폐기물처리 조치명령 취소청구

1. 사건개요가. K항 자유무역지역 동측 배후단지에 소재한 ***번지(면적 16,671.4㎡, 이하 ‘이 사건 토지’라 한다)는 국유지로서 관리청은 해양수산부이고, 청구인은 해양수산부 소속기관으로 국가관리무역항인 Y항과 K항의 운영·관리를 총괄하고 있다.

나. 폐기물수집·운반업체인 A회사는 이 사건 토지를 임대받아 그 지상에 창고시설(가동~마동, 이하 ‘이 사건 창고’라 한다)을 설치하여 2016. 9. 20.과 2019. 4. 23. 소유권을 취득하였고, Z회사는 ‘2023. 1. 19. 강제경매로 인한 매각’을 원인으로 이 사건 창고의 소유권을 취득하였다.다. Z회사가 불법 폐기물 신고 민원을 제기하여 피청구인이 2023년 3월경 이 사건 창고를 현장 조사한 결과, 폐지 약 2,000톤, 폐광재 약 20,000톤의 폐기물(이하 ‘이 사건 폐기물’이라 한다)이 불법 적치된 사실을 확인하였다.

라. 피청구인은 A회사에게 2023. 5. 18. 「폐기물관리법」 제60조에 따라 경고처분, 2024. 4. 30. 같은 법 제48조에 따라 폐기물처리 조치명령(이행기한 2024. 5. 31.)을 하였으나, A회사는 이를 이행하지 않았다.

마. 피청구인은 청구인이 「폐기물관리법」 제48조제1항제9호의 부적정처리폐기물이 버려지거나 매립된 토지의 소유자라는 이유로 2025. 7. 8. 청구인에게 「폐기물관리법」 제13조에 따른 폐기물 처리기준을 위반한 이 사건 폐기물을 2026. 1. 8.까지 적정 조치하도록 조치명령(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

2. 청구인 주장가. 「폐기물관리법」 제48조제1항 각 호에 규정된 조치명령대상자에 토지소유자가 포함되어 있다고 하더라도 실질적 처리의무자가 존재하지 않을 경우 최후적·보충적으로 적용되는 예외규정으로 보아야 하고(헌재 2010. 5. 27. 2007헌바53 참조), 이 사건 폐기물의 직접적 원인제공자 및 승계인이 명확히 확인됨에도 불구하고 단순히 토지소유권만 보유한 청구인에게 동일한 책임을 병렬적으로 부과하는 것은 과잉금지원칙에 위반되어 재량권의 일탈·남용에 해당하므로 위법·부당하다.나.

2025. 3. 25. 개정되어 2026. 3. 26. 시행 예정인 「폐기물관리법」 제48조는 부적정폐기물 조치명령대상자가 둘 이상인 경우 우선순위를 정하여 선량한 토지소유자를 보호하려고 하는데 이 사건 처분은 이러한 입법취지에 반한다. 청구인이 판단하는 조치명령대상자 우선순위는 1순위가 폐광재를 투기한 B회사와 C회사이고, 2순위가 A회사이며, 3순위가 「폐기물관리법」 제17조제9항에 따라 이 사건 창고를 인수한 Z회사이며, 4순위가 이 사건 토지의 실질적 운영·관리권자인 K항만공사이다.

다. 청구인은 「항만공사법」 제6조에 따라 K항만공사에 항만시설관리권을 출자하였고, 이에 따라 K항만공사가 자유무역지역 내 입주계약, 임대료 징수, 출입 관리 등의 업무를 수행하고 있어 실질적 토지소유자의 지위에 있다고 할 것이므로, 청구인이 「폐기물관리법」 제48조제1항제9호의 ‘토지 사용을 허용한 토지소유자’에 해당한다고 볼 수 없다.

라. 따라서 이 사건 폐기물의 발생 배경과 당사자 간의 권리관계, 법률적 요소 등을 면밀히 고려하여 폐기물처리 주체가 결정되어야 할 것이므로, 단순히 토지소유자라는 이유만으로 청구인에게 실질적 책임자와 동일한 의무를 부과한 이 사건 처분은 위법·부당하다.

3. 피청구인 주장가. 「폐기물관리법」 제48조제1항제9호에 부적정처리폐기물 조치명령대상자로 토지소유자가 규정되어 있고, 토지소유자에 대해서 실질적 처리의무자가 존재하지 않을 경우 보충적으로 적용된다는 규정은 없다.

나. 헌법재판소는 구 「폐기물관리법」 제45조제1항제3호(1999. 2. 8. 법률 제5865호로 개정되고, 2007. 4. 11. 법률 제8371호로 개정되기 전의 것) 등 위헌소원에서 ‘직접적인 오염원인자 이외에 폐기물이 방치된 토지의 소유자에게도 폐기물 처리책임을 확장하여 인정하는 것은 입법 목적으로 달성하는데에 효과적인 방법이다’라고 판시한 바 있다(헌재 2010. 5. 27. 2007헌바53 참조).다. 피청구인은 토지소유자인 청구인뿐만 아니라 이 사건 폐기물의 직접적 원인제공자(A회사, B회사, C회사) 및 권리·의무승계자(Z회사)에게도 동시에 조치명령을 하였으므로 청구인에게만 특별한 희생을 강요한 것이 아니다. 또한 행정기관이라고 하여 일반인의 토지소유자에게 적용되는 위 규정을 배제하는 것이 오히려 특혜이다.

라. 청구인은 국가기관으로 K항 항만배후단지 내 토지소유자(관리청)이고, 「항만공사법」에 따라 K항만공사에 대한 지도·감독권을 가지고 있으며, 청구인이 주장하는 조치명령대상자 우선순위에 관한 개정 규정은 2026. 3. 26. 시행될 예정이므로 이 사건에 적용될 수 없다. 따라서 청구인은 「폐기물관리법」 제48조제1항제9호의 조치명령대상자에 해당하므로 피청구인의 이 사건 처분은 적법·타당하다.

4. 관계법령폐기물관리법 제13조, 제25조, 제48조경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제27조, 제27조의25. 인정사실청구인과 피청구인이 제출한 등기사항전부증명서, 항만시설관리권 츨자대상목록, 사업장폐기물배출자 신고증명서, 폐기물처리(재활용) 신고증명서, 임대차계약서, 특약사항, 수사결과통지서, 행정처분 명령서(경고처분, 조치명령), 사전통지서, 이 사건 처분서 등에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.가.

K항 자유무역지역 동측 배후단지(약 125만㎡)에 속한 이 사건 토지는 2009. 2. 6. 소유권 보존등기가 된 국유지(관리청: 해양수산부)로서 입주기업체 등에게 임대할 수 있는 토지(항만시설)이다.

나. 청구인은 국가관리무역항인 Y항과 K항의 운영·관리를 총괄하는 해양수산부 1차 소속기관이고, 2011. 8. 19. K항만공사 설립을 위해 「항만법」 제24조제1항에 따른 항만시설관리권 출자대상 재산(이 사건 토지를 포함한 토지 261필지, 건물 16건, 공작물 37건)을 확정하여 「항만공사법」 제6조제1항에 따라 K항만공사에 항만시설관리권을 출자하였다.다. 「항만공사법」에 따라 2011. 8. 19. 설립된 K항만공사는 K항 항만배후단지관리기관으로 지정되어 「자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률」(이하 ‘자유무역지역법’이라 한다) 제55조제3항, 같은 법 시행령 제40조제8항에 따라 해양수산부장관의 권한을 위탁받아 자유무역지역의 관리, 입주계약, 임대료 등 징수, 출입통제 등의 업무를 수행하고 있다.

라. 폐기물수집·운반업 허가를 받은 A회사는 2014. 12. 11. K항만공사와 이 사건 토지의 임대차계약을 체결하였고, 이 사건 토지 지상에 이 사건 창고를 신축하여 2016. 9. 20.(가동, 나동)과 2019. 4. 23.(다동~마동) 소유권 보존등기를 하였다.마. A회사는 이 사건 창고에 폐지를 반입하여 선별, 압축 후 납품하는 폐기물처리(재활용) 사업을 하기 위하여 2016. 7. 14. 피청구인에게 사업장폐기물(폐합성수지류: 노끈, 비닐 등) 배출자 신고를 하였고, 2020. 10. 20. 피청구인에게 폐기물처리(재활용) 신고를 하였다.바.

A회사가 소유한 이 사건 창고는 2021. 9. 2. 법원의 강제경매개시결정으로 경매절차가 개시되었고, Z회사가 이 사건 창고를 낙찰받아 2023. 1. 19. 소유권을 취득하였다.사. Z회사는 2023. 2. 27.경 피청구인에게 이 사건 창고에 불법 폐기물이 적치되어 있다는 민원을 제기하였고, 피청구인은 2023년 3·4월경 이 사건 창고를 현장 조사한 결과 이 사건 폐기물이 불법 적치된 사실을 확인한 후 2023. 5. 18. A회사에게 「폐기물관리법」 제46조제6항에 따른 폐기물처리신고자 준수사항을 위반하였다는 이유로 같은 법 제60조에 따라 경고처분을 하였다.아.

K경찰서장의 2023. 12. 15.자 수사결과통지서에 따르면, ① A회사 대표는 폐기물관리법위반 혐의가 인정되어 검찰에 송치되었고, ② B회사 대표는 2022년 4월부터 2023년 2월까지 폐기물인 알루미늄 광재를 수집·운반하여 약 6,000톤을 폐기물처분시설 또는 재활용시설을 갖추지 아니한 이 사건 창고(가동, 라동)에 무단 투기하여 폐기물관리법위반 혐의가 인정되나 필리핀으로 출국한 후 귀국하지 않고 있어 소재 발견 시까지 수사중지를 하였으며, ③ C회사 대표는 2021. 11. 23.부터 2023년 2월까지 폐기물인 알루미늄 광재를 수집·운반하여 약 3,000톤을 폐기물처분시설 또는 재활용시설을 갖추지 아니한 이 사건 창고(다동)에 무단 투기하여 폐기물관리법위반 혐의가 인정되나 소재가 불분명하여 소재 발견 시까지 수사중지를 하였다.

자. 피청구인은 2024. 4. 30. A회사에게 「폐기물관리법」 제13조에 따른 폐기물의 처리기준을 위반하였다는 이유로 같은 법 제48조에 따라 이 사건 폐기물을 2024. 5. 31.까지 적정 조치하도록 조치명령을 하였으나, A회사는 이를 이행하지 않았다.

차. 피청구인은 조치명령대상자 선정에 관한 주무부처 질의회신 등을 거친 후 2024. 12. 31. A회사, B회사, C회사, Z회사 및 청구인에게 각각 폐기물처리 조치명령 사전통지를 하였다.

카. 피청구인은 2025. 2. 25. A회사에게 다시 조치명령(이행기한 2025. 8. 25.)을 하였고, A회사는 2025년 6월까지 폐지 약 40톤, 폐광재 약 6,194톤을 반출하였다.

타. 피청구인은 2025. 7. 8. B회사, C회사에게 각각 「폐기물관리법」 제13조에 따른 폐기물의 처리기준을 위반하였다는 이유로 같은 법 제48조에 따라 이 사건 폐기물 중 광재류 부분을 2026. 1. 8.까지 적정 조치하도록 조치명령을 하였다.

파. 피청구인은 Z회사가 「폐기물관리법」 제17조제9항에 규정된 사업장폐기물배출자의 사업장 전부 또는 일부를 인수한 자임을 전제로, 2025. 7. 8. Z회사에게 같은 법 제48조에 따라 이 사건 폐기물 전량을 2026. 1. 8.까지 적정 조치하도록 조치명령을 하였다.

하. 피청구인은 청구인이 「폐기물관리법」 제48조제1항제9호의 부적정처리폐기물이 버려지거나 매립된 토지의 소유자에 해당한다는 이유로 2025. 7. 8. 청구인에게 이 사건 처분을 하였다.

6. 이 사건 처분의 위법·부당 여부가. 관계법령의 내용별지 기재와 같다.

나. 판 단1) 「폐기물관리법」 제48조제1항에 따른 조치명령의 대상이 되기 위해서는 이 사건 창고에 보관되어 있는 폐지와 폐광물이 부적정폐기물, 즉 같은 법 제13조에 따른 폐기물의 처리 기준과 방법 또는 제13조의2에 따른 폐기물의 재활용 원칙 및 준수사항에 맞지 아니하게 처리되거나 제8조제1항 또는 제2항을 위반하여 버려지거나 매립되는 폐기물에 해당되어야 한다. 위 인정사실에 따르면 이 사건 창고에 보관된 폐지는 A회사가 폐기물처리(재활용)를 명목으로 외부로부터 폐지를 수집·운반한 후 법정 처리기간(30일) 내에 재활용하지 아니한 채 보관 내지 방치한 것이고, 이 사건 창고에 보관된 광재류는 A회사로부터 이 사건 창고의 일부를 임차한 C회사 및 B회사가 폐기물인 광재를 수집·운반하여 폐기물처분시설 또는 재활용시설을 갖추지 아니한 이 사건 창고에 무단으로 투기한 것이므로 「폐기물관리법」 제13조의 폐기물처리기준에 맞지 아니하게 처리된 부적정폐기물에 해당한다 할 것이다.2) 「폐기물관리법」 제48조제1항제9호는 조치명령대상자 중의 하나로 ‘부적정처리폐기물을 직접 처리하거나 다른 사람에게 자기 소유의 토지 사용을 허용한 경우 부적정처리폐기물이 버려지거나 매립된 토지의 소유자’를 규정하고 있다.

청구인이 이 사건 토지의 관리권을 K항만공사에 위탁하거나 출자하여 관리하게 하고, 위 공사가 그 토지를 임대하였다 하더라도 이는 청구인이 위 공사를 통해 간접적으로 토지 사용을 허용한 것이므로 「폐기물관리법」 제48조제1항제9호에 따른 조치명령대상자가 된다 할 것이다.3) 「폐기물관리법」 제48조제1항은 부적정처리폐기물 발생 시 조치명령을 내릴 수 있는 대상자를 제1호부터 제9호까지 열거하고 있으나, 이들 간의 우선순위나 보충성에 관한 규정을 두고 있지 않다.

따라서 같은 항 제9호에 해당하는 한 토지소유자에게 조치명령을 할 수 있다고 보아야 하고, 불법반입 행위자를 알 수 없거나 폐기물의 불법반입 행위자에 대하여 조치명령과 그 이행을 강제할 수 있는 조치를 취한 후 그것이 불가능할 경우에 한하여 보충적으로 토지소유자에게 조치명령을 할 수 있다고 제한적으로 해석할 근거가 부족하다(2025. 3. 25. 개정된 「폐기물관리법」 제48조는 2026. 3. 26. 시행예정이므로 이 사건에 적용될 수 없다).또한 피청구인은 이 사건 처분 이전 또는 동시에 이 사건 폐기물의 직접적 원인제공자인 A회사, B회사, C회사 그리고 현재 이 사건 창고의 소유자인 Z회사에 대하여도 이 사건 처분 내용과 동일한 조치명령을 하였고, A회사에 대하여는 여러 차례 조치명령과 이행촉구를 하였으므로, 피청구인이 위 불법반입 행위자들에게 조치명령 및 그 이행을 위한 조치를 취하지 않았다고 볼 수도 없다.4) 이상 살펴본 바와 같이 청구인은 이 사건 토지의 소유자로서 청구인으로부터 항만시설관리권을 부여받은 K항만공사를 통해 입주기업에게 이 사건 토지의 사용을 허용하였다고 할 것이므로 「폐기물관리법」 제48조제1항제9호에 따른 조치명령대상자에 해당하고, 따라서 피청구인이 청구인에게 한 이 사건 처분이 위법·부당하다고 할 수 없다.

7. 결 론그렇다면 청구인의 주장을 인정할 수 없으므로 청구인의 청구를 받아들이지 않기로 하여 주문과 같이 재결한다.