양도소득세 이월과세적용신청서를 법정신고기한을 경과하여 제출한 것을 이유로 이월과세 적용을 배제하고 양도소득세를 부과한 처분의 당부 등

1.처분개요가. 청구인은 2012.9.14. 취득한 경기도 하남시 OOO, OOO, OOO 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2022.10.5. 농업회사법인 AAA 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 현물출자(이하 “쟁점출자”라 한다)한 후 쟁점출자와 관련한 2022년 귀속 양도소득세를 무신고하였으나, 2024.11.26. 쟁점출자에 대한 쟁점부동산 양도소득세에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제32조에 따른 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 신청하면서 2022년 귀속 양도소득세 기한 후 신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인의 2022년 귀속 양도소득세 기한 후 신고를 검토하면서 조특법 시행령 제29조 제4항에 따라 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고 포함)를 할 때 새로이 설립되는 법인과 함께 이월과세적용신청서를 관할세무서장에게 제출했어야 함에도 청구인이 이를 하지 않아 쟁점출자에 대하여 이월과세를 적용할 수 없다고 판단하여, 2025.7.4. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.8.25. 이의신청을 거쳐 2025.12.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 이 건과 관련된 사실관계는 다음과 같다.청구인이 2012.9.14. 쟁점부동산을 취득하여 그 위에 있던 창고건물로 농산물창고업을 영위하면서 사업상 창고를 임대하던 중, 경기도 하남시장(이하 “하남시장”이라 한다)은 2018.1.31. 「농지법」 제11조에 따라 쟁점부동산을 농업경영에 이용해야 함에도 이를 이행하지 않았다고 보아 청구인에게 농지처분명령을 하였고, 이에 청구인도 쟁점부동산을 처분하려고 노력하였으나 처분이 여의치 않게 되었으며, 하남시장은 이에 「농지법」 제62조 및 개발제한구역 내 용도변경, 형질변경, 증축 등에 따른 이행강제금 OOO원을 청구인에게 부과하였으며, 청구인은 이를 납부하였다.이행강제금을 납부하던 기간 중인 2020.12.8.경 BBB 외 7인이 쟁점부동산 일대에 대한 개발제한구역 훼손지 정비사업을 하남시장에게 신청하게 되었는데, 훼손지 정비사업을 시행하면 정비사업구역 면적의 30% 이상에 해당하는 정비사업부지에 경관녹지를 조성하여 기부채납하는 경우 나머지 부지에 대해서는 기존 물류창고 용지로 사용할 수 있어서 청구인이 훼손지 정비사업을 신청하였으나 처분명령 당사자인 청구인은 훼손지 정비사업에 참여할 수 없다는 통보를 하남시장으로부터 받았다.이에 청구인은 훼손지 정비사업의 추진을 위하여, 농업회사법인에 현물출자를 하면 다시 훼손지 정비사업에 참여할 수 있다는 점을 알고 쟁점법인에 쟁점부동산을 현물출자하게 되었다.청구인은 2022.10.5. 법원의 감정평가를 거쳐 쟁점법인에 쟁점부동산을 현물출자하였으나, 이에 대한 양도소득세 이월과세신청은 당시 세무대리인이었던 공인회계사의 착오로 하지 못하게 되었다.청구인은 2024.11.13. 처분청의 담당 세무공무원으로부터 누락된 이월과세적용신청서의 제출을 요구받아 관련서류를 첨부하여 이월과세적용신청서를 제출하였는데, 이후 더 이상 처분청으로부터 소명자료 요청도 없었고, 과세처분 등 다른 어떠한 조치도 없어서 이월과세신청이 늦었으나 별일 없이 적법하게 이월과세를 적용받을 것이라고 생각하였다.

그러나 이후 6개월이 경과한 2025년 5월경 청구인은 새로운 처분청의 담당 세무공무원으로부터 2022년 쟁점출자 후 2022년 귀속 양도소득세 과세표준 확정신고를 하면서 이월과세적용신청서의 제출이 누락되었으므로 2024년 11월 제출된 이월과세적용신청서를 무시하고 양도소득세를 부과하겠다는 통보를 받았고, 이후 처분청은 이 건 양도소득세 부과처분을 하였다.

(2) 다음과 같은 이유로 이 건 처분은 취소되어야 한다.(가) 양도소득세 이월과세는 양도소득세를 납부하지 않는 것이 아니라 향후 법인이 출자주식을 처분할 때 법인세로 납부하는 것으로 이는 단순한 납부유예에 불과하고, 세수일실도 없다.법인의 적격합병과 같이 요건만 갖추면 장부가액으로 자산을 인수하도록 하여 그 과세시기를 이연해주는 것처럼 부동산의 현물출자도 이월과세요건만 충족하면 신청의 유무와 무관하게 납세자의 선택에 따라 양도소득세 납부시기를 선택할 수 있어야 한다.(나) 신청서 한 장을 제출하였는지에 따라 거액의 양도소득세를 일시에 납부하게 한다는 것은 너무나 가혹한 처사이다.이 건 처분은 형식적 절차위반을 이유로 실질요건을 모두 충족한 거래에 대하여 무리하게 과세한 것으로 실질과세원칙에 비추어 지나치게 형식에 집착한 결과에 따른 처분으로, 양도소득세 이월과세를 규정한 조특법 제32조 제3항도 “제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다”고 하고 있는데, 이는 “적용신청을 한 경우에 한한다”와 같은 강행규정이 아니므로 사후에 이월과세적용신청서를 제출한 경우에도 이월과세특례를 적용해야 하고, 이렇게 해석하는 것이 법문의 확대해석을 금지하는 조세법률주의에 맞는 것으로 있는 그대로 해석함으로써 납세자에게 유리하고 납세자 권리를 보호하는 해석에 해당한다.(다) 신의성실의 원칙을 살펴보면, 2024년 11월 처분청이 청구인에게 이월과세적용신청서를 요구한 행위가 납세자의 입장에서는 소급 내지는 사후 이월과세 적용신청을 수용하는 의사표현으로 충분히 인지할수 있는 것이다.즉 이월과세요건이 안된다면 바로 과세를 하면 될 것임에도 굳이 적용받지 못할 이월과세적용신청서의 제출을 요구하고 과세할 이유가 없으므로, 청구인은 처분청이 청구인에게 이월과세적용신청서의 제출을 요구한 행위를 신청서를 제출하면 이월과세를 적용하겠다는 처분청의 의사표시로 신뢰하였다는 것이다.(라) 참고로 쟁점법인은 본래의 창고용도로 사용하려면, 부동산 소유자가 변경된 법인 자격으로 경관녹지를 조성해서 30% 기부채납하여야만 나머지 토지를 물류창고로 사용할 수 있었다.청구인의 입장에서 개인으로서는 쟁점부동산 전체의 면적에 대하여 양도소득세를 납부하고, 쟁점법인은 전체 면적의 30%를 기부채납해야하는 과도한 재산권침해의 문제가 발생하였으며, 여기에 과거 OOO원에 가까운 이행강제금도 납부하는 억울한 사정이 있는데, 차라리 쟁점부동산 면적에서 기부체납된 30%를 뺀 부분만 양도소득세를 부담하면 덜 억울하였을 것이다.

(3) 이 건 처분의 납부지연가산세를 감면하여야 한다.쟁점부동산 소유주가 청구인 개인에서 쟁점법인으로 그 소유형태만 바뀌었을 뿐으로, 쟁점법인 주식의 100%를 청구인이 소유한 것으로 청구인은 현물출자에 따른 양도소득세 감면을 적용받을 수 있는 요건을 모두 충족하였을 뿐만 아니라, 2024년 11월 이월과세적용신청서 제출 당시 이월과세 적용을 배제하고, 즉시 과세하였다면 적어도 2024년 11월 이후 납부지연가산세의 부과는 면할 수 있었을 것이다.따라서 청구인이 자료를 제출한 후 처분청의 소극적 대응으로 부과된 납부지연가산세는 감면되어야 한다.

나. 처분청 의견(1) 청구인은 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 과세표준 확정(예정)신고기한 내에 신고하지 않고, 이후 기한 후 신고 시 양도소득세 이월과세 신청을 하였으나, 양도소득세를 기한 후 신고한 경우에는 이월과세 적용이 배제하는 것은 국세청 유권해석(재산세과-39, 2009.8.27.), 조세심판원 결정례(조심 2010중1618, 2010.9.27.) 등에 따라 명백하다.

(2) 이 건 쟁점부동산에 대한 양도소득세 과세처분에 있어 「국세기본법」상 가산세 감면대상에 해당하거나, 납세자가 의무를 이행하지 아니한데 대한 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 청구인의 납부지연가산세 감면주장은 타당하지 않다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점① 양도소득세 이월과세적용신청서를 법정신고기한을 경과하여 제출한 것을 이유로 이월과세 적용을 배제하고 양도소득세를 부과한 처분의 당부② 청구인이 기한 후 신고를 한 날부터 부과되는 납부지연가산세는 감면되어야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 이 건과 관련된 사실관계를 일자순으로 정리하면 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 이 건 관련 사실관계

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○(2) 청구인은 쟁점법인과 2022.9.28. 쟁점법인에 쟁점부동산을 출자하는 내용의 현물출자계약서를 작성하였으나 일부 내용을 보완하여 2022.10.5. 보완계약을 작성하였고, 청구인과 쟁점법인이 작성한 현물출자계약서는 아래와 같다.

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○(3) 청구인은 현물출자된 쟁점부동산의 양도소득세에 대하여 예정신고나 과세표준확정신고를 하지 않고, 2024.11.26. 아래와 같이 2022년 귀속 양도소득세 기한 후 신고를 한 것으로 나타나며, 해당 신고를 하면서 ‘현물출자 과세특례신청서’를 제출한 것으로 나타난다(이의신청결정서 발췌).

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○(4) 청구인은 위 (3)과 같이 쟁점출자에 대한 양도소득세 기한 후 신고를 하면서 조특법 시행규칙 별지 제62호의5 서식인 ‘현물출자 과세특례신청서’를 작성하여 제출하였으나, 이 건과 같이 조특법 제32조 및 같은 법 시행령 제29조에 따른 이월과세를 신청하는 경우에는 조특법 시행규칙 제12호 서식인 ‘이월과세적용신청서’를 제출해야 하는 것으로 나타난다.

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○(5) 쟁점부동산과 관련한 등기사항전부증명서는 아래와 같다(이의신청결정서 발췌).

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○(6) 이의신청결정서에 따르면, 쟁점법인의 기본사항은 다음과 같다.(가) 쟁점법인의 사업자등록내역은 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 쟁점법인의 사업자 등록내역

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○(나) 쟁점법인에 대한 등기사항일부증명서의 내용은 아래와 같다.

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○(7) 청구인은 쟁점부동산과 관련하여 경기도 하남시장이 이행강제금 부과와 관련하여 청구인에게 보낸 처분사전통지서(청문실시통지)와 관련된 공문(OOO)을 심리자료로 제출하였고, 경기도 하남시장이 청구인에게 부과한 이행강제금의 내역은 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 경기도 하남시장이 청구인에게 부과한 이행강제금 내역(단위 : 원)

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○(8) 청구인은 BBB 외 7인이 제출한 쟁점부동산에 대한 훼손지 정비사업 신청서(2020.12.8. 제출)를 심리자료로 제출하였다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 이 건에 대하여 다음과 같이 살펴본다.(가) 우선 쟁점①을 살펴보면, 청구인은 양도소득세 이월과세적용신청서를 해당 과세연도의 과세표준신고 시에 제출하도록 하는 규정은 강행규정이 아니고, 처분청이 2024년 11월 청구인에게 이월과세적용신청서를 제출하도록 요구한 행위가 이월과세적용신청서를 제출하면 이월과세를 허용하겠다는 신뢰를 주었으므로 이 건 부과처분은 위법하다고 주장하나, 조특법 제32조에서 법인전환에 따라 현물출자되는 자산에 대하여 양도소득세를 이월과세하는 것은 출자자의 취득가액을 법인의 장부가액으로 하여 법인이 해당 자산을 양도할 때 출자자의 양도소득까지 법인의 양도소득으로 보고 법인세를 산정하도록 하는 제도로서, 이월과세의 적용여부를 조기에 확정하지 않고 나중에라도 이월과세를 신청하면 자유롭게 이를 허용할 경우, 현물출자 후 새롭게 주식을 취득하거나 자금을 대여한 자가 투자할 당시에는 없었던 법인세 부담이 늘어나는 등 제3자에게 예상하지 못한 불이익이 발생하는 문제가 있는바, 현물출자 후 조기에 이월과세 여부를 확정해야 할 필요가 있어 과세표준신고 시까지로 이월과세적용신청서 제출기한을 제한한 것으로 보이는 점, 2024년 11월은 이미 쟁점출자에 대한 양도소득세 과세표준신고 기간이 경과한 때로 청구인이 쟁점출자에 대한 양도소득세를 무신고하여 처분청에서는 이에 대한 기한 후 신고 내용을 검토하면서 이월과세적용신청서의 제출을 요청하였을 뿐이므로, 이는 이월과세적용신청서를 제출하면 이를 검토하여 이월과세의 적용여부를 판단하겠다는 것으로 보는 것이 타당한바, 이를 처분청이 청구인에게 이월과세를 적용하겠다는 내용의 신뢰를 주는 행위로 보이지 않는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인에게 이월과세의 적용을 배제하고 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.(나) 다음으로 쟁점②를 살펴보면, 청구인은 2024년 11월 이월과세적용신청서를 제출할 당시 이월과세의 적용을 배제하고 즉시 과세하였다면 최소 2024년 11월 이후 납부지연가산세의 부과는 면할 수 있었으므로 2024년 11월 이후 부과된 납부지연가산세는 면제되어야 한다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이나, 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것인데(대법원 2005.11.25 선고 2004두930 판결 등 참조), 앞서 살펴본 바와 같이 처분청이 청구인에게 이월과세적용신청서의 제출을 요청하면서 이월과세를 적용할 것이라는 신뢰를 주었다고 보기 어렵고, 청구인에게 2024년 11월 이후 이월과세의 적용을 배제하여 양도소득세를 신고·납부하는 것을 기대하는 것이 무리였다고 볼 사정도 없는 것으로 보이므로, 2024년 11월 이후에 부과된 납부지연가산세를 감면할 정당한 사유가 있다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 국세기본법제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.제45조의3(기한 후 신고) ① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다.

이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다.② 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 세법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 그 세액을 납부하여야 한다.③ 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출하거나 제45조 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 과세표준수정신고서를 제출한 경우 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 신고인에게 통지하여야 한다.

다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정 또는 경정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.④ 기한후과세표준신고서의 기재사항 및 신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제47조의4(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(「인지세법」 제8조 제1항에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율3. 법정납부기한까지 납부하여야 할 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) 중 납부고지서에 따른 납부기한까지 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 100분의 3(국세를 납부고지서에 따른 납부기한까지 완납하지 아니한 경우에 한정한다)제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다.

2. 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출하지 아니한 자가 법정신고기한이 지난 후 제45조의3에 따라 기한 후 신고를 한 경우(제47조의2에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 결정할 것을 미리 알고 기한후과세표준신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액가. 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 기한 후 신고를 한 경우 : 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액나. 법정신고기한이 지난 후 1개월 초과 3개월 이내에 기한 후 신고를 한 경우 : 해당 가산세액의 100분의 30에 상당하는 금액다.

법정신고기한이 지난 후 3개월 초과 6개월 이내에 기한 후 신고를 한 경우 : 해당 가산세액의 100분의 20에 상당하는 금액(2) 조세특례제한법제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다.② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조 제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우(3) 조세특례제한법 시행령제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ④ 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.