위법한 세무조사에 따른 부적법한 처분이라는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 반도체소자 제조 및 소프트웨어 개발 등을 목적으로 설립된 법인으로, 2021.6.28. 주식회사 A(이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 공급가액 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하였고, 관련 매입세액을 공제하고, 쟁점비용을 손급산입하여 2021년 제1기 부가가치세 및 2021사업연도 법인세를 각 신고ㆍ납부하였다.

나. 서초세무서장은 2024.5.16.부터 2024.8.22.까지 쟁점거래처에 대한 부가가치세 세목별 조사 및 조세범칙조사를 실시한 후, 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 내용의 과세자료를 2024.11.14. 처분청에 통보하였고,이에 따라 처분청은 쟁점세금계산서와 관련된 매입세액을 불공제하고, 쟁점비용을 손금부인하여 2025.6.2. 청구법인에게 2021사업연도 법인세 OOO원, 2021년 제1기 부가가치세 OOO원 합계 OOO원을 각 경정·고지하였으며, 2025.6.4. 쟁점비용을 청구법인의 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.28. 이의신청을 거쳐 2025.12.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 세무조사에도 적법 절차의 원칙 및 위법수집증거배제의 원칙이 준수되어야 한다.헌법 제12조 제1항은 ‘모든 국민은 신체의 자유를 가진다. 누구든지 법률에 의하지 아니하고는 체포ㆍ구속ㆍ압수ㆍ수색 또는 심문을 받지 아니하며, 법률과 적법한 절차에 의하지 아니하고는 처벌ㆍ보안처분 또는 강제노역을 받지 아니한다.’고 규정하고 있고, 헌법재판소는 적법 절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 모든 국가작용 전반에 대해 적용된다고 결정하였다(헌법재판소 1992.12.24. 선고 92헌가8 전원재판부 결정).대법원은 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위하여 필요불가결하고, 종국적으로는 조세의 탈루를 막고 납세자의 성실한 신고를 담보하는 중요한 기능을 수행하지만 이러한 세무공무원의 세무조사권 행사에도 적법 절차의 원칙이 준수되어야 한다고 보고 있으며(대법원 2014.6.26. 선고 OOO판결),세무조사에 「형사소송법」에서 정한 위법수집증거배제의 원칙이 적용될 수 없다는 과세관청의 주장에 대해, 헌법상 적법 절차의 원칙은 세무조사 절차에 당연히 적용되고, 「형사소송법」에서 정한 위법수집증거배제의 원칙을 굳이 준용하지 않더라도 그 처분의 효력을 부인할 수 있다고 판시하였다(대법원 2020.6.11. 선고 OOO판결).이와 같이 적법 절차의 원칙은 세무조사 절차에 당연히 적용되므로, 위법수집증거배제의 원칙 역시 세무조사 과정에 당연히 적용되어야 한다.

(2) 금천경찰세무서장의 압수·수색의 위법성은 다음과 같다.압수수색영장에 기재된 이 건 범죄사실은 ‘쟁점거래처가 2019.10.25.부터 ㈜B에 합동화력 장비(계약대금 OOO원) 11식을 순차로 납품하던 중, 2020년 5월 초순경부터 2021년 10월경까지 중고 GTX 1060를 내장한 컴퓨터 141대(총 6식)를 B에 납품함으로써 재산상 이익(그래픽카드 차액을 기준으로 OOO원의 피해액)을 취득하였다’는 것이다.따라서 위 압수수색영장으로는 ‘2020년 5월 초순경부터 2021년 10월경까지 중고 GTX 1060을 내장한 컴퓨터 납품’에 대한 범죄사실 관련 자료만을 압수할 수 있고, 이러한 범죄사실과 유사하거나 동종의 범죄사실에 관한 자료는 압수할 수 없을 뿐만 아니라, 만약 압수된 자료가 있다면 이는 모두 위법하게 수집된 증거에 해당한다.설령 이러한 범죄사실과 유사하거나 동종의 범죄사실에 관한 자료를 압수할 수 있다고 하더라도, 이는 영장의 범죄사실에 기재된 범행일시인 2020년 5월 초부터 2021년 10월경까지의 유사·동종 범죄사실 관련 자료에 한정되어야 하는 것이지, 서울금천경찰서의 수사관들이 압수한 것처럼 2015년부터 2023년 4월까지의 모든 자료를 압수할 수는 없음이 명백하다고 할 것이다.서울금천경찰서장은 실제로 중고 그래픽카드 탑재 컴퓨터 납품과는 전혀 관련 없는 2015년경부터 2023년 4월까지의 합동화력 사업에 관한 모든 자료, 합동화력 이외 쟁점거래처의 다른 사업 자료, 쟁점거래처의 각종 내부 보안자료, 직원의 개인자료까지 대대적으로 압수하였다.서울금천경찰서의 수사관들은 쟁점거래처의 범죄사실(중고 그래픽카드 탑재 컴퓨터 납품)에 대한 수사목적이 아닌, 쟁점거래처 또는 B의 방산비리 관련 자료를 확보할 목적으로 압수·수색을 단행한 것이다.따라서 영장에서 기재된 범죄행위와 관련하여 수집된 증거 이외에, 합동화력 사업 전반에 대해 광범위하게 수집된 증거는 압수·수색 영장의 범위를 벗어난 위법한 증거에 해당할 뿐만 아니라, 압수영장 미제시, 참여권 미보장, 포괄적인 압수목록 교부, 압수방법 및 제한의 위반 등의 이유로 위법한 증거에 해당한다.

(3) 금천경찰서장이 위법하게 확보한 자료를 이유로 한 세무조사 역시 위법하고, 이로부터 파생된 과세자료를 근거로 한 이 건 처분 역시 위법하다.위법하게 수집된 증거에 따른 수사절차는 당연히 위법하고, 이는 세무조사절차에서도 마찬가지이므로, 서초세무서장이 서울금천경찰서장으로부터 받은 위법한 자료를 이유로 한 쟁점거래처에 대한 세무조사 역시 위법하다.나아가, 이를 근거로 파생된 청구법인에 대한 과세자료 수집 역시 위법하다고 할 것이므로, 처분청이 청구법인에게 한 이 건 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견(1) 쟁점거래처에 대한 세무조사의 적법성청구법인은 헌법상 적법 절차의 원칙 등에 비추어 볼 때 위법하게 수집된 증거에 기한 쟁점거래처에 대한 세무조사와 이로부터 발생한 이 건 처분은 위법하다고 주장하나.쟁점거래처가 2023.6.22. 서울중앙지방법원에 신청한 금천경찰서의 위법한 압수·수색절차에 대한 준항고 사건(서울중앙지방법원 OOO, 2025.2.19.)은 현재 대법원에 계류 중으로, 단지 준항고가 인용되었다는 사유만으로 적법 절차에 위배되어 위법하게 수집한 증거에 의한 세무조사로 판단하기는 어렵다.또한 쟁점거래처는 2024.5.29. 서울행정법원에 준항고 사건의 결정이 있을 때까지 세무조사를 중지해달라는 취지로 집행정지를 신청(서울행정법원 OOO)하였으나, 서울행정법원은 쟁점거래처에게 회복하기 어려운 손해가 발생할 우려가 있다거나 예방차원에서 처분의 효력을 정지하여야 할 이유가 없다는 사유로 기각 결정하였고, 이에 따라 세무조사가 진행되었다.서초세무서장이 쟁점거래처를 조세범칙조사 대상자로 선정한 것은 서울금천경찰서장으로부터의 고발의뢰서에 포함된 내용뿐 아니라 국세청에 신고된 세무자료들을 종합적으로 분석하여 이루어진 것으로, 적법 절차의 원칙을 위반한 세무조사로 볼 수 없다.

(2) 자료파생의 적법성쟁점거래처에 대한 조세범칙조사 결과, 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서는 거래 사실이 없는 가공세금계산서임이 확인되었고, 이에 따라 처분청은 적법하게 파생된 과세자료에 따라 이 건 처분에 이르렀으므로, 절차상 위법이 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점위법한 세무조사에 의하여 파생된 자료에 근거하여 거래상대방인 청구법인에게 한 이 건 처분이 위법하다는 청구주장의 당부나. 관련 법령(1) 국세기본법제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ① 세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다.

다만, 납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 국세청장(같은 지방국세청 소관 세무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장)이 그 관할을 조정할 수 있다.② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 대상을 선정(이하 "정기선정"이라 한다)하여 세무조사를 할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상을 선정하여야 한다.

1. 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 과세자료, 세무정보 및 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」에 따른 감사의견, 외부감사 실시내용 등 회계성실도 자료 등을 고려하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우2. 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우3. 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우④ 세무공무원은 과세관청의 조사결정에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 세목의 경우 과세표준과 세액을 결정하기 위하여 세무조사를 할 수 있다.

(2) 부가가치세법제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(이하생략)제57조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다.③ 납세지 관할 세무서장등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다.

(3) 조세범 처벌법제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.1. 「부가가치세법」에 따라 세금계산서(전자세금계산서를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 발급하여야 할 자가 세금계산서를 발급하지 아니하거나 거짓으로 기재하여 발급한 행위2. 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따라 계산서(전자계산서를 포함한다.

이하 이 조에서 같다)를 발급하여야 할 자가 계산서를 발급하지 아니하거나 거짓으로 기재하여 발급한 행위3. 「부가가치세법」에 따라 매출처별 세금계산서합계표를 제출하여야 할 자가 매출처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위4. 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따라 매출처별 계산서합계표를 제출하여야 할 자가 매출처별 계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.1. 「부가가치세법」에 따라 세금계산서를 발급받아야 할 자가 통정하여 세금계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 세금계산서를 발급받은 행위2. 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따라 계산서를 발급받아야 할 자가 통정하여 계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 계산서를 발급받은 행위3. 「부가가치세법」에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하여야 할 자가 통정하여 매입처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위4. 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따라 매입처별 계산서합계표를 제출하여야 할 자가 통정하여 매입처별 계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.1. 「부가가치세법」에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위2. 「소득세법」 및 「법인세법」에 따른 계산서를 발급하거나 발급받은 행위3. 「부가가치세법」에 따른 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위4. 「소득세법」 및 「법인세법」에 따른 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위다.

사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 서초세무서장은 쟁점세금계산서 관련 계약이 해지되었다는 청구법인의 주장을 입증할만한 관련 계약서, 수정세금계산서 등의 증빙이 제출된 바 없고, 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 용역대금을 타인 명의의 계좌를 통해 쟁점거래처에 재이체한 것으로 확인되어 쟁점세금계산서 관련 거래를 가공거래로 확정하였다는 내용의 과세자료를 통보하였다.＜쟁점거래처에 대한 부가가치세 조사종결보고서 중 일부＞OOO＜쟁점세금계산서 내역＞OOO＜쟁점세금계산서 관련 가공거래 확정자료 파생＞OOO(나) 처분청은 2025.2.18. 청구법인에게 쟁점세금계산서 관련 부가가치세 해명자료 제출 안내문을 발송하였으나, 청구법인으로부터 관련 자료가 미제출되어 2025.4.22. 과세예고통지를 한 후 이 건 처분에 이른 것으로 답변하였다.(다) 청구법인이 제출한 결정문에 따르면, 쟁점거래처의 대표자인 a은 서울금천경찰서장의 압수수색절차에 대하여 2023.6.22. 서울중앙지방법원에 준항고장을 제출하였고, 이에 대하여 서울중앙지방법원은 2025.2.19. 압수수색절차가 위법하므로 이를 취소한다는 취지의 인용 결정(서울중앙지방법원 OOO, 2024.2.19.)을 한 것으로 나타난다.＜서울중앙지방법원 결정문＞OOO1) 서울금천경찰서장은 서울중앙지방법원의 결정에 대하여 재항고를 제기하여 현재 대법원 계류 중(대법원 OOO)이다.2) 한편, 쟁점거래처는 2023.6.22. 제기한 준항고 사건의 결정이 있을 때까지 쟁점세무조사를 중지해 달라하는 취지로 2024.5.29. 집행정지 신청(서울행정법원 OOO)을 하였으나, 서울행정법원은 쟁점거래처에게 회복하기 어려운 손해가 발생할 우려가 있다거나 예방차원에서 처분의 효력을 정지하여야 할 이유가 없다는 사유로 기각 결정을 한 것으로 확인된다.(라) 우리 원은 쟁점거래처가 위법한 세무조사에 기인하여 법인세 등을 부과한 처분이 위법하다는 취지로 제기한 심판청구를 기각 결정하였다[조심 OOO, 2025.11.24.(부가가치세), 조심 2026서26, 2026.2.24.(법인세)].(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래처에 대한 서울금천경찰서장의 압수·수색절차가 위법하고, 이에 따라 수취한 자료로부터 파생된 자료를 근거로 한 이 건 처분이 위법하다고 주장하나,쟁점거래처가 2023.6.22. 서울중앙지방법원에 신청한 서울금천경찰서장의 위법한 압수·수색 절차에 대한 준항고 사건(서울중앙지방법원 OOO, 2025.2.19.)은 인용 결정된 후 대법원에 계류 중(대법원 OOO)으로, 준항고 사건의 인용 결정만으로 서울금천경찰서장의 압수·수색절차가 위법한 것으로 확정되었다고 보기 어려운 점,서초세무서장은 2024.5.16.부터 2024.8.22.까지 쟁점거래처의 2019년 제2기부터 2021년 제1기까지 부가가치세 세목별 조사를 실시하여 서울금천경찰서장의 수사건과 별개로 이 건 처분의 근거를 확보하였는바, 해당 부과처분은 서울금천경찰서장의 위법하게 수집한 증거를 기초로 한 것이 아니므로, 설령 서울금천경찰서장이 수집한 증거가 위법하다 하더라도 그것만으로 해당 처분이 위법하게 되는 것은 아닌 점(조심 2025서3000, 2025.11.24., 같은 뜻임),쟁점거래처에 대한 세무조사 결과에 따라 쟁점세금계산서는 가공세금계산서로 확정된 반면, 청구법인은 쟁점거래처에 대한 용역의 수행이 동반된 정상적인 거래임을 입증하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.