의료법인이 취득한 부동산을 유예기간(1년) 내에 의료업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는지 여부

1. 처분 개요가.청구법인은 2008.11.21. OOO 소재 토지 760㎡ 및 지상건축물 2,747.14㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하고,「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것,이하 같다) 제287조 제2항에서 취득세 등의 감면대상으로 규정하고 있는의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위한부동산의 취득으로 하여 처분청으로부터 취득세 등을 과세면제 받았다.

나.그 후, 처분청은 이 건 부동산에 대한 현지확인 결과, 청구법인이이 건 부동산을 취득한 후 1년 내에 정당한 사유없이 의료업에 직접사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 부동산의 취득가액 OOO을과세표준으로 하고 「지방세법」 제112조제1항등의 세율을 적용하여 산출한취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO,지방교육세 OOO, 합계 OOO(가산세 포함)을 2010.5.10. 청구법인에게 부과고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여2010.8.5. 심판청구를 거쳐 2011.1.19.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장비영리 의료법인인청구법인은 2008.11.21. 용도가 숙박시설(여관)인이 건 부동산을 OOO로부터 무상으로 현물출자 받아 의료업에 직접사용하기 위하여 현물출자로 취득하기 3일 전에 이미2008.11.18. OOO 주식회사와 이 건 부동산 중 건축물(이하 “이 건 건축물”이라한다)에 대한 용도변경공사 계약을 체결하고, 2008.12.31. 처분청으로부터 건축물착공신고필증을교부받아 공사착공에 대한 제반 행정절차 등을 검토하여2009.2.1. OOO 주식회사에 의하여 실질적인 공사착공을한 후, 기타부대공사에대한 하도급 및 위수탁계약을 체결하여이 건 건축물 대수선 공사를진행하던 중2009.2.19. 이 건부동산의 근저당권자의 신청에 의한임의경매개시결정및 OOO 주식회사의 유치권 주장으로인한 분쟁으로 대수선공사가 더 이상 진행되지 못하였으나,청구법인의 적극적인 노력으로 2009.10.1. 근저당권말소에 의한 부동산임의경매개시말소 및 OOO 주식회사의 공사대금 및 기득권포기부분에대한 합의로 유치권 철회가 이루어졌고, 2009.11.13. 주식회사 OOO과리모델링 도급공사 계약을 체결하여 공사를 재개하는 등이 건 부동산을 의료업에사용하기 위한 적극적이고 진지한 노력을다하여 2010.6.3. 대수선 및 용도변경 사용승인을 받고, 2010.6.11. 의료기관개설허가증을 교부받아 이 건 부동산을 의료업에 직접 사용하고 있는바,청구법인은 이 건 부동산을 유상승계 취득한 것이 아니라 병원용도로용도를 지정하여 현물출자로취득하였고, 건물에 저당권이 설정되었다하여 경매가 개시되는 경우는극히 예외적임에도 처분청이청구법인이 이에 대한 주의의무를 다하지 아니하였다고 본 것은 부당하며,청구법인으로서는 예상할 수 없었던경매개시결정 및 유치권 행사 등으로불가피하게 유예기간을 경과하였으나 이 건 부동산을의료업에 직접 사용하기위한정상적인 노력을 다하여 이 건 부동산 취득 후, 1년 6개월만에 공사를완료하고 병원용도로 직접 사용하고 있으므로 이는 유예기간 내에 의료업에 직접 사용하지 못한정당한사유에 해당된다 할것이다.

나. 처분청 등 의견「지방세법」 제287조제2항에서 규정한 정당한 사유라 함은 법령에의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유를 뜻하는것이 원칙이고, 법인의 일상적인 내부사정 등은 이에 포함된다고 할 수 없다할 것인바,청구법인이 이 건 부동산을 취득하기 전에 근저당권이 설정된 사실을등기부등본에서 확인할 수 있어 이 건 부동산 취득 시 조금만 주의하였다면충분히 장애를 예견할 수 있는 사항이었고, OOO 주식회사의 공사비와 관련한 유치권에 관한 사항도 근저당권설정에기인한 임의경매개시결정에 따른 것으로 예견 가능한 것이며,또한, 이 건 부동산은 장기간 공기가 소요되는 건축물 신축이 아닌기존건축물을 리모델링 공사만 하면 언제라도 개업이 가능한 경우로청구법인이채권자와 공사재개를 위해서 진지한 노력을 다하였다면충분히 유예기간내에 고유목적에 사용 할 수 있었다고 판단되므로 이 건취득세 등의 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점의료법인인 청구법인이 취득한 이 건 부동산을 취득일부터 1년이내에 의료업에 직접 사용하지 못한 정당한사유가있었는지 여부나. 관련 법령지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)제287조(국민건강증진사업자 등에 대한 감면) ②「의료법」 제48조의규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제(특별시·광역시 및 도청소재지인시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 등록세를 과세한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세및 공동시설세를 면제한다.

다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

나. 사실관계 및 판단(1)청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실을알 수 있다.(가)이 건 부동산의 종전 소유자인 OOO는 2008.3.27. 처분청으로부터 이 건 부동산의 용도변경허가OOO를 받은 후, 2008.5.7. OOO 주식회사와 착공연월일을 2008.6.5., 준공연월일을 2008.10.4.로 하는 내용의 건설공사계약을 체결하였고,청구법인은 2008.8.28.명칭을 의료법인 OOO으로 하여 설립되었으며, 청구법인의 설립 발기인회의록(2008.6.5.)에는발기인인 OOO의소유로 되어있는 이 건 부동산OOO을 부채 OOO을 포함하여 청구법인의 목적사업을 위한 기본재산으로 출연하기로 하는것으로 기재되어 있고,청구법인은2008.11.8. 이사회를 개최하여 OOO와 OOO 주식회사간의 이 건 건축물에 대한2008.5.7.자 민간건설공사 표준계약서상의 도급인의 직위를 이사 OOO로부터 청구법인이 인수한다는 건에 대하여가결하였다.(나) 이후, 채권자 OOO가2008.11.18. OOO를 채무자로하여 이 건 부동산에 채권최고액 OOO에 대한 근저당권을 설정하였고,청구법인은 2008.11.21. OOO로부터 현물출자를 원인으로 이 건부동산을취득 하였으며, OOO 및 청구법인(대표이사 OOO)은 OOO 주식회사와준공연월일을 2008.10.4.에서 2009.6.30.로 변경하는 내용의건설공사계약을 체결하였고,청구법인은 2008.11.25. 대표이사를 OOO에서 OOO으로, 법인명을의료법인 OOO에서 의료법인 OOO으로 각각 변경하였고, 처분청은 2008.12.31. OOO의 건축물 착공신고(대수선)를 수리하였으며, 2009.2.19.이 건 부동산에 대한 임의경매개시결정OOO이 있었다.(다)한편, 청구법인은 2009.2.25. OOO 주식회사에 「종전 청구법인 이사장으로부터 OOO 주식회사와의 계약관계에 대하여 어떤사실도 전달 받은 바가 없고, 건물에 공사한 흔적이 없으며 OOO주식회사가 이 건 건물에 내건 “공사개시” 현수막을 철거하라」는 내용의 내용증명을 발송하였고, OOO 주식회사는 2009.3.2. OOO에 이 건부동산 공사대금 OOO에 대한 유치권을 신고하였으며,청구법인은2009.7.3. OOO에채권자와 전 건물주이자채무자인 OOO 간의 공모에 의한 문서 위조로 인한 이 사건 임의경매청구금액 사기사건과 이 건 유치권 신고인의 공모에 의한 업무 방해및 불법유치권으로 인하여 채무자를 OOO에 고소하였으니 본 고소 사건이 종결될 때까지 부동산 임의경매 신청을 중지하여 달라는 내용의 부동산 임의경매 OOO진행 중지 요청을 하였고,위 청구법인의 고소는 2009.10.27. 및 2009.12.11. OOO과 OOO에서불기소 결정되었다.(라)또한,청구법인은 2009.8.25. OOO 주식회사에 업무방해중지및 불법 유치권(점유)철회요청 등을 최고하였으며, 2009.8.27. 및 2009.9.2. 불법유치권으로 인하여청구법인 정상화에 장애요인이 되고 있다는 내용으로 업무방해중지 및 불법유치권(점유)철회요청 등을재차 최고하였고,청구법인은2009.9.25. 대표이사를 OOO에서 OOO로 변경하였고,2009.9.28.OOO 주식회사에 OOO을 지급함으로써이 건부동산에 대한 OOO 주식회사의 유치권은 소멸되었고, 2009.10.1.이 건 부동산에 대한임의경매개시결정OOO이취하되었으며, OOO가 이 건 부동산에설정한근저당권설정등기가 말소되었다.(마)이후, 청구법인은 2009.11.13. 주식회사 OOO과 정신병원리모델링공사중 경량공사, 금속공사 도급계약을 체결하였고, 2009.12.20. 주식회사 OOO와 전기고압설비 설치공사도급계약을체결하였으며,2010.6.3. 처분청으로부터 이 건 부동산의 용도변경 사용승인OOO을 받은 후, 2010.6.11. 이 건 부동산에 의료기관개설 허가OOO를 받았다.(2)「지방세법」제287조제2항에서「의료법」 제48조의 규정에 의하여설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제(특별시·광역시 및 도청소재지인 시지역에서취득하는 부동산에 대하여는 등록세를 과세한다)하되,다만, 부동산 취득일부터 1년내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고,위 조항에서규정하고 있는“정당한 사유”라 함은 취득한 부동산을그용도에 직접 사용하지 못한 사유가 납세자의 고의또는 과실이 아닌타당성있는 객관적인 사정으로 법령에 의한사용 금지·제한 등 외부적인사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 부동산을 그 용도에 사용하기위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없는 경우를말한다 할 것OOO이다.

(3)살피건대, 청구법인의 경우이 건 부동산 취득이전부터 용도변경을통하여 의료용에 직접 사용하고자 준비를 하고 있었던 것으로 보이고,이 건 부동산 취득이후에도 공사계약을 변경하여이 건 부동산의대수선공사를 진행하던중, 이 건 부동산에 대한 채권자의 임의경매개시결정과공사업체의유치권 행사로 인하여 불가피하게 대수선 공사가 중단된 것으로보이는바,청구법인이 이 건 부동산을유예기간 내에 고유사업인 의료용에 직접 사용하지 못한사유가 이 건 부동산의임의경매개시결정과이 건부동산 취득 이후 발생한대수선 공사업체의 유치권행사라 할 것인데,청구법인이 공사업체에게 한 최고내용과 유치권과 관련하여 공사업체를 관련기관에고소한 사실, 공사대금을 지급하고 유치권을 해제한사실 등에비추어보면, 동 유치권 행사는 청구법인이 이 건 부동산 취득이전에예상하기는 사실상 어려운 것으로 보여질 뿐만 아니라 청구법인이 이건부동산에 대한 임의경매개시결정을 취하하는데도 상당한장애요인으로작용한 것으로 보이고,청구법인은 위 장애요인을 해소하기 위하여 공사업체에 대한 수차례최고, 고소 및 합의를 통하여 유치권을 해소한 후, 곧바로 임의경매개시결정을 취하하였는바, 이 건 부동산 취득당시 예상치 못한 장애요인을제거하기 위하여 진지한 노력을 하였고, 이러한 장애요인이 해소되자새로이대수선 도급공사를 체결하여 공사를재개하는 등 일련의 절차를 거쳐 유예기간 종료일부터 약6개월여가 경과한 시점에 사용승인을 받고,의료기관 개설허가를 받은 점 등을 종합하면 보면, 청구법인은이 건 부동산을의료업에 직접 사용하기위한정상적인 노력을 다하였다고 보는 것이 타당하다할 것이다.따라서, 위와 같은 사실관계를 종합하여 볼 때 청구법인이이 건 부동산을유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한정당한 사유가 인정되므로처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과고지한 처분은 잘못이있는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제123조제4항과「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제3호에의하여 주문과 같이 결정한다.

처분청이 2010.5.10. 청구인에게 한취득세 OOO, 농어촌특별세OOO, 등록세 OOO,지방교육세 OOO, 합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.