이 건 경정청구가 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

1.처분개요가. 청구인 a·b(이하 “청구인들”이라 한다)은 남매지간이고, 서울특별시 은평구 OOO(이하 “이 건 아파트”라 한다)의 소유권은 ① 2012.2.8. 청구인 b에서 ② 2016.9.12.(매매계약 체결일 : 2016.9.7., 이하 “1차매매계약”이라 한다) 청구인 a으로 ③ 2018.10.26.(매매계약 체결일 : 2018.10.26., 이하 “2차매매계약”이라 하고, 1차매매계약과 합하여 이하 “쟁점매매계약”이라 한다) 다시 청구인 b 순으로 이전되었다.

나. 청구인들은 위 ②·③매매계약에 해당하는 취득신고를 하면서 청구인 a은 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 ①취득세”라 한다)을, 청구인 a은 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 ②취득세”라 한다)을 처분청에 각각 신고·납부하였고, 이후 은평세무서장은 2025.9.26. 청구인들의 이 건 아파트에 대한 명의신탁에 의한 거래인 것으로 보아, 청구인 b에게 이 건 아파트의 양도소득세를 부과하는 처분(약 OOO원, 이하 “이 건 양도소득세”라 한다)을 하였다.

다. 청구인들은 2025.9.26. 은평세무서장으로부터 쟁점매매계약이 명의신탁에 의한 원인무효라는 사실을 통보받은 후, 쟁점매매계약에 근거한 이 건 아파트의 취득도 무효가 되어 위 2025.9.26. 「지방세기본법」제50조 제2항에 따른 후발적 경정청구사유가 발생한 것으로 보아, 이로부터 90일 이내인 2025.12.24. 이 건 ①·②취득세를 환급하여 달라는 취지로 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 하였으나, 처분청은 2026.2.12. 이를 거부하였다.

라. 청구인들은 이에 불복하여, 2026.4.3. 심판청구(이하 “이 건 심판청구”라 한다)를 제기하였다.

2.청구인들 주장 및 처분청 의견가. 청구인들 주장(1) 청구인 b은 2016년 당시 일시적 2주택자로서 2016.9.12. 청구인 a에게 이 건 아파트를 매도하였고, 이후 다른 1주택까지 매도하면서 해당 양도소득세를 비과세 받았으나 이후 개인사정으로 청구인 a으로부터 이 건 아파트를 다시 매수하면서 해당 취득세 등으로 이 건 ②취득세를 신고·납부하였으며, 청구인 a도 2016.9.12. 이 건 아파트를 청구인 b에게 매수하면서 이 건 ①취득세를 신고·납부하였다.

(2) 은평세무서장은 2025.9.26. 종전 비과세 처분을 하였던 청구인 b의 양도소득세를 부과하면서 청구인 a이 납부한 양도소득세를 차감해 주는 등 이미 쟁점매매계약은 원인무효가 되었다.청구인들은 원인무효가 된 쟁점매매계약에 근거한 이 건 아파트의 취득도 무효가 되었으므로 은평세무서장이 2025.9.26. 청구인들에게 통보한 세무조사결과일에 후발적 경정청구 사유가 발생하였음에도 처분청은 이 건 아파트의 취득세 법정신고기한이 7~9년이나 경과하였다는 이유로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 너무나 부당하다.

나. 처분청 의견(1) 「지방세기본법」제50조 제1항에 의한 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 신청하여야 하나, 청구인들의 경우 이 건 아파트에 대하여 신고기한인 2016.9.12., 2018.10.26.로부터 7~9년이 경과하여 일반적인 경정청구 기간이 도과하였음이 명백하다.(2) 「지방세기본법」제50조 제2항에서 규정하는 후발적 경정청구 사유란 판결 등에 의하여 거래 또는 행위가 무효로 확정되는 경우 등을 의미하는데 은평세무서장의 양도소득세 부과를 위한 내부적 조사결과나 명의신탁 판단은 무효로 확정을 짓는 판결과 동일한 효력을 가진다고 보기 어렵다.따라서, 청구인들의 이 건 경정청구는 그 기한이 이미 경과하였을 뿐만 아니라 후발적 사유에도 해당하지 않으므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

다. 서울특별시장 의견(1) 「지방세기본법」제50조 제1항에 의한 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 신청하여야 한다. 그러나 청구인들은 취득세 신고기한인 2016.9.12., 2018.10.26.로부터 7~9년이 경과하여 이 건 경정청구를 하였다.(2)「지방세기본법」제50조 제2항에서 규정하는 후발적 사유란 판결 등에 의하여 거래 또는 행위가 무효로 확정된 경우 등을 의미하는 것인데, 은평세무서장의 양도소득세 부과를 위한 내부적 조사 결과나 명의신탁 판단은 그 자체로 해당 거래를 법률상 소급하여 무효로 확정 짓는 판결과 동일한 효력을 가진다고 보기 어렵다.(가) 취득세는 부동산 취득행위 자체를 과세객체로 하는 행위세로 명의신탁 약정이 「부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률」에 의거하여 무효라 하더라도 수탁자 명의로 소유권 이전 등기를 마친 시점에 이미 취득세 과세대상인 사실상의 취득 행위가 완성된 것으로 보아야 한다.(나) 국세인 양도소득세를 산정하면서 실질과세 원칙에 따라 기존 세액을 차감하는 절차와 별개로, 이미 적법하게 성립한 취득세 납세의무는 사후적 계약의 실질 판단에 따라 소급하여 소멸되지 않는다.따라서, 청구인들이 한 이 건 경정청구는 그 기간이 이미 경과되었을 뿐만 아니라 그 후발적 사유도 발생하지 않으므로 이에 근거한 이 건 심판청구는 부적법한 청구로서 각하되어야 한다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점① 이 건 경정청구가 후발적 경정청구 사유에 해당되어 본안 심리대상인지 여부② 관할세무서장으로부터 쟁점매매계약을 명의신탁에 의한 무효로 본다는 세무조사결과 통지를 받았으므로 이에 근거하여 이 건 아파트의 취득도 무효라는 청구주장의 당부나.관련 법령 : ＜별지＞ 참조다.사실관계 및 판단(1) 청구인들과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 등기부등본에 의하면, 이 건 아파트의 소유권은 ① 청구인 b, ② 청구인 a ③ 청구인 b 순으로 이전되었다.＜표＞ 이 건 아파트의 소유권 현황

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○(나) 부동산매매계약서·부동산거래계약신고필증에 의하면, a(매도인)·b(매수인)은 2018.9.17. 계약금 OOO원, 임대보증금 OOO원 승계, 잔금지급 OOO원 합계 OOO원에 이 건 아파트를 매매하는 계약을 체결하였다.(다) 이 건 아파트의 양도소득세와 관련한 은평세무서장의 부과처분 과세자료는 구체적으로 확인되지 않으나, 청구인들은 다음과 같이 주장한다.1) 2016년 청구인 b은 일시적 1가구 2주택자로서 본인 소유의 이 건 아파트를 2016.9.12. 청구인 a에게 매도하였고, 본인 소유의 다른 1주택까지 매도하면서 해당 양도소득세를 비과세 받았다.2) 청구인 b은 2018.10.26. 이 건 아파트를 청구인 a으로부터 매수하면서 이 건 ②취득세를 납부하였고, 이때 청구인 a은 이 건 아파트의 양도소득세로 약 OOO원을 납부하였다.3) 청구인들은 2025.9.26. 은평세무서장으로부터 쟁점매매계약이 명의신탁에 의해 무효라는 취지의 세무조사결과통지를 받았다.4) 이후 은평세무서장은 청구인 b이 비과세를 받았던 1주택의 양도소득세를 납부하라면서, 위 2)의 청구인 a이 납부한 양도소득세를 기 납부한 금액으로 인정하여 그 금액을 차감한 나머지 금액인 약 OOO원을 부과하였고 청구인 b은 2025.11.10. 동 금액을 이 건 양도소득세로 하여 납부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 먼저 본안 심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한 청구인지를 살펴본다.(가)「지방세기본법」법 제50조 제1항에서 「지방세법」에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정·경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있고,같은 조 제2항에서 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 90일 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정하면서 제1호에서 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송의 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때를 규정하고 있다.(나) 또한,「지방세기본법」제89조 제1항에서 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 심판청구를 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제100조에서 이 장에서 규정한 사항을 제외한 이의신청 및 심사청구와 심판청구에 관하여는 「국세기본법」제7장을 준용한다고 규정하고 있으며,「국세기본법」제65조 제1항 및 제80조의2에서 심판청구가 청구기간이 지난 후에 청구되었을 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 하도록 규정하고 있다.(다) 청구인들은 은평세무서장이 2025.9.26. 청구인들에게 이 건 아파트의 쟁점매매계약은 명의신탁의 의한 거래로서 원인무효라는 취지의 세무조사결과를 통보받았고 본인들은 동 세무조사결과통보일에 후발적 경정청구사유가 발생한 것으로 보아 90일 이내에 이 건 경정청구를 하였으므로 이 건 심판청구는 적법하다고 주장한다.(라) 명의신탁 거래에 의한 사정이 있는 경우에는 그 명의자임을 주장하는 자가 본인의 명의가 도용 또는 차용되었다는 사실을 법원의 확정판결이나 객관적 자료 등에 의하여 입증하여야만 그 입증책임을 다하였다 할 것(조심 2025방2585, 2026.4.7., 등 다수, 같은 뜻)이고, 해당 부동산 거래에 따른 취득세와 증여세 등은 입법취지 및 납세의무자가 서로 다른 조세이므로 국세청의 세무조사에 따른 증여세 등을 납부하였다는 사실만으로 해당 부동산 등이 명의신탁되었다는 것이 객관적으로 입증되었다고 보기는 어렵다(조심 2020지3417, 2021.5.27., 같은 뜻).(마)「지방세기본법」제50조 제2항 제1호 및「지방세기본법 시행령」 제30조 제2호에서 후발적 경정청구 사유에 해당하는 것은 최초의 신고·결정 또는 경정이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미하는바,이 건 아파트에 대하여 2회에 걸쳐 체결된 쟁점매매계약은 양도소득세와 관련이 있는 거래라고 청구인들이 진술하고 있는 점, 취득세와 양도소득세는 입법취지, 과세객체 등이 서로 다른 조세로서 이미 성립한 취득세 납세의무에 아무런 영향이 미치지 못하는 점, 은평세무서장의 세무조사결과통지는 이 건 양도소득세 결정을 위한 내부 행정처분일 뿐 그 처분 자체가 무효로 확정되는 진정한 명의신탁 사실관계에 부합한다고 보기도 어려운 점, 처분청의 이건 경정청구 거부 처분은 단순 민원회신에 불과한 점 등에 비추어,은평세무서장의 세무조사결과통지가 있었다 하더라도 이는 최초의 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동을 가져오지 않는 것으로 보이므로 「지방세기본법」제50조 제2항에서 정한 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 보기 어렵다 할 것이다.(바) 따라서, 청구인들은 2016.9.12., 2018.10.26. 이 건 아파트에 대하여 취득세를 신고·납부한 후 5년을 경과하여 이 건 경정청구(2025.12.24.)를 제기하였으므로 경정청구 기간이 도과된 후에 제기된 경정청구에 대하여 심판청구의 대상이 되는 처분으로 볼 수 없으므로 이에 관한 심판청구는 부적법하다 할 것이다.

(3) 쟁점①이 부적법한 청구로 판단되므로, 쟁점②는 심리할 실익이 없어 생략한다.

2. 결 론이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세기본법(2026.2.5. 법률 제21326호로 개정된 것)제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때2. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때② 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 90일 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송의 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때2. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때3. 제1호 및 제2호의 사유와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 발생하였을 때제89조(청구대상) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다.② 다음 각 호의 처분은 제1항의 처분에 포함되지 아니한다.

1. 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구에 대한 처분. 다만, 이의신청에 대한 처분에 대하여 심판청구를 하는 경우는 제외한다.

2. 제121조 제1항에 따른 통고처분3. 「감사원법」에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분4. 과세전적부심사의 청구에 대한 처분5. 이 법에 따른 과태료의 부과③ 제1항에 따른 자가 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리 또는 이익을 침해당하게 될 이해관계인으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다.

1. 제2차 납세의무자로서 납부통지서를 받은 자2. 이 법 또는 지방세관계법에 따라 물적납세의무를 지는 자로서 납부통지서를 받은 자3. 보증인제100조(이의신청 및 심판청구에 관한 「국세기본법」의 준용) 이 장에서 규정한 사항을 제외한 이의신청 등의 사항에 관하여는 「국세기본법」 제7장을 준용한다.

(2) 지방세기본법 시행령(대통령령 제36075호로 2026.2.5., 개정된 것)제30조(후발적 사유) 법 제50조 제2항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정(更正)을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우(3) 지방세법(법률 제21308호로 2025.12.31., 개정된 것)제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제11조에 따른 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일[무상취득(상속은 제외한다) 또는 증여자의 채무를 인수하는 부담부 증여로 인한 취득의 경우는 취득일이 속하는 달의 말일부터 3개월, 상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(외국에 주소를 둔 상속인이 있는 경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제13조까지, 제13조의2, 제13조의3, 제14조 및 제15조의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

(4) 지방세법 시행령제20조(취득의 시기 등) ① 무상취득의 경우에는 그 계약일(상속 또는 유증으로 인한 취득의 경우에는 상속 또는 유증 개시일을 말한다)에 취득한 것으로 본다. 다만, 해당 취득물건을 등기ㆍ등록하지 않고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류로 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 않는다.

1. 화해조서ㆍ인낙조서(해당 조서에서 취득일부터 취득일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우만 해당한다)2. 공정증서(공증인이 인증한 사서증서를 포함하되, 취득일부터 취득일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 공증받은 것만 해당한다)3. 행정안전부령으로 정하는 계약해제신고서(취득일부터 취득일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 제출된 것만 해당한다)② 유상승계취득의 경우에는 사실상의 잔금지급일(신고인이 제출한 자료로 사실상의 잔금지급일을 확인할 수 없는 경우에는 계약상의 잔금지급일을 말하고, 계약상 잔금 지급일이 명시되지 않은 경우에는 계약일부터 60일이 경과한 날을 말한다)에 취득한 것으로 본다.

다만, 해당 취득물건을 등기ㆍ등록하지 않고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류로 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 않는다.

1. 화해조서ㆍ인낙조서(해당 조서에서 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우만 해당한다)2. 공정증서(공증인이 인증한 사서증서를 포함하되, 취득일부터 60일 이내에 공증받은 것만 해당한다)3. 행정안전부령으로 정하는 계약해제신고서(취득일부터 60일 이내에 제출된 것만 해당한다)4. 부동산 거래신고 관련 법령에 따른 부동산거래계약 해제등 신고서(취득일부터 60일 이내에 등록관청에 제출한 경우만 해당한다)(5) 국세기본법제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

가. 심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우다. 심사청구 후 제63조제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우제80조의2(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다.