가등기에 의한 본등기의 순위에 관하여 부동산등기법에서 가등기에 의한 본등기를 한 경우 본등기의 순위는 가등기의 순위에 따른다고 규정하고 있으며(부동산등기법 제91조), 가등기에 의하여 보전되는 권리를 침해하는 가등기 이후 등기의 직권말소에 관하여, 등기관은 가등기에 의한 본등기를 하였을 때에는 대법원규칙으로 정하는 바에 따라 가등기 이후에 된 등기로서 가등기에 의하여 보전되는 권리를 침해하는 등기를 직권으로 말소하여야 하고(부동산등기법 제92조 제1항), 등기관이 제1항에 따라 가등기 이후의 등기를 말소하였을 때에는 지체 없이 그 사실을 말소된 권리의 등기명의인에게 통지하여야 한다고 규정하고 있습니다(부동산등기법 제92조 제2항). 그리고 혼동(混同)으로 인한 물권의 소멸에 관하여 민법에서 동일한 물건에 대한 소유권과 다른 물권이 동일한 사람에게 귀속한 때에는 다른 물권은 소멸하지만, 그 물권이 제3자의 권리의 목적이 된 때에는 소멸하지 아니한다고 규정하고 있으며(민법 제191조 제1항), 혼동의 요건과 효과에 관하여, 채권과 채무가 동일한 주체에 귀속한 때에는 채권은 소멸하나, 그 채권이 제3자의 권리의 목적인 때에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있습니다(민법 제507조).그런데 명의신탁자가 장차 소유권이전등기청구권보전을 위한 가등기를 마친 후 가등기와는 상관없이 소유권이전등기를 넘겨받은 경우, 가등기에 기초한 본등기청구권이 혼동으로 소멸되는지 판례를 보면, 채권은 채권과 채무가 동일한 주체에 귀속한 때에 한하여 혼동으로 소멸하는 것이 원칙이므로, 어느 특정의 물건에 관한 채권을 가지는 자가 그 물건의 소유자가 되었다는 사정만으로는 채권과 채무가 동일한 주체에 귀속한 경우에 해당한다고 할 수 없어 그 물건에 관한 채권이 혼동으로 소멸하는 것은 아닌데, 토지를 명의수탁자에게 명의신탁하고 장차의 소유권이전청구권보전을 위하여 자신의 명의로 가등기를 마친 명의신탁자가 명의수탁자에 대하여 가지는 가등기에 기초한 본등기청구권은 채권으로서, 명의신탁자가 명의수탁자를 상속하거나 명의수탁자의 가등기에 기초한 본등기절차이행의무를 인수하지 아니하는 이상, 명의신탁자가 가등기에 기초한 본등기절차에 의하지 아니하고 명의수탁자로부터 별도의 소유권이전등기를 받았다고 하여 혼동의 법리에 의하여 명의신탁자의 가등기에 기초한 본등기청구권이 소멸하는 것은 아니라고 하였으며, 부동산에 관한 소유권이전청구권보전을 위한 가등기 이후에 다른 가압류등기가 행해졌다면, 그 가등기에 기초한 본등기절차에 의하지 아니하고 별도로 가등기권자명의의 소유권이전등기가 되었다고 하여 가등기권리자와 의무자 사이의 가등기약정상 채무의 본래취지에 따른 이행이 종료되었다고 할 수는 없으니, 특별한 사정이 없는 한, 가등기권자는 가등기의무자에 대하여 그 가등기에 기초한 본등기절차이행을 청구할 수도 있다고 하였습니다(대법원 1995. 12. 26. 선고 95다29888 판결).따라서 위 사안에 있어서도 丙·丁의 가압류가 있는 경우에는 甲이 위 부동산의 소유권이전등기를 받았다고 하여도 위 가등기가 혼동으로 소멸되었다고 할 수는 없을 것이며, 甲은 가등기에 기초한 본등기절차이행청구를 할 수 있을 것으로 보입니다.
그리고 가등기에 기초한 본등기가 행해지면 가등기 이후의 丙·丁의 가압류 및 甲의 소유권이전등기가 모두 직권말소 될 것으로 보입니다.참고로 위와 같이 가등기권자가 별도의 소유권이전등기를 이전받았더라도, 가등기 이후에 가등기된 목적물에 관하여 제3자 앞으로 처분제한등기가 되어 있거나 중간처분등기가 되어 있지 않고 가등기와 소유권이전등기의 등기원인도 실질상 동일하다면, 가등기의 원인이 된 가등기의무자의 소유권이전등기의무는 그 내용에 좇은 의무이행이 완료되었다 할 것이어서 가등기에 의하여 보전될 소유권이전등기청구권은 소멸되었다고 보아야 하므로, 가등기권자는 가등기의무자에 대하여 더 이상 그 가등기에 기한 본등기절차이행을 청구할 수 없는 것입니다(대법원 2007. 2. 22. 선고 2004다59546 판결).