용도폐지 정비기반시설 중 신설 정비기반시설에 재편입되는 시설이 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상에 해당하는지 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 「도시 및 주거환경정비법」(이하 「도시정비법」 이라 한다) 제2조 제2호에 따른 고양 OOO주택재개발정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)을 시행하기 위하여 설립된 조합으로서, 2016.10.25. 사업시행인가, 2017.8.27. 관리처분계획인가, 2020.8.7. 사업시행계획(경미한변경)인가 고시를 받은 후, 2022.9.30. 국가 등으로부터 양여받는 경기도 고양시 OOO외 42필지(8,563㎡, 이하 “용도폐지 정비기반시설”이라 한다)를 취득하고, 2022.11.23. 그 시가표준액OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정되기 전의 것) 제74조 제3항 제1호을 적용(100분의 75 감면율)하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2025.6.24. 용도폐지 정비기반시설 중 신설 정비기반시설로 국가 등에 재편입되는 3,983.00㎡(이하 “신설 정비기반시설”이라 한다)가 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로서 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 비과세 대상에 해당한다는 취지로 경정청구 하였으나, 처분청은 2025.8.19. 이 건 토지를 비과세가 아닌 「지방세특례제한법」(2018.12.24. 법률 제16041호로 일부개정되기 전의 것) 제73조의2 제1항 및 제177조의2에 따른 최소납부세제(100분의 85 감면율)에 해당한다고 보아 경정청구를 일부 인용(이하 “이 건 거부처분”이라 한다)을 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장조세심판원 선결정례(조심 2024지0638, 2024.8.21. 등)에 따르면 「지방세법」 제9조 제2항의 입법취지는 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 “국가 등”이라 한다)에의 귀속 또는 기부채납(이하 “귀속 등”이라 한다)을 조건으로 부동산을 취득하는 것은 해당 부동산을 국가 등에 귀속 등을 하기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 이를 국가 등이 직접 취득하는 경우와 동일하다고 보아 취득세를 비과세하겠다는 것에 있고, 재개발정비사업과 관련된 관리처분계획 등에서 용도폐지 정비기반시설이 신설 정비기반시설로 기부채납의 대상이 되는 것으로 그 위치와 면적이 확정되고, 조합이 이러한 신설 정비기반시설을 취득한 후 다시 처분청에 귀속되는 경우에는 「지방세법」 제9조 제2항에 따라 취득세 비과세대상이 된다고 판단하고 있다.대법원 판결(2019.4.3. 선고 2017두66824 판결)에 의하면, 「도시정비법」 제97조 제2항 후단 규정에 의한 용도폐지 정비기반시설의 취득은 교환에 의한 취득 내지 교환과 유사한 취득으로 보기 어렵고, 그러한 취득이 대가성이 있어 유상취득의 실질을 갖는다고 보기도 어렵다고 본 원심(서울고등법원 2017.9.5. 선고 2017누48354 판결)은 정당하다고 보았고, 최근 서울행정법원 판결(2025.6.25. 선고 2024구단78019 판결)은 동일한 취지에서 신설 정비기반시설을 재개발정비사업조합이 원시취득하였다고 볼 수 없다고 하여, 이에 대한 취득세 등의 과세처분은 위법하다고 판단한 바 있다.이 건 정비사업의 사업시행인가 고시(2016.10.25.) 및 사업시행계획(경미한변경)인가 고시(2020.8.7.)에 따르면 용도폐지 대상이 되는 정비기반시설 용지 8,563.00㎡ 중 3,983.00㎡는 신설 정비기반시설로 편입되는 것으로 그 위치와 면적이 확정되었고, 그 결과 2023.1.17. 최종 준공인가 및 2023.6.30. 이전고시에 따라 처분청에 귀속되었는바, 용도폐지 정비기반시설 8,563.00㎡ 중 국가 등에 편입되는 신설 정비기반시설은 공공시설의 확보와 효율적인 유지관리를 위하여 「도시정비법」 제97조 제2항에 따라 청구법인의 취득 없이 당연히 국가 또는 지방자치단체에 무상 귀속되는 것으로서 국가 등이 직접 취득하는 경우와 동일하다고 보아야 하므로, 「지방세법」 제9조 제2항에 따라 취득세 등이 비과세되어야 한다.

나. 처분청 의견「지방세법」(2015.12.29. 법률 제13636호로 일부개정되기 전의 것) 제9조 제2항은 ‘국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다’라고 규정하고 있었으나, 이후 ‘국가 등에 귀속 또는 기부채납의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다’라는 내용이 추가되었는바, 해당 조항의 개정취지는 조건 없이 무상으로 기부채납 대상물의 소유권을 국가 등에 이전하는 경우에는 세부담을 면제하고, 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 기부채납을 하는 경우에는 비과세 대상에서 제외하기 위함이며, 지방세법령상 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받는 경우에는 이를 반대급부로 보아 취득세 과세대상으로 보고 있으므로, 무상귀속을 전제조건으로 취득하더라도 사업시행자가 국가 등으로부터 무상으로 양여받는 경우에는 세법상 반대급부가 존재하는 것으로 해석하여 취득세 비과세를 배제하고 과세(감면)하는 것이 타당하다 할 것(행정안전부 부동산세제과-563호, 2025.2.26.)이다.「지방세특례제한법」 제73조의2 제1항의 취지는 비과세 대상 부동산 중 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상 양여받은 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 비과세하는 것이 아닌 감면하도록 하는데 있는바(조심 2022지692, 2024.4.3.), 청구법인은 이 건 정비사업과 관련하여 용도폐지 정비기반시설을 무상양여 받은 사실이 확인되므로, 무상양여 받은 용도폐지 정비기반시설은 신설 정비기반시설의 반대급부라 봄이 타당하다.「도시정비법」 제97조 제2항은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설을 무상으로 양도될 수 있도록 규정하고 있는바, 청구법인이 새로 설치하여 제공한 신설 기반시설이 존재하지 아니할 경우에는 용도폐지 기반시설이 무상으로 청구법인에게 양여될 수 없고, 그 범위는 설치비용의 상당액이라는 점에서 이를 반대급부라고 해석할 수 있으므로(조심 2023지4405, 2024.7.22.), 신설 정비기반시설이 「지방세법」 제9조 제2항에 따라 비과세 대상이라는 청구법인의 주장은 이유가 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점용도폐지 정비기반시설 중 신설 정비기반시설에 재편입되는 시설이 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상에 해당하는지 여부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인은 2011.7.18. 「도시정비법」에 따라 경기도 고양시 OOO 일원 40,753.2㎡의 사업시행구역 내 건축물을 철거하고 그 대지 위에 새로운 건축물을 건설하여 도시 및 주거환경을 개선하고 조합원의 주거 안정 및 주거생활의 질적 향상에 이바지함을 목적으로 설립된 조합이다.(나) 이 건 정비사업의 사업시행인가 고시(2016.10.25.)에 따르면 신설 정비기반시설과 용도폐지 기반시설은 고시되었고, 2020.8.7. 이 건 정비사업의 사업시행계획(경미한변경)인가 고시에 따라 용도폐지 기반시설의 면적은 기존 8,965.20㎡에서 8,563.00㎡로 변경되었다.＜ 이 건 정비사업 사업시행계획 인가고시(2016.10.25.) ＞

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○＜ 이 건 정비사업 사업시행계획(경미한변경) 인가고시(2020.8.7.) ＞

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○(다) 청구법인이 제출한 ‘용도폐지 국공유지 무상취득 필지별 정당세액 현황’에 따르면, 청구법인은 용도폐지 기반시설 토지 8,563㎡ 중 신설 정비기반시설로 편입된 면적은 3,983㎡로 확인된다.＜용도폐지 국공유지 무상취득 필지별 정당세액 현황(2024.5.)＞

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○(라) 청구법인은 2025.6.24. 이 건 취득세 등과 관련하여, ① 용도폐지 기반시설 중 국가 등에 편입되는 신설 정비기반시설에 대해서는 「도시정비법」 제97조 제2항 전단의 규정에 따라 청구법인의 취득 없이 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되는 것이므로 국가 등이 직접 취득하는 경우와 동일하여 「지방세법」 제9조 제2항에 따라 취득세 등의 비과세 대상이고, ② 국민주택규모 85㎡ 이하의 건축물의 부속토지 면적에 상응하는 비율인 91.49%에 관하여는 구 「농어촌특별세법」 제4조 제9호 및 동법 시행령 제4조 제5항에 따라 농어촌특별세의 비과세 대상이므로, 각 비과세 규정을 적용하여 취득세 등 OOO원의 감액을 경정청구하였다.(마) 처분청은 2025.8.19. 청구법인의 감액 경정청구에 관하여, ① 용도폐지 기반시설을 무상으로 양도받고 신설 정비기반시설을 국가 등에 귀속한 경우 반대급부가 있므로 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 비과세 대상으로 볼 수 없고, 「지방세특례제한법」 제73조의2 제1항과 제177조의2 제1항의 최소납부세제(100분의 85 감면율)를 적용하여야 하며, ② 국민주택규모 85㎡ 이하의 건축물의 부속토지 면적에 상응하는 비율인 91.49%에 관한 농어촌특별세 감액은 청구법인의 주장을 받아들이기로 결정하여, 이 건 거부처분을 하였다.＜ 청구법인 경정청구 금액 및 이 건 거부처분 금액 ＞

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○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.(가) 「지방세법」 제9조 제2항은 국가 등에 귀속 등을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 해당 조항의 입법취지는 국가 등에의 귀속을 조건으로 부동산을 취득하는 것은 해당 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 이를 국가 등이 직접 취득하는 경우와 동일하다고 보아 취득세를 비과세하겠다는 것(대법원 2011.7.28. 선고 2010두6977 판결, 같은 뜻임)이다.(나) 청구법인이 제출한 용도폐지 국공유지 무상취득 필지별 정당세액 현황에 따르면 청구법인이 이 건 용도폐지 기반시설로 무상취득한 토지 8,563㎡ 중 신설 정비기반시설로 편입된 면적은 3,983㎡으로 확인되고, 이 건 정비사업과 관련된 사업인가계획 등에서 용도폐지 정비기반시설과 신설 정비기반시설은 그 위치와 면적이 확정되었으며, 이에 대한 처분청의 별도의 이견은 없었는바, 이러한 신설 정비기반시설은 2023.1.17. 준공인가 및 2023.6.30. 이전고시로 인해 청구법인의 별도의 처분행위 없이 「도시 및 주거환경정비법」 제97조 제2항에 따라 국가 등에 귀속되었으며, 청구법인은 용도폐지 정비기반시설 중 신설 정비기반시설에 편입되는 토지를 자신의 부담으로 조성하여 국가 등에 다시 기부채납 하는 역할만 하였을 뿐, 이 과정에서 국가 등으로부터 어떠한 이득을 얻거나 반대급부를 받았다고 보기는 어렵다(조심 2024지638, 2024.8.21., 조심 2023지4988, 2024.1.29. 결정 등, 같은 뜻임)고 할 것이므로, 「지방세법」 제9조 제2항 본문에 따른 취득세 비과세 대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.(다) 따라서, 처분청이 이를 「지방세특례제한법」 제73조의2 제1항, 제177조의2 제1항 따른 최소납부세제(100분의 85 감면율)에 해당한다고 보아 이 건 거부처분을 한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가 등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속 등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우(2) 지방세특례제한법(2020.1.15., 제16041호로 일부개정된 것)부 칙제17조(도시개발사업 등에 대한 감면 및 추징에 관한 경과조치) ③ 「도시 및 주거환경정비법」 제2조제2호나목에 따른 재개발사업 중 정비기반시설이 열악하고 노후ㆍ불량건축물이 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하기 위한 사업으로서 2020년 1월 1일 전에 「도시 및 주거환경정비법」 제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 사업의 시행에 따라 2020년 1월 1일 이후 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면 및 추징에 대해서는 제74조 제3항 및 제5항의 개정규정에도 불구하고 종전의 제74조 제3항에 따른다.

2. 지방세특례제한법(2018.12.24., 제16041호로 일부개정된 것)제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면) ① 「지방세법」 제9조제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(이하 이 조에서 “귀속등”이라 한다)의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 감면한다.1. 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.2. 2021년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을 경감한다.제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ③ 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업(같은 법 제2조제2호나목 중 정비기반시설이 열악하고 노후ㆍ불량건축물이 밀집한 지역에서 주거환경개선을 하는 경우로 한정한다.

이하 이 항에서 같다)과 주거환경개선사업(같은 법 제2조제2호가목 중 도시저소득 주민이 집단거주하는 지역으로서 정비기반시설이 극히 열악하고 노후ㆍ불량건축물이 과도하게 밀집한 지역의 주거환경을 개선하는 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)의 시행에 따라 취득하는 제1호부터 제3호까지의 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2019년 12월 31일까지 경감하고, 제4호 및 제5호의 부동산에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다.

다만, 그 취득일부터 5년 이내에 「지방세법」 제13조제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 감면된 취득세를 추징한다.제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다.

다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.부 칙제11조(기부채납용 부동산 등에 대한 취득세 경감에 관한 경과조치) 이 법 시행 전 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 것을 조건으로 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제56조에 따른 개발행위허가, 같은 법 제88조에 따른 실시계획의 인가 또는 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제15조에 따른 실시계획의 승인을 받은 경우로서 이 법 시행 이후 해당 부동산 또는 사회기반시설을 취득하는 경우의 취득세의 감면은 제73조의2 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따라 취득세를 면제한다.

(3) 도시 및 주거환경정비법제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. “정비구역”이란 정비사업을 계획적으로 시행하기 위하여 제16조에 따라 지정ㆍ고시된 구역을 말한다.2. “정비사업”이란 이 법에서 정한 절차에 따라 도시기능을 회복하기 위하여 정비구역에서 정비기반시설을 정비하거나 주택 등 건축물을 개량 또는 건설하는 다음 각 목의 사업을 말한다.

다. 재건축사업: 정비기반시설은 양호하나 노후ㆍ불량건축물에 해당하는 공동주택이 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하기 위한 사업. 이 경우 다음 요건을 모두 갖추어 시행하는 재건축사업을 “공공재건축사업”이라 한다.4. “정비기반시설”이란 도로ㆍ상하수도ㆍ구거(溝渠: 도랑)ㆍ공원ㆍ공용주차장ㆍ공동구(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제9호에 따른 공동구를 말한다. 이하 같다), 그 밖에 주민의 생활에 필요한 열ㆍ가스 등의 공급시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다.제57조(인ㆍ허가등의 의제 등) ① 사업시행자가 사업시행계획인가를 받은 때(시장ㆍ군수등이 직접 정비사업을 시행하는 경우에는 사업시행계획서를 작성한 때를 말한다.

이하 이 조에서 같다)에는 다음 각 호의 인가ㆍ허가ㆍ결정ㆍ승인ㆍ신고ㆍ등록ㆍ협의ㆍ동의ㆍ심사ㆍ지정 또는 해제(이하 “인ㆍ허가등”이라 한다)가 있은 것으로 보며, 제50조제9항에 따른 사업시행계획인가의 고시가 있은 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 인ㆍ허가등의 고시ㆍ공고 등이 있은 것으로 본다.16. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제86조에 따른 도시ㆍ군계획시설 사업시행자의 지정 및 같은 법 제88조에 따른 실시계획의 인가제97조(정비기반시설 및 토지 등의 귀속) ① 시장ㆍ군수등 또는 토지주택공사 등이 정비사업의 시행으로 새로 정비기반시설을 설치하거나 기존의 정비기반시설을 대체하는 정비기반시설을 설치한 경우에는 「국유재산법」 및 「공유재산 및 물품 관리법」에도 불구하고 종래의 정비기반시설은 사업시행자에게 무상으로 귀속되고, 새로 설치된 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속된다.② 시장ㆍ군수 등 또는 토지주택공사 등이 아닌 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그에게 무상으로 양도된다.

경기도 고양시장이 2025.8.28. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.