「상법」 제64조에서 상행위로 인한 채권은 본법에 다른 규정이 없는 때에는 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성하고, 다만 다른 법령에 이보다 단기의 시효의 규정이 있는 때에는 그 규정에 의한다고 규정하고, 「민법」 제163조 제6호에서 ‘생산자 및 상인이 판매한 생산물 및 상품대가’로 인한 채권은 3년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성한다고 규정하고 있습니다. 민법 제163조 제6호에서 ‘상인이 판매한 상품대가’에 대하여 단기소멸시효를 규정한 이유는 위 채권은 거래단계에서 빈번히 발생하여 통상 그 추심이나 변제를 지체하는 경우가 드물어 이를 신속하게 확정시키는 것이 거래의 실정에 맞기 때문입니다.
하지만 단기소멸시효적용을 받는 채권의 채권자에게 불이익이 크다는 점을 고려할 때 이를 제한적으로 해석할 필요가 있어, 위 법조항에 정한 ‘상인이 판매한 상품대가’는 상인이 영리를 목적으로 계속, 반복적으로 상품을 판매하는 경우 그 상품의 대가라는 의미로 해석하고 있습니다(인천지방법원 2004. 11. 12. 선고 2004가합3341 판결).한편, 농업협동조합법 제5조에서 조합과 중앙회는 그 업무수행시 조합원이나 회원을 위하여 최대한 봉사하여야 하고, 조합과 중앙회는 일부조합원이나 일부회원의 이익에 편중되는 업무를 하여서는 아니 되며, 조합과 중앙회는 설립취지에 반하여 영리나 투기를 목적으로 하는 업무를 하여서는 아니 된다고 규정하고 있습니다.
그러므로 위 사안에서 甲의 乙농협에 대한 물품대금채무도 그 소멸시효기간이 3년에 해당되는지 문제되는데, 농업협동조합이 민법 제163조 제6호 소정의 ‘상인’에 해당하는지에 관하여 판례를 보면, 농업협동조합법에 의하여 설립된 조합이 영위하는 사업의 목적은 조합원을 위하여 차별 없는 최대의 봉사를 함에 있을 뿐 영리를 목적으로 하는 것이 아니므로, 조합이 그 사업의 일환으로 조합원이 생산하는 물자의 판매사업을 한다 하여도 조합을 상인이라 할 수는 없고, 따라서 그 물자의 판매대금채권은 3년의 단기소멸시효가 적용되는 민법 제163조 제6호 소정의 ‘상인이 판매한 상품의 대가’에 해당하지 아니한다고 하였습니다(대법원 2000. 2. 11. 선고 99다53292 판결).따라서 농업협동조합은 민법 제163조 제6호의 상인 또는 그에 준하는 것이라고 할 수 없으므로 乙농협의 甲에 대한 사료대금채권은 ‘생산자 및 상인이 판매한 생산물 및 상품의 대가’라고 할 수 없고 3년의 단기소멸시효에 해당되지 않을 것입니다.그러나 판례에서는, 당사자 쌍방에 대하여 모두 상행위가 되는 행위로 인한 채권뿐만 아니라 당사자 일방에 대하여만 상행위에 해당하는 행위로 인한 채권도 상법 제64조에서 정하는 5년의 소멸시효기간이 적용되는 상사채권에 해당하는 것이고, 그 상행위에는 상법 제46조 각호에 해당하는 기본적 상행위뿐만 아니라, 상인이 영업을 위하여 하는 보조적 상행위도 포함되는 것이며, 상인의 행위는 영업을 위하여 하는 것으로 추정된다고 하였으며(대법원 2010. 3. 11. 선고 2009다100098 판결), 축산업협동조합이 양계업을 영위하는 조합원에게 사료를 판매한 행위가 조합원의 구매사업의 하나에 해당하더라도 상인인 조합원이 영업을 위하여 하는 사료의 구매에 해당하므로 그 상거래행위는 상행위라고 보아야 할 것이고 따라서 그 외상대금채권은 상사채권이라고 하였습니다(대법원 1993. 3. 9. 선고 92다44329 판결).그러므로 위 사안에서도 甲이 영위하는 축산업이 상행위에 해당된다면 甲의 乙농협에 대한 사료대금채무는 그 소멸시효기간이 5년이라고 보아야 할 듯합니다.참고로 수산업협동조합은 상인이 아니어서 그의 거래행위는 상행위라 할 수 없으나, 수산업협동조합에 의하여 지정된 중매인이 그 협동조합과의 거래약정 등에 따라 그 협동조합으로부터 수산물을 다른 사람들에게 전매하기 위하여 매수하는 것은 상인으로서 한 상행위가 된다고 하면서, 상법 제64조의 상사시효를 적용한 사례가 있습니다(대법원 2001. 1. 5. 선고 2000다50817 판결).