1. 처분개요가.청구인은 A(업종 : 도매 및 소매업무역, 의류)를 운영하고 있는 사업자로, 2023년 종합소득세 신고시 「조세특례제한법」 제126조의6에 제1항에 따라 계산한 성실신고 확인비용 공제세액(당기 발생분) OOO원과 2021∼2022년의 성실신고 확인비용 공제세액으로서 같은 법 제144조 제1항에 따라 이월된 공제세액 OOO원을 합산하여, 성실신고 확인비용 공제세액을 OOO원으로 적용하여 산출한 2023년 귀속 종합소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
나.처분청은 청구인이 신고한 성실신고 확인비용 공제세액 OOO원에 대하여 「조세특례제한법」 제126조의6 제1항 단서의 공제한도(120만원)가 적용된다고 보아, 이를 초과한 OOO원에 대한 세액공제를 부인하여, 2025.12.24. 청구인에게 2023년 귀속 종합소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정ㆍ고지하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2026.1.7. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 「조세특례제한법」 제126조의6 제1항은 명확히 ‘해당 과세연도에 직접 사용한 비용’을 전제로 하고 있는바, 공제 한도 120만원은 당기에 발생한 비용에 적용되는 규정이다.(가) 해당 공제 한도는 당기에 새로 발생한 성실신고 확인비용의 세액공제 한도일 뿐, 이미 발생하여 법에 따라 적법하게 이월된 세액공제액까지 포함하여 제한한다는 문언은 존재하지 않는다.(나) 조세법률주의 원칙상 세액공제 제한은 명문의 규정 없이 확대해석할 수 없는바, 처분청의 해석은 문언을 넘어선 확장 해석이다.
(2) 세액공제 이월제도는 한도 또는 세액 부족으로 당기에 공제받지 못한 세액을 차기 이후 과세연도에 보전해 주기 위한 제도로, 만약 이월된 세액공제액에도 매년 120만원 한도를 적용한다면 이월제도는 사실상 의미를 상실한다.(3) 「조세특례제한법 시행규칙」 별지 제78호 서식(성실신고 확인비용 세액공제 신청서)은 ‘당기 공제세액’으로 당기분 공제 대상세액과 이월분 공제 대상세액을 합산하도록 구조화되어 있는데, 만약 국세청 해석대로 공제한도액을 적용하여야 한다면, 해당 서식에 당기분과 이월분을 명확히 구분하여 각각 한도를 적용하도록 설계되었어야 한다.
(4) 연구ㆍ인력개발비 세액공제 한도(기업규모에 따라 연구개발비의 20∼40%)의 경우, 당기에 발생한 공제액에만 적용되고, 이월된 미공제 세액공제액까지 포함하여 제한하지 않는바, 성실신고 확인비용 세액공제에 대해서만 달리 해석할 합리적 근거가 없다.
(5) 국세청 예규(서면-2023-법인-1430)는 개별 사안에 대한 행정해석에 불과하여 법적 구속력이 없고, 해당 해석은 법문언ㆍ체계와 입법취지를 종합적으로 고려하지 않은 축소해석 또는 과도한 제한해석이므로 이를 근거로 한 과세처분은 위법ㆍ부당하다.
(6) 국세청에서 발간한 조세특례제한법 집행기준에는 “다음의 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다”라고 적시되어 있으며, 이월공제 적용 대상 세액공제에 성실신고 확인비용에 대한 세액공제를 명시하고 있다.
나. 처분청 의견(1) 조세법률주의 원칙상 과세 요건이나 비과세ㆍ감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유없이 확장 해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2009.4.23. 선고 2006두19693 판결 등 참조).(2) 「조세특례제한법」 제126조의6 제1항은 ‘공제받는 금액을 120만원 한도로 한다’고 명시하고 있는바, 법문언상 ‘공제받는 금액’은 해당 과세연도에서 실제로 세액에서 차감되는 총액을 의미하고, 이를 당해연도 발생분으로만 한정하여 해석할 근거가 없다.
(3) 국세청은 다수의 예규(서면-2024-소득-3454 등)를 통해 “이월된 세액공제액을 포함하여 연간 한도를 적용한다”는 일관된 견해를 표명하고 있다.
(4) 성실신고 확인비용 세액공제의 한도 설정은 과도한 세액 감면을 방지하고 적정한 수준의 세수를 확보하는 데 목적이 있고, 이월공제 제도는 당해연도에 한도 초과나 납부세액 부족으로 공제받지 못한 금액에 대하여 향후 공제받을 기회를 부여하는 것일 뿐, 연간 공제 한도 자체를 무력화하여 공제를 무제한 허용하려는 목적은 아니다.
3. 심리 및 판단가. 쟁점성실신고 확인비용 세액공제 시, 공제한도에 전기 이월된 세액공제액까지 합산하여 제한할 수 있는지 여부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인의 2023년 종합소득세 신고시 성실신고 확인비용 당기 발생분(OOO원)의 60%인 OOO원과 2021∼2022년에 미공제되어 이월된 금액 OOO원을 합산하여, 아래 ＜표1＞과 같이 OOO원을 공제하였다.＜표1＞ 당초 청구인이 신고한 성실신고 확인비용 공제세액OOO(2) 청구인의 신고에 대한 처분청의 경정내역은 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 청구인에 대한 2023년 귀속 종합소득세 경정내역OOO(3) 「조세특례제한법 시행규칙」 별지 제78호 서식(성실신고 확인비용 세액공제 신청서)에서는 아래 ＜그림1＞과 같이 당기분 공제 대상세액을 먼저 계산하고, 여기에 이월분을 더하여 당기 공제세액을 산출하도록 하고 있다.＜그림1＞ 성실신고확인비용 세액공제 신청서 서식(세액 산출 부분)OOO(4) 「조세특례제한법」 제144조 제1항 각호에서 이월공제 적용 대상으로 열거된 세액공제 중 연간 한도액이 정해져 있는 세액공제는 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 연간 한도액이 있는 이월공제 대상 세액공제OOO(5) 청구인이 주장하는 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제(「조세특례제한법」 제10조)는 아래 ＜그림2＞와 같이 해당 과세연도의 연구ㆍ인력개발비 등과 기업유형에 따라 법률에서 정하는 비율(20∼50%)을 곱하여 공제금액을 계산하도록 하고 있고, 연간 한도액은 따로 규정하고 있지 아니하다.＜그림2＞ 연구ㆍ인력개발비 세액공제율OOO(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 성실신고 확인비용의 세액공제 한도 120만원이 당기 발생분과 이월분을 합산하여 해당 과세연도에서 실제로 세액에서 차감되는 총액의 한도라는 의견이나, 「조세특례제한법」 제126조의6 제1항은 본문에서 해당 과세연도의 세액공제액 산출 방식을 설명(성실신고 확인비용의 60%)하면서, 단서에서 공제세액의 한도를 규정하고 있으므로, 해당 단서의 규정은 같은 항 본문에서 설명한 당기 발생분에 대한 한도를 정한 것으로 해석하는 것이 문언 및 조문체계에 비추어 합리적인 점, 성실신고 확인비용 세액공제 계산 방식을 규정하고 있는 같은 법 시행규칙 별지 제78호 서식은 공제한도액을 적용한 당기분 공제대상 세액을 먼저 계산하고, 그 당기분 공제대상 세액에 이월된 공제대상 세액을 더하여 당기 공제세액을 산출하도록 하여, 공제한도액의 적용 시점 및 대상을 당기분과 이월분 공제대상 세액을 합산하기 전 당기분에 대한 것으로 정하고 있는 점, 「조세특례제한법」 제144조 제1항의 이월공제 제도는 당해연도에 이미 개별 세액공제 요건을 충족하여 적법하게 성립된 공제대상 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 최저한세액에 미달하는 사정으로 납세자가 이를 공제받지 못한 부분을 10년 이내의 이월된 과세연도에 공제받을 수 있도록 한 제도로, 이월된 과세 연도에 또다시 개별 한도요건을 충족시킬 것을 요구한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 「조세특례제한법」 제126조의6 제1항 단서에서 정한 공제세액의 한도는 당기에 발생한 공제세액의 한도를 의미하는 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.
따라서 처분청이 당기 발생분 외에 이월된 공제세액과의 합계액에 한도를 적용하여 종합소득세를 부과한 이 건 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 조세특례제한법제10조(연구ㆍ인력개발비 세액공제) ① 내국인의 연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
이 경우 제1호 및 제2호는 2029년 12월 31일(제2호의 국가전략기술 중 반도체 분야 기술의 경우 2031년 12월 31일)까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용하며, 제1호 및 제2호를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 그 중 하나만을 적용한다.
1. 연구ㆍ인력개발비 중 미래 유망성 및 산업 경쟁력 등을 고려하여 지원할 필요성이 있다고 인정되는 기술로서 대통령령으로 정하는 기술(이하 “신성장ㆍ원천기술”이라 한다)을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장ㆍ원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장ㆍ원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액가. 기업유형에 따른 비율1) 중소기업에 해당하는 경우 : 100분의 302) 그 밖의 경우 : 100분의 20(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 100분의 25)나.
해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 신성장ㆍ원천기술연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율. 다만, 100분의 10을 한도로 한다.
2. 연구ㆍ인력개발비 중 반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이, 수소, 미래형 운송 및 이동 수단, 바이오의약품, 인공지능 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 분야와 관련된 기술로서 국가안보 차원의 전략적 중요성이 인정되고 국민경제 전반에 중대한 영향을 미치는 대통령령으로 정하는 기술(이하 “국가전략기술”이라 한다)을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “국가전략기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 국가전략기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액가.
기업유형에 따른 비율1) 중소기업에 해당하는 경우 : 100분의 402) 그 밖의 경우 : 100분의 30(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 100분의 35)나. 해당 과세연도의 수입금액에서 국가전략기술연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율(100분의 10을 초과하는 경우에는 100분의 10으로 한다)3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액.
다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 “중견기업”이라 한다)의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50]에 상당하는 금액나.
해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액1) 중소기업인 경우 : 100분의 252) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 다음의 구분에 따른 비율가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 20나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 153) 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 84) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다) 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1제126조의6(성실신고 확인비용에 대한 세액공제) ① 「소득세법」 제70조의2 제1항에 따른 성실신고확인대상사업자 및 「법인세법」 제60조의2 제1항에 따른 성실신고확인대상 내국법인(이하 이 조에서 “성실신고확인대상자”라 한다)이 성실신고확인서를 제출(둘 이상의 업종을 영위하는 「소득세법」 제70조의2 제1항에 따른 성실신고확인대상사업자가 일부 업종에 대해서만 성실신고확인서를 제출한 경우를 포함한다)하는 경우에는 성실신고 확인에 직접 사용한 비용의 100분의 60에 해당하는 금액을 해당 과세연도의 소득세[사업소득(「소득세법」 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.
다만, 공제세액의 한도는 120만원(「법인세법」 제60조의2 제1항에 따른 성실신고확인대상 내국법인의 경우에는 150만원)의 범위에서 대통령령으로 정한다.② 제1항을 적용받은 성실신고확인대상자가 해당 과세연도의 사업소득금액(법인인 경우에는 「법인세법」 제13조에 따른 과세표준을 말한다. 이하 이 조에서 “사업소득금액등”이라 한다)을 과소 신고한 경우로서 그 과소 신고한 사업소득금액등이 경정(수정신고로 인한 경우를 포함한다)된 사업소득금액등의 100분의 10 이상인 경우에는 제1항에 따라 공제받은 금액에 상당하는 세액을 전액 추징한다.③ 제2항에 따라 사업소득금액등이 경정된 성실신고확인대상자에 대해서는 경정일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도부터 3개 과세연도 동안 성실신고 확인비용에 대한 세액공제를 하지 아니한다.제132조(최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제) ① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 「법인세법」 제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(「법인세법」 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 제100조의32에 따른 투자ㆍ배당 및 상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(이하 이 조에서 “과세표준”이라 한다)에 100분의 17[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 12, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]을 곱하여 계산한 세액(이하 “법인세 최저한세액”이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.
3. 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제13조의3, 제19조 제1항, 제24조, 제25조의6부터 제25조의8까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제29조의8, 제30조의3, 제30조의4, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제99조의12, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의22, 제104조의25, 제104조의30, 제104조의35, 제122조의4 제1항 및 제126조의7 제8항에 따른 세액공제금액② 거주자의 사업소득(제16조를 적용받는 경우에만 해당 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다.
이하 이 항에서 같다)과 비거주자의 국내사업장에서 발생한 사업소득에 대한 소득세(가산세와 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며 사업소득에 대한 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 소득세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 사업소득에 대한 산출세액에 100분의 45(산출세액이 3천만원 이하인 부분은 100분의 35)를 곱하여 계산한 세액(이하 “소득세 최저한세액”이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.
3. 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3 제3항, 제10조, 제12조 제2항, 제19조 제1항, 제24조, 제25조의6, 제25조의8, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제29조의8, 제30조의3, 제30조의4, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제99조의12, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의25, 제104조의30, 제122조의3, 제122조의4 제1항, 제126조의3 제2항 및 제126조의7 제8항에 따른 세액공제금액제144조(세액공제액의 이월공제) ① 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제13조의3, 제19조 제1항, 제24조, 제25조의6부터 제25조의8까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제29조의8, 제30조의3, 제30조의4, 제96조의3, 제99조의12, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의22, 제104조의25, 제104조의30, 제104조의32, 제104조의35, 제122조의4 제1항, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제96조의3 및 제126조의6을 적용하는 경우에는 「소득세법」 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제13조의3, 제19조 제1항, 제24조, 제25조의6부터 제25조의8까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제29조의8, 제30조의3, 제30조의4, 제96조의3, 제99조의12, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의22, 제104조의25, 제104조의30, 제104조의32, 제104조의35, 제122조의4 제1항, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다.
(2) 조세특례제한법 시행령제121조의6(성실신고 확인비용에 대한 세액공제) ① 법 제126조의6 제1항 단서에 따른 공제세액의 한도는 다음 각 호의 구분에 따른다.1. 「소득세법」 제70조의2 제1항에 따른 성실신고확인대상사업자의 경우 : 120만원2. 「법인세법」 제60조의2 제1항에 따른 성실신고확인대상 내국법인의 경우 : 150만원(3) 소득세법제70조의2(성실신고확인서 제출) ① 성실한 납세를 위하여 필요하다고 인정되어 수입금액이 업종별로 대통령령으로 정하는 일정 규모 이상의 사업자(이하 “성실신고확인대상사업자”라 한다)는 제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때에 같은 조 제4항 각 호의 서류에 더하여 제160조 및 제161조에 따라 비치ㆍ기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 사업소득금액의 적정성을 세무사 등 대통령령으로 정하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 확인하고 작성한 확인서(이하 “성실신고확인서”라 한다)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
