연구개발비환수금 납부명령처분 취소청구

1. 사건개요 및 인정사실가. 피청구인은 국가연구개발사업에 관한 농림축산식품부장관의 업무를 대행하는 전문기관이고, 재단법인

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○사업단(이하 ‘이 사건 사업단’이라 한다)은 피청구인으로부터 국가연구개발사업인‘스마트팜 다부처 패키지 혁신기술개발사업’의 과제 관리, 과제별 연구개발비 정산 등의 업무를 위탁받은 공익 재단법인이다.

나. 피청구인, 이 사건 사업단, A 주식회사 농업회사법인, B 기술원, 주식회사 C, 주식회사 D(이하 ‘D 회사’라 한다)은 2021. 4. 7. ‘스마트팜 다부처 패키지 혁신기술개발사업’의 ‘가축 성장생산 모델 기반 사양환경경영 관리 인공지능 플랫폼 개발 과제’(이하 ‘이 사건 과제’)의 수행에 관한 협약(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다)을 체결하였는데, 주요 내용은 다음과 같다.- 다 음 -ㅇ 주관연구개발기관 : A 주식회사 농업회사법인ㅇ 공동연구개발기관 : B 기술원, 주식회사 C, D 회사ㅇ 연구개발기간 및 연구개발비<img src="/LSA/flDownload.do?flSeq=169136299"></img>다.

청구인은 2024. 4. 24. 이 사건 사업단장의 승인을 받아 D 회사의 공동연구개발기관의 지위를 승계하였는데, 청구인의 2024. 3. 8.자 협약변경동의서에 ‘변경 전 과제진행 상황 및 향후 과제수행에 필요한 일체의 사항을 인수받아 이를 충실히 인지하고, 동 과제가 당초 협약내용대로 원활히 수행될 수 있도록 연구개발기관의 연구책임자로서 일체의 권한과 의무를 승계하여 관계규정에 의거 제반업무를 성실히 수행할 것을 서약합니다’라고 기재되어 있다.

라. 피청구인은 이 사건 과제의 2단계(2023년~2024년) 연구개발이 종료됨에 따라 사업비 정산을 실시하여 D 회사가 집행한 2023년도 사업비 중 5,454만 5,111원에 대해 증빙 미비를 이유로 불인정 처리를 하고, 2025. 11. 20. 청구인에게 5,454만 5,111원을 반납할 것을 통보(이하 ‘이 사건 통보’라 한다)하였다.

2. 청구인 주장가. 피청구인은 이 사건 통보를 통해 청구인에게 불인정 금액 납부명령을 하였고, 미납부 시 「국가연구개발혁신법」 제32조에 따른 참여제한 등 행정적 제재를 하겠다고 고지한 점, 이 사건 통보로 인하여 청구인은 금전 납부라는 구체적이고 현실적인 법률상 의무를 부담하게 되어 법률상 지위에 직접적 변동이 초래되는 점 등을 고려하면, 이 사건 통보는 행정처분에 해당한다.

나. 청구인이 2024. 3. 8. D 회사와 체결한 ‘포괄사업양도·양수 계약’은 특정 과제에 대한 권리와 성과물을 양도·양수한다는 것일 뿐 청구인이 D 회사의 모든 권리·의무까지 포괄적으로 승계한다는 것은 아니므로, 2023년에 집행된 연구개발비의 정산 책임은 실질적 집행주체인 D 회사에게 귀속되어야 한다. 또한 당초 연구개발비 통합관리시스템(Ezbaro)에 D 회사와 청구인의 회계가 분리되어 표시되어 있었음에도 이를 통합하여 청구인에게 정산 책임을 묻는 것은 신뢰보호의 원칙에 위배되고, 회계 통합과정에서 청구인에게 의견진술 기회도 부여하지 않아 절차적 하자도 있다. 따라서 이 사건 통보는 위법·부당하므로 취소되어야 한다.

3. 관계법령행정심판법 제2조, 제3조국가연구개발혁신법 제2조, 제11조, 제13조, 제31조, 제32조, 제34조4. 이 사건 심판청구의 적법 여부가. 관계법령의 내용별지 기재와 같다.

나. 판 단1) 행정청의 어떤 행위가 행정심판의 대상이 될 수 있는지의 문제는 추상적·일반적으로 결정할 수 없고, 구체적인 경우 행정처분은 행정청이 공권력의 주체로서 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서 국민의 권리의무에 직접적으로 영향을 미치는 행위라는 점을 염두에 두고, 관련 법령의 내용과 취지, 그 행위의 주체·내용·형식·절차, 그 행위와 상대방 등 이해관계인이 입는 불이익과의 실질적 견련성, 그리고 법치행정의 원리와 당해 행위에 관련한 행정청 및 이해관계인의 태도 등을 참작하여 개별적으로 결정하여야 한다(대법원 2011. 6. 10. 선고 2010두7321 판결 참조). 다만, 행정심판의 대상이 되는 처분에 해당하려면 행정청이 우월한 지위에서 일방적으로 행하는 공권력 행사이어야 하므로, 계약관계의 일방 당사자로서 대등한 지위에서 그 계약에 근거하여 행하는 의사표시는 이에 해당하지 아니한다(대법원 2014. 4. 24. 선고 2013두6244 판결, 대법원 2015. 8. 27. 선고 2015두41449 판결 등 참조).2) 이 사건 과제는 중앙행정기관이 법령에 근거하여 연구개발을 위해 예산 또는 기금을 지원하는 국가연구개발사업 과제로 「국가연구개발혁신법」의 적용을 받는다.

이 사건 협약은 같은 법 제11조에 따라 연구개발기관으로 선정된 청구인 등과 피청구인이 체결한 계약으로서, 이 사건 협약에 따른 법률관계가 피청구인의 일방적인 공권력 행사에 따라 형성된 것이라고 볼 수 없고, 이 사건 협약은 대등한 당사자 사이의 의사표시 합치를 통해 체결된 공법상 계약의 성격을 가진다고 볼 수 있다.3) 이 사건 통보와 관련하여 「국가연구개발혁신법」은 제13조제7항에서 ‘중앙행정기관의 장은 연구개발과제의 각 단계가 종료된 날부터 3개월 이내에 연구개발비 정산을 실시하여야 하며, 정산 결과에 따라 연구개발비의 회수 등 필요한 조치를 할 수 있다.’고 규정하고 있기는 하나, 이와 별개로 연구개발비의 사용용도 또는 사용기준을 위반하여 연구개발비를 사용한 행위를 ‘부정행위’로 분류하면서(제31조제1항제2호), 중앙행정기관의 장이 위와 같은 부정행위를 하거나 정당한 사유 없이 제13조제7항에 따른 연구개발비 회수 금액을 납부하지 않은 연구개발기관에 대하여 국가연구개발활동에의 참여 제한 및 연구개발비의 일정 배수 범위 내에서 제재부가금 부과의 제재처분을 할 수 있다고 규정하고 있고(제32조제1항제3호, 제6호), 위 제재처분과 함께 제재사유와 관련된 연구개발비를 환수할 수 있다고도 규정하고 있다.

그리고 연구개발기관이 위 법 제13조제7항에 근거한 ‘정산에 따른 연구개발비의 회수’ 통보에 불응한 경우에 관하여는 별다른 즉시강제 등의 행정상 제재수단이 규정되어 있지 않으나(단지 그로 인하여 제32조에서 정한 제재처분의 부과가 비로소 가능해질 뿐이다), 제32조제1항·제3항에 근거한 ‘제재부가금 부과처분’ 및 ‘환수처분’에 불응한 경우에 관하여는 독촉 및 국세 체납처분의 예에 따라 징수한다라는 강제징수 방법이 제34조에 규정되어 있다.4) 이러한 사정을 고려할 때, 이 사건 통보는 연구개발비 환수처분이 행정상 제재조치에 해당하는 것과 다르게, 공권력의 일방적인 행사에 앞서 대등한 당사자 사이에서 체결된 이 사건 협약이 예정하는 정산절차의 일부로서 부당 집행된 금액의 액수를 알리고 이를 자발적으로 반납할 것을 통보하는 행위에 불과하다고 보일 뿐, 피청구인이 우월적 지위에서 일방적으로 행하는 공권력의 행사나 이에 준하는 행정작용에 해당한다고 보기 어렵다.

따라서 청구인이 피청구인을 상대로 정산금 채무의 부존재확인을 구하는 당사자소송 등을 제기할 수 있음은 별론으로 하고, 이 사건 심판청구는 행정심판의 대상이 아닌 사항을 대상으로 하여 부적법하다.

5. 결 론그렇다면 이 사건 심판청구는 심판청구요건을 갖추지 못한 부적법한 청구이므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 재결한다.