대법원은 특별조치법에 따른 등기의 추정력에 대하여 부동산소유권이전등기 등에 관한 특별조치법(1992. 11. 30. 법률 제4502호, 실효, 이하 ‘특별조치법’이라 한다)에 의하여 마쳐진 등기는 그 법 소정의 적법한 절차에 따라 마쳐진 것으로서 실체적 권리관계에 부합하는 등기로 일응 추정된다고 할 것이므로, 특별조치법에 의하여 경료된 소유권이전등기의 말소를 구하려는 자는 위 법 소정의 보증서나 확인서가 허위 작성 내지 위조되었다든가 그 밖에 다른 사유로 인하여 그 이전등기가 적법하게 이루어진 것이 아니라는 주장과 입증을 하여야 하는 것이고, 나아가 허위의 보증서나 확인서라 함은 권리변동의 원인에 관한 실체적 기재 내용이 진실에 부합하지 않는 것을 의미하며, 위 법에 의한 소유권이전등기는 소유 명의인으로부터 직접 양수한 경우뿐만 아니라 제3자를 거쳐 양수한 경우에도 허용된다고 합니다.
(대법원 2011. 2. 24. 선고 2010다88477 판결) 또한 대법원은 구 임야소유권이전등기등에관한특별조치법(실효, 이하 '특별조치법'이라 한다)에 따라 등기를 마친 자가 보증서나 확인서에 기재된 취득원인이 사실과 다름을 인정하더라도 그가 다른 취득원인에 따라 권리를 취득하였음을 주장하는 때에는, 특별조치법의 적용을 받을 수 없는 시점의 취득원인 일자를 내세우는 경우와 같이 그 주장 자체에서 특별조치법에 따른 등기를 마칠 수 없음이 명백하거나 그 주장하는 내용이 구체성이 전혀 없다든지 그 자체로서 허구임이 명백한 경우 등의 특별한 사정이 없는 한 위의 사유만으로 특별조치법에 따라 마쳐진 등기의 추정력이 깨어진다고 볼 수는 없으며, 그 밖의 자료에 의하여 새로이 주장된 취득원인 사실에 관하여도 진실이 아님을 의심할 만큼 증명되어야 그 등기의 추정력이 깨어진다고 하였습니다.
(대법원 2001. 11. 22. 선고 2000다71388 전원합의체 판결)따라서 특별조치법이 부동산의 사실상의 양수인에 대하여 그 권리 변동 과정과 일치하지 않는 등기를 허용하는 것임에 비추어 보증서나 확인서상의 매도인 명의가 실제와 달리 되어 있거나, 매수일자의 기재나 매매경위 등이 실제의 권리변동 과정과 다소 일치하지 아니한 경우와 보증서에 구체적 권리 변동 사유의 기재가 생략되고 현재의 권리 상태에 대해서만 기재되어 있다 하더라도 그것만으로는 바로 그 등기의 적법추정력이 깨어진다고 할 수 없을 것입니다.