폐기물처리업 허가취소 등 취소청구

1. 사건개요가. 피청구인은 폐기물 종합재활용업을 영위하는 청구인이 「폐기물관리법」 제13조제1항에 따른 폐기물 보관기준을 위반하였다는 이유로 2025. 10. 2. 청구인에게 경고 및 조치명령(이하 ‘이 사건 원인처분’이라 한다)을 하면서 이 사건 원인처분으로 인하여 폐기물처리업 적합성확인 대상이 되었다는 이유로 3개월 내에 적합성확인 신청서를 제출하도록 안내하였다.

나. 피청구인은 2026. 2. 24. 청구인에게 「폐기물관리법」 제25조의3제1항에 따른 적합성 확인을 받지 않았다는 이유로 폐기물처리업 허가취소(2026. 3. 6.자) 및 폐기물 처리명령(이하 2개 처분을 총칭하여 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

2. 청구인 주장가. 「폐기물관리법 시행령」 제10조의2, 별표 5의3에 따른 청구인의 폐기물처리업 적합성확인 유효기간은 ‘2020. 7. 1.부터 2025. 6. 30.까지’(이하 ‘원 유효기간’이라 한다)였고, 청구인이 원 유효기간 중 행정처분을 받거나 벌금 이상의 형을 선고받은 사실이 없으므로 같은 별표 제2호에 따라 적합성확인 유효기간은 2027. 6. 30.까지 2년간 자동적·확정적으로 연장되었다.

나. 피청구인이 2025. 10. 2. 청구인에게 이 사건 원인처분을 하면서 「폐기물처리업 허가 등에 관한 업무처리지침」을 근거로 3개월 내 적합성확인 신청서를 제출하도록 안내하고, 나아가 그 안내기간 내에 적합성확인 신청서를 제출하지 않았다는 이유로 허가를 취소하였는데, 이를 이유로 허가를 취소하기 위해서는 청구인이 원 유효기간 만료일(2025. 6. 30.) 전에 이 사건 원인처분을 받았어야 하나, 이 사건 원인처분은 2025. 10. 2.에 있었으므로 위 지침의 적용 대상이 아니고, 폐기물관리법령 어디에도 연장된 유효기간이 소멸한다는 규정도 없다. 따라서 피청구인의 이 사건 처분은 법률적 근거 없이 이루어졌으므로 위법하다.

3. 피청구인 주장가. 「폐기물관리법 시행령」 제10조의2, 별표 5의3 제2호의 취지는 법령을 성실히 준수한 우수 사업자에게 조건부 혜택을 부여하는 것이므로, 위 규정상의 ‘적합성확인 유효기간 동안’은 원 유효기간만을 의미하는 것이 아니라 연장된 유효기간까지 포함하는 것으로 해석하는 것이 타당하고, 만약 적합성확인 유효기간이 연장된 후에 어떠한 위반행위가 있더라도 영향을 받지 않는다고 해석한다면 제도의 취지에 반한다.

나. 적합성확인 유효기간의 연장은 ‘법 위반 사실이 없을 것’이라는 조건 하에 이루어지는 것이므로 연장된 유효기간 중에 법 위반사실이 발생하면 그 연장의 효력이 소멸한다고 보는 것이 제도의 취지에 부합하고, 청구인이 연장된 유효기간 중인 2025. 10. 2. 이 사건 원인처분을 받은 이상, 유효기간 연장의 전제조건이 충족하지 않게 되어 연장된 유효기간의 효력이 소멸하거나 최소한 연장의 혜택을 계속 유지할 수 없게 된다고 보아야 한다.

다. 따라서 이 사건 원인처분으로 인하여 청구인에게 연장된 적합성확인 유효기간의 효력은 소멸하였고, 청구인은 원 유효기간 만료일인 2025. 6. 30. 이후 적합성확인을 받은 사실이 없으므로 「페기물관리법」 제27조제1항제1호의2 등에 따라 한 이 사건 처분은 적법·타당하다.

4. 관계법령폐기물관리법 제25조의3, 제27조, 제39조의3, 제62조폐기물관리법 제10조의2, 제37조, 별표 5의35. 인정사실청구인과 피청구인이 제출한 폐기물 종합재활용업 허가증, 화재발생 지정폐기물 재활용업체 출장결과 보고, 이 사건 원인처분서, 이 사건 처분서, 폐기물처리업 허가 등에 관한 업무처리지침 등에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

가. 청구인은 1987. 6. 14. 피청구인으로부터 폐기물 종합재활용업(영업대상 폐기물 : 폐산, 폐알칼리, 2차 폐축전지 등 지정폐기물) 허가를 받고,

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○시

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○구

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○길 *-**에서 폐기물처리업을 영위하고 있다.나. 「폐기물관리법 시행령」 제10조의2, 별표 5의3에 따른 청구인의 폐기물처리업 적합성확인 유효기간은 ‘2020. 7. 1.부터 2025. 6. 30.까지’(원 유효기간)이고, 청구인이 원 유효기간 중에 행정처분이나 벌금 이상의 형을 선고받은 사실은 없다.

다. 청구인의 사업장에서 2025. 7. 17.부터 2025. 7. 21.까지 화재가 발생하였고, 피청구인 소속 담당자들은 2025. 7. 23., 2025. 7. 31., 2025. 8. 6. 이 사건 사업장에 출장하여 「폐기물관리법」 위반사항 등을 확인하였는데, 2025. 8. 6.자 출장결과보고서에 기재된 현장 확인내용 및 조치사항은 다음과 같다.- 다 음 -1) 사업장 내부 확인 결과 2026. 7. 31. 현장확인 때와 폐기물 적치상황은 동일하나, 톤백 등을 구매하여 적치된 폐기물을 정리하기 위한 준비작업 중2) 사업자는 2026. 8. 4. 처리업체 리스트 및 처리계획을 제출함.

적치된 폐기물을 톤백에 정리 중. 대략 11일까지 화재발생 폐기물 등 처리 가능할 것→ 처리계획 이행여부 지속 확인, 추가적인 조치 없을 시 처리의지가 없는 것으로 간주하여 「폐기물관리법」에 따라 처분 조치 통보라. 피청구인은 2025. 10. 2. 청구인에게 「폐기물관리법」 제13조제1항에 따른 폐기물 보관기준을 위반하였다는 이유로 같은 법 제27조제2항, 제48조제1항에 따라 이 사건 원인처분을 하면서, 이 사건 원인처분으로 인하여 폐기물처리업 적합성확인 대상이 되었다는 이유로 3개월(2026. 1. 1.) 내에 적합성확인 신청서를 제출하도록 안내하였다.

마. 피청구인은 2026. 1. 6. 청구인에게 「폐기물관리법」 제25조의3제1항에 따른 적합성확인을 받지 않았다는 이유로 처분사전통지를 하고, 2026. 1. 22. 청문을 실시한 후 2026. 2. 24. 청구인에게 「폐기물관리법」 제27조제1항제1호의2 및 제39조의3에 따라 이 사건 처분을 하였다.

바. 기후에너지환경부의 「폐기물처리업 허가 등에 관한 업무처리지침」 중 ‘적합성확인 유효기간의 연장’에 관한 주요 내용은 다음과 같다.- 다 음 -　<img src="/LSA/flDownload.do?flSeq=169169419"></img>6. 이 사건 처분의 위법·부당 여부가. 관계법령의 내용1) 「폐기물관리법」 제25조의3에 따르면 폐기물처리업자는 대통령령으로 정하는 업종별 적합성확인의 유효기간이 경과할 때마다 기후에너지환경부장관으로부터 제13조에 따른 폐기물의 처리 기준과 방법 또는 제13조의2에 따른 폐기물의 재활용 원칙 및 준수사항을 충족하는 등 기후에너지환경부령으로 정하는 조건을 갖추고 있을 것 등 각 호의 사항을 모두 충족하여 폐기물처리업을 계속 수행할 수 있는 적합성을 갖추었음을 확인 받아야 하고(제1항), 제1항에 따라 적합성확인을 받으려는 자는 업종별 적합성확인 유효기간이 만료되기 3개월 전까지 기후에너지환경부령으로 정하는 바에 따라 제1항 각 호의 사항을 확인하는 데 필요한 자료를 첨부하여 기후에너지환경부장관에게 신청하여야 하며, 이 경우 적합성확인신청을 받은 기후에너지환경부장관은 특별한 사정이 없으면 유효기간 만료일 이전에 적합성 여부를 확인하여 적합성확인신청인에게 통보하여야 한다(제2항).2) 「폐기물관리법 시행령」 제10조의2, 별표 5의3 제1호·제2호에 따르면 폐기물 종합재활용업의 적합성확인의 유효기간은 5년이고, 제1호에도 불구하고 적합성확인의 유효기간 동안 법을 위반하여 행정처분(과징금 부과처분을 포함하며, 과태료 부과처분은 제외한다)을 받거나 벌금 이상의 형을 선고받은 사실이 없는 경우에는 적합성확인의 유효기간을 2년간 연장한다.3) 「폐기물관리법」 제27조제1항제1호의2에 따르면 기후에너지환경부장관은 폐기물처리업자가 제25조의3제1항에 따른 적합성확인을 받지 아니한 경우에 해당하면 그 허가를 취소하여야 하고, 같은 법 제39조의3에 따르면 기후에너지환경부장관은 폐기물처리업자에 대하여 제27조에 따른 허가취소 또는 영업정지를 명하거나, 폐기물처리 신고자에 대하여 제46조제7항에 따른 폐쇄명령 또는 처리금지명령을 하려는 경우에는 폐기물처리업자 또는 폐기물처리 신고자에게 기간을 정하여 보관하는 폐기물의 처리를 명하여야 한다.4) 한편, 「폐기물관리법」 제62조제1항, 같은 법 시행령 제37조제2항제2호다목·마목·자목에 따르면, 기후에너지환경부장관은 지정폐기물을 대상으로 하는 폐기물처리업에 관한 법 제25조의3제2항에 따른 적합성확인 신청의 접수, 적합성 여부의 확인·통보, 법 제27조에 따른 허가의 취소 및 영업의 정지명령, 법 제39조의3에 따른 폐기물의 처리명령의 권한을 유역환경청장이나 지방환경청장에게 위임한다.

나. 판 단침익적 행정처분의 근거가 되는 행정법규는 엄격하게 해석·적용하여야 하고 행정처분의 상대방에게 불리한 방향으로 지나치게 확장해석하거나 유추해석하여서는 안되며, 그 입법취지와 목적 등을 고려한 목적론적 해석이 전적으로 배제되는 것은 아니라 하더라도 그 해석이 문언의 통상적인 의미를 벗어나서는 안 될 것이다(대법원 2008. 2. 28. 선고 2007두13791, 13807 판결 참조).피청구인은 「폐기물관리법 시행령」 별표 5의3 제2호에 규정된 적합성확인 유효기간 연장의 전제조건이 되는 기간에는 원 유효기간만이 아니라 연장된 유효기간까지 포함되고, 유효기간이 연장된 후에라도 행정처분을 받게 되면 유효기간 연장의 효력이 소멸한다고 해석하는 것이 제도 취지에 부합한다고 주장하나, 「폐기물관리법 시행령」 별표 5의3 제2호에 따르면 폐기물 종합재활용업의 적합성확인 유효기간(5년) 동안 사업자가 법을 위반하여 행정처분을 받거나 벌금 이상의 형을 선고받은 사실이 없는 경우에 그 유효기간은 2년간 연장되고, 「폐기물처리업 허가 등에 관한 업무처리지침」에 적합성확인 유효기간의 연장은 별도의 신청이 없더라도 1회에 한해 2년간 연장되며, 유효기간 만료일이 도래하기 전에 행정처분을 받은 경우에 유효기간 2년 연장이 불가하다고 되어 있는바, 여기에서 ‘유효기간 만료일이 도래하기 전에 행정처분을 받은 경우’란 원 유효기간의 만료일이 도래하기 전에 행정처분을 받은 경우를 의미하는 것이고, 연장된 유효기간의 만료일이 도래하기 전에 행정처분을 받은 경우를 의미한다고 볼 수 없다.위 인정사실에 따르면 청구인의 원 유효기간은 2020. 7. 1.부터 2025. 6. 30.까지이고, 그 기간 동안 청구인이 행정처분이나 벌금 이상의 형을 선고받은 사실은 없으므로 청구인의 적합성확인 유효기간은 위 규정에 따라 2027. 6. 30.까지로 이미 연장되었다.

그리고 청구인의 사업장에서 2025. 7. 17.부터 2025. 7. 21.까지 발생한 화재로 폐기물관리법령 위반사실이 확인되어 청구인이 이 사건 원인처분을 받은 것은 2025. 10. 2.이므로, 이를 이유로 이미 연장된 적합성확인 유효기간의 효력이 소멸한다거나 원 유효기간의 연장을 위한 적합성확인을 다시 받도록 하는 법적 근거는 없다. 따라서 청구인이 「폐기물관리법」 제25조의3제1항에 따른 적합성 확인을 받지 않았다는 이유로 한 피청구인의 이 사건 처분은 위법·부당하다.

7. 결 론그렇다면 청구인의 주장을 인정할 수 있으므로 청구인의 청구를 모두 받아들이기로 하여 주문과 같이 재결한다.

피청구인이 2026. 2. 24. 청구인에게 한 폐기물처리업 허가취소(2026. 3. 6.자) 및 폐기물 처리명령을 모두 취소한다.