1. 처분개요가. 청구법인은 2021.9.15. 서울특별시 종로구 OOO토지 502.2㎡와 그 지상건축물 1,536.66㎡(지하 1층, 지상 5층, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 이 건 부동산을「지방세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것, 이하 같다) 제44조의2 제2항에서 규정하고 있는 도서관으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 따라 취득세를 면제받았다.
나. 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 이 건 부동산의 취득일 부터 1년(이하 “유예기간”이라 한다) 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 않았다고 보아 2023.7.17. 청구법인에게 이 건 부동산의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 세액에서 청구법인이 납부한 세액을 차감한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.13. 심판청구를 제기하였다2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 이 건 부동산을 사립 공공도서관(이하 “이 건 도서관”이라 한다)으로 사용하기 위해 2021.7.30. A 주식회사와 이 건 도서관의 공간디자인 관련 프로젝트매니지먼트(PM)계약을, 2021.8.17. 주식회사 B와 구조안전진단용역 계약을, 2021.8.20. C와 ‘이 건 부동산(건축물)의 대수선과 용도변경’(이하 “이 건 대수선”이라 한다)을 위한 설계계약을 각각 체결하는 등 이 건 부동산을 취득(2021.9.15.)하기 이전부터 이 건 부동산을 그 취득 목적인 사립 공공도서관으로 사용하기 위한 준비 작업에 최선을 다하였다.
(2) 청구법인은 2020.9.15. 이 건 부동산을 취득한 후 20일이 경과한 2021.10.6. 처분청에 이 건 대수선 허가를 신청하였으나, 처분청의 담당 공무원이 주차장설치에 관한 법령을 오인하여 부설주차장 11면을 설치 할 것을 요구하여 이를 해결[당초 설계(안) 대로 주차장을 설치하지 않는 것으로 결정]하는데 상당한 시간을 소요하여 일반적인 대수선(건축)허가 기간(14일) 보다 2주 이상 경과한 2021.11.8.에서야 이 건 대수선 허가를 받을 수 있었다.
(3) 이 건 부동산은 상업시설(노래방, 음식점 등)으로 사용되던 노후 부동산으로 이를 청소년들에게 영감과 창의성을 불어넣을 수 있는 창의적이고 혁신적인 도서관으로 사용하기 위해서는 고난도의 설계와 시공이 필요한데, 이 건 부동산(건축물)은 신축한 지 40년이 지나 설계도면 조차 확보할 수 없어 대수선 공사를 하기 위해서는 건축물에 대한 실측이 선행되어야 했고, 그 실측 과정에서 건축물의 구조적 결함이 발견되어 이 건 대수선 공사의 설계를 하면서 그 하자를 보완을 위한 설계도 함께 하여야만 해서 이 건 대수선 허가를 받은 날부터 80일 만인 2022.1.27.에 설계를 마쳤고, 그로부터 약 2주 뒤인 2022.2.14. 이 건 대수선 공사에 착공할 수 있었다.
(4) 청구법인은 2022.8.15.까지 이 건 대수선 공사를 완료하고, 사용승인을 신청하고자 하였으나 이 건 대수선 공사를 착공한 후 이 건 부동산의 곳곳에서 심각한 결함(천장 천공, 화장실 바닥 구멍)이 발견되어 구조 보강을 위한 추가 설계와 보완 공사를 함에 따라 공사 일정이 약 7주 정도 지연되었다.
(5) 청구법인은 위와 같이 공사 일정이 지연된 것을 만회하기 위해 주말과 휴일에도 쉬지 않고 공사를 진행하여 공사기간을 어느 정도 단축하였으나, 2022년 6월부터 2022년 8월까지 서울 등 중부지방에 45일간 비가 왔고, 특히 공사 막바지인 2022년 8월 초에는 서울시내의 도시기반시설이 침수될 정도로 폭우가 내려 이 건 부동산의 일부도 침수되어 대수선 공사를 예정대로 진행할 수 없었다.
(6) 청구법인은 이 건 대수선 공사를 착공한지 약 7개월 만에 모든 공사를 완료하고 당초 계획보다 약 1개월 정도 늦은 2022.9.26. 처분청에 사용승인을 신청하고, 처분청으로부터 2022.11.1. 이 건 부동산(건축물)의 사용승인을 받아 2022.11.15. 도서관 등록을 마쳤으며, 이후 현재까지 이 건 부동산을 공공도서관으로 직접 사용하고 있다.
(7) 조세심판원은 취득세를 감면받은 부동산의 유예기간을 경과한 후 해당 용도에 직접 사용하였다 하더라도 그 유예기간 내에 신축공사를 착공하였고, 그 공사기간 중 예측할 수 없는 상황이 발생한 사안에 대해 정당한 사유가 있다고 보아 과세관청이 부과한 취득세 등을 취소하는 결정(조심 2023지3519, 2023.8.29.)하였고, 건축물의 신축공사는 그 건축물을 고유 업무에 직접 사용할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 결정(조심 2020지3428, 2020.12.23. 등)한 바 있다.
(8) 청구법인이 이 건 부동산을 그 유예기간 내에 도서관의 용도로 직접 사용하지 못한 데에는 청구법인으로서는 어쩔 수 없는 외부적인 사유가 있다고 할 것이고, 나아가 청구법인의 경우 이 건 부동산을 공공도서관으로 직접 사용하기 위해 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것으로 볼 수도 있으며, 그 경과일수도 2개월에 불과함에도 처분청이 청구법인의 이러한 사정을 전혀 고려하지 아니하고, 단지 이 건 부동산을 유예기간 내에 공공도서관으로 직접 사용하지 않았다고 하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견(1)「지방세특례제한법」제178조제1항 제1호에서 규정하고 있는 “정당한 사유”란 그 취득한 부동산을 고유 업무에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용 금지·제한 등의 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 그 재산을 고유 업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 고유업무에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것으로 재산의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익성의 문제 등으로 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분한 경우는 이에 포함하지 않는다 할 것이다(대법원 1997.6.27. 선고 96누16810 판결).(2) 또한 여기에서 “외부적 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유를 뜻하는 것이 원칙이고, 그 법인의 내부적인 사유의 경우에는 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 그 법인의 과실 없이 그 기간을 넘긴 경우에 한한다고 보아야 할 것이다(대법원 1992.6.23. 선고 92누1773 판결).(3) 청구법인은 이 건 부동산을 도서관으로 사용하는 공익성과 사회적인 효용을 감안해야 한다고 주장하고 있으나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다 할 것이다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결).(4) 청구법인과 같이 공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리 법인이라고 할지라도 이 건 부동산을 취득할 당시 유예기간(1년)내에 그 고유 업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라도 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었다고 보이고, 유예기간 내에 고유 업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면 이와 같은 사유를 정당한 사유로 볼 수 없다 할 것이다(대법원 2015.3.12. 선고2014두45468 판결).(5) 청구법인은 기존에 음식점이나 노래방으로 사용하던 이 건 부동산을 대수선하여 도서관으로 용도를 변경하는데 대대적인 설계가 필요했고, 세부 설계 과정에서 심각한 구조적 하자가 발견되어 설계기간이 추가되었으며, 장마 등 계절적 요인으로 유예기간 내에 이 건 부동산을 도서관의 용도로 사용하지 못한 것이므로 이는 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, 위와 같은 사정들은 정상적인 주의의무를 다했다면 이 건 부동산을 취득할 당시부터 충분히 예상할 수 있었던 사유이고, 코로나19와 우크라이나 전쟁 등으로 인한 건설 자재 수급 불안정 등은 이 건 부동산을 유예기간 내에 해당 용도에 직접 사용할 수 없는 근거가 될 수 없다고 할 것이므로 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간 내에 해당 용도에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단가. 쟁점이 건 부동산을 그 유예기간(1년)내에 도서관으로 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부나. 관련 법령(1) 지방세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것)제44조의2[박물관 등에 대한 감면] ② 대통령령으로 정하는 도서관 또는 과학관에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 해당 도서관 또는 과학관에 직접 사용하는 부동산(해당 시설을 다른 용도로 함께 사용하는 경우에는 그 부분은 제외한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 각각 2021년 12월 31일까지 면제한다.제178조[감면된 취득세의 추징] ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우(2) 지방세특례제한법 시행령(2020.12.31. 대통령령 제31344호로 개정된 것)제21조의2[박물관 등의 범위] ② 법 제44조의2 제2항에서 “대통령령으로 정하는 도서관 또는 과학관”이란 다음 각 호에 따른 도서관 또는 과학관을 말한다.1.「도서관법」제31조또는 제40조에 따라 등록된 도서관(3) 도서관법제31조[사립 공공도서관의 등록 및 폐관] ① 누구든지 사립 공공도서관을 설립하고자 할 때에는 제5조 및 제6조에 따른 시설ㆍ도서관자료 및 사서 등에 관한 기준을 갖추고 대통령령이 정하는 바에 따라 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ자치구의 구청장(이하 “시ㆍ군ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록신청을 할 수 있다.
이 경우 시ㆍ군ㆍ구청장은 등록증을 발급하여야 한다.② 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록사항을 변경하려면 변경등록을 하여야 한다.제40조[등록 및 폐관] ① 국가, 지방자치단체, 법인, 단체 또는 개인은 전문도서관을 설립할 수 있다.② 누구든지 전문도서관을 설립(이하 “사립 전문도서관”이라 한다)하고자 할 때에는 제5조 및 제6조에 따른 시설ㆍ도서관자료 및 사서 등에 관한 기준을 갖추고 대통령령이 정하는 바에 따라 시ㆍ군ㆍ구청장에게 등록 신청을 할 수 있다. 이 경우 시ㆍ군ㆍ구청장은 등록증을 발급하여야 한다.
다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 2007.7.19. 도서관의 설립 및 운영, 관련 연구 및 자료 발간 등을 목적사업으로 설립된 재단법인으로 현재 본점소재지는 경기도 성남시 OOO이다.(나) 청구법인은 2021.7.22. 이 건 부동산을 OOO원에 매입하기로 하는 매매계약을 체결하였다.(다) 청구법인은 2021.7.30. A 주식회사와 이 건 부동산의 공간디자인을 위한 PM계약을 체결한 후 2021.8.17. 주식회사 B와 이 건 부동산의 구조안전진단을 위한 용역계약을, 2021.8.20. C와 이 건 대수선을 위한 설계계약을 각각 체결하였다.(라) 청구법인은 2021.9.15. 이 건 부동산을 취득한 후 이 건 부동산을 도서관의 용도에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 하여 취득세를 면제 받았다.(마) 청구법인은 2021.10.6. 처분청에 부설주차장을 설치하지 않는 것으로 하여 이 건 대수선 허가를 신청하였으나, 처분청은 이 건 부동산에 부설주차장(11면 이상)을 설치하여야 한다는 취지로 보완을 요청하였으며, 그 후 주차장 관련 법령의 재검토 등을 거쳐 주차장을 설치하지 않는 것으로 결정하고, 청구법인의 대수선 허가신청일부터 4주 정도 경과한 2021.11.8. 이 건 대수선 허가를 하였다.(바) 청구법인은 2022.2.9. D 주식회사와 이 건 대수선에 따른 공사도급계약(공사기간 : 2022.2.22.~2022.9.25.)을 체결하였으며, D 주식회사는 이 건 부동산의 취득일부터 약 5개월 정도 경과한 2022.2.14. 이 건 대수선 공사를 착공하였다.(사) 청구법인은 7개월에 걸쳐 이 건 대수선 공사를 한 후 이 건 부동산의 유예기간 종료일(2022.9.15.)을 10일 정도 경과한 2022.9.26. 처분청에 이 건 부동산의 사용승인을 신청하였고, 처분청은 2022.11.1. 이 건 부동산의 사용승인을 하였다.(아) 청구법인은 2022.11.15. 이 건 부동산을「도서관법」제31조에 따라 공공 사립도서관으로 등록하고, 이 건 심판청구일 현재 도서관으로 사용하고 있다.(자) 2024.2.28. 개최한 조세심판관회의에 출석한 청구법인의 대리인 은 이 건 부동산을 대수선하기 위해 건축물의 일부를 해체하는 과정에서 예상하지 못한 구조적 결함(천장 천공 등)이 발견되어 이에 따른 보강공사를 함에 따라 공사기간이 늘어났고, 그 후 정상적으로 대수선 공사를 진행하여 사용승인을 앞두고 있는 상태에서 2022년 7월부터 8월까지 중부지방에 내린 집중 폭우로 이 건 부동산의 일부가 침수됨에 따라 이 건 부동산의 유예기간 내에 대수선 공사를 마무리하지 못하였다고 진술하였다.(2)「지방세특례제한법」제44조의2제2항 및 같은 법 제21조의2 제2항 제1호에서「도서관법」제31조에 따라 등록된 도서관에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되, 같은 법 제178조 제1항 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.(3)「지방세특례제한법」제178조제1항 제1호에서 규정한 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 사유도 포함한다고 할 것이다(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결, 같은 뜻임).(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 건축물의 건축 행위를 해당 용도에 직접 사용하는 것으로 볼 수는 없으나 건축을 하는 동안은 해당 용도에 직접 사용할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는 점(조심 2020지3428, 2020.12.23. 등 다수),청구법인은 이 건 부동산을 취득하기 전부터 이 건 대수선 공사를 위한 공간디자인 PM계약, 구조진단 및 설계계약을 체결하였고, 이 건 부동산을 취득한 후에도 정상적인 준비 과정(이 건 대수선 허가 등)을 거쳐 이 건 부동산의 유예기간이 경과하기 전인 2022.2.14. 이 건 대수선 공사를 착공한 것으로 나타나는 점,이 건 대수선 공사를 하는 과정에서 예상하지 못한 구조적 결함이 발견되었고, 이에 대한 보강공사 등을 하는데 상당한 시간과 비용을 투입함에 따라 공사기간이 예정보다 늘어난 것으로 보이는 바, 청구법인은 이 건 부동산을 유예기간 내에 도서관으로 사용하기 위해 꾸준하고 진지한 노력을 다하였으나 위와 같은 사유로 이 건 대수선 공사를 하는데 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것으로 보이는 점,청구법인은 이 건 부동산의 유예기간 종료일부터 불과 10일 정도 경과한 2022.9.26. 이 건 대수선 공사를 마치고 처분청에 사용승인을 신청하였으며, 2022.11.1. 처분청으로부터 사용승인을 받아 2022.11.15. 이 건 부동산을「도서관법」제31조에 따라 도서관으로 등록하고, 이 건 심리일 현재 사립 공공도서관으로 운영하고 있는 점 등에 비추어청구법인이 이 건 부동산을 유예기간(1년) 이내에 도서관의 용도로 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조제7항,「국세기본법」제80조의2및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
