제3자가 지상권설정자에 대하여 해당 토지를 사용·수익할 수 있는 채권적 권리를 가지고 있는 경우 이로써 지상권자에 대항할 수 있는지 여부에 관하여 판례를 보면, 토지에 관하여 저당권을 취득함과 아울러 그 저당권의 담보가치를 확보하기 위하여 지상권을 취득하는 경우, 특별한 사정이 없는 한 그 지상권은 저당권이 실행될 때까지 제3자가 용익권을 취득하거나 목적 토지의 담보가치를 하락시키는 침해행위를 하는 것을 배제함으로써 저당 부동산의 담보가치를 확보하는 데에 그 목적이 있다고 할 것이므로, 제3자가 저당권의 목적인 토지 위에 건물을 신축하는 경우에는, 그 제3자가 지상권자에게 대항할 수 있는 권원을 가지고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 지상권자는 그 방해배제청구로서 신축중인 건물의 철거와 대지의 인도 등을 구할 수 있다고 할 것이며(대법원 2004. 3. 29.자 2003마1753 결정 참조), 한편, 물권은 법률 또는 관습법에 의하는 외에는 임의로 창설하지 못하는 것이므로( 민법 제185조), 지상권설정등기가 경료되면 그 지상권의 내용과 범위는 등기된 바에 따라서 대세적인 효력이 발생하고, 제3자가 지상권설정자에 대하여 해당 토지를 사용·수익할 수 있는 채권적 권리를 가지고 있다고 하더라도 이러한 사정만으로 지상권자에 대항할 수는 없다고 할 것이라(대법원 2008. 2. 15. 선고 2005다47205 판결)고 하고 있습니다.
사안의 경우 귀하는 장차 신축되는 건물에 관하여도 추가로 근저당권을 설정하겠다는 약정을 전제로 하여 甲에게 이러한 약정이행에 필요한 범위 내에서 이 사건 토지를 사용하는 것을 용인한 것일 뿐이고, 제3자인 乙이 건축주로서 신축건물의 소유권을 취득하는 것까지를 용인한 것으로는 볼 수 없으므로, 위 지상권 설정 당시에 이미 신축건물 중 일부가 현존하고 있었다고 하더라도 乙이 귀하의 지상권에 대항할 수 있는 다른 권원을 가지고 있지 아니한 이상 귀하는 乙에게 지상권에 기한 건물철거 및 대지인도청구를 할 수 있습니다.