 청구법인에 대해 2014～2016사업연도까지 법인통합조사를 실시하였고, 거래상대방인 쟁점매입처들로부터 수취한 매입세금계산서에 대해 청구법인에 경정처분을 하지 않았다.(나) 2020년 4월 의정부세무서장은 쟁점①매입처에 대해 세무조사를 실시한 결과 쟁점①매입처를 자료상으로 확정하여 대표자를 고발하고, 쟁점①매입세금계산서를 위장가공자료로 처분청에 자료 통보하였으며, 의정부지방법원은 쟁점①매입처 대표자에 대해 허위세금계산서교부죄 등으로 징역 10월(집행유예 2년) 및 벌금 OOO원을 선고 (의정부지방법원 OOO판결)하였으며, 2021년 8월 평택세무서장은 쟁점②매입처에 대해 부가가치세 세목별 세무조사를 실시한 결과 쟁점②매입처를 자료상으로 확정하여 고발하였고 해당 쟁점②매입세금계산서를 위장가공자료로 처분청에 자료 통보하였으며, 처분청은 통보받은 쟁점매입세금계산서를 바탕으로 2025.7.14. 청구법인에 부가가치세, 법인세를 부과·고지하고, 청구법인의 대표자 AAA에 대해 상여처분에 대한 소득금액변동통지를 하였다.(다) 청구법인은 쟁점①매입세금계산서와 관련하여 처분청이 제출한 자료에 의하면, 쟁점①매입처의 대표 BBB에게 출금된 대금이 다시 청구법인의 대표 AAA에게 반환된 내역이 위 ＜표11＞과 같이 확인되나, 청구법인은 쟁점①매입처의 대표 BBB이 청구법인 대표 AAA로부터 차입한 금액을 상환한 것이므로, 청구법인의 대표 AAA에 대한 상여처분은 취소되어야 한다고 주장한다.(라) 청구법인은 쟁점매입세금계산서②와 관련하여 청구법인으로부터 지급받은 거래대금 OOO원(VAT 포함, 아래 ＜표15＞ 참조) 중 부가가치세 상당액을 제외한 OOO원이 각각 청구법인 대표자 AAA와 직원 HHH 명의 금융계좌 등으로 이체된 내역이 확인되므로 청구법인 대표에 대한 상여처분은 취소되어야 한다고 주장하여 처분청에 문의한바, 처분청은 거래대금은 청구법인 대표·직원에 입금되었고 III은 거래처 직원으로 확인되고, 청구법인에서 대표자 상여처분이 아니라는 명백한 증빙을 제출하지 않았다고 답변하였다.＜표15＞ 쟁점②매입처의 거래대금 입출금내역(단위 : 백만원)
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○(마) 청구법인은 2025.2.17. 처분청의 과세자료 해명자료 제출 안내문은 2017년 9월 청구법인에 대한 법인통합조사 당시 해명한 내용으로 동일 세목 동일기간 중복조사에 해당되어 재조사금지원칙에 반한다는 내용으로 권리보호요청을 제기하였으나, 시정불가 결정되었다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여, 살펴본다.(가) 먼저 쟁점① 및 쟁점②와 관련하여 처분청은 쟁점매입처들이 자료상으로 고발된 업체들이며, 쟁점매입세금계산서 거래대금이 쟁점매입처들에 입금 후 청구법인의 대표 AAA 등에 반환되는 등 자전거래 혐의가 있어 청구법인과 쟁점매입처와의 쟁점매입세금계산서에 대한 거래내용을 인정할 수 없으므로 이 건 부과처분 및 청구법인 대표에게 인정상여 처분은 정당하다는 의견이나,중부지방국세청장은 2017년 9월 청구법인에 대해 2014～2016사업연도까지 법인통합조사를 실시한 결과, 거래상대방인 쟁점매입처들로부터 수취한 매입세금계산서에 대해 청구법인에 경정처분을 하지 않았던 점, 청구법인의 대표와 쟁점①매입처 대표자간 금융거래를 금전대차거래로 인정한 점, 처분청에서 이 건 부과처분을 할 당시 쟁점매입처들로부터 청구법인의 대표자 AAA계좌에 입금된 내역까지만 확인되고, 이후 금융거래내역을 충분히 확인하지 못한 점 등을 비추어 볼 때, ① 청구법인과 쟁점매입처들과의 거래가 실질거래인지 여부, ② 청구법인의 대표 AAA의 금융거래가 금전대차거래인지 여부 등에 대한 추가조사를 실시하여 그 결과에 따라 쟁점금액을 손금불산입할지 여부와 대표자 상여로 소득처분할 것인지 여부를 결정함이 타당하다고 판단된다.(나) 다음으로 쟁점③은 쟁점① 및 쟁점②의 재조사 결정으로 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.
4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.