미등기토지의 소유권보존등기는 토지대장 또는 임야대장에 최초소유자로 등록되어 있는 자 또는 그 상속인, 그 밖의 포괄승계인, 확정판결에 의하여 자기소유권을 증명하는 자, 수용으로 인한 소유권취득을 증명하는 자가 신청할 수 있는데(부동산등기법 제65조), 그 중 ‘확정판결에 의하여 자기소유권을 증명하는 자’가 되기 위해서 하는 국가에 대한 토지소유권확인청구는 그 토지가 미등기이고 토지대장이나 임야대장상에 등록명의자가 없거나, 등록명의자가 누구인지 알 수 없을 경우, 그 밖에 국가가 등기 또는 등록명의자인 제3자의 소유를 부인하면서 계속 국가소유를 주장하는 등 특별한 사정이 있는 경우에 한하여 그 확인의 이익이 있는데(대법원 2009. 10. 15. 선고 2009다48633 판결), 미등기부동산 점유취득시효의 효과에 관하여 판례를 보면, 민법 제245조 제1항의 취득시효기간완성만으로 소유권취득효력이 바로 생기는 것이 아니라, 이를 원인으로 하여 소유권취득을 위한 등기청구권이 발생할 뿐이고, 미등기부동산의 경우라고 하여 취득시효기간완성만으로 등기 없이도 점유자가 소유권을 취득한다고 볼 수 없다고 하였으므로(대법원 2006. 9. 28. 선고 2006다22074, 22081 판결), 미등기부동산에 대한 점유시효취득자는 채권적 청구권인 부동산소유권이전등기청구권을 가진 자에 불과하고 소유자가 아니므로 국가를 상대로 소유권확인소송을 제기할 수 없다고 할 것입니다.
나아가 미등기토지의 점유시효취득자가 위와 같은 취득시효완성을 이유로 소유권이전등기청구를 하려면 시효완성당시 소유자를 상대로 하여야 하므로(대법원 1999. 2. 23. 선고 98다59132 판결 등), 미등기부동산의 경우에도 토지(또는 임야)조사서, 일제시대 관보 등의 가능한 자료를 모두 찾아서라도 현재소유자(또는 상속인)를 찾아낸 다음 그 소유자를 대위하여 소유권보존등기를 하여야 하는 것이 원칙적인 방법일 것입니다.(구체적으로 소유자 및 국가 양쪽 모두를 피고로 국가에게는 소유자를 대위하여 소유권확인청구의 소를, 소유자에게는 소유권이전등기청구의 소를 제기해야 할 것임) 문제는 가능한 모든 자료를 찾아보아도 소유자 또는 그 상속인이 누구인지 알 수 없는 등 사정으로 인하여 위 원칙적인 방법이 불가능할 경우, 그 토지소유권을 취득할 다른 방법이 있는지 여부입니다.
한편 소유자 없는 부동산은 국유로 되고(민법 제252조 제2항), 그러한 부동산이 국유재산법상 “무주부동산”의 요건을 갖춘 이상(예컨대 소유자가 행방불명인 경우, 민법 제1053 내지 1058조의 국가귀속절차를 거쳐야 함) 총괄청이나 중앙관서의 장은 소유자 없는 부동산을 국유재산으로 취득하는데(국유재산법 제12조 제1항, 제2항), 이러한 국유재산은 행정재산(공용재산, 공공용재산, 기업용재산, 보존용재산)과 일반재산으로 구분되고(국유재산법 제6조) 이 중 행정재산은 민법 제245조에도 불구하고 시효취득대상이 되지 아니합니다(국유재산법 제7조 제2항). 그런데 판례를 보면, 구 부동산등기법 제130조 제2호(법률 제10580호로 전부 개정되어 2011. 10. 13.부터 시행되는 현행 부동산등기법 제65조 제2호)에서 정한 판결은 그 내용이 신청인에게 소유권이 있음을 증명하는 확정판결이면 족하고, 그 종류에 관하여 아무런 제한이 없어 반드시 확인판결이어야 할 필요는 없고, 이행판결이든 형성판결이든 관계가 없으며, 또한 화해조서 등 확정판결에 준하는 것도 포함한다고 하였고(대법원 1994. 3. 11. 선고 93다57704 판결), 등기선례는 대장상 소유자미복구인 미등기토지에 대하여 국가를 상대로 한 소송에서 시효취득을 원인으로 한 소유권이전등기절차이행판결이 확정된 경우 원고는 그 판결에 따라서 국가를 대위할 필요 없이 직접 자기명의로 소유권보존등기를 신청할 수 있다고 한 바 있습니다(등기선례 4-220 1994. 3. 16. 제정). 요컨대 소유자 또는 그 상속인이 누구인지 알 수 없는 등의 경우에는, 만일 당해 부동산이 적법한 절차에 의해 행정재산이 된 경우라면 애초에 점유취득시효가 성립할 수 없어 그에 기한 권리를 행사할 여지가 없는 것이며(다만 당해 부동산이 국유재산법 제40조에 기해 용도폐지가 되었다면 다시 시효취득의 대상이 될 수 있습니다.), 반면 시효취득이 가능한 국유재산이라면, 이를 점유시효취득한 자가 해당 부동산의 소유권을 취득하게 된 국가를 상대로 시효취득을 원인으로 한 부동산소유권이전등기청구의 소를 제기하고 그 이행판결을 받아 직접 자기명의로 소유권보존등기를 신청해볼 수 있을 것입니다.